More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_1090 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007954  Sden_1090  pseudouridine synthase, Rsu  100 
 
 		 229 aa  469  1.0000000000000001e-131  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000837656  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0792  pseudouridine synthase  75.55 
 
 		 229 aa  370  1e-101  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.305614  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3555  pseudouridine synthase  75.55 
 
 		 250 aa  363  1e-100  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.114028  hitchhiker  0.00457022 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0843  pseudouridine synthase, Rsu  75.55 
 
 		 229 aa  366  1e-100  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.0000223089  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0760  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  76.86 
 
 		 235 aa  364  1e-100  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000225375  normal  0.539293 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3623  pseudouridine synthase  75.11 
 
 		 246 aa  362  2e-99  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3746  pseudouridine synthase  75.11 
 
 		 256 aa  363  2e-99  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.43387 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0687  pseudouridine synthase  74.67 
 
 		 246 aa  362  3e-99  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.302513  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0788  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  75.98 
 
 		 235 aa  361  4e-99  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0198055  normal  0.495021 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3178  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  75.55 
 
 		 235 aa  359  2e-98  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.021025  normal  0.1902 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3730  pseudouridine synthase  72.93 
 
 		 230 aa  350  8e-96  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.754242  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3507  pseudouridine synthase  72.05 
 
 		 256 aa  346  2e-94  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0107621  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3176  pseudouridine synthase  70.31 
 
 		 230 aa  340  1e-92  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000150331  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2975  pseudouridine synthase  68.56 
 
 		 230 aa  338  4e-92  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0220169  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2614  pseudouridine synthase, Rsu  68.12 
 
 		 230 aa  329  2e-89  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.736823 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3527  pseudouridine synthase  54.15 
 
 		 230 aa  273  1.0000000000000001e-72  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0423129  hitchhiker  0.000538559 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1950  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  57.33 
 
 		 232 aa  261  8e-69  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.588471  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2562  pseudouridine synthase, Rsu  50.22 
 
 		 229 aa  244  8e-64  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1639  16S rRNA pseudouridylate synthase A  54.35 
 
 		 231 aa  244  9.999999999999999e-64  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1910  16S rRNA pseudouridylate synthase A  52.61 
 
 		 231 aa  241  7e-63  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.800741  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2352  16S rRNA pseudouridylate synthase A  53.48 
 
 		 232 aa  241  7e-63  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1893  pseudouridine synthase  50.64 
 
 		 238 aa  241  1e-62  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2462  16S rRNA pseudouridylate synthase A  53.04 
 
 		 231 aa  241  1e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.983555 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2573  16S rRNA pseudouridylate synthase A  53.04 
 
 		 231 aa  241  1e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.750523  hitchhiker  0.00365879 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2416  16S rRNA pseudouridylate synthase A  53.04 
 
 		 231 aa  241  1e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0365053  normal  0.123384 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2371  16S rRNA pseudouridylate synthase A  53.04 
 
 		 231 aa  241  1e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000147517  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2793  16S rRNA pseudouridylate synthase A  52.61 
 
 		 235 aa  239  2e-62  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.863598  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2779  16S rRNA pseudouridylate synthase A  53.04 
 
 		 235 aa  239  2e-62  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.480199  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2718  16S rRNA pseudouridylate synthase A  52.61 
 
 		 235 aa  239  2e-62  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00684404  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1490  16S rRNA pseudouridylate synthase A  52.61 
 
 		 235 aa  239  2e-62  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.708247  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02113  16S rRNA pseudouridylate 516 synthase  53.04 
 
 		 231 aa  239  2.9999999999999997e-62  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.09778  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1474  pseudouridine synthase  53.04 
 
 		 231 aa  239  2.9999999999999997e-62  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000156324  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2459  16S rRNA pseudouridylate synthase A  52.61 
 
 		 231 aa  239  2.9999999999999997e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.8368  hitchhiker  0.0000353867 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2321  16S rRNA pseudouridylate synthase A  53.04 
 
 		 231 aa  239  2.9999999999999997e-62  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.170949  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2481  16S rRNA pseudouridylate synthase A  53.04 
 
 		 231 aa  239  2.9999999999999997e-62  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0457418  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1464  16S rRNA pseudouridylate synthase A  53.04 
 
 		 231 aa  239  2.9999999999999997e-62  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00167101  normal  0.759434 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02072  hypothetical protein  53.04 
 
 		 231 aa  239  2.9999999999999997e-62  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.114044  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3321  16S rRNA pseudouridylate synthase A  53.04 
 
 		 231 aa  239  2.9999999999999997e-62  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0340688  normal  0.608364 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2332  16S rRNA pseudouridylate synthase A  53.04 
 
 		 231 aa  239  2.9999999999999997e-62  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0531797  normal  0.0465983 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0775  16S rRNA pseudouridylate synthase A  53.04 
 
 		 231 aa  238  4e-62  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.329505  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2438  16S rRNA pseudouridylate synthase A  52.61 
 
 		 232 aa  238  8e-62  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.157492  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3252  16S rRNA pseudouridylate synthase A  52.61 
 
 		 237 aa  235  4e-61  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.274461 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2136  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  51.67 
 
 		 243 aa  234  6e-61  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02655  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  51.95 
 
 		 233 aa  230  2e-59  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003781  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  52.38 
 
 		 233 aa  228  4e-59  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000000946261  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1241  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  51.53 
 
 		 231 aa  227  1e-58  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000134561  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4032  pseudouridine synthase  50.64 
 
 		 233 aa  227  1e-58  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3909  pseudouridine synthase  49.36 
 
 		 233 aa  224  7e-58  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2018  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A (16S pseudouridine 516 synthase)  50.22 
 
 		 234 aa  223  2e-57  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.136483  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3265  putative ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  48.47 
 
 		 232 aa  223  2e-57  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.777332  normal  0.943696 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3214  pseudouridine synthase  47.83 
 
 		 239 aa  219  3e-56  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0424  pseudouridine synthase  49.36 
 
 		 233 aa  218  6e-56  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3836  pseudouridine synthase  48.93 
 
 		 233 aa  216  2e-55  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0793  pseudouridine synthase, Rsu  44.87 
 
 		 233 aa  213  1.9999999999999998e-54  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0689585  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1919  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  43.15 
 
 		 242 aa  207  1e-52  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000207089  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3411  pseudouridine synthase  47.06 
 
 		 239 aa  206  3e-52  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1389  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  47.16 
 
 		 229 aa  203  2e-51  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.31939  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3602  pseudouridine synthase  46.29 
 
 		 231 aa  201  7e-51  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0889  pseudouridine synthase  43.11 
 
 		 234 aa  197  1.0000000000000001e-49  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4790  putative pseudouridylate synthase  45.22 
 
 		 230 aa  196  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.945125  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0024  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  48.28 
 
 		 239 aa  194  1e-48  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0145109  normal  0.0845626 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0031  pseudouridine synthase, Rsu  48.28 
 
 		 234 aa  194  1e-48  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  unclonable  0.00000138708  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0916  pseudouridine synthase  41.23 
 
 		 236 aa  193  2e-48  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.952694 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0036  pseudouridine synthase  46.81 
 
 		 234 aa  192  5e-48  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  unclonable  0.0000000000127048  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2876  pseudouridine synthase, Rsu  42.67 
 
 		 234 aa  190  1e-47  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54800  putative pseudouridylate synthase  44.78 
 
 		 230 aa  190  1e-47  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000413274  hitchhiker  0.000000000000196922 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3981  pseudouridine synthase, Rsu  44.05 
 
 		 230 aa  188  5.999999999999999e-47  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1355  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  44.16 
 
 		 230 aa  188  8e-47  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.440564 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4402  pseudouridine synthase  43.48 
 
 		 230 aa  187  1e-46  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.53311  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4313  pseudouridine synthase  43.04 
 
 		 232 aa  186  3e-46  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.141512  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4247  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  43.61 
 
 		 230 aa  186  3e-46  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.693259  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0911  pseudouridine synthase, Rsu  41.67 
 
 		 237 aa  184  7e-46  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.000299595  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1050  pseudouridine synthase  43.91 
 
 		 233 aa  184  8e-46  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.143385  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0996  pseudouridine synthase  42.67 
 
 		 247 aa  183  2.0000000000000003e-45  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1049  pseudouridine synthase  40.89 
 
 		 236 aa  182  3e-45  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1019  pseudouridine synthase  42.54 
 
 		 236 aa  180  2e-44  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3175  pseudouridine synthase, Rsu  39.91 
 
 		 241 aa  174  9.999999999999999e-43  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.974586  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4413  putative ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  38.79 
 
 		 240 aa  172  3.9999999999999995e-42  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_13500  Pseudouridine synthase, Rsu A  43.48 
 
 		 230 aa  172  3.9999999999999995e-42  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1013  pseudouridine synthase  41.23 
 
 		 256 aa  172  5e-42  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.163733  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1421  pseudouridine synthase  43.81 
 
 		 229 aa  171  5.999999999999999e-42  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.722777 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1335  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  41.85 
 
 		 230 aa  172  5.999999999999999e-42  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3276  pseudouridine synthase  41.23 
 
 		 235 aa  171  1e-41  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.471385  normal  0.11353 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1220  pseudouridine synthase  43.42 
 
 		 233 aa  170  2e-41  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1082  pseudouridine synthase  41.23 
 
 		 256 aa  169  2e-41  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0607342  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2791  pseudouridine synthase  40.43 
 
 		 240 aa  169  3e-41  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1312  pseudouridine synthase family 1 protein  40 
 
 		 230 aa  168  5e-41  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0766504  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2785  pseudouridine synthase, Rsu  39.29 
 
 		 251 aa  168  6e-41  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.50538 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1115  pseudouridine synthase  40.79 
 
 		 256 aa  167  1e-40  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.288715  hitchhiker  0.0098701 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1494  pseudouridine synthase  40.79 
 
 		 232 aa  166  2.9999999999999998e-40  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2908  pseudouridine synthase  41.74 
 
 		 230 aa  165  4e-40  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.114904  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2997  pseudouridine synthase, Rsu  39.04 
 
 		 241 aa  166  4e-40  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000190948  normal  0.168091 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3078  pseudouridine synthase, Rsu  39.04 
 
 		 241 aa  165  5.9999999999999996e-40  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0152798  normal  0.772446 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1808  pseudouridine synthase  39.57 
 
 		 231 aa  165  6.9999999999999995e-40  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1843  pseudouridine synthase  39.57 
 
 		 231 aa  165  6.9999999999999995e-40  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.48228  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2171  pseudouridine synthase  43.1 
 
 		 245 aa  164  9e-40  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000100732  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0736  pseudouridine synthase  41.33 
 
 		 245 aa  163  2.0000000000000002e-39  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.00000262919  decreased coverage  0.00132516 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1807  pseudouridine synthase  40.52 
 
 		 240 aa  159  3e-38  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2758  pseudouridine synthase  41.28 
 
 		 240 aa  157  1e-37  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3714  pseudouridine synthase, Rsu  36.68 
 
 		 249 aa  156  3e-37  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>