More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TDE0860 on replicon NC_002967
Organism: Treponema denticola ATCC 35405



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002967  TDE0860  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  100 
 
 		 245 aa  501  1e-141  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1807  pseudouridine synthase  40.91 
 
 		 240 aa  201  9.999999999999999e-51  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2791  pseudouridine synthase  43.57 
 
 		 240 aa  191  6e-48  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0675  pseudouridine synthase  39.59 
 
 		 248 aa  187  1e-46  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1744  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  39.92 
 
 		 243 aa  186  3e-46  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00693564  normal  0.573112 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4823  RNA pseudouridine synthase family protein  39.67 
 
 		 242 aa  186  3e-46  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4848  RNA pseudouridylate synthase family protein  39.26 
 
 		 242 aa  185  4e-46  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4841  RNA pseudouridine synthase family protein  39.26 
 
 		 242 aa  185  4e-46  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.490184  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4438  pseudouridylate synthase (ribosomal small subunit pseudouridine synthase A)  39.26 
 
 		 242 aa  185  4e-46  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4958  RNA pseudouridine synthase family protein  39.26 
 
 		 242 aa  186  4e-46  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2758  pseudouridine synthase  40.41 
 
 		 240 aa  186  4e-46  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4456  pseudouridylate synthase (pseudouridine synthase)  39.26 
 
 		 242 aa  185  6e-46  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2171  pseudouridine synthase  41.56 
 
 		 245 aa  185  6e-46  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000100732  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4537  pseudouridine synthase  40.41 
 
 		 242 aa  185  6e-46  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0096  RNA-binding S4 domain protein  41.15 
 
 		 243 aa  184  8e-46  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.110386  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0418  RNA pseudouridine synthase family protein  40.41 
 
 		 242 aa  184  9e-46  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.12702  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3369  pseudouridine synthase  39.67 
 
 		 242 aa  184  1.0000000000000001e-45  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4818  RNA pseudouridine synthase family protein  40 
 
 		 242 aa  183  2.0000000000000003e-45  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3219  pseudouridine synthase  38.27 
 
 		 249 aa  181  8.000000000000001e-45  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0744  pseudouridine synthase  41.42 
 
 		 230 aa  180  2e-44  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1475  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  39.26 
 
 		 240 aa  177  1e-43  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  decreased coverage  0.00514925  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4602  RNA pseudouridylate synthase  38.63 
 
 		 233 aa  176  3e-43  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2546  16S pseudouridylate synthase  37.66 
 
 		 239 aa  175  7e-43  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2249  16S pseudouridylate synthase  37.66 
 
 		 239 aa  174  9e-43  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1220  pseudouridine synthase  41.7 
 
 		 233 aa  174  9e-43  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0801  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A, putative  40.16 
 
 		 239 aa  173  1.9999999999999998e-42  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.0182974  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1466  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  38.91 
 
 		 243 aa  172  5e-42  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  unclonable  0.000000808741  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3161  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  40.68 
 
 		 244 aa  172  5.999999999999999e-42  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2545  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  38.93 
 
 		 242 aa  171  9e-42  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0593  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  39.75 
 
 		 239 aa  171  9e-42  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.0000243633  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0660  pseudouridine synthase  38.14 
 
 		 239 aa  167  2e-40  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.665428  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0684  pseudouridine synthase  38.4 
 
 		 239 aa  166  4e-40  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2374  pseudouridine synthase  38.59 
 
 		 233 aa  165  6.9999999999999995e-40  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1808  pseudouridine synthase  38.91 
 
 		 231 aa  164  9e-40  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1843  pseudouridine synthase  38.91 
 
 		 231 aa  164  9e-40  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.48228  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1696  RNA-binding S4 domain protein  39.42 
 
 		 244 aa  164  1.0000000000000001e-39  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2352  16S rRNA pseudouridylate synthase A  41.39 
 
 		 232 aa  162  4.0000000000000004e-39  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2588  pseudouridine synthase  35.54 
 
 		 245 aa  161  1e-38  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0736  pseudouridine synthase  37.76 
 
 		 245 aa  158  7e-38  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.00000262919  decreased coverage  0.00132516 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3252  16S rRNA pseudouridylate synthase A  39.83 
 
 		 237 aa  157  1e-37  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.274461 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1312  pseudouridine synthase family 1 protein  35.39 
 
 		 230 aa  154  2e-36  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0766504  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1919  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  37.3 
 
 		 242 aa  153  2.9999999999999998e-36  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000207089  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1910  16S rRNA pseudouridylate synthase A  39.34 
 
 		 231 aa  152  5e-36  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.800741  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0183  pseudouridine synthase  35.56 
 
 		 257 aa  151  8.999999999999999e-36  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00000206046  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1639  16S rRNA pseudouridylate synthase A  38.43 
 
 		 231 aa  149  3e-35  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0099  RNA-binding S4 domain-containing protein  39.83 
 
 		 245 aa  148  7e-35  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2718  16S rRNA pseudouridylate synthase A  38.84 
 
 		 235 aa  148  1.0000000000000001e-34  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00684404  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2793  16S rRNA pseudouridylate synthase A  38.84 
 
 		 235 aa  148  1.0000000000000001e-34  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.863598  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2459  16S rRNA pseudouridylate synthase A  38.59 
 
 		 231 aa  147  1.0000000000000001e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.8368  hitchhiker  0.0000353867 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1222  16S rRNA uridine-516 pseudouridylate synthase related pseudouridylate synthase  32.92 
 
 		 245 aa  146  3e-34  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.0000251934  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2462  16S rRNA pseudouridylate synthase A  38.59 
 
 		 231 aa  145  4.0000000000000006e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.983555 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2371  16S rRNA pseudouridylate synthase A  38.59 
 
 		 231 aa  145  4.0000000000000006e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000147517  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2573  16S rRNA pseudouridylate synthase A  38.59 
 
 		 231 aa  145  4.0000000000000006e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.750523  hitchhiker  0.00365879 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2416  16S rRNA pseudouridylate synthase A  38.59 
 
 		 231 aa  145  4.0000000000000006e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0365053  normal  0.123384 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02113  16S rRNA pseudouridylate 516 synthase  38.17 
 
 		 231 aa  145  6e-34  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.09778  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1474  pseudouridine synthase  38.17 
 
 		 231 aa  145  6e-34  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000156324  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1464  16S rRNA pseudouridylate synthase A  38.17 
 
 		 231 aa  145  6e-34  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00167101  normal  0.759434 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2332  16S rRNA pseudouridylate synthase A  38.17 
 
 		 231 aa  145  6e-34  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0531797  normal  0.0465983 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3321  16S rRNA pseudouridylate synthase A  38.17 
 
 		 231 aa  145  6e-34  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0340688  normal  0.608364 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1490  16S rRNA pseudouridylate synthase A  38.43 
 
 		 235 aa  145  6e-34  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.708247  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02072  hypothetical protein  38.17 
 
 		 231 aa  145  6e-34  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.114044  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2321  16S rRNA pseudouridylate synthase A  38.17 
 
 		 231 aa  145  6e-34  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.170949  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2481  16S rRNA pseudouridylate synthase A  38.17 
 
 		 231 aa  145  6e-34  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0457418  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0775  16S rRNA pseudouridylate synthase A  38.17 
 
 		 231 aa  145  8.000000000000001e-34  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.329505  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1142  pseudouridine synthase  37.7 
 
 		 309 aa  142  4e-33  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2975  pseudouridine synthase  37.76 
 
 		 230 aa  142  4e-33  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0220169  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2438  16S rRNA pseudouridylate synthase A  38.08 
 
 		 232 aa  141  7e-33  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.157492  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07230  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  37.19 
 
 		 237 aa  141  9.999999999999999e-33  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000010493  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2779  16S rRNA pseudouridylate synthase A  37.76 
 
 		 235 aa  139  3e-32  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.480199  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1292  pseudouridine synthase  35.12 
 
 		 251 aa  139  3.9999999999999997e-32  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0566  pseudouridine synthase  32.77 
 
 		 248 aa  139  4.999999999999999e-32  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.472226  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1494  pseudouridine synthase  36.67 
 
 		 232 aa  139  6e-32  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0792  pseudouridine synthase  38.75 
 
 		 229 aa  137  1e-31  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.305614  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1335  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  35.29 
 
 		 230 aa  137  2e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1743  pseudouridine synthase  34.85 
 
 		 235 aa  136  2e-31  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3730  pseudouridine synthase  39.34 
 
 		 230 aa  136  3.0000000000000003e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.754242  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1355  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  35.68 
 
 		 230 aa  135  4e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.440564 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2614  pseudouridine synthase, Rsu  37.86 
 
 		 230 aa  135  8e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.736823 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3411  pseudouridine synthase  33.88 
 
 		 255 aa  133  1.9999999999999998e-30  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003781  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  37.5 
 
 		 233 aa  134  1.9999999999999998e-30  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000000946261  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2744  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  34.43 
 
 		 238 aa  133  1.9999999999999998e-30  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1241  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  35.83 
 
 		 231 aa  133  3e-30  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000134561  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1217  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  30.61 
 
 		 258 aa  132  3.9999999999999996e-30  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000897909  hitchhiker  0.000000206079 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1090  pseudouridine synthase, Rsu  37.92 
 
 		 229 aa  132  6e-30  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000837656  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0867  RNA-binding S4 domain-containing protein  36.05 
 
 		 230 aa  132  6.999999999999999e-30  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0166  pseudouridine synthase  34.43 
 
 		 556 aa  131  7.999999999999999e-30  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.252408  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3623  pseudouridine synthase  37.3 
 
 		 246 aa  131  7.999999999999999e-30  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3746  pseudouridine synthase  37.3 
 
 		 256 aa  131  9e-30  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.43387 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3555  pseudouridine synthase  37.3 
 
 		 250 aa  131  1.0000000000000001e-29  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.114028  hitchhiker  0.00457022 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0687  pseudouridine synthase  36.89 
 
 		 246 aa  130  2.0000000000000002e-29  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.302513  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1643  pseudouridine synthase  31.4 
 
 		 238 aa  130  3e-29  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.734555 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1050  pseudouridine synthase  34.3 
 
 		 233 aa  129  3e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.143385  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2018  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A (16S pseudouridine 516 synthase)  35.83 
 
 		 234 aa  129  3e-29  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.136483  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0618  pseudouridine synthase  33.61 
 
 		 248 aa  129  4.0000000000000003e-29  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.599646  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0788  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  37.04 
 
 		 235 aa  129  4.0000000000000003e-29  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0198055  normal  0.495021 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1545  pseudouridine synthase  35.5 
 
 		 230 aa  129  5.0000000000000004e-29  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1049  pseudouridine synthase  34.31 
 
 		 236 aa  129  5.0000000000000004e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1403  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  30.45 
 
 		 247 aa  128  7.000000000000001e-29  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.645637  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0704  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  35.56 
 
 		 251 aa  128  7.000000000000001e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0916  pseudouridine synthase  31.54 
 
 		 236 aa  128  7.000000000000001e-29  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.952694 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>