More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Psyc_0024 on replicon NC_007204
Organism: Psychrobacter arcticus 273-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007204  Psyc_0024  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  100 
 
 		 239 aa  489  1e-137  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0145109  normal  0.0845626 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0031  pseudouridine synthase, Rsu  99.57 
 
 		 234 aa  476  1e-133  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  unclonable  0.00000138708  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0036  pseudouridine synthase  79.91 
 
 		 234 aa  394  1e-109  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  unclonable  0.0000000000127048  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2975  pseudouridine synthase  49.14 
 
 		 230 aa  203  2e-51  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0220169  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1950  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  45.99 
 
 		 232 aa  196  4.0000000000000005e-49  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.588471  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0843  pseudouridine synthase, Rsu  47.41 
 
 		 229 aa  195  4.0000000000000005e-49  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.0000223089  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1090  pseudouridine synthase, Rsu  48.28 
 
 		 229 aa  194  1e-48  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000837656  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1910  16S rRNA pseudouridylate synthase A  44.4 
 
 		 231 aa  192  3e-48  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.800741  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1639  16S rRNA pseudouridylate synthase A  44.4 
 
 		 231 aa  190  2e-47  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3730  pseudouridine synthase  46.98 
 
 		 230 aa  189  2e-47  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.754242  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0792  pseudouridine synthase  45.57 
 
 		 229 aa  190  2e-47  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.305614  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1241  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  46.98 
 
 		 231 aa  189  2.9999999999999997e-47  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000134561  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0687  pseudouridine synthase  46.55 
 
 		 246 aa  188  5e-47  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.302513  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2614  pseudouridine synthase, Rsu  45.26 
 
 		 230 aa  187  9e-47  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.736823 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2352  16S rRNA pseudouridylate synthase A  45.69 
 
 		 232 aa  187  1e-46  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3178  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  45.11 
 
 		 235 aa  187  1e-46  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.021025  normal  0.1902 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3746  pseudouridine synthase  46.55 
 
 		 256 aa  186  3e-46  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.43387 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3623  pseudouridine synthase  46.55 
 
 		 246 aa  186  3e-46  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3555  pseudouridine synthase  46.55 
 
 		 250 aa  186  3e-46  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.114028  hitchhiker  0.00457022 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3176  pseudouridine synthase  46.12 
 
 		 230 aa  186  4e-46  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000150331  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2793  16S rRNA pseudouridylate synthase A  42.67 
 
 		 235 aa  185  6e-46  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.863598  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02655  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  45.73 
 
 		 233 aa  185  6e-46  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2718  16S rRNA pseudouridylate synthase A  42.67 
 
 		 235 aa  185  6e-46  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00684404  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0788  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  44.68 
 
 		 235 aa  184  8e-46  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0198055  normal  0.495021 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1490  16S rRNA pseudouridylate synthase A  42.67 
 
 		 235 aa  184  8e-46  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.708247  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3527  pseudouridine synthase  41.81 
 
 		 230 aa  183  2.0000000000000003e-45  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0423129  hitchhiker  0.000538559 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2416  16S rRNA pseudouridylate synthase A  42.24 
 
 		 231 aa  182  4.0000000000000006e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0365053  normal  0.123384 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2462  16S rRNA pseudouridylate synthase A  42.24 
 
 		 231 aa  182  4.0000000000000006e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.983555 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2371  16S rRNA pseudouridylate synthase A  42.24 
 
 		 231 aa  182  4.0000000000000006e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000147517  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2573  16S rRNA pseudouridylate synthase A  42.24 
 
 		 231 aa  182  4.0000000000000006e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.750523  hitchhiker  0.00365879 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2136  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  43.44 
 
 		 243 aa  181  8.000000000000001e-45  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1893  pseudouridine synthase  41.45 
 
 		 238 aa  180  1e-44  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02113  16S rRNA pseudouridylate 516 synthase  40.95 
 
 		 231 aa  180  2e-44  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.09778  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1474  pseudouridine synthase  40.95 
 
 		 231 aa  180  2e-44  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000156324  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2481  16S rRNA pseudouridylate synthase A  40.95 
 
 		 231 aa  180  2e-44  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0457418  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2332  16S rRNA pseudouridylate synthase A  40.95 
 
 		 231 aa  180  2e-44  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0531797  normal  0.0465983 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02072  hypothetical protein  40.95 
 
 		 231 aa  180  2e-44  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.114044  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1464  16S rRNA pseudouridylate synthase A  40.95 
 
 		 231 aa  180  2e-44  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00167101  normal  0.759434 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2321  16S rRNA pseudouridylate synthase A  40.95 
 
 		 231 aa  180  2e-44  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.170949  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3252  16S rRNA pseudouridylate synthase A  42.24 
 
 		 237 aa  180  2e-44  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.274461 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2459  16S rRNA pseudouridylate synthase A  42.24 
 
 		 231 aa  180  2e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.8368  hitchhiker  0.0000353867 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3321  16S rRNA pseudouridylate synthase A  40.95 
 
 		 231 aa  180  2e-44  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0340688  normal  0.608364 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0760  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  45.26 
 
 		 235 aa  180  2e-44  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000225375  normal  0.539293 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2438  16S rRNA pseudouridylate synthase A  43.53 
 
 		 232 aa  179  2.9999999999999997e-44  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.157492  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0775  16S rRNA pseudouridylate synthase A  40.52 
 
 		 231 aa  177  9e-44  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.329505  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3507  pseudouridine synthase  43.53 
 
 		 256 aa  177  2e-43  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0107621  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2779  16S rRNA pseudouridylate synthase A  40.52 
 
 		 235 aa  176  2e-43  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.480199  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003781  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  43.16 
 
 		 233 aa  176  4e-43  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000000946261  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2562  pseudouridine synthase, Rsu  41.45 
 
 		 229 aa  176  4e-43  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3265  putative ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  42.13 
 
 		 232 aa  171  1e-41  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.777332  normal  0.943696 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0424  pseudouridine synthase  42.31 
 
 		 233 aa  170  2e-41  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3909  pseudouridine synthase  41.45 
 
 		 233 aa  170  2e-41  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2018  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A (16S pseudouridine 516 synthase)  42.55 
 
 		 234 aa  169  5e-41  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.136483  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3836  pseudouridine synthase  41.88 
 
 		 233 aa  168  8e-41  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4032  pseudouridine synthase  41.45 
 
 		 233 aa  167  1e-40  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3411  pseudouridine synthase  40.93 
 
 		 239 aa  165  5e-40  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3214  pseudouridine synthase  40.17 
 
 		 239 aa  165  5.9999999999999996e-40  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3602  pseudouridine synthase  40.09 
 
 		 231 aa  163  3e-39  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1919  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  41.39 
 
 		 242 aa  162  4.0000000000000004e-39  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000207089  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0793  pseudouridine synthase, Rsu  43.64 
 
 		 233 aa  162  4.0000000000000004e-39  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0689585  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0916  pseudouridine synthase  40.08 
 
 		 236 aa  161  1e-38  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.952694 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1355  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  39.91 
 
 		 230 aa  156  3e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.440564 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1389  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  38.89 
 
 		 229 aa  156  3e-37  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.31939  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1335  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  38.43 
 
 		 230 aa  155  7e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1421  pseudouridine synthase  42.98 
 
 		 229 aa  155  7e-37  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.722777 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3042  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  39.5 
 
 		 233 aa  154  1e-36  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.412823  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4790  putative pseudouridylate synthase  38.63 
 
 		 230 aa  152  5e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.945125  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3981  pseudouridine synthase, Rsu  37.87 
 
 		 230 aa  151  7e-36  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0996  pseudouridine synthase  38.43 
 
 		 247 aa  151  8.999999999999999e-36  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4247  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  37.29 
 
 		 230 aa  150  1e-35  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.693259  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1049  pseudouridine synthase  37.6 
 
 		 236 aa  151  1e-35  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0674  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A protein  39.09 
 
 		 252 aa  150  2e-35  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54800  putative pseudouridylate synthase  38.2 
 
 		 230 aa  150  2e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000413274  hitchhiker  0.000000000000196922 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0566  pseudouridine synthase  37.61 
 
 		 248 aa  149  3e-35  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.472226  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0478  pseudouridine synthase  39.91 
 
 		 236 aa  149  4e-35  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0099  RNA-binding S4 domain-containing protein  39.74 
 
 		 245 aa  149  5e-35  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0541  ribosomal small subunit pseudouridine synthase  39.91 
 
 		 236 aa  148  6e-35  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.504782  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4413  putative ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  37.76 
 
 		 240 aa  147  1.0000000000000001e-34  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1019  pseudouridine synthase  37.19 
 
 		 236 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0618  pseudouridine synthase  37.61 
 
 		 248 aa  147  2.0000000000000003e-34  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.599646  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4402  pseudouridine synthase  37.07 
 
 		 230 aa  146  3e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.53311  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2908  pseudouridine synthase  36.8 
 
 		 230 aa  145  4.0000000000000006e-34  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.114904  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2744  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  36.75 
 
 		 238 aa  144  8.000000000000001e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0889  pseudouridine synthase  37.92 
 
 		 234 aa  143  2e-33  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1808  pseudouridine synthase  38.82 
 
 		 231 aa  142  5e-33  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1843  pseudouridine synthase  38.82 
 
 		 231 aa  142  5e-33  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.48228  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3714  pseudouridine synthase, Rsu  32.39 
 
 		 249 aa  142  6e-33  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1013  pseudouridine synthase  37.97 
 
 		 256 aa  141  8e-33  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.163733  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3276  pseudouridine synthase  37.97 
 
 		 235 aa  141  9e-33  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.471385  normal  0.11353 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3175  pseudouridine synthase, Rsu  37.6 
 
 		 241 aa  141  9e-33  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.974586  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0704  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  36.71 
 
 		 251 aa  141  9.999999999999999e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2876  pseudouridine synthase, Rsu  34.69 
 
 		 234 aa  140  1.9999999999999998e-32  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1626  pseudouridine synthase  35.25 
 
 		 249 aa  140  1.9999999999999998e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.126651  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1082  pseudouridine synthase  37.97 
 
 		 256 aa  140  1.9999999999999998e-32  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0607342  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1050  pseudouridine synthase  36.29 
 
 		 233 aa  139  3e-32  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.143385  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1115  pseudouridine synthase  36.36 
 
 		 256 aa  139  3.9999999999999997e-32  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.288715  hitchhiker  0.0098701 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2997  pseudouridine synthase, Rsu  36.36 
 
 		 241 aa  139  4.999999999999999e-32  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000190948  normal  0.168091 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3078  pseudouridine synthase, Rsu  36.67 
 
 		 241 aa  138  7.999999999999999e-32  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0152798  normal  0.772446 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0135  pseudouridine synthase  36.29 
 
 		 245 aa  137  2e-31  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.911961  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0016  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  37.34 
 
 		 235 aa  137  2e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.162823 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>