More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Caul_2704 on replicon NC_010338
Organism: Caulobacter sp. K31



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010338  Caul_2704  pseudouridine synthase  100 
 
 		 245 aa  487  1e-137  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.960401  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2105  pseudouridine synthase  62.96 
 
 		 244 aa  317  9e-86  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00908459 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1080  pseudouridine synthase  62.7 
 
 		 247 aa  304  8.000000000000001e-82  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.699986  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3452  pseudouridine synthase  60.49 
 
 		 246 aa  299  2e-80  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.33811  normal  0.805038 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2235  pseudouridine synthase  61.02 
 
 		 242 aa  285  5e-76  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.7178  normal  0.112154 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2277  pseudouridine synthase  59.07 
 
 		 242 aa  280  2e-74  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0349808 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2552  pseudouridine synthase  59.07 
 
 		 242 aa  279  4e-74  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.975734  normal  0.0981088 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2237  pseudouridine synthase  56.54 
 
 		 255 aa  270  1e-71  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.588412 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03083  ribosomal small subunit pseudouridylate synthase  54.24 
 
 		 237 aa  233  3e-60  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0478  pseudouridine synthase  51.27 
 
 		 236 aa  230  2e-59  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0541  ribosomal small subunit pseudouridine synthase  50.63 
 
 		 236 aa  227  1e-58  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.504782  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0451  pseudouridine synthase  53.39 
 
 		 233 aa  213  2.9999999999999995e-54  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2175  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  48.92 
 
 		 251 aa  210  2e-53  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1833  pseudouridine synthase  48.92 
 
 		 237 aa  210  2e-53  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.498087  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3469  pseudouridine synthase, Rsu  46.09 
 
 		 241 aa  208  7e-53  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0728  RNA-binding S4 domain-containing protein  56.49 
 
 		 237 aa  205  4e-52  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.101731  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_2010  pseudouridine synthase, Rsu  45.65 
 
 		 228 aa  204  9e-52  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1442  pseudouridine synthase  46.22 
 
 		 230 aa  184  9e-46  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.012114  normal  0.792542 
 
 
-
 
NC_009370  OSTLU_89465  predicted protein  44.02 
 
 		 287 aa  181  8.000000000000001e-45  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1241  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  43.7 
 
 		 231 aa  180  2e-44  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000134561  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2975  pseudouridine synthase  44.35 
 
 		 230 aa  176  2e-43  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0220169  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1220  pseudouridine synthase  39.24 
 
 		 233 aa  175  8e-43  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2352  16S rRNA pseudouridylate synthase A  43.93 
 
 		 232 aa  170  2e-41  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2438  16S rRNA pseudouridylate synthase A  44.59 
 
 		 232 aa  169  3e-41  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.157492  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2976  pseudouridine synthase, Rsu  40.42 
 
 		 247 aa  169  4e-41  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.751101  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0736  pseudouridine synthase  45.12 
 
 		 245 aa  167  1e-40  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.00000262919  decreased coverage  0.00132516 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4958  RNA pseudouridine synthase family protein  41.77 
 
 		 242 aa  167  1e-40  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4848  RNA pseudouridylate synthase family protein  41.77 
 
 		 242 aa  167  2e-40  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4438  pseudouridylate synthase (ribosomal small subunit pseudouridine synthase A)  41.77 
 
 		 242 aa  167  2e-40  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4841  RNA pseudouridine synthase family protein  41.77 
 
 		 242 aa  167  2e-40  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.490184  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2018  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A (16S pseudouridine 516 synthase)  41 
 
 		 234 aa  167  2e-40  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.136483  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0832  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  41.2 
 
 		 261 aa  167  2e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.190821  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0566  pseudouridine synthase  42.13 
 
 		 248 aa  166  2.9999999999999998e-40  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.472226  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2546  16S pseudouridylate synthase  38.68 
 
 		 239 aa  166  2.9999999999999998e-40  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3178  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  40.25 
 
 		 235 aa  166  2.9999999999999998e-40  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.021025  normal  0.1902 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4818  RNA pseudouridine synthase family protein  42.19 
 
 		 242 aa  166  2.9999999999999998e-40  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4456  pseudouridylate synthase (pseudouridine synthase)  41.77 
 
 		 242 aa  166  4e-40  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2249  16S pseudouridylate synthase  38.27 
 
 		 239 aa  166  4e-40  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2614  pseudouridine synthase, Rsu  43.1 
 
 		 230 aa  166  4e-40  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.736823 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2512  pseudouridine synthase  42.02 
 
 		 249 aa  165  5e-40  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.879227  normal  0.660799 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0418  RNA pseudouridine synthase family protein  42.19 
 
 		 242 aa  165  5e-40  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.12702  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4537  pseudouridine synthase  41.77 
 
 		 242 aa  165  5e-40  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4823  RNA pseudouridine synthase family protein  41.7 
 
 		 242 aa  165  5.9999999999999996e-40  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2718  16S rRNA pseudouridylate synthase A  43.04 
 
 		 235 aa  165  6.9999999999999995e-40  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00684404  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2793  16S rRNA pseudouridylate synthase A  43.04 
 
 		 235 aa  165  6.9999999999999995e-40  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.863598  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0955  pseudouridine synthase, Rsu  39.75 
 
 		 237 aa  164  9e-40  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.256039  normal  0.742007 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1099  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  39.75 
 
 		 237 aa  164  9e-40  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3135  pseudouridine synthase  42.98 
 
 		 236 aa  164  9e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1626  pseudouridine synthase  41.15 
 
 		 249 aa  164  9e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.126651  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3730  pseudouridine synthase  41.53 
 
 		 230 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.754242  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1103  pseudouridine synthase  41.08 
 
 		 245 aa  163  2.0000000000000002e-39  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1490  16S rRNA pseudouridylate synthase A  42.62 
 
 		 235 aa  163  2.0000000000000002e-39  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.708247  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3369  pseudouridine synthase  41.35 
 
 		 242 aa  163  2.0000000000000002e-39  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2786  pseudouridine synthase  42.74 
 
 		 244 aa  163  2.0000000000000002e-39  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.103748  hitchhiker  0.00337231 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2758  pseudouridine synthase  41.18 
 
 		 240 aa  163  3e-39  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3602  pseudouridine synthase  41.6 
 
 		 231 aa  163  3e-39  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02113  16S rRNA pseudouridylate 516 synthase  42.26 
 
 		 231 aa  162  4.0000000000000004e-39  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.09778  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1474  pseudouridine synthase  42.26 
 
 		 231 aa  162  4.0000000000000004e-39  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000156324  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02072  hypothetical protein  42.26 
 
 		 231 aa  162  4.0000000000000004e-39  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.114044  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2321  16S rRNA pseudouridylate synthase A  42.26 
 
 		 231 aa  162  4.0000000000000004e-39  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.170949  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1464  16S rRNA pseudouridylate synthase A  42.26 
 
 		 231 aa  162  4.0000000000000004e-39  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00167101  normal  0.759434 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3321  16S rRNA pseudouridylate synthase A  42.26 
 
 		 231 aa  162  4.0000000000000004e-39  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0340688  normal  0.608364 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2481  16S rRNA pseudouridylate synthase A  42.26 
 
 		 231 aa  162  4.0000000000000004e-39  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0457418  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2332  16S rRNA pseudouridylate synthase A  42.26 
 
 		 231 aa  162  4.0000000000000004e-39  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0531797  normal  0.0465983 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0775  16S rRNA pseudouridylate synthase A  42.26 
 
 		 231 aa  162  5.0000000000000005e-39  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.329505  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3527  pseudouridine synthase  39.66 
 
 		 230 aa  162  6e-39  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0423129  hitchhiker  0.000538559 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0788  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  39.83 
 
 		 235 aa  161  1e-38  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0198055  normal  0.495021 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1183  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  41.08 
 
 		 245 aa  161  1e-38  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.471915 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1964  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  42.29 
 
 		 240 aa  160  2e-38  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.329965  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1910  16S rRNA pseudouridylate synthase A  41 
 
 		 231 aa  160  2e-38  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.800741  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1153  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  42.29 
 
 		 240 aa  160  2e-38  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.311122  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1919  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  37.65 
 
 		 242 aa  160  2e-38  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000207089  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2744  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  39.42 
 
 		 238 aa  160  2e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1000  RNA pseudouridine synthase family protein  42.29 
 
 		 240 aa  160  2e-38  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0875  RNA pseudouridine synthase family protein  42.29 
 
 		 240 aa  160  2e-38  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.066222  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0993  RNA pseudouridine synthase family protein  42.29 
 
 		 240 aa  160  2e-38  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0275653  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1807  pseudouridine synthase  37.87 
 
 		 240 aa  160  2e-38  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0273  RNA pseudouridine synthase family protein  42.29 
 
 		 240 aa  160  2e-38  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0216712  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0950  RNA pseudouridine synthase family protein  42.29 
 
 		 240 aa  160  2e-38  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0779  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  42.61 
 
 		 240 aa  159  3e-38  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.549423  normal  0.590405 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0795  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  41.85 
 
 		 252 aa  159  3e-38  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0618  pseudouridine synthase  41.28 
 
 		 248 aa  159  4e-38  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.599646  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2371  16S rRNA pseudouridylate synthase A  42.74 
 
 		 231 aa  158  6e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000147517  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2573  16S rRNA pseudouridylate synthase A  42.74 
 
 		 231 aa  158  6e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.750523  hitchhiker  0.00365879 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2462  16S rRNA pseudouridylate synthase A  42.74 
 
 		 231 aa  158  6e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.983555 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2416  16S rRNA pseudouridylate synthase A  42.74 
 
 		 231 aa  158  6e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0365053  normal  0.123384 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0379  pseudouridine synthase  39.21 
 
 		 241 aa  158  8e-38  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2534  pseudouridine synthase, Rsu  41.77 
 
 		 238 aa  158  8e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0675  pseudouridine synthase  41.6 
 
 		 248 aa  158  1e-37  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2459  16S rRNA pseudouridylate synthase A  42.32 
 
 		 231 aa  157  1e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.8368  hitchhiker  0.0000353867 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0916  pseudouridine synthase  38.24 
 
 		 236 aa  157  2e-37  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.952694 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1800  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  39.17 
 
 		 239 aa  157  2e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000268682 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4185  pseudouridine synthase  38.02 
 
 		 241 aa  156  2e-37  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0016  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  40.26 
 
 		 235 aa  156  3e-37  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.162823 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003781  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  37.76 
 
 		 233 aa  156  3e-37  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000000946261  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0599  pseudouridine synthase  40.43 
 
 		 234 aa  156  3e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.634586  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02655  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  39.83 
 
 		 233 aa  155  4e-37  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2171  pseudouridine synthase  37.97 
 
 		 245 aa  155  4e-37  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000100732  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0760  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  39.41 
 
 		 235 aa  156  4e-37  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000225375  normal  0.539293 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0792  pseudouridine synthase  39.83 
 
 		 229 aa  155  6e-37  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.305614  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>