More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene LACR_2545 on replicon NC_008527
Organism: Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008527  LACR_2545  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  100 
 
 		 242 aa  490  1e-137  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3369  pseudouridine synthase  51.45 
 
 		 242 aa  237  1e-61  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2758  pseudouridine synthase  52.89 
 
 		 240 aa  237  1e-61  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4537  pseudouridine synthase  51.45 
 
 		 242 aa  237  1e-61  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0675  pseudouridine synthase  51.65 
 
 		 248 aa  233  2.0000000000000002e-60  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4818  RNA pseudouridine synthase family protein  50.21 
 
 		 242 aa  233  3e-60  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4823  RNA pseudouridine synthase family protein  49.79 
 
 		 242 aa  231  6e-60  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0418  RNA pseudouridine synthase family protein  49.79 
 
 		 242 aa  231  6e-60  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.12702  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4848  RNA pseudouridylate synthase family protein  49.79 
 
 		 242 aa  229  2e-59  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4438  pseudouridylate synthase (ribosomal small subunit pseudouridine synthase A)  49.79 
 
 		 242 aa  229  2e-59  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4456  pseudouridylate synthase (pseudouridine synthase)  49.79 
 
 		 242 aa  229  2e-59  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4958  RNA pseudouridine synthase family protein  49.79 
 
 		 242 aa  229  2e-59  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4841  RNA pseudouridine synthase family protein  49.79 
 
 		 242 aa  229  2e-59  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.490184  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4602  RNA pseudouridylate synthase  48.92 
 
 		 233 aa  216  2e-55  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1466  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  47.08 
 
 		 243 aa  216  2e-55  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  unclonable  0.000000808741  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2791  pseudouridine synthase  48.35 
 
 		 240 aa  213  1.9999999999999998e-54  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1222  16S rRNA uridine-516 pseudouridylate synthase related pseudouridylate synthase  50.42 
 
 		 245 aa  213  1.9999999999999998e-54  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.0000251934  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3219  pseudouridine synthase  46.69 
 
 		 249 aa  213  2.9999999999999995e-54  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1807  pseudouridine synthase  45.87 
 
 		 240 aa  212  4.9999999999999996e-54  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1744  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  48.96 
 
 		 243 aa  211  5.999999999999999e-54  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00693564  normal  0.573112 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2171  pseudouridine synthase  48.13 
 
 		 245 aa  211  7e-54  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000100732  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3161  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  50 
 
 		 244 aa  211  9e-54  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1475  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  46.28 
 
 		 240 aa  209  2e-53  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  decreased coverage  0.00514925  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2588  pseudouridine synthase  44.4 
 
 		 245 aa  203  2e-51  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0744  pseudouridine synthase  44.4 
 
 		 230 aa  196  3e-49  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2374  pseudouridine synthase  46.91 
 
 		 233 aa  196  3e-49  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1843  pseudouridine synthase  44.17 
 
 		 231 aa  194  1e-48  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.48228  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1808  pseudouridine synthase  44.17 
 
 		 231 aa  194  1e-48  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1312  pseudouridine synthase family 1 protein  44.81 
 
 		 230 aa  192  5e-48  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0766504  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1696  RNA-binding S4 domain protein  43.85 
 
 		 244 aa  192  5e-48  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2546  16S pseudouridylate synthase  43.98 
 
 		 239 aa  191  7e-48  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2249  16S pseudouridylate synthase  43.98 
 
 		 239 aa  191  7e-48  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0096  RNA-binding S4 domain protein  45.27 
 
 		 243 aa  191  1e-47  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.110386  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0801  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A, putative  42.56 
 
 		 239 aa  190  2e-47  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.0182974  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0736  pseudouridine synthase  44.26 
 
 		 245 aa  184  8e-46  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.00000262919  decreased coverage  0.00132516 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0684  pseudouridine synthase  42.15 
 
 		 239 aa  182  6e-45  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0660  pseudouridine synthase  41.74 
 
 		 239 aa  179  2e-44  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.665428  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1220  pseudouridine synthase  39.41 
 
 		 233 aa  176  3e-43  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0183  pseudouridine synthase  41 
 
 		 257 aa  175  7e-43  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00000206046  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0593  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  38.98 
 
 		 239 aa  173  2.9999999999999996e-42  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.0000243633  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0860  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  38.93 
 
 		 245 aa  171  9e-42  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0916  pseudouridine synthase  39.42 
 
 		 236 aa  167  1e-40  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.952694 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1403  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  40.25 
 
 		 247 aa  163  2.0000000000000002e-39  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.645637  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02113  16S rRNA pseudouridylate 516 synthase  40.08 
 
 		 231 aa  162  4.0000000000000004e-39  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.09778  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1474  pseudouridine synthase  40.08 
 
 		 231 aa  162  4.0000000000000004e-39  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000156324  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2321  16S rRNA pseudouridylate synthase A  40.08 
 
 		 231 aa  162  4.0000000000000004e-39  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.170949  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3321  16S rRNA pseudouridylate synthase A  40.08 
 
 		 231 aa  162  4.0000000000000004e-39  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0340688  normal  0.608364 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02072  hypothetical protein  40.08 
 
 		 231 aa  162  4.0000000000000004e-39  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.114044  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1464  16S rRNA pseudouridylate synthase A  40.08 
 
 		 231 aa  162  4.0000000000000004e-39  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00167101  normal  0.759434 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2481  16S rRNA pseudouridylate synthase A  40.08 
 
 		 231 aa  162  4.0000000000000004e-39  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0457418  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2332  16S rRNA pseudouridylate synthase A  40.08 
 
 		 231 aa  162  4.0000000000000004e-39  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0531797  normal  0.0465983 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0775  16S rRNA pseudouridylate synthase A  40.08 
 
 		 231 aa  161  7e-39  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.329505  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1217  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  40.25 
 
 		 258 aa  160  1e-38  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000897909  hitchhiker  0.000000206079 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2728  pseudouridine synthase  40.08 
 
 		 274 aa  159  4e-38  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2718  16S rRNA pseudouridylate synthase A  38.84 
 
 		 235 aa  159  5e-38  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00684404  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2793  16S rRNA pseudouridylate synthase A  38.84 
 
 		 235 aa  159  5e-38  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.863598  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1490  16S rRNA pseudouridylate synthase A  38.84 
 
 		 235 aa  158  9e-38  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.708247  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3252  16S rRNA pseudouridylate synthase A  40.33 
 
 		 237 aa  157  1e-37  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.274461 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2779  16S rRNA pseudouridylate synthase A  39.67 
 
 		 235 aa  157  2e-37  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.480199  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2438  16S rRNA pseudouridylate synthase A  39.59 
 
 		 232 aa  157  2e-37  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.157492  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2459  16S rRNA pseudouridylate synthase A  39.92 
 
 		 231 aa  154  8e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.8368  hitchhiker  0.0000353867 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2573  16S rRNA pseudouridylate synthase A  38.84 
 
 		 231 aa  154  2e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.750523  hitchhiker  0.00365879 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2371  16S rRNA pseudouridylate synthase A  38.84 
 
 		 231 aa  154  2e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000147517  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3411  pseudouridine synthase  38.93 
 
 		 255 aa  153  2e-36  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2462  16S rRNA pseudouridylate synthase A  38.84 
 
 		 231 aa  154  2e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.983555 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2352  16S rRNA pseudouridylate synthase A  40.41 
 
 		 232 aa  153  2e-36  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2416  16S rRNA pseudouridylate synthase A  38.84 
 
 		 231 aa  154  2e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0365053  normal  0.123384 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1494  pseudouridine synthase  40.83 
 
 		 232 aa  153  2e-36  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54800  putative pseudouridylate synthase  39.5 
 
 		 230 aa  152  4e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000413274  hitchhiker  0.000000000000196922 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3527  pseudouridine synthase  33.88 
 
 		 230 aa  152  5e-36  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0423129  hitchhiker  0.000538559 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2975  pseudouridine synthase  36.78 
 
 		 230 aa  151  8e-36  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0220169  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2505  pseudouridine synthase  38.02 
 
 		 239 aa  150  2e-35  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000824724  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1172  pseudouridine synthase  36.78 
 
 		 266 aa  149  4e-35  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.8005300000000004e-32 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1919  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  38.96 
 
 		 242 aa  149  5e-35  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000207089  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_09640  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  36.63 
 
 		 249 aa  149  5e-35  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.444703  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0792  pseudouridine synthase  37.86 
 
 		 229 aa  149  5e-35  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.305614  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3089  pseudouridine synthase  36.36 
 
 		 266 aa  147  1.0000000000000001e-34  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.000000212991  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4790  putative pseudouridylate synthase  38.24 
 
 		 230 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.945125  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0806  pseudouridine synthase  37.1 
 
 		 274 aa  147  2.0000000000000003e-34  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.316767  normal  0.474505 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1049  pseudouridine synthase  38.49 
 
 		 236 aa  145  5e-34  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1743  pseudouridine synthase  38.84 
 
 		 235 aa  143  2e-33  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1593  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  37.34 
 
 		 240 aa  143  2e-33  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0996  pseudouridine synthase  38.4 
 
 		 247 aa  143  2e-33  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1090  pseudouridine synthase, Rsu  35.68 
 
 		 229 aa  143  2e-33  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000837656  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0099  RNA-binding S4 domain-containing protein  38.17 
 
 		 245 aa  144  2e-33  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1013  pseudouridine synthase  38.59 
 
 		 256 aa  143  2e-33  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.163733  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1910  16S rRNA pseudouridylate synthase A  37.86 
 
 		 231 aa  142  3e-33  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.800741  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0309  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  37.34 
 
 		 255 aa  143  3e-33  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0760  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  36.48 
 
 		 235 aa  143  3e-33  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000225375  normal  0.539293 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0757  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  37.14 
 
 		 238 aa  142  4e-33  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000912353  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3981  pseudouridine synthase, Rsu  39.33 
 
 		 230 aa  142  5e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0788  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  36.48 
 
 		 235 aa  142  5e-33  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0198055  normal  0.495021 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2070  pseudouridine synthase  36.93 
 
 		 271 aa  142  6e-33  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0652133  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2785  pseudouridine synthase, Rsu  39.83 
 
 		 251 aa  142  6e-33  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.50538 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3176  pseudouridine synthase  35.54 
 
 		 230 aa  141  8e-33  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000150331  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3507  pseudouridine synthase  35.66 
 
 		 256 aa  140  9.999999999999999e-33  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0107621  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1639  16S rRNA pseudouridylate synthase A  37.86 
 
 		 231 aa  141  9.999999999999999e-33  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1730  pseudouridine synthase  38.56 
 
 		 273 aa  141  9.999999999999999e-33  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07230  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  37.76 
 
 		 237 aa  141  9.999999999999999e-33  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000010493  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2614  pseudouridine synthase, Rsu  36.89 
 
 		 230 aa  140  9.999999999999999e-33  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.736823 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>