More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bxe_A0832 on replicon NC_007951
Organism: Burkholderia xenovorans LB400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007951  Bxe_A0832  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  100 
 
 		 261 aa  536  1e-151  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.190821  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3135  pseudouridine synthase  92.8 
 
 		 236 aa  437  9.999999999999999e-123  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0599  pseudouridine synthase  76.69 
 
 		 234 aa  362  3e-99  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.634586  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0875  RNA pseudouridine synthase family protein  73.5 
 
 		 240 aa  359  2e-98  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.066222  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1964  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  73.5 
 
 		 240 aa  359  2e-98  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.329965  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1153  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  73.5 
 
 		 240 aa  359  2e-98  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.311122  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1000  RNA pseudouridine synthase family protein  73.5 
 
 		 240 aa  359  2e-98  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0993  RNA pseudouridine synthase family protein  73.5 
 
 		 240 aa  359  2e-98  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0275653  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0273  RNA pseudouridine synthase family protein  73.5 
 
 		 240 aa  359  2e-98  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0216712  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0950  RNA pseudouridine synthase family protein  73.5 
 
 		 240 aa  359  2e-98  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0795  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  72.13 
 
 		 252 aa  357  8e-98  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5819  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  70.64 
 
 		 238 aa  340  1e-92  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0781511 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2534  pseudouridine synthase, Rsu  70.94 
 
 		 238 aa  338  4e-92  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2405  pseudouridine synthase  71.37 
 
 		 238 aa  338  5.9999999999999996e-92  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.533648  normal  0.354425 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2512  pseudouridine synthase  71.06 
 
 		 238 aa  328  5.0000000000000004e-89  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1876  pseudouridine synthase, Rsu  71.06 
 
 		 238 aa  328  8e-89  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.471892  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2487  pseudouridine synthase, Rsu  71.06 
 
 		 238 aa  328  8e-89  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.428449  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0808  pseudouridine synthase  71.06 
 
 		 238 aa  323  2e-87  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0955  pseudouridine synthase, Rsu  57.63 
 
 		 237 aa  274  1.0000000000000001e-72  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.256039  normal  0.742007 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1099  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  57.63 
 
 		 237 aa  274  1.0000000000000001e-72  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0016  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  56.65 
 
 		 235 aa  264  1e-69  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.162823 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0135  pseudouridine synthase  55.7 
 
 		 245 aa  260  1e-68  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.911961  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0704  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  55.51 
 
 		 251 aa  250  1e-65  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1626  pseudouridine synthase  51.65 
 
 		 249 aa  248  8e-65  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.126651  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0779  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  55.13 
 
 		 240 aa  247  1e-64  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.549423  normal  0.590405 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2744  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  52.52 
 
 		 238 aa  244  8e-64  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1800  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  51.04 
 
 		 239 aa  242  5e-63  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000268682 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1103  pseudouridine synthase  49.8 
 
 		 245 aa  241  1e-62  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2976  pseudouridine synthase, Rsu  49.8 
 
 		 247 aa  240  1e-62  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.751101  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1183  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  50.2 
 
 		 245 aa  241  1e-62  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.471915 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0379  pseudouridine synthase  48.93 
 
 		 241 aa  239  2.9999999999999997e-62  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3042  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  52.44 
 
 		 233 aa  239  5e-62  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.412823  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2786  pseudouridine synthase  50.21 
 
 		 244 aa  237  1e-61  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.103748  hitchhiker  0.00337231 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0375  pseudouridine synthase  48.5 
 
 		 241 aa  234  1.0000000000000001e-60  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0674  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A protein  52.32 
 
 		 252 aa  233  3e-60  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0566  pseudouridine synthase  51.91 
 
 		 248 aa  232  4.0000000000000004e-60  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.472226  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4185  pseudouridine synthase  48.51 
 
 		 241 aa  231  1e-59  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0618  pseudouridine synthase  51.93 
 
 		 248 aa  231  1e-59  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.599646  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2512  pseudouridine synthase  48.21 
 
 		 249 aa  226  2e-58  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.879227  normal  0.660799 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1436  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  46.61 
 
 		 253 aa  218  7.999999999999999e-56  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.822164  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2704  pseudouridine synthase  41.2 
 
 		 245 aa  167  2e-40  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.960401  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1220  pseudouridine synthase  35.56 
 
 		 233 aa  155  4e-37  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2105  pseudouridine synthase  39.66 
 
 		 244 aa  152  4e-36  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00908459 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1080  pseudouridine synthase  39.66 
 
 		 247 aa  147  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.699986  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2277  pseudouridine synthase  37.76 
 
 		 242 aa  146  3e-34  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0349808 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2552  pseudouridine synthase  37.76 
 
 		 242 aa  146  3e-34  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.975734  normal  0.0981088 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0660  pseudouridine synthase  34.33 
 
 		 239 aa  145  9e-34  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.665428  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0684  pseudouridine synthase  34.33 
 
 		 239 aa  144  1e-33  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3452  pseudouridine synthase  38.59 
 
 		 246 aa  144  1e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.33811  normal  0.805038 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2018  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A (16S pseudouridine 516 synthase)  37.13 
 
 		 234 aa  144  1e-33  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.136483  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2908  pseudouridine synthase  38.66 
 
 		 230 aa  144  2e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.114904  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3602  pseudouridine synthase  36.91 
 
 		 231 aa  143  2e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1950  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  43.35 
 
 		 232 aa  141  9.999999999999999e-33  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.588471  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03083  ribosomal small subunit pseudouridylate synthase  40 
 
 		 237 aa  140  1.9999999999999998e-32  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0541  ribosomal small subunit pseudouridine synthase  38.91 
 
 		 236 aa  140  1.9999999999999998e-32  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.504782  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2235  pseudouridine synthase  36.51 
 
 		 242 aa  140  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.7178  normal  0.112154 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1744  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  35.32 
 
 		 243 aa  140  3e-32  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00693564  normal  0.573112 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0736  pseudouridine synthase  39.91 
 
 		 245 aa  139  3e-32  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.00000262919  decreased coverage  0.00132516 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3252  16S rRNA pseudouridylate synthase A  37.71 
 
 		 237 aa  139  7e-32  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.274461 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1808  pseudouridine synthase  33.05 
 
 		 231 aa  137  1e-31  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1910  16S rRNA pseudouridylate synthase A  35.71 
 
 		 231 aa  138  1e-31  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.800741  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1843  pseudouridine synthase  33.05 
 
 		 231 aa  137  1e-31  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.48228  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1919  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  31.97 
 
 		 242 aa  138  1e-31  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000207089  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02655  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  35.27 
 
 		 233 aa  137  1e-31  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003781  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  35.02 
 
 		 233 aa  137  2e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000000946261  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0478  pseudouridine synthase  38.49 
 
 		 236 aa  137  2e-31  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1639  16S rRNA pseudouridylate synthase A  36.13 
 
 		 231 aa  137  2e-31  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3527  pseudouridine synthase  34.31 
 
 		 230 aa  137  2e-31  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0423129  hitchhiker  0.000538559 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3469  pseudouridine synthase, Rsu  35.87 
 
 		 241 aa  136  3.0000000000000003e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3369  pseudouridine synthase  34.32 
 
 		 242 aa  136  4e-31  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1807  pseudouridine synthase  32.35 
 
 		 240 aa  135  5e-31  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1442  pseudouridine synthase  39.65 
 
 		 230 aa  135  7.000000000000001e-31  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.012114  normal  0.792542 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2374  pseudouridine synthase  34.19 
 
 		 233 aa  135  9e-31  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0418  RNA pseudouridine synthase family protein  32.91 
 
 		 242 aa  134  1.9999999999999998e-30  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.12702  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1421  pseudouridine synthase  39.45 
 
 		 229 aa  134  1.9999999999999998e-30  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.722777 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2438  16S rRNA pseudouridylate synthase A  35.9 
 
 		 232 aa  134  1.9999999999999998e-30  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.157492  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2371  16S rRNA pseudouridylate synthase A  42.35 
 
 		 231 aa  134  1.9999999999999998e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000147517  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2793  16S rRNA pseudouridylate synthase A  36.97 
 
 		 235 aa  134  1.9999999999999998e-30  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.863598  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2416  16S rRNA pseudouridylate synthase A  42.35 
 
 		 231 aa  134  1.9999999999999998e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0365053  normal  0.123384 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2718  16S rRNA pseudouridylate synthase A  36.97 
 
 		 235 aa  134  1.9999999999999998e-30  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00684404  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2462  16S rRNA pseudouridylate synthase A  42.35 
 
 		 231 aa  134  1.9999999999999998e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.983555 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2573  16S rRNA pseudouridylate synthase A  42.35 
 
 		 231 aa  134  1.9999999999999998e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.750523  hitchhiker  0.00365879 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4848  RNA pseudouridylate synthase family protein  32.49 
 
 		 242 aa  133  3e-30  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4438  pseudouridylate synthase (ribosomal small subunit pseudouridine synthase A)  32.49 
 
 		 242 aa  133  3e-30  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4958  RNA pseudouridine synthase family protein  32.49 
 
 		 242 aa  133  3e-30  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2237  pseudouridine synthase  36.44 
 
 		 255 aa  133  3e-30  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.588412 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1490  16S rRNA pseudouridylate synthase A  36.97 
 
 		 235 aa  133  3e-30  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.708247  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2758  pseudouridine synthase  31.8 
 
 		 240 aa  133  3e-30  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4841  RNA pseudouridine synthase family protein  32.49 
 
 		 242 aa  133  3e-30  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.490184  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4456  pseudouridylate synthase (pseudouridine synthase)  32.49 
 
 		 242 aa  133  3.9999999999999996e-30  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2546  16S pseudouridylate synthase  34.04 
 
 		 239 aa  132  3.9999999999999996e-30  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2459  16S rRNA pseudouridylate synthase A  41.76 
 
 		 231 aa  133  3.9999999999999996e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.8368  hitchhiker  0.0000353867 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2779  16S rRNA pseudouridylate synthase A  35.9 
 
 		 235 aa  132  5e-30  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.480199  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4818  RNA pseudouridine synthase family protein  32.49 
 
 		 242 aa  132  5e-30  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2249  16S pseudouridylate synthase  34.04 
 
 		 239 aa  132  5e-30  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4823  RNA pseudouridine synthase family protein  32.49 
 
 		 242 aa  132  6e-30  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0867  RNA-binding S4 domain-containing protein  31.28 
 
 		 230 aa  132  6e-30  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1466  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  34.45 
 
 		 243 aa  132  7.999999999999999e-30  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  unclonable  0.000000808741  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3730  pseudouridine synthase  40.94 
 
 		 230 aa  131  1.0000000000000001e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.754242  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0916  pseudouridine synthase  34.7 
 
 		 236 aa  131  1.0000000000000001e-29  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.952694 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>