More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_1049 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010506  Swoo_1049  pseudouridine synthase  100 
 
 		 236 aa  486  1e-136  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0996  pseudouridine synthase  82.68 
 
 		 247 aa  401  1e-111  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0889  pseudouridine synthase  75 
 
 		 234 aa  362  2e-99  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0916  pseudouridine synthase  64.5 
 
 		 236 aa  315  3e-85  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.952694 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2997  pseudouridine synthase, Rsu  64.07 
 
 		 241 aa  310  2e-83  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000190948  normal  0.168091 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3078  pseudouridine synthase, Rsu  64.07 
 
 		 241 aa  309  2.9999999999999997e-83  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0152798  normal  0.772446 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3175  pseudouridine synthase, Rsu  64.5 
 
 		 241 aa  309  2.9999999999999997e-83  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.974586  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1082  pseudouridine synthase  63.64 
 
 		 256 aa  308  5.9999999999999995e-83  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0607342  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1019  pseudouridine synthase  64.07 
 
 		 236 aa  307  8e-83  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3276  pseudouridine synthase  63.2 
 
 		 235 aa  306  2.0000000000000002e-82  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.471385  normal  0.11353 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1115  pseudouridine synthase  63.2 
 
 		 256 aa  306  2.0000000000000002e-82  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.288715  hitchhiker  0.0098701 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1013  pseudouridine synthase  62.77 
 
 		 256 aa  303  2.0000000000000002e-81  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.163733  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4413  putative ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  61.28 
 
 		 240 aa  284  7e-76  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2876  pseudouridine synthase, Rsu  59.74 
 
 		 234 aa  284  8e-76  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0911  pseudouridine synthase, Rsu  59.74 
 
 		 237 aa  280  2e-74  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.000299595  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1355  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  56.19 
 
 		 230 aa  270  2e-71  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.440564 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2785  pseudouridine synthase, Rsu  54.78 
 
 		 251 aa  248  4e-65  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.50538 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3714  pseudouridine synthase, Rsu  51.91 
 
 		 249 aa  244  6e-64  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_13500  Pseudouridine synthase, Rsu A  55.07 
 
 		 230 aa  238  5.999999999999999e-62  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1050  pseudouridine synthase  53.54 
 
 		 233 aa  237  9e-62  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.143385  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4313  pseudouridine synthase  51.33 
 
 		 232 aa  234  8e-61  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.141512  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4790  putative pseudouridylate synthase  51.33 
 
 		 230 aa  233  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.945125  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3981  pseudouridine synthase, Rsu  50 
 
 		 230 aa  232  3e-60  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1335  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  50.44 
 
 		 230 aa  231  1e-59  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54800  putative pseudouridylate synthase  50 
 
 		 230 aa  231  1e-59  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000413274  hitchhiker  0.000000000000196922 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4402  pseudouridine synthase  50 
 
 		 230 aa  227  1e-58  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.53311  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4247  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  48.67 
 
 		 230 aa  225  4e-58  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.693259  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2975  pseudouridine synthase  44 
 
 		 230 aa  205  5e-52  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0220169  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3730  pseudouridine synthase  41.59 
 
 		 230 aa  188  5.999999999999999e-47  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.754242  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0792  pseudouridine synthase  42.67 
 
 		 229 aa  186  2e-46  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.305614  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2908  pseudouridine synthase  42.29 
 
 		 230 aa  185  5e-46  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.114904  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0788  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  40.61 
 
 		 235 aa  185  6e-46  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0198055  normal  0.495021 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0760  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  41.05 
 
 		 235 aa  184  7e-46  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000225375  normal  0.539293 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3178  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  40.61 
 
 		 235 aa  184  1.0000000000000001e-45  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.021025  normal  0.1902 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3746  pseudouridine synthase  41.05 
 
 		 256 aa  183  2.0000000000000003e-45  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.43387 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3623  pseudouridine synthase  41.05 
 
 		 246 aa  183  2.0000000000000003e-45  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3555  pseudouridine synthase  41.33 
 
 		 250 aa  183  2.0000000000000003e-45  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.114028  hitchhiker  0.00457022 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1090  pseudouridine synthase, Rsu  40.89 
 
 		 229 aa  182  3e-45  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000837656  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0687  pseudouridine synthase  40.61 
 
 		 246 aa  179  2.9999999999999997e-44  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.302513  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3265  putative ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  41.15 
 
 		 232 aa  179  2.9999999999999997e-44  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.777332  normal  0.943696 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2614  pseudouridine synthase, Rsu  40 
 
 		 230 aa  179  4.999999999999999e-44  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.736823 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1241  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  40.89 
 
 		 231 aa  178  5.999999999999999e-44  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000134561  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2438  16S rRNA pseudouridylate synthase A  42.04 
 
 		 232 aa  177  1e-43  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.157492  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3836  pseudouridine synthase  40.17 
 
 		 233 aa  176  2e-43  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4032  pseudouridine synthase  40.17 
 
 		 233 aa  177  2e-43  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0424  pseudouridine synthase  40.17 
 
 		 233 aa  176  4e-43  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3527  pseudouridine synthase  37.33 
 
 		 230 aa  174  8e-43  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0423129  hitchhiker  0.000538559 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3214  pseudouridine synthase  39.57 
 
 		 239 aa  174  9.999999999999999e-43  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3507  pseudouridine synthase  39.38 
 
 		 256 aa  174  9.999999999999999e-43  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0107621  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3909  pseudouridine synthase  39.74 
 
 		 233 aa  174  9.999999999999999e-43  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3176  pseudouridine synthase  40.27 
 
 		 230 aa  173  1.9999999999999998e-42  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000150331  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0843  pseudouridine synthase, Rsu  39.38 
 
 		 229 aa  171  6.999999999999999e-42  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.0000223089  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2791  pseudouridine synthase  42.73 
 
 		 240 aa  169  3e-41  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3252  16S rRNA pseudouridylate synthase A  40.27 
 
 		 237 aa  168  7e-41  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.274461 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1950  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  39.91 
 
 		 232 aa  166  2.9999999999999998e-40  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.588471  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3602  pseudouridine synthase  38.05 
 
 		 231 aa  166  2.9999999999999998e-40  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2459  16S rRNA pseudouridylate synthase A  39.82 
 
 		 231 aa  166  4e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.8368  hitchhiker  0.0000353867 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3411  pseudouridine synthase  40.17 
 
 		 239 aa  166  4e-40  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0775  16S rRNA pseudouridylate synthase A  40.71 
 
 		 231 aa  165  5e-40  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.329505  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2779  16S rRNA pseudouridylate synthase A  39.82 
 
 		 235 aa  165  6.9999999999999995e-40  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.480199  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2352  16S rRNA pseudouridylate synthase A  39.38 
 
 		 232 aa  164  9e-40  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02113  16S rRNA pseudouridylate 516 synthase  40.27 
 
 		 231 aa  163  2.0000000000000002e-39  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.09778  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1474  pseudouridine synthase  40.27 
 
 		 231 aa  163  2.0000000000000002e-39  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000156324  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02072  hypothetical protein  40.27 
 
 		 231 aa  163  2.0000000000000002e-39  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.114044  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2462  16S rRNA pseudouridylate synthase A  39.38 
 
 		 231 aa  163  2.0000000000000002e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.983555 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2332  16S rRNA pseudouridylate synthase A  40.27 
 
 		 231 aa  163  2.0000000000000002e-39  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0531797  normal  0.0465983 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3321  16S rRNA pseudouridylate synthase A  40.27 
 
 		 231 aa  163  2.0000000000000002e-39  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0340688  normal  0.608364 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2573  16S rRNA pseudouridylate synthase A  39.38 
 
 		 231 aa  163  2.0000000000000002e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.750523  hitchhiker  0.00365879 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1464  16S rRNA pseudouridylate synthase A  40.27 
 
 		 231 aa  163  2.0000000000000002e-39  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00167101  normal  0.759434 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2416  16S rRNA pseudouridylate synthase A  39.38 
 
 		 231 aa  163  2.0000000000000002e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0365053  normal  0.123384 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2321  16S rRNA pseudouridylate synthase A  40.27 
 
 		 231 aa  163  2.0000000000000002e-39  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.170949  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2371  16S rRNA pseudouridylate synthase A  39.38 
 
 		 231 aa  163  2.0000000000000002e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000147517  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2481  16S rRNA pseudouridylate synthase A  40.27 
 
 		 231 aa  163  2.0000000000000002e-39  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0457418  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2793  16S rRNA pseudouridylate synthase A  38.94 
 
 		 235 aa  162  4.0000000000000004e-39  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.863598  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2718  16S rRNA pseudouridylate synthase A  38.94 
 
 		 235 aa  162  4.0000000000000004e-39  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00684404  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2562  pseudouridine synthase, Rsu  35.22 
 
 		 229 aa  161  7e-39  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003781  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  39.21 
 
 		 233 aa  161  7e-39  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000000946261  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1490  16S rRNA pseudouridylate synthase A  38.94 
 
 		 235 aa  161  9e-39  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.708247  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02655  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  38.6 
 
 		 233 aa  160  1e-38  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1919  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  36.97 
 
 		 242 aa  160  1e-38  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000207089  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2136  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  38.08 
 
 		 243 aa  159  4e-38  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1639  16S rRNA pseudouridylate synthase A  38.5 
 
 		 231 aa  159  5e-38  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1893  pseudouridine synthase  35.65 
 
 		 238 aa  158  6e-38  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0793  pseudouridine synthase, Rsu  37.39 
 
 		 233 aa  158  9e-38  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0689585  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1910  16S rRNA pseudouridylate synthase A  38.05 
 
 		 231 aa  157  1e-37  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.800741  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3219  pseudouridine synthase  42.37 
 
 		 249 aa  155  4e-37  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3369  pseudouridine synthase  39.39 
 
 		 242 aa  155  4e-37  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1312  pseudouridine synthase family 1 protein  41.44 
 
 		 230 aa  154  1e-36  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0766504  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4537  pseudouridine synthase  39.39 
 
 		 242 aa  154  2e-36  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1389  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  34.22 
 
 		 229 aa  152  2.9999999999999998e-36  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.31939  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2018  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A (16S pseudouridine 516 synthase)  35.78 
 
 		 234 aa  152  2.9999999999999998e-36  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.136483  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1475  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  40.17 
 
 		 240 aa  152  4e-36  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  decreased coverage  0.00514925  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4818  RNA pseudouridine synthase family protein  39.39 
 
 		 242 aa  152  4e-36  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4848  RNA pseudouridylate synthase family protein  39.66 
 
 		 242 aa  152  5e-36  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4438  pseudouridylate synthase (ribosomal small subunit pseudouridine synthase A)  39.66 
 
 		 242 aa  152  5e-36  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4841  RNA pseudouridine synthase family protein  39.66 
 
 		 242 aa  152  5e-36  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.490184  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0418  RNA pseudouridine synthase family protein  39.39 
 
 		 242 aa  152  5e-36  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.12702  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4958  RNA pseudouridine synthase family protein  39.66 
 
 		 242 aa  152  5.9999999999999996e-36  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4456  pseudouridylate synthase (pseudouridine synthase)  39.66 
 
 		 242 aa  151  7e-36  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4823  RNA pseudouridine synthase family protein  39.66 
 
 		 242 aa  151  1e-35  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>