More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnap_2786 on replicon NC_008781
Organism: Polaromonas naphthalenivorans CJ2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008781  Pnap_2786  pseudouridine synthase  100 
 
 		 244 aa  501  1e-141  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.103748  hitchhiker  0.00337231 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1800  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  89.54 
 
 		 239 aa  417  1e-116  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000268682 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1626  pseudouridine synthase  75.62 
 
 		 249 aa  380  1e-104  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.126651  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2976  pseudouridine synthase, Rsu  73.17 
 
 		 247 aa  362  2e-99  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.751101  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1103  pseudouridine synthase  70.49 
 
 		 245 aa  344  7e-94  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1183  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  69.83 
 
 		 245 aa  342  2.9999999999999997e-93  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.471915 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2512  pseudouridine synthase  70.73 
 
 		 249 aa  340  1e-92  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.879227  normal  0.660799 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1436  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  60 
 
 		 253 aa  297  8e-80  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.822164  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3042  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  61.14 
 
 		 233 aa  288  5.0000000000000004e-77  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.412823  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0955  pseudouridine synthase, Rsu  60.08 
 
 		 237 aa  287  1e-76  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.256039  normal  0.742007 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1099  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  60.08 
 
 		 237 aa  287  1e-76  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0375  pseudouridine synthase  53.31 
 
 		 241 aa  277  1e-73  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0704  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  58.33 
 
 		 251 aa  276  2e-73  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4185  pseudouridine synthase  58.4 
 
 		 241 aa  276  2e-73  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0135  pseudouridine synthase  55.87 
 
 		 245 aa  276  2e-73  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.911961  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2744  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  58.16 
 
 		 238 aa  274  7e-73  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0379  pseudouridine synthase  52.48 
 
 		 241 aa  273  2.0000000000000002e-72  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0016  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  55 
 
 		 235 aa  268  4e-71  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.162823 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2405  pseudouridine synthase  54.01 
 
 		 238 aa  268  5.9999999999999995e-71  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.533648  normal  0.354425 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2534  pseudouridine synthase, Rsu  54.01 
 
 		 238 aa  267  1e-70  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0674  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A protein  56.96 
 
 		 252 aa  266  2e-70  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5819  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  53.59 
 
 		 238 aa  266  2.9999999999999995e-70  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0781511 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0618  pseudouridine synthase  56.12 
 
 		 248 aa  265  7e-70  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.599646  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0993  RNA pseudouridine synthase family protein  53.53 
 
 		 240 aa  263  2e-69  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0275653  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0566  pseudouridine synthase  55.42 
 
 		 248 aa  263  2e-69  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.472226  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1964  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  53.53 
 
 		 240 aa  263  2e-69  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.329965  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1153  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  53.53 
 
 		 240 aa  263  2e-69  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.311122  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1000  RNA pseudouridine synthase family protein  53.53 
 
 		 240 aa  263  2e-69  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0273  RNA pseudouridine synthase family protein  53.53 
 
 		 240 aa  263  2e-69  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0216712  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0950  RNA pseudouridine synthase family protein  53.53 
 
 		 240 aa  263  2e-69  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0875  RNA pseudouridine synthase family protein  53.53 
 
 		 240 aa  263  2e-69  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.066222  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0808  pseudouridine synthase  54.01 
 
 		 238 aa  259  3e-68  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0779  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  54.7 
 
 		 240 aa  259  3e-68  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.549423  normal  0.590405 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0795  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  52.7 
 
 		 252 aa  259  4e-68  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1876  pseudouridine synthase, Rsu  54.17 
 
 		 238 aa  256  2e-67  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.471892  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2487  pseudouridine synthase, Rsu  54.17 
 
 		 238 aa  256  2e-67  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.428449  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2512  pseudouridine synthase  54.43 
 
 		 238 aa  256  3e-67  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3135  pseudouridine synthase  52.72 
 
 		 236 aa  254  1.0000000000000001e-66  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0832  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  51.88 
 
 		 261 aa  251  5.000000000000001e-66  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.190821  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0599  pseudouridine synthase  50.63 
 
 		 234 aa  244  9.999999999999999e-64  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.634586  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2704  pseudouridine synthase  42.74 
 
 		 245 aa  171  1e-41  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.960401  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1442  pseudouridine synthase  42.98 
 
 		 230 aa  169  4e-41  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.012114  normal  0.792542 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2277  pseudouridine synthase  39.42 
 
 		 242 aa  165  6.9999999999999995e-40  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0349808 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2018  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A (16S pseudouridine 516 synthase)  39.09 
 
 		 234 aa  164  1.0000000000000001e-39  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.136483  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3252  16S rRNA pseudouridylate synthase A  45.05 
 
 		 237 aa  163  2.0000000000000002e-39  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.274461 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3452  pseudouridine synthase  39.34 
 
 		 246 aa  162  3e-39  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.33811  normal  0.805038 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0684  pseudouridine synthase  38.46 
 
 		 239 aa  163  3e-39  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0660  pseudouridine synthase  37.7 
 
 		 239 aa  162  4.0000000000000004e-39  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.665428  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2235  pseudouridine synthase  40.08 
 
 		 242 aa  162  4.0000000000000004e-39  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.7178  normal  0.112154 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2552  pseudouridine synthase  38.59 
 
 		 242 aa  161  7e-39  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.975734  normal  0.0981088 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2718  16S rRNA pseudouridylate synthase A  44.94 
 
 		 235 aa  160  1e-38  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00684404  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2793  16S rRNA pseudouridylate synthase A  44.94 
 
 		 235 aa  160  1e-38  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.863598  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1490  16S rRNA pseudouridylate synthase A  44.94 
 
 		 235 aa  160  1e-38  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.708247  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2371  16S rRNA pseudouridylate synthase A  38.52 
 
 		 231 aa  160  2e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000147517  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2462  16S rRNA pseudouridylate synthase A  38.52 
 
 		 231 aa  160  2e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.983555 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2416  16S rRNA pseudouridylate synthase A  38.52 
 
 		 231 aa  160  2e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0365053  normal  0.123384 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2573  16S rRNA pseudouridylate synthase A  38.52 
 
 		 231 aa  160  2e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.750523  hitchhiker  0.00365879 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02113  16S rRNA pseudouridylate 516 synthase  38.93 
 
 		 231 aa  159  3e-38  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.09778  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1474  pseudouridine synthase  38.93 
 
 		 231 aa  159  3e-38  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000156324  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2321  16S rRNA pseudouridylate synthase A  38.93 
 
 		 231 aa  159  3e-38  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.170949  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2481  16S rRNA pseudouridylate synthase A  38.93 
 
 		 231 aa  159  3e-38  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0457418  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02072  hypothetical protein  38.93 
 
 		 231 aa  159  3e-38  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.114044  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2332  16S rRNA pseudouridylate synthase A  38.93 
 
 		 231 aa  159  3e-38  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0531797  normal  0.0465983 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3321  16S rRNA pseudouridylate synthase A  38.93 
 
 		 231 aa  159  3e-38  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0340688  normal  0.608364 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1464  16S rRNA pseudouridylate synthase A  38.93 
 
 		 231 aa  159  3e-38  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00167101  normal  0.759434 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2779  16S rRNA pseudouridylate synthase A  37.39 
 
 		 235 aa  159  3e-38  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.480199  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1220  pseudouridine synthase  34.89 
 
 		 233 aa  158  8e-38  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2459  16S rRNA pseudouridylate synthase A  38.11 
 
 		 231 aa  158  8e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.8368  hitchhiker  0.0000353867 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0478  pseudouridine synthase  40.24 
 
 		 236 aa  157  1e-37  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0541  ribosomal small subunit pseudouridine synthase  39.34 
 
 		 236 aa  157  1e-37  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.504782  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0775  16S rRNA pseudouridylate synthase A  38.52 
 
 		 231 aa  157  1e-37  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.329505  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1910  16S rRNA pseudouridylate synthase A  43.18 
 
 		 231 aa  157  2e-37  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.800741  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1080  pseudouridine synthase  39.27 
 
 		 247 aa  156  3e-37  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.699986  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1639  16S rRNA pseudouridylate synthase A  43.75 
 
 		 231 aa  155  5.0000000000000005e-37  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3178  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  39.29 
 
 		 235 aa  155  8e-37  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.021025  normal  0.1902 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0792  pseudouridine synthase  37.13 
 
 		 229 aa  154  1e-36  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.305614  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2438  16S rRNA pseudouridylate synthase A  38.82 
 
 		 232 aa  154  1e-36  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.157492  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2352  16S rRNA pseudouridylate synthase A  43.18 
 
 		 232 aa  153  2e-36  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1241  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  38.4 
 
 		 231 aa  152  5e-36  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000134561  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0788  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  37.55 
 
 		 235 aa  152  5.9999999999999996e-36  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0198055  normal  0.495021 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2105  pseudouridine synthase  37.45 
 
 		 244 aa  150  1e-35  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00908459 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02655  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  36.48 
 
 		 233 aa  150  2e-35  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2614  pseudouridine synthase, Rsu  36.71 
 
 		 230 aa  149  3e-35  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.736823 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2237  pseudouridine synthase  35 
 
 		 255 aa  149  5e-35  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.588412 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2975  pseudouridine synthase  42.61 
 
 		 230 aa  148  6e-35  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0220169  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0036  pseudouridine synthase  43.89 
 
 		 234 aa  149  6e-35  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  unclonable  0.0000000000127048  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3469  pseudouridine synthase, Rsu  38.5 
 
 		 241 aa  148  7e-35  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0760  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  38.39 
 
 		 235 aa  147  1.0000000000000001e-34  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000225375  normal  0.539293 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3602  pseudouridine synthase  38.82 
 
 		 231 aa  147  1.0000000000000001e-34  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3555  pseudouridine synthase  37.5 
 
 		 250 aa  146  2.0000000000000003e-34  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.114028  hitchhiker  0.00457022 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3623  pseudouridine synthase  37.5 
 
 		 246 aa  146  3e-34  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3369  pseudouridine synthase  34.69 
 
 		 242 aa  146  3e-34  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3746  pseudouridine synthase  37.5 
 
 		 256 aa  146  3e-34  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.43387 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003781  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  35.37 
 
 		 233 aa  145  8.000000000000001e-34  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000000946261  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4456  pseudouridylate synthase (pseudouridine synthase)  33.2 
 
 		 242 aa  144  1e-33  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0687  pseudouridine synthase  37.5 
 
 		 246 aa  144  1e-33  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.302513  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1843  pseudouridine synthase  35.15 
 
 		 231 aa  144  1e-33  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.48228  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3909  pseudouridine synthase  37.86 
 
 		 233 aa  144  1e-33  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1808  pseudouridine synthase  35.15 
 
 		 231 aa  144  1e-33  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0418  RNA pseudouridine synthase family protein  33.47 
 
 		 242 aa  143  3e-33  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.12702  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>