More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mchl_2552 on replicon NC_011757
Organism: Methylobacterium chloromethanicum CM4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011757  Mchl_2552  pseudouridine synthase  100 
 
 		 242 aa  481  1e-135  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.975734  normal  0.0981088 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2277  pseudouridine synthase  98.35 
 
 		 242 aa  476  1e-133  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0349808 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2235  pseudouridine synthase  91.74 
 
 		 242 aa  445  1.0000000000000001e-124  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.7178  normal  0.112154 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3452  pseudouridine synthase  72.2 
 
 		 246 aa  361  7.0000000000000005e-99  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.33811  normal  0.805038 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1080  pseudouridine synthase  74.79 
 
 		 247 aa  351  5e-96  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.699986  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2105  pseudouridine synthase  71.31 
 
 		 244 aa  333  2e-90  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00908459 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2237  pseudouridine synthase  59.41 
 
 		 255 aa  285  5e-76  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.588412 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2704  pseudouridine synthase  59.07 
 
 		 245 aa  279  4e-74  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.960401  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03083  ribosomal small subunit pseudouridylate synthase  56.3 
 
 		 237 aa  244  6.999999999999999e-64  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0478  pseudouridine synthase  50.84 
 
 		 236 aa  225  5.0000000000000005e-58  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0541  ribosomal small subunit pseudouridine synthase  51.45 
 
 		 236 aa  224  1e-57  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.504782  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0451  pseudouridine synthase  56.72 
 
 		 233 aa  221  7e-57  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_2010  pseudouridine synthase, Rsu  48 
 
 		 228 aa  208  6e-53  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2175  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  47.88 
 
 		 251 aa  194  1e-48  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1833  pseudouridine synthase  47.68 
 
 		 237 aa  194  1e-48  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.498087  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3469  pseudouridine synthase, Rsu  45.49 
 
 		 241 aa  190  1e-47  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0728  RNA-binding S4 domain-containing protein  52.32 
 
 		 237 aa  181  1e-44  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.101731  normal  1 
 
 
-
 
NC_009370  OSTLU_89465  predicted protein  43.33 
 
 		 287 aa  175  7e-43  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0183  pseudouridine synthase  46.09 
 
 		 257 aa  168  7e-41  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00000206046  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1442  pseudouridine synthase  41.38 
 
 		 230 aa  167  1e-40  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.012114  normal  0.792542 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1626  pseudouridine synthase  40.91 
 
 		 249 aa  166  2.9999999999999998e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.126651  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1220  pseudouridine synthase  37.39 
 
 		 233 aa  165  6.9999999999999995e-40  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0704  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  43.7 
 
 		 251 aa  160  1e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0379  pseudouridine synthase  36.82 
 
 		 241 aa  160  1e-38  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2744  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  41.08 
 
 		 238 aa  159  3e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1103  pseudouridine synthase  39.92 
 
 		 245 aa  158  7e-38  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0916  pseudouridine synthase  40.83 
 
 		 236 aa  158  8e-38  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.952694 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0375  pseudouridine synthase  37.24 
 
 		 241 aa  157  1e-37  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3042  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  41.42 
 
 		 233 aa  157  2e-37  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.412823  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1808  pseudouridine synthase  35.86 
 
 		 231 aa  156  3e-37  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1843  pseudouridine synthase  35.86 
 
 		 231 aa  156  3e-37  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.48228  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0674  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A protein  40.93 
 
 		 252 aa  154  9e-37  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4185  pseudouridine synthase  40.56 
 
 		 241 aa  154  9e-37  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1241  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  38.08 
 
 		 231 aa  154  1e-36  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000134561  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1183  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  39.52 
 
 		 245 aa  154  1e-36  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.471915 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0736  pseudouridine synthase  44.73 
 
 		 245 aa  152  2.9999999999999998e-36  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.00000262919  decreased coverage  0.00132516 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2614  pseudouridine synthase, Rsu  42.44 
 
 		 230 aa  152  2.9999999999999998e-36  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.736823 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1436  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  36.76 
 
 		 253 aa  153  2.9999999999999998e-36  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.822164  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0779  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  41.77 
 
 		 240 aa  152  4e-36  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.549423  normal  0.590405 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2976  pseudouridine synthase, Rsu  38.96 
 
 		 247 aa  152  5e-36  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.751101  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0618  pseudouridine synthase  41.15 
 
 		 248 aa  151  1e-35  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.599646  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2786  pseudouridine synthase  38.17 
 
 		 244 aa  150  1e-35  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.103748  hitchhiker  0.00337231 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0675  pseudouridine synthase  39.92 
 
 		 248 aa  150  2e-35  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0418  RNA pseudouridine synthase family protein  37.39 
 
 		 242 aa  149  3e-35  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.12702  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4818  RNA pseudouridine synthase family protein  37.39 
 
 		 242 aa  149  4e-35  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4848  RNA pseudouridylate synthase family protein  36.97 
 
 		 242 aa  149  5e-35  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4438  pseudouridylate synthase (ribosomal small subunit pseudouridine synthase A)  36.97 
 
 		 242 aa  149  5e-35  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4841  RNA pseudouridine synthase family protein  36.97 
 
 		 242 aa  149  5e-35  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.490184  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4958  RNA pseudouridine synthase family protein  36.97 
 
 		 242 aa  148  7e-35  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3369  pseudouridine synthase  37.39 
 
 		 242 aa  147  1.0000000000000001e-34  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3602  pseudouridine synthase  38.08 
 
 		 231 aa  148  1.0000000000000001e-34  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4456  pseudouridylate synthase (pseudouridine synthase)  36.97 
 
 		 242 aa  147  2.0000000000000003e-34  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0832  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  37.76 
 
 		 261 aa  146  2.0000000000000003e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.190821  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4823  RNA pseudouridine synthase family protein  36.97 
 
 		 242 aa  147  2.0000000000000003e-34  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0775  16S rRNA pseudouridylate synthase A  39.58 
 
 		 231 aa  145  4.0000000000000006e-34  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.329505  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02113  16S rRNA pseudouridylate 516 synthase  39.58 
 
 		 231 aa  145  5e-34  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.09778  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1474  pseudouridine synthase  39.58 
 
 		 231 aa  145  5e-34  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000156324  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2321  16S rRNA pseudouridylate synthase A  39.58 
 
 		 231 aa  145  5e-34  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.170949  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02072  hypothetical protein  39.58 
 
 		 231 aa  145  5e-34  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.114044  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1464  16S rRNA pseudouridylate synthase A  39.58 
 
 		 231 aa  145  5e-34  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00167101  normal  0.759434 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2481  16S rRNA pseudouridylate synthase A  39.58 
 
 		 231 aa  145  5e-34  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0457418  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3321  16S rRNA pseudouridylate synthase A  39.58 
 
 		 231 aa  145  5e-34  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0340688  normal  0.608364 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2332  16S rRNA pseudouridylate synthase A  39.58 
 
 		 231 aa  145  5e-34  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0531797  normal  0.0465983 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1807  pseudouridine synthase  34.98 
 
 		 240 aa  145  6e-34  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4537  pseudouridine synthase  36.13 
 
 		 242 aa  145  7.0000000000000006e-34  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1800  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  38.17 
 
 		 239 aa  144  9e-34  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000268682 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0566  pseudouridine synthase  40.33 
 
 		 248 aa  144  1e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.472226  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0795  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  38.59 
 
 		 252 aa  144  1e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0135  pseudouridine synthase  38.75 
 
 		 245 aa  144  1e-33  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.911961  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2588  pseudouridine synthase  39.18 
 
 		 245 aa  144  1e-33  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0996  pseudouridine synthase  40.76 
 
 		 247 aa  143  2e-33  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2546  16S pseudouridylate synthase  34.85 
 
 		 239 aa  143  2e-33  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2249  16S pseudouridylate synthase  34.85 
 
 		 239 aa  144  2e-33  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2758  pseudouridine synthase  37.92 
 
 		 240 aa  143  2e-33  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2438  16S rRNA pseudouridylate synthase A  39.57 
 
 		 232 aa  142  4e-33  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.157492  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0016  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  40.51 
 
 		 235 aa  142  5e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.162823 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1919  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  34.96 
 
 		 242 aa  142  6e-33  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000207089  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3135  pseudouridine synthase  37.92 
 
 		 236 aa  142  6e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3178  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  38.4 
 
 		 235 aa  142  6e-33  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.021025  normal  0.1902 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3527  pseudouridine synthase  34.6 
 
 		 230 aa  142  6e-33  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0423129  hitchhiker  0.000538559 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0955  pseudouridine synthase, Rsu  38.91 
 
 		 237 aa  141  7e-33  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.256039  normal  0.742007 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1099  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  38.91 
 
 		 237 aa  141  7e-33  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2534  pseudouridine synthase, Rsu  38.84 
 
 		 238 aa  141  7e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2171  pseudouridine synthase  35.44 
 
 		 245 aa  141  9.999999999999999e-33  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000100732  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2405  pseudouridine synthase  38.43 
 
 		 238 aa  140  9.999999999999999e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.533648  normal  0.354425 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5819  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  37.55 
 
 		 238 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0781511 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3265  putative ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  37.97 
 
 		 232 aa  140  1.9999999999999998e-32  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.777332  normal  0.943696 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1950  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  41.49 
 
 		 232 aa  140  1.9999999999999998e-32  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.588471  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0760  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  37.97 
 
 		 235 aa  140  1.9999999999999998e-32  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000225375  normal  0.539293 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1049  pseudouridine synthase  39.58 
 
 		 236 aa  140  3e-32  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2793  16S rRNA pseudouridylate synthase A  39.08 
 
 		 235 aa  140  3e-32  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.863598  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2718  16S rRNA pseudouridylate synthase A  39.08 
 
 		 235 aa  140  3e-32  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00684404  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02655  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  35.56 
 
 		 233 aa  140  3e-32  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1490  16S rRNA pseudouridylate synthase A  39.08 
 
 		 235 aa  139  3.9999999999999997e-32  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.708247  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003781  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  35.83 
 
 		 233 aa  139  3.9999999999999997e-32  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000000946261  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2352  16S rRNA pseudouridylate synthase A  37.82 
 
 		 232 aa  138  7e-32  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0273  RNA pseudouridine synthase family protein  37.13 
 
 		 240 aa  138  7.999999999999999e-32  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0216712  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0993  RNA pseudouridine synthase family protein  37.13 
 
 		 240 aa  138  7.999999999999999e-32  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0275653  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1000  RNA pseudouridine synthase family protein  37.13 
 
 		 240 aa  138  7.999999999999999e-32  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1964  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  37.13 
 
 		 240 aa  138  7.999999999999999e-32  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.329965  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>