More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mrub_0183 on replicon NC_013946
Organism: Meiothermus ruber DSM 1279



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013946  Mrub_0183  pseudouridine synthase  100 
 
 		 257 aa  518  1e-146  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00000206046  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0736  pseudouridine synthase  69.67 
 
 		 245 aa  333  2e-90  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.00000262919  decreased coverage  0.00132516 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2546  16S pseudouridylate synthase  44.07 
 
 		 239 aa  209  4e-53  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2249  16S pseudouridylate synthase  44.07 
 
 		 239 aa  209  4e-53  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1807  pseudouridine synthase  41.95 
 
 		 240 aa  204  2e-51  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3219  pseudouridine synthase  45.3 
 
 		 249 aa  200  9.999999999999999e-51  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1744  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  45.15 
 
 		 243 aa  199  3.9999999999999996e-50  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00693564  normal  0.573112 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4537  pseudouridine synthase  43.53 
 
 		 242 aa  196  2.0000000000000003e-49  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2171  pseudouridine synthase  41.35 
 
 		 245 aa  196  2.0000000000000003e-49  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000100732  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3369  pseudouridine synthase  43.97 
 
 		 242 aa  196  4.0000000000000005e-49  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2758  pseudouridine synthase  42.31 
 
 		 240 aa  192  4e-48  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0675  pseudouridine synthase  43.16 
 
 		 248 aa  192  6e-48  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4818  RNA pseudouridine synthase family protein  43.1 
 
 		 242 aa  191  8e-48  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0418  RNA pseudouridine synthase family protein  43.1 
 
 		 242 aa  191  9e-48  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.12702  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4848  RNA pseudouridylate synthase family protein  42.67 
 
 		 242 aa  190  2e-47  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4438  pseudouridylate synthase (ribosomal small subunit pseudouridine synthase A)  42.67 
 
 		 242 aa  190  2e-47  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4958  RNA pseudouridine synthase family protein  42.67 
 
 		 242 aa  190  2e-47  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4823  RNA pseudouridine synthase family protein  42.67 
 
 		 242 aa  190  2e-47  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4841  RNA pseudouridine synthase family protein  42.67 
 
 		 242 aa  190  2e-47  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.490184  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2588  pseudouridine synthase  45.99 
 
 		 245 aa  189  4e-47  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3161  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  43.88 
 
 		 244 aa  189  4e-47  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4456  pseudouridylate synthase (pseudouridine synthase)  42.67 
 
 		 242 aa  189  5e-47  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0744  pseudouridine synthase  40.87 
 
 		 230 aa  184  1.0000000000000001e-45  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1220  pseudouridine synthase  40.27 
 
 		 233 aa  184  2.0000000000000003e-45  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2545  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  41 
 
 		 242 aa  183  2.0000000000000003e-45  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3452  pseudouridine synthase  47.48 
 
 		 246 aa  182  6e-45  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.33811  normal  0.805038 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4602  RNA pseudouridylate synthase  41.96 
 
 		 233 aa  180  2e-44  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2277  pseudouridine synthase  45.68 
 
 		 242 aa  180  2e-44  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0349808 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2235  pseudouridine synthase  46.69 
 
 		 242 aa  180  2e-44  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.7178  normal  0.112154 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2552  pseudouridine synthase  46.09 
 
 		 242 aa  180  2e-44  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.975734  normal  0.0981088 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2791  pseudouridine synthase  42.49 
 
 		 240 aa  179  2.9999999999999997e-44  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1080  pseudouridine synthase  46.44 
 
 		 247 aa  175  7e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.699986  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1696  RNA-binding S4 domain protein  37.76 
 
 		 244 aa  174  9e-43  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1808  pseudouridine synthase  38.96 
 
 		 231 aa  174  9.999999999999999e-43  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1843  pseudouridine synthase  38.96 
 
 		 231 aa  174  9.999999999999999e-43  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.48228  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2105  pseudouridine synthase  46.72 
 
 		 244 aa  173  1.9999999999999998e-42  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00908459 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2374  pseudouridine synthase  41.13 
 
 		 233 aa  174  1.9999999999999998e-42  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0096  RNA-binding S4 domain protein  37.76 
 
 		 243 aa  174  1.9999999999999998e-42  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.110386  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1222  16S rRNA uridine-516 pseudouridylate synthase related pseudouridylate synthase  39.26 
 
 		 245 aa  171  1e-41  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.0000251934  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1466  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  39.67 
 
 		 243 aa  171  2e-41  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  unclonable  0.000000808741  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1292  pseudouridine synthase  42.21 
 
 		 251 aa  169  4e-41  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0660  pseudouridine synthase  37.07 
 
 		 239 aa  166  4e-40  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.665428  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0684  pseudouridine synthase  38.36 
 
 		 239 aa  165  5.9999999999999996e-40  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0593  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  37.82 
 
 		 239 aa  164  1.0000000000000001e-39  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.0000243633  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1352  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  43.03 
 
 		 240 aa  164  2.0000000000000002e-39  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.92415  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0801  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A, putative  36.68 
 
 		 239 aa  162  5.0000000000000005e-39  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.0182974  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1403  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  41.53 
 
 		 247 aa  159  3e-38  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.645637  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1312  pseudouridine synthase family 1 protein  40.81 
 
 		 230 aa  159  5e-38  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0766504  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07230  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  42.02 
 
 		 237 aa  159  5e-38  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000010493  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1217  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  42.02 
 
 		 258 aa  158  7e-38  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000897909  hitchhiker  0.000000206079 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1494  pseudouridine synthase  36.75 
 
 		 232 aa  157  1e-37  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0860  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  35.56 
 
 		 245 aa  157  2e-37  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03083  ribosomal small subunit pseudouridylate synthase  44.96 
 
 		 237 aa  156  2e-37  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1475  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  38.46 
 
 		 240 aa  156  3e-37  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  decreased coverage  0.00514925  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1142  pseudouridine synthase  41.08 
 
 		 309 aa  156  3e-37  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2704  pseudouridine synthase  40.83 
 
 		 245 aa  155  4e-37  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.960401  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1454  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  43.33 
 
 		 252 aa  155  8e-37  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00702616 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5061  pseudouridine synthase  41.25 
 
 		 259 aa  154  1e-36  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0210858  normal  0.0392738 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2728  pseudouridine synthase  39.57 
 
 		 274 aa  153  2e-36  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2505  pseudouridine synthase  40.43 
 
 		 239 aa  154  2e-36  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000824724  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4425  pseudouridine synthase  40.98 
 
 		 244 aa  154  2e-36  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.223617  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2744  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  40.09 
 
 		 238 aa  154  2e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1395  pseudouridine synthase  39.41 
 
 		 242 aa  151  8.999999999999999e-36  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1597  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  40.08 
 
 		 242 aa  151  1e-35  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1354  pseudouridylate synthase  40.08 
 
 		 242 aa  150  1e-35  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0689  pseudouridine synthase  41.08 
 
 		 253 aa  150  1e-35  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1730  pseudouridine synthase  40.98 
 
 		 273 aa  151  1e-35  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1633  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  40.08 
 
 		 242 aa  151  1e-35  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2070  pseudouridine synthase  39.41 
 
 		 271 aa  150  1e-35  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0652133  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2371  16S rRNA pseudouridylate synthase A  42.49 
 
 		 231 aa  150  2e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000147517  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2573  16S rRNA pseudouridylate synthase A  42.49 
 
 		 231 aa  150  2e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.750523  hitchhiker  0.00365879 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2462  16S rRNA pseudouridylate synthase A  42.49 
 
 		 231 aa  150  2e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.983555 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2416  16S rRNA pseudouridylate synthase A  42.49 
 
 		 231 aa  150  2e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0365053  normal  0.123384 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3411  pseudouridine synthase  41.39 
 
 		 255 aa  150  2e-35  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0369  pseudouridine synthase  37.4 
 
 		 251 aa  150  2e-35  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.126334 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1355  pseudouridylate synthase  40.08 
 
 		 242 aa  150  3e-35  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1527  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  40.08 
 
 		 242 aa  150  3e-35  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2237  pseudouridine synthase  39.73 
 
 		 255 aa  149  3e-35  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.588412 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1565  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  40.08 
 
 		 242 aa  150  3e-35  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.37262e-16 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1196  pseudouridine synthase  41.49 
 
 		 238 aa  149  5e-35  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.939109  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1382  RNA pseudouridine  39.66 
 
 		 242 aa  148  9e-35  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.947274  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1493  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  39.66 
 
 		 242 aa  148  9e-35  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0955  pseudouridine synthase, Rsu  40.36 
 
 		 237 aa  148  9e-35  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.256039  normal  0.742007 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1099  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  40.36 
 
 		 237 aa  148  9e-35  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0775  16S rRNA pseudouridylate synthase A  41.88 
 
 		 231 aa  147  1.0000000000000001e-34  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.329505  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2095  pseudouridine synthase  37.96 
 
 		 264 aa  147  1.0000000000000001e-34  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.965704 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3818  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  39.66 
 
 		 242 aa  148  1.0000000000000001e-34  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000000641699 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2459  16S rRNA pseudouridylate synthase A  42.06 
 
 		 231 aa  147  1.0000000000000001e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.8368  hitchhiker  0.0000353867 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1196  pseudouridine synthase  38.49 
 
 		 242 aa  147  1.0000000000000001e-34  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1964  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  38.89 
 
 		 240 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.329965  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1153  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  38.89 
 
 		 240 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.311122  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0328  pseudouridine synthase  41.8 
 
 		 567 aa  147  2.0000000000000003e-34  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.106742 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2779  16S rRNA pseudouridylate synthase A  41.42 
 
 		 235 aa  147  2.0000000000000003e-34  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.480199  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0806  pseudouridine synthase  38.37 
 
 		 274 aa  147  2.0000000000000003e-34  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.316767  normal  0.474505 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0950  RNA pseudouridine synthase family protein  38.89 
 
 		 240 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0875  RNA pseudouridine synthase family protein  38.89 
 
 		 240 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.066222  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2175  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  40.61 
 
 		 251 aa  147  2.0000000000000003e-34  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0993  RNA pseudouridine synthase family protein  38.89 
 
 		 240 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0275653  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1000  RNA pseudouridine synthase family protein  38.89 
 
 		 240 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0273  RNA pseudouridine synthase family protein  38.89 
 
 		 240 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0216712  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>