More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_3714 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_3714  pseudouridine synthase, Rsu  100 
 
 		 249 aa  519  1e-146  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0889  pseudouridine synthase  55.74 
 
 		 234 aa  270  1e-71  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0996  pseudouridine synthase  55.74 
 
 		 247 aa  267  8.999999999999999e-71  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4413  putative ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  53.69 
 
 		 240 aa  261  8.999999999999999e-69  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2997  pseudouridine synthase, Rsu  52.77 
 
 		 241 aa  257  1e-67  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000190948  normal  0.168091 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3078  pseudouridine synthase, Rsu  52.77 
 
 		 241 aa  256  2e-67  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0152798  normal  0.772446 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3175  pseudouridine synthase, Rsu  51.49 
 
 		 241 aa  251  6e-66  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.974586  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1335  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  52.17 
 
 		 230 aa  247  1e-64  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1019  pseudouridine synthase  52.34 
 
 		 236 aa  247  2e-64  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1049  pseudouridine synthase  51.91 
 
 		 236 aa  244  6.999999999999999e-64  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4313  pseudouridine synthase  53.48 
 
 		 232 aa  242  3.9999999999999997e-63  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.141512  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1115  pseudouridine synthase  51.06 
 
 		 256 aa  241  1e-62  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.288715  hitchhiker  0.0098701 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3981  pseudouridine synthase, Rsu  52.17 
 
 		 230 aa  240  1e-62  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3276  pseudouridine synthase  51.49 
 
 		 235 aa  240  2e-62  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.471385  normal  0.11353 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4402  pseudouridine synthase  52.17 
 
 		 230 aa  238  6.999999999999999e-62  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.53311  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1013  pseudouridine synthase  51.06 
 
 		 256 aa  238  9e-62  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.163733  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1050  pseudouridine synthase  50.85 
 
 		 233 aa  237  1e-61  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.143385  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1082  pseudouridine synthase  51.06 
 
 		 256 aa  237  1e-61  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0607342  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0916  pseudouridine synthase  50.64 
 
 		 236 aa  237  1e-61  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.952694 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4247  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  50.43 
 
 		 230 aa  228  9e-59  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.693259  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54800  putative pseudouridylate synthase  49.79 
 
 		 230 aa  225  5.0000000000000005e-58  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000413274  hitchhiker  0.000000000000196922 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2785  pseudouridine synthase, Rsu  47.86 
 
 		 251 aa  223  3e-57  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.50538 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2876  pseudouridine synthase, Rsu  49.36 
 
 		 234 aa  222  6e-57  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4790  putative pseudouridylate synthase  49.36 
 
 		 230 aa  221  6e-57  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.945125  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0911  pseudouridine synthase, Rsu  46.38 
 
 		 237 aa  211  5.999999999999999e-54  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.000299595  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1355  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  46.52 
 
 		 230 aa  209  3e-53  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.440564 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_13500  Pseudouridine synthase, Rsu A  47.83 
 
 		 230 aa  191  1e-47  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2908  pseudouridine synthase  39.57 
 
 		 230 aa  177  2e-43  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.114904  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1639  16S rRNA pseudouridylate synthase A  40 
 
 		 231 aa  172  2.9999999999999996e-42  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2779  16S rRNA pseudouridylate synthase A  40.43 
 
 		 235 aa  172  5.999999999999999e-42  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.480199  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1910  16S rRNA pseudouridylate synthase A  38.7 
 
 		 231 aa  172  6.999999999999999e-42  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.800741  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1490  16S rRNA pseudouridylate synthase A  40 
 
 		 235 aa  171  1e-41  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.708247  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2459  16S rRNA pseudouridylate synthase A  39.74 
 
 		 231 aa  171  1e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.8368  hitchhiker  0.0000353867 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2793  16S rRNA pseudouridylate synthase A  40 
 
 		 235 aa  170  2e-41  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.863598  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2718  16S rRNA pseudouridylate synthase A  40 
 
 		 235 aa  170  2e-41  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00684404  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3252  16S rRNA pseudouridylate synthase A  40 
 
 		 237 aa  170  2e-41  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.274461 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2614  pseudouridine synthase, Rsu  38.86 
 
 		 230 aa  169  3e-41  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.736823 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2462  16S rRNA pseudouridylate synthase A  39.32 
 
 		 231 aa  168  6e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.983555 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2573  16S rRNA pseudouridylate synthase A  39.32 
 
 		 231 aa  168  6e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.750523  hitchhiker  0.00365879 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2416  16S rRNA pseudouridylate synthase A  39.32 
 
 		 231 aa  168  6e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0365053  normal  0.123384 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2371  16S rRNA pseudouridylate synthase A  39.32 
 
 		 231 aa  168  6e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000147517  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02113  16S rRNA pseudouridylate 516 synthase  40 
 
 		 231 aa  167  1e-40  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.09778  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1474  pseudouridine synthase  40 
 
 		 231 aa  167  1e-40  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000156324  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02072  hypothetical protein  40 
 
 		 231 aa  167  1e-40  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.114044  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1464  16S rRNA pseudouridylate synthase A  40 
 
 		 231 aa  167  1e-40  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00167101  normal  0.759434 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2321  16S rRNA pseudouridylate synthase A  40 
 
 		 231 aa  167  1e-40  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.170949  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2975  pseudouridine synthase  36.68 
 
 		 230 aa  167  1e-40  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0220169  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2332  16S rRNA pseudouridylate synthase A  40 
 
 		 231 aa  167  1e-40  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0531797  normal  0.0465983 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2481  16S rRNA pseudouridylate synthase A  40 
 
 		 231 aa  167  1e-40  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0457418  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3321  16S rRNA pseudouridylate synthase A  40 
 
 		 231 aa  167  1e-40  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0340688  normal  0.608364 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2352  16S rRNA pseudouridylate synthase A  38.7 
 
 		 232 aa  167  2e-40  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0775  16S rRNA pseudouridylate synthase A  40 
 
 		 231 aa  167  2e-40  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.329505  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2438  16S rRNA pseudouridylate synthase A  38.26 
 
 		 232 aa  164  8e-40  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.157492  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3265  putative ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  38.63 
 
 		 232 aa  164  1.0000000000000001e-39  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.777332  normal  0.943696 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3176  pseudouridine synthase  37.12 
 
 		 230 aa  164  1.0000000000000001e-39  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000150331  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3214  pseudouridine synthase  38.14 
 
 		 239 aa  164  1.0000000000000001e-39  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1919  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  36.51 
 
 		 242 aa  161  9e-39  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000207089  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3602  pseudouridine synthase  36.68 
 
 		 231 aa  160  2e-38  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1950  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  38.79 
 
 		 232 aa  158  9e-38  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.588471  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3730  pseudouridine synthase  37.12 
 
 		 230 aa  157  1e-37  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.754242  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3507  pseudouridine synthase  36.52 
 
 		 256 aa  157  1e-37  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0107621  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0788  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  35.19 
 
 		 235 aa  157  2e-37  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0198055  normal  0.495021 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1090  pseudouridine synthase, Rsu  36.68 
 
 		 229 aa  156  3e-37  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000837656  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0792  pseudouridine synthase  36.24 
 
 		 229 aa  156  3e-37  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.305614  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02655  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  36.8 
 
 		 233 aa  155  4e-37  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0843  pseudouridine synthase, Rsu  36.52 
 
 		 229 aa  155  4e-37  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.0000223089  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2018  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A (16S pseudouridine 516 synthase)  35.5 
 
 		 234 aa  155  4e-37  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.136483  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2791  pseudouridine synthase  39.13 
 
 		 240 aa  155  5.0000000000000005e-37  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2136  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  35.8 
 
 		 243 aa  155  7e-37  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3178  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  34.76 
 
 		 235 aa  154  2e-36  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.021025  normal  0.1902 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1893  pseudouridine synthase  33.76 
 
 		 238 aa  154  2e-36  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0760  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  34.76 
 
 		 235 aa  154  2e-36  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000225375  normal  0.539293 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003781  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  35.59 
 
 		 233 aa  152  2.9999999999999998e-36  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000000946261  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3623  pseudouridine synthase  35.62 
 
 		 246 aa  152  5e-36  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3746  pseudouridine synthase  35.62 
 
 		 256 aa  152  7e-36  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.43387 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3555  pseudouridine synthase  35.62 
 
 		 250 aa  151  8e-36  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.114028  hitchhiker  0.00457022 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0687  pseudouridine synthase  35.62 
 
 		 246 aa  150  2e-35  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.302513  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1389  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  34.5 
 
 		 229 aa  149  6e-35  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.31939  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2562  pseudouridine synthase, Rsu  35.81 
 
 		 229 aa  149  6e-35  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3909  pseudouridine synthase  35.29 
 
 		 233 aa  147  1.0000000000000001e-34  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3411  pseudouridine synthase  37.87 
 
 		 239 aa  147  1.0000000000000001e-34  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1241  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  33.62 
 
 		 231 aa  147  2.0000000000000003e-34  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000134561  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1421  pseudouridine synthase  39.3 
 
 		 229 aa  145  8.000000000000001e-34  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.722777 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3527  pseudouridine synthase  34.06 
 
 		 230 aa  144  9e-34  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0423129  hitchhiker  0.000538559 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0793  pseudouridine synthase, Rsu  35.04 
 
 		 233 aa  144  1e-33  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0689585  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4032  pseudouridine synthase  35.81 
 
 		 233 aa  144  1e-33  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0424  pseudouridine synthase  35.29 
 
 		 233 aa  144  2e-33  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1807  pseudouridine synthase  37.87 
 
 		 240 aa  143  2e-33  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3836  pseudouridine synthase  35.29 
 
 		 233 aa  143  2e-33  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1494  pseudouridine synthase  37.5 
 
 		 232 aa  142  4e-33  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0024  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  32.39 
 
 		 239 aa  142  6e-33  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0145109  normal  0.0845626 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2374  pseudouridine synthase  36.75 
 
 		 233 aa  140  1.9999999999999998e-32  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0031  pseudouridine synthase, Rsu  32.78 
 
 		 234 aa  139  3.9999999999999997e-32  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  unclonable  0.00000138708  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0036  pseudouridine synthase  32.07 
 
 		 234 aa  138  8.999999999999999e-32  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  unclonable  0.0000000000127048  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1744  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  36.13 
 
 		 243 aa  136  3.0000000000000003e-31  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00693564  normal  0.573112 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1843  pseudouridine synthase  35.47 
 
 		 231 aa  135  5e-31  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.48228  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1808  pseudouridine synthase  35.47 
 
 		 231 aa  135  5e-31  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1220  pseudouridine synthase  31.3 
 
 		 233 aa  135  8e-31  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1475  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  34.71 
 
 		 240 aa  134  9.999999999999999e-31  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  decreased coverage  0.00514925  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3219  pseudouridine synthase  34.58 
 
 		 249 aa  134  9.999999999999999e-31  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>