More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SYO3AOP1_1696 on replicon NC_010730
Organism: Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010730  SYO3AOP1_1696  RNA-binding S4 domain protein  100 
 
 		 244 aa  488  1e-137  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0096  RNA-binding S4 domain protein  71.19 
 
 		 243 aa  349  3e-95  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.110386  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3369  pseudouridine synthase  47.68 
 
 		 242 aa  206  3e-52  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1744  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  46.44 
 
 		 243 aa  205  4e-52  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00693564  normal  0.573112 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2758  pseudouridine synthase  45.19 
 
 		 240 aa  205  7e-52  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2171  pseudouridine synthase  45.27 
 
 		 245 aa  203  2e-51  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000100732  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2249  16S pseudouridylate synthase  46.84 
 
 		 239 aa  201  9e-51  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0675  pseudouridine synthase  45.38 
 
 		 248 aa  200  9.999999999999999e-51  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2546  16S pseudouridylate synthase  46.84 
 
 		 239 aa  201  9.999999999999999e-51  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1807  pseudouridine synthase  46.67 
 
 		 240 aa  198  5e-50  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4848  RNA pseudouridylate synthase family protein  46.41 
 
 		 242 aa  196  2.0000000000000003e-49  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4438  pseudouridylate synthase (ribosomal small subunit pseudouridine synthase A)  46.41 
 
 		 242 aa  196  2.0000000000000003e-49  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4958  RNA pseudouridine synthase family protein  46.41 
 
 		 242 aa  196  2.0000000000000003e-49  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4841  RNA pseudouridine synthase family protein  46.41 
 
 		 242 aa  196  2.0000000000000003e-49  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.490184  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4818  RNA pseudouridine synthase family protein  46.41 
 
 		 242 aa  196  2.0000000000000003e-49  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0418  RNA pseudouridine synthase family protein  45.99 
 
 		 242 aa  195  4.0000000000000005e-49  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.12702  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4456  pseudouridylate synthase (pseudouridine synthase)  46.41 
 
 		 242 aa  196  4.0000000000000005e-49  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4537  pseudouridine synthase  45.99 
 
 		 242 aa  196  4.0000000000000005e-49  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2588  pseudouridine synthase  43.04 
 
 		 245 aa  195  6e-49  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4823  RNA pseudouridine synthase family protein  45.99 
 
 		 242 aa  195  7e-49  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3219  pseudouridine synthase  44.54 
 
 		 249 aa  194  7e-49  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0744  pseudouridine synthase  48.31 
 
 		 230 aa  192  6e-48  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2545  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  43.85 
 
 		 242 aa  192  6e-48  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2374  pseudouridine synthase  46.86 
 
 		 233 aa  188  5e-47  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1843  pseudouridine synthase  44.49 
 
 		 231 aa  186  2e-46  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.48228  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1808  pseudouridine synthase  44.49 
 
 		 231 aa  186  2e-46  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0660  pseudouridine synthase  42.37 
 
 		 239 aa  186  4e-46  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.665428  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1312  pseudouridine synthase family 1 protein  45.15 
 
 		 230 aa  183  2.0000000000000003e-45  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0766504  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0684  pseudouridine synthase  42.31 
 
 		 239 aa  182  4.0000000000000006e-45  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4602  RNA pseudouridylate synthase  45.37 
 
 		 233 aa  181  9.000000000000001e-45  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0736  pseudouridine synthase  40.69 
 
 		 245 aa  180  2e-44  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.00000262919  decreased coverage  0.00132516 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0775  16S rRNA pseudouridylate synthase A  41.35 
 
 		 231 aa  180  2e-44  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.329505  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3161  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  45.04 
 
 		 244 aa  180  2e-44  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0801  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A, putative  39.58 
 
 		 239 aa  179  4.999999999999999e-44  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.0182974  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1494  pseudouridine synthase  43.4 
 
 		 232 aa  179  4.999999999999999e-44  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2459  16S rRNA pseudouridylate synthase A  40.93 
 
 		 231 aa  179  4.999999999999999e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.8368  hitchhiker  0.0000353867 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02113  16S rRNA pseudouridylate 516 synthase  41.35 
 
 		 231 aa  178  5.999999999999999e-44  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.09778  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1474  pseudouridine synthase  41.35 
 
 		 231 aa  178  5.999999999999999e-44  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000156324  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2481  16S rRNA pseudouridylate synthase A  41.35 
 
 		 231 aa  178  5.999999999999999e-44  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0457418  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2321  16S rRNA pseudouridylate synthase A  41.35 
 
 		 231 aa  178  5.999999999999999e-44  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.170949  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1464  16S rRNA pseudouridylate synthase A  41.35 
 
 		 231 aa  178  5.999999999999999e-44  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00167101  normal  0.759434 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2332  16S rRNA pseudouridylate synthase A  41.35 
 
 		 231 aa  178  5.999999999999999e-44  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0531797  normal  0.0465983 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3321  16S rRNA pseudouridylate synthase A  41.35 
 
 		 231 aa  178  5.999999999999999e-44  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0340688  normal  0.608364 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02072  hypothetical protein  41.35 
 
 		 231 aa  178  5.999999999999999e-44  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.114044  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2779  16S rRNA pseudouridylate synthase A  41.35 
 
 		 235 aa  178  8e-44  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.480199  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1466  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  42.44 
 
 		 243 aa  176  3e-43  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  unclonable  0.000000808741  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1220  pseudouridine synthase  43.1 
 
 		 233 aa  176  4e-43  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1475  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  41.18 
 
 		 240 aa  176  4e-43  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  decreased coverage  0.00514925  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2718  16S rRNA pseudouridylate synthase A  41.35 
 
 		 235 aa  176  4e-43  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00684404  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2793  16S rRNA pseudouridylate synthase A  41.35 
 
 		 235 aa  176  4e-43  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.863598  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1490  16S rRNA pseudouridylate synthase A  41.35 
 
 		 235 aa  174  9e-43  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.708247  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1639  16S rRNA pseudouridylate synthase A  42.26 
 
 		 231 aa  173  1.9999999999999998e-42  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2371  16S rRNA pseudouridylate synthase A  40.08 
 
 		 231 aa  173  1.9999999999999998e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000147517  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2462  16S rRNA pseudouridylate synthase A  40.08 
 
 		 231 aa  173  1.9999999999999998e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.983555 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2416  16S rRNA pseudouridylate synthase A  40.08 
 
 		 231 aa  173  1.9999999999999998e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0365053  normal  0.123384 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2573  16S rRNA pseudouridylate synthase A  40.08 
 
 		 231 aa  173  1.9999999999999998e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.750523  hitchhiker  0.00365879 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2791  pseudouridine synthase  40.76 
 
 		 240 aa  172  5.999999999999999e-42  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1910  16S rRNA pseudouridylate synthase A  40.76 
 
 		 231 aa  171  6.999999999999999e-42  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.800741  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2438  16S rRNA pseudouridylate synthase A  40 
 
 		 232 aa  171  6.999999999999999e-42  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.157492  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3252  16S rRNA pseudouridylate synthase A  42.02 
 
 		 237 aa  170  2e-41  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.274461 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1352  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  38.11 
 
 		 240 aa  170  2e-41  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.92415  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2352  16S rRNA pseudouridylate synthase A  39.75 
 
 		 232 aa  166  2.9999999999999998e-40  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0860  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  39.42 
 
 		 245 aa  164  1.0000000000000001e-39  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0183  pseudouridine synthase  37.76 
 
 		 257 aa  164  2.0000000000000002e-39  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00000206046  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2095  pseudouridine synthase  38.91 
 
 		 264 aa  163  2.0000000000000002e-39  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.965704 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1222  16S rRNA uridine-516 pseudouridylate synthase related pseudouridylate synthase  40.68 
 
 		 245 aa  162  5.0000000000000005e-39  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.0000251934  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2830  pseudouridine synthase  38.68 
 
 		 250 aa  162  6e-39  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00016926  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1142  pseudouridine synthase  38.68 
 
 		 309 aa  160  1e-38  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0689  pseudouridine synthase  37.24 
 
 		 253 aa  159  3e-38  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1241  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  38.66 
 
 		 231 aa  159  3e-38  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000134561  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02655  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  39.5 
 
 		 233 aa  159  3e-38  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2975  pseudouridine synthase  39.24 
 
 		 230 aa  159  4e-38  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0220169  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3602  pseudouridine synthase  38.24 
 
 		 231 aa  159  4e-38  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2989  pseudouridine synthase  35.8 
 
 		 280 aa  158  7e-38  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.340471  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_09640  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  38.43 
 
 		 249 aa  157  1e-37  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.444703  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0593  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  36.64 
 
 		 239 aa  157  1e-37  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.0000243633  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003781  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  38.98 
 
 		 233 aa  156  3e-37  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000000946261  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1292  pseudouridine synthase  36.4 
 
 		 251 aa  155  6e-37  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0099  RNA-binding S4 domain-containing protein  42.37 
 
 		 245 aa  155  6e-37  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1403  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  36.71 
 
 		 247 aa  155  8e-37  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.645637  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1743  pseudouridine synthase  38.66 
 
 		 235 aa  154  1e-36  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2614  pseudouridine synthase, Rsu  37.55 
 
 		 230 aa  154  1e-36  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.736823 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0693  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  40.85 
 
 		 239 aa  154  1e-36  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1090  pseudouridine synthase, Rsu  39.41 
 
 		 229 aa  153  2e-36  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000837656  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3495  pseudouridine synthase  36.73 
 
 		 247 aa  154  2e-36  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0394567  normal  0.217284 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1406  ribosomal large subunit pseudouridine synthaseB (pseudouridylate synthase) (uracil hydrolyase)  37.7 
 
 		 239 aa  153  2e-36  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.541928  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5639  pseudouridine synthase  35.25 
 
 		 553 aa  152  2.9999999999999998e-36  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3276  pseudouridine synthase  37.14 
 
 		 247 aa  153  2.9999999999999998e-36  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0129049  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1578  pseudouridine synthase  39.17 
 
 		 236 aa  152  4e-36  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1196  pseudouridine synthase  33.74 
 
 		 238 aa  152  4e-36  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.939109  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1493  pseudouridine synthase  36.21 
 
 		 426 aa  152  5e-36  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.797477  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1217  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  36.29 
 
 		 258 aa  151  8.999999999999999e-36  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000897909  hitchhiker  0.000000206079 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0792  pseudouridine synthase  37.29 
 
 		 229 aa  151  8.999999999999999e-36  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.305614  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1196  pseudouridine synthase  39 
 
 		 242 aa  151  1e-35  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0017  pseudouridine synthase  39.66 
 
 		 239 aa  150  1e-35  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.0000355614  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0058  pseudouridine synthase  37.55 
 
 		 241 aa  150  2e-35  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1206  pseudouridine synthase, Rsu  35.92 
 
 		 375 aa  150  2e-35  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0955  pseudouridine synthase, Rsu  38.43 
 
 		 237 aa  150  2e-35  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.256039  normal  0.742007 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1099  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  38.43 
 
 		 237 aa  150  2e-35  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07230  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  40 
 
 		 237 aa  150  2e-35  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000010493  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>