More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Spea_0889 on replicon NC_009901
Organism: Shewanella pealeana ATCC 700345



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009901  Spea_0889  pseudouridine synthase  100 
 
 		 234 aa  478  1e-134  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0996  pseudouridine synthase  78.11 
 
 		 247 aa  379  1e-104  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1049  pseudouridine synthase  75 
 
 		 236 aa  362  2e-99  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1019  pseudouridine synthase  66.67 
 
 		 236 aa  320  9.999999999999999e-87  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3175  pseudouridine synthase, Rsu  67.1 
 
 		 241 aa  318  3.9999999999999996e-86  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.974586  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2997  pseudouridine synthase, Rsu  66.23 
 
 		 241 aa  318  7e-86  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000190948  normal  0.168091 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3078  pseudouridine synthase, Rsu  66.23 
 
 		 241 aa  317  1e-85  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0152798  normal  0.772446 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3276  pseudouridine synthase  65.8 
 
 		 235 aa  314  6e-85  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.471385  normal  0.11353 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1115  pseudouridine synthase  65.37 
 
 		 256 aa  314  7e-85  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.288715  hitchhiker  0.0098701 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1013  pseudouridine synthase  65.37 
 
 		 256 aa  313  1.9999999999999998e-84  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.163733  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1082  pseudouridine synthase  65.8 
 
 		 256 aa  312  2.9999999999999996e-84  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0607342  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0916  pseudouridine synthase  66.23 
 
 		 236 aa  310  1e-83  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.952694 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2876  pseudouridine synthase, Rsu  61.37 
 
 		 234 aa  295  4e-79  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4413  putative ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  60.85 
 
 		 240 aa  286  2e-76  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3714  pseudouridine synthase, Rsu  55.74 
 
 		 249 aa  270  1e-71  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0911  pseudouridine synthase, Rsu  56.28 
 
 		 237 aa  265  2.9999999999999995e-70  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.000299595  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1355  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  55.31 
 
 		 230 aa  256  3e-67  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.440564 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3981  pseudouridine synthase, Rsu  55.31 
 
 		 230 aa  254  9e-67  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4313  pseudouridine synthase  55.31 
 
 		 232 aa  250  1e-65  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.141512  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2785  pseudouridine synthase, Rsu  55.51 
 
 		 251 aa  244  6e-64  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.50538 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4247  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  51.75 
 
 		 230 aa  239  2e-62  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.693259  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1050  pseudouridine synthase  52.21 
 
 		 233 aa  236  2e-61  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.143385  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_13500  Pseudouridine synthase, Rsu A  54.82 
 
 		 230 aa  235  5.0000000000000005e-61  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4402  pseudouridine synthase  52.65 
 
 		 230 aa  234  1.0000000000000001e-60  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.53311  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1335  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  50.88 
 
 		 230 aa  228  5e-59  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54800  putative pseudouridylate synthase  50.88 
 
 		 230 aa  226  3e-58  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000413274  hitchhiker  0.000000000000196922 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4790  putative pseudouridylate synthase  50.44 
 
 		 230 aa  223  2e-57  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.945125  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0760  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  42.79 
 
 		 235 aa  201  7e-51  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000225375  normal  0.539293 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2975  pseudouridine synthase  43.11 
 
 		 230 aa  200  9.999999999999999e-51  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0220169  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1090  pseudouridine synthase, Rsu  43.11 
 
 		 229 aa  197  1.0000000000000001e-49  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000837656  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0788  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  42.36 
 
 		 235 aa  196  2.0000000000000003e-49  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0198055  normal  0.495021 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0792  pseudouridine synthase  42.67 
 
 		 229 aa  195  6e-49  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.305614  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3178  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  41.92 
 
 		 235 aa  193  1e-48  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.021025  normal  0.1902 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3746  pseudouridine synthase  42.79 
 
 		 256 aa  193  2e-48  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.43387 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3555  pseudouridine synthase  43.56 
 
 		 250 aa  193  2e-48  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.114028  hitchhiker  0.00457022 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3623  pseudouridine synthase  42.79 
 
 		 246 aa  192  3e-48  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2614  pseudouridine synthase, Rsu  43.11 
 
 		 230 aa  189  4e-47  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.736823 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3730  pseudouridine synthase  40.27 
 
 		 230 aa  188  5e-47  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.754242  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0687  pseudouridine synthase  42.36 
 
 		 246 aa  188  5.999999999999999e-47  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.302513  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3265  putative ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  41.59 
 
 		 232 aa  185  6e-46  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.777332  normal  0.943696 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3176  pseudouridine synthase  40.71 
 
 		 230 aa  184  7e-46  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000150331  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2908  pseudouridine synthase  43.81 
 
 		 230 aa  185  7e-46  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.114904  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3507  pseudouridine synthase  39.38 
 
 		 256 aa  182  5.0000000000000004e-45  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0107621  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3214  pseudouridine synthase  43.04 
 
 		 239 aa  181  7e-45  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2438  16S rRNA pseudouridylate synthase A  43.36 
 
 		 232 aa  180  1e-44  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.157492  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0843  pseudouridine synthase, Rsu  41.15 
 
 		 229 aa  180  2e-44  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.0000223089  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4032  pseudouridine synthase  41.05 
 
 		 233 aa  178  5.999999999999999e-44  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0424  pseudouridine synthase  41.48 
 
 		 233 aa  178  5.999999999999999e-44  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2352  16S rRNA pseudouridylate synthase A  42.04 
 
 		 232 aa  177  1e-43  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3527  pseudouridine synthase  36.28 
 
 		 230 aa  177  1e-43  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0423129  hitchhiker  0.000538559 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1241  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  41.33 
 
 		 231 aa  177  2e-43  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000134561  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3602  pseudouridine synthase  40.71 
 
 		 231 aa  176  2e-43  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3909  pseudouridine synthase  40.17 
 
 		 233 aa  175  6e-43  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3836  pseudouridine synthase  40.61 
 
 		 233 aa  175  6e-43  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1639  16S rRNA pseudouridylate synthase A  42.04 
 
 		 231 aa  174  9.999999999999999e-43  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3252  16S rRNA pseudouridylate synthase A  41.59 
 
 		 237 aa  172  2.9999999999999996e-42  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.274461 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1910  16S rRNA pseudouridylate synthase A  41.15 
 
 		 231 aa  172  2.9999999999999996e-42  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.800741  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003781  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  40.09 
 
 		 233 aa  171  9e-42  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000000946261  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2459  16S rRNA pseudouridylate synthase A  40.97 
 
 		 231 aa  170  2e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.8368  hitchhiker  0.0000353867 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1919  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  36.97 
 
 		 242 aa  169  3e-41  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000207089  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1490  16S rRNA pseudouridylate synthase A  40.71 
 
 		 235 aa  169  3e-41  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.708247  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2793  16S rRNA pseudouridylate synthase A  40.71 
 
 		 235 aa  169  4e-41  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.863598  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2718  16S rRNA pseudouridylate synthase A  40.71 
 
 		 235 aa  169  4e-41  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00684404  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3411  pseudouridine synthase  41.45 
 
 		 239 aa  168  5e-41  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02655  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  39.91 
 
 		 233 aa  169  5e-41  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2416  16S rRNA pseudouridylate synthase A  40.53 
 
 		 231 aa  167  9e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0365053  normal  0.123384 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2462  16S rRNA pseudouridylate synthase A  40.53 
 
 		 231 aa  167  9e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.983555 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2573  16S rRNA pseudouridylate synthase A  40.53 
 
 		 231 aa  167  9e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.750523  hitchhiker  0.00365879 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2371  16S rRNA pseudouridylate synthase A  40.53 
 
 		 231 aa  167  9e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000147517  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2779  16S rRNA pseudouridylate synthase A  39.82 
 
 		 235 aa  167  2e-40  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.480199  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2018  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A (16S pseudouridine 516 synthase)  38.16 
 
 		 234 aa  167  2e-40  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.136483  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2562  pseudouridine synthase, Rsu  39.38 
 
 		 229 aa  166  2.9999999999999998e-40  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02113  16S rRNA pseudouridylate 516 synthase  40.27 
 
 		 231 aa  166  4e-40  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.09778  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1474  pseudouridine synthase  40.27 
 
 		 231 aa  166  4e-40  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000156324  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02072  hypothetical protein  40.27 
 
 		 231 aa  166  4e-40  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.114044  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1464  16S rRNA pseudouridylate synthase A  40.27 
 
 		 231 aa  166  4e-40  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00167101  normal  0.759434 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2332  16S rRNA pseudouridylate synthase A  40.27 
 
 		 231 aa  166  4e-40  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0531797  normal  0.0465983 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2321  16S rRNA pseudouridylate synthase A  40.27 
 
 		 231 aa  166  4e-40  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.170949  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2481  16S rRNA pseudouridylate synthase A  40.27 
 
 		 231 aa  166  4e-40  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0457418  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2791  pseudouridine synthase  40.09 
 
 		 240 aa  166  4e-40  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3321  16S rRNA pseudouridylate synthase A  40.27 
 
 		 231 aa  166  4e-40  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0340688  normal  0.608364 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0793  pseudouridine synthase, Rsu  39.22 
 
 		 233 aa  165  5e-40  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0689585  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2136  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  38.91 
 
 		 243 aa  163  2.0000000000000002e-39  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1893  pseudouridine synthase  38.26 
 
 		 238 aa  163  2.0000000000000002e-39  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0775  16S rRNA pseudouridylate synthase A  39.82 
 
 		 231 aa  163  2.0000000000000002e-39  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.329505  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1950  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  39.91 
 
 		 232 aa  162  3e-39  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.588471  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1389  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  36.28 
 
 		 229 aa  159  5e-38  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.31939  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1494  pseudouridine synthase  41.13 
 
 		 232 aa  157  9e-38  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1808  pseudouridine synthase  39.19 
 
 		 231 aa  147  1.0000000000000001e-34  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1843  pseudouridine synthase  39.19 
 
 		 231 aa  147  1.0000000000000001e-34  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.48228  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1475  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  37.61 
 
 		 240 aa  145  4.0000000000000006e-34  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  decreased coverage  0.00514925  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2374  pseudouridine synthase  41.92 
 
 		 233 aa  145  5e-34  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0024  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  37.92 
 
 		 239 aa  143  2e-33  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0145109  normal  0.0845626 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1807  pseudouridine synthase  40.43 
 
 		 240 aa  143  3e-33  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2704  pseudouridine synthase  37.45 
 
 		 245 aa  143  3e-33  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.960401  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3369  pseudouridine synthase  36.64 
 
 		 242 aa  141  9e-33  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0031  pseudouridine synthase, Rsu  38.03 
 
 		 234 aa  140  9.999999999999999e-33  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  unclonable  0.00000138708  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1466  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  39.06 
 
 		 243 aa  140  9.999999999999999e-33  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  unclonable  0.000000808741  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0675  pseudouridine synthase  37.93 
 
 		 248 aa  140  1.9999999999999998e-32  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0744  pseudouridine synthase  36.84 
 
 		 230 aa  140  1.9999999999999998e-32  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>