More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_3178 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008321  Shewmr4_3178  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  100 
 
 		 235 aa  476  1e-133  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.021025  normal  0.1902 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0788  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  98.3 
 
 		 235 aa  469  1.0000000000000001e-131  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0198055  normal  0.495021 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0760  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  93.19 
 
 		 235 aa  448  1e-125  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000225375  normal  0.539293 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3555  pseudouridine synthase  87.23 
 
 		 250 aa  421  1e-117  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.114028  hitchhiker  0.00457022 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3623  pseudouridine synthase  86.38 
 
 		 246 aa  419  1e-116  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3746  pseudouridine synthase  86.38 
 
 		 256 aa  420  1e-116  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.43387 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0792  pseudouridine synthase  87.77 
 
 		 229 aa  414  9.999999999999999e-116  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.305614  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0687  pseudouridine synthase  85.96 
 
 		 246 aa  416  9.999999999999999e-116  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.302513  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0843  pseudouridine synthase, Rsu  76.86 
 
 		 229 aa  372  1e-102  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.0000223089  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1090  pseudouridine synthase, Rsu  75.55 
 
 		 229 aa  359  2e-98  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000837656  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3507  pseudouridine synthase  70.94 
 
 		 256 aa  350  1e-95  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0107621  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2975  pseudouridine synthase  72.49 
 
 		 230 aa  347  7e-95  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0220169  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3730  pseudouridine synthase  72.05 
 
 		 230 aa  347  1e-94  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.754242  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3176  pseudouridine synthase  69.87 
 
 		 230 aa  334  5.999999999999999e-91  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000150331  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2614  pseudouridine synthase, Rsu  66.81 
 
 		 230 aa  327  9e-89  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.736823 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3527  pseudouridine synthase  58.95 
 
 		 230 aa  294  8e-79  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0423129  hitchhiker  0.000538559 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02113  16S rRNA pseudouridylate 516 synthase  57.83 
 
 		 231 aa  264  7e-70  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.09778  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1474  pseudouridine synthase  57.83 
 
 		 231 aa  264  7e-70  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000156324  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2321  16S rRNA pseudouridylate synthase A  57.83 
 
 		 231 aa  264  7e-70  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.170949  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02072  hypothetical protein  57.83 
 
 		 231 aa  264  7e-70  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.114044  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1464  16S rRNA pseudouridylate synthase A  57.83 
 
 		 231 aa  264  7e-70  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00167101  normal  0.759434 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3321  16S rRNA pseudouridylate synthase A  57.83 
 
 		 231 aa  264  7e-70  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0340688  normal  0.608364 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2481  16S rRNA pseudouridylate synthase A  57.83 
 
 		 231 aa  264  7e-70  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0457418  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2332  16S rRNA pseudouridylate synthase A  57.83 
 
 		 231 aa  264  7e-70  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0531797  normal  0.0465983 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0775  16S rRNA pseudouridylate synthase A  57.83 
 
 		 231 aa  264  8.999999999999999e-70  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.329505  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2718  16S rRNA pseudouridylate synthase A  56.52 
 
 		 235 aa  259  2e-68  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00684404  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2416  16S rRNA pseudouridylate synthase A  56.52 
 
 		 231 aa  259  2e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0365053  normal  0.123384 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2462  16S rRNA pseudouridylate synthase A  56.52 
 
 		 231 aa  259  2e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.983555 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2573  16S rRNA pseudouridylate synthase A  56.52 
 
 		 231 aa  259  2e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.750523  hitchhiker  0.00365879 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2793  16S rRNA pseudouridylate synthase A  56.52 
 
 		 235 aa  259  2e-68  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.863598  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2371  16S rRNA pseudouridylate synthase A  56.52 
 
 		 231 aa  259  2e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000147517  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1490  16S rRNA pseudouridylate synthase A  56.52 
 
 		 235 aa  259  4e-68  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.708247  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2459  16S rRNA pseudouridylate synthase A  56.09 
 
 		 231 aa  258  5.0000000000000005e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.8368  hitchhiker  0.0000353867 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2779  16S rRNA pseudouridylate synthase A  56.52 
 
 		 235 aa  258  7e-68  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.480199  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2136  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  55.14 
 
 		 243 aa  257  1e-67  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1910  16S rRNA pseudouridylate synthase A  54.78 
 
 		 231 aa  254  9e-67  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.800741  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1639  16S rRNA pseudouridylate synthase A  55.65 
 
 		 231 aa  254  9e-67  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2352  16S rRNA pseudouridylate synthase A  54.35 
 
 		 232 aa  254  9e-67  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1893  pseudouridine synthase  54.08 
 
 		 238 aa  252  4.0000000000000004e-66  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1950  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  56.9 
 
 		 232 aa  251  6e-66  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.588471  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2562  pseudouridine synthase, Rsu  51.97 
 
 		 229 aa  251  7e-66  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3252  16S rRNA pseudouridylate synthase A  55.65 
 
 		 237 aa  249  3e-65  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.274461 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1241  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  55.02 
 
 		 231 aa  244  6.999999999999999e-64  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000134561  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3265  putative ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  52.84 
 
 		 232 aa  244  9e-64  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.777332  normal  0.943696 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2438  16S rRNA pseudouridylate synthase A  53.91 
 
 		 232 aa  243  1.9999999999999999e-63  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.157492  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3214  pseudouridine synthase  51.93 
 
 		 239 aa  241  7e-63  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02655  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  55.84 
 
 		 233 aa  238  5e-62  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0424  pseudouridine synthase  53.22 
 
 		 233 aa  235  5.0000000000000005e-61  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3909  pseudouridine synthase  51.93 
 
 		 233 aa  234  9e-61  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4032  pseudouridine synthase  52.36 
 
 		 233 aa  233  1.0000000000000001e-60  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3836  pseudouridine synthase  52.79 
 
 		 233 aa  233  2.0000000000000002e-60  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003781  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  54.55 
 
 		 233 aa  232  3e-60  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000000946261  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2018  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A (16S pseudouridine 516 synthase)  50.22 
 
 		 234 aa  230  2e-59  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.136483  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3411  pseudouridine synthase  47.9 
 
 		 239 aa  219  3e-56  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1389  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  48.47 
 
 		 229 aa  217  2e-55  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.31939  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0793  pseudouridine synthase, Rsu  47.01 
 
 		 233 aa  216  2.9999999999999998e-55  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0689585  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1919  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  43.15 
 
 		 242 aa  207  8e-53  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000207089  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3602  pseudouridine synthase  46.29 
 
 		 231 aa  207  1e-52  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0916  pseudouridine synthase  42.67 
 
 		 236 aa  200  1.9999999999999998e-50  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.952694 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2876  pseudouridine synthase, Rsu  43.04 
 
 		 234 aa  198  7e-50  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0889  pseudouridine synthase  41.92 
 
 		 234 aa  193  1e-48  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4402  pseudouridine synthase  45.89 
 
 		 230 aa  191  6e-48  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.53311  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4790  putative pseudouridylate synthase  44.59 
 
 		 230 aa  191  8e-48  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.945125  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54800  putative pseudouridylate synthase  45.45 
 
 		 230 aa  189  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000413274  hitchhiker  0.000000000000196922 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0996  pseudouridine synthase  42.17 
 
 		 247 aa  189  2.9999999999999997e-47  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0031  pseudouridine synthase, Rsu  45.53 
 
 		 234 aa  189  4e-47  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  unclonable  0.00000138708  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0024  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  45.11 
 
 		 239 aa  187  1e-46  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0145109  normal  0.0845626 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1115  pseudouridine synthase  42.67 
 
 		 256 aa  187  1e-46  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.288715  hitchhiker  0.0098701 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4313  pseudouridine synthase  45.02 
 
 		 232 aa  186  3e-46  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.141512  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1013  pseudouridine synthase  42.24 
 
 		 256 aa  185  4e-46  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.163733  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3276  pseudouridine synthase  42.24 
 
 		 235 aa  186  4e-46  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.471385  normal  0.11353 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1355  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  42.61 
 
 		 230 aa  185  5e-46  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.440564 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1082  pseudouridine synthase  42.24 
 
 		 256 aa  184  7e-46  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0607342  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1421  pseudouridine synthase  48.02 
 
 		 229 aa  184  1.0000000000000001e-45  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.722777 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1049  pseudouridine synthase  40.61 
 
 		 236 aa  184  1.0000000000000001e-45  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3981  pseudouridine synthase, Rsu  43.67 
 
 		 230 aa  183  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1050  pseudouridine synthase  43.91 
 
 		 233 aa  183  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.143385  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1019  pseudouridine synthase  42.24 
 
 		 236 aa  183  2.0000000000000003e-45  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0036  pseudouridine synthase  45.11 
 
 		 234 aa  179  2e-44  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  unclonable  0.0000000000127048  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2997  pseudouridine synthase, Rsu  40.79 
 
 		 241 aa  179  2e-44  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000190948  normal  0.168091 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3175  pseudouridine synthase, Rsu  40.52 
 
 		 241 aa  180  2e-44  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.974586  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3078  pseudouridine synthase, Rsu  40.79 
 
 		 241 aa  179  2.9999999999999997e-44  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0152798  normal  0.772446 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4247  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  41.63 
 
 		 230 aa  176  4e-43  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.693259  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1335  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  41.85 
 
 		 230 aa  174  8e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4413  putative ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  38.36 
 
 		 240 aa  173  1.9999999999999998e-42  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0911  pseudouridine synthase, Rsu  39.06 
 
 		 237 aa  170  2e-41  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.000299595  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2704  pseudouridine synthase  40.25 
 
 		 245 aa  166  2.9999999999999998e-40  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.960401  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0736  pseudouridine synthase  43.56 
 
 		 245 aa  163  2.0000000000000002e-39  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.00000262919  decreased coverage  0.00132516 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2908  pseudouridine synthase  40.43 
 
 		 230 aa  162  3e-39  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.114904  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2744  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  40.61 
 
 		 238 aa  162  5.0000000000000005e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1220  pseudouridine synthase  42.54 
 
 		 233 aa  160  1e-38  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1494  pseudouridine synthase  41.48 
 
 		 232 aa  160  2e-38  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1626  pseudouridine synthase  41.59 
 
 		 249 aa  159  3e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.126651  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2374  pseudouridine synthase  42.92 
 
 		 233 aa  159  4e-38  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_13500  Pseudouridine synthase, Rsu A  41.74 
 
 		 230 aa  159  5e-38  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2785  pseudouridine synthase, Rsu  37.95 
 
 		 251 aa  159  5e-38  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.50538 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1808  pseudouridine synthase  38.89 
 
 		 231 aa  158  8e-38  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1843  pseudouridine synthase  38.89 
 
 		 231 aa  158  8e-38  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.48228  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0566  pseudouridine synthase  40.83 
 
 		 248 aa  157  1e-37  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.472226  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1312  pseudouridine synthase family 1 protein  38.16 
 
 		 230 aa  156  3e-37  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0766504  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>