More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cthe_3161 on replicon NC_009012
Organism: Clostridium thermocellum ATCC 27405



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009012  Cthe_3161  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  100 
 
 		 244 aa  486  1e-136  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2171  pseudouridine synthase  61.25 
 
 		 245 aa  309  2.9999999999999997e-83  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000100732  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2758  pseudouridine synthase  64.1 
 
 		 240 aa  305  4.0000000000000004e-82  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3369  pseudouridine synthase  63.95 
 
 		 242 aa  302  3.0000000000000004e-81  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1744  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  60.67 
 
 		 243 aa  302  4.0000000000000003e-81  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00693564  normal  0.573112 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4841  RNA pseudouridine synthase family protein  63.09 
 
 		 242 aa  301  8.000000000000001e-81  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.490184  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4848  RNA pseudouridylate synthase family protein  63.09 
 
 		 242 aa  301  8.000000000000001e-81  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4438  pseudouridylate synthase (ribosomal small subunit pseudouridine synthase A)  63.09 
 
 		 242 aa  301  8.000000000000001e-81  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4958  RNA pseudouridine synthase family protein  63.09 
 
 		 242 aa  300  1e-80  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4456  pseudouridylate synthase (pseudouridine synthase)  63.09 
 
 		 242 aa  300  2e-80  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3219  pseudouridine synthase  60.59 
 
 		 249 aa  298  4e-80  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4823  RNA pseudouridine synthase family protein  62.66 
 
 		 242 aa  298  5e-80  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4818  RNA pseudouridine synthase family protein  62.66 
 
 		 242 aa  297  1e-79  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0418  RNA pseudouridine synthase family protein  62.23 
 
 		 242 aa  296  2e-79  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.12702  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4537  pseudouridine synthase  63.09 
 
 		 242 aa  296  3e-79  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0675  pseudouridine synthase  61.11 
 
 		 248 aa  294  1e-78  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4602  RNA pseudouridylate synthase  63.39 
 
 		 233 aa  288  4e-77  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1807  pseudouridine synthase  60.68 
 
 		 240 aa  278  4e-74  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2546  16S pseudouridylate synthase  54.7 
 
 		 239 aa  254  7e-67  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2249  16S pseudouridylate synthase  54.7 
 
 		 239 aa  254  8e-67  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2588  pseudouridine synthase  52.4 
 
 		 245 aa  250  1e-65  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2545  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  50 
 
 		 242 aa  224  8e-58  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0744  pseudouridine synthase  49.78 
 
 		 230 aa  223  2e-57  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1843  pseudouridine synthase  48.91 
 
 		 231 aa  217  1e-55  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.48228  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1808  pseudouridine synthase  48.91 
 
 		 231 aa  217  1e-55  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2374  pseudouridine synthase  49.57 
 
 		 233 aa  213  2.9999999999999995e-54  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1220  pseudouridine synthase  44.4 
 
 		 233 aa  209  3e-53  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0096  RNA-binding S4 domain protein  47.88 
 
 		 243 aa  209  4e-53  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.110386  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1466  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  46.12 
 
 		 243 aa  205  5e-52  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  unclonable  0.000000808741  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1312  pseudouridine synthase family 1 protein  48.89 
 
 		 230 aa  204  1e-51  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0766504  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0801  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A, putative  45.73 
 
 		 239 aa  203  3e-51  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.0182974  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1475  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  45.23 
 
 		 240 aa  198  5e-50  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  decreased coverage  0.00514925  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2791  pseudouridine synthase  45.73 
 
 		 240 aa  198  7e-50  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1696  RNA-binding S4 domain protein  45.04 
 
 		 244 aa  196  2.0000000000000003e-49  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0593  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  44.44 
 
 		 239 aa  194  8.000000000000001e-49  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.0000243633  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0736  pseudouridine synthase  45.85 
 
 		 245 aa  194  1e-48  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.00000262919  decreased coverage  0.00132516 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1222  16S rRNA uridine-516 pseudouridylate synthase related pseudouridylate synthase  48.02 
 
 		 245 aa  193  2e-48  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.0000251934  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0183  pseudouridine synthase  43.88 
 
 		 257 aa  193  3e-48  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00000206046  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0860  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  40.68 
 
 		 245 aa  182  6e-45  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1494  pseudouridine synthase  44.26 
 
 		 232 aa  181  1e-44  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0660  pseudouridine synthase  41.53 
 
 		 239 aa  173  1.9999999999999998e-42  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.665428  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0684  pseudouridine synthase  41.95 
 
 		 239 aa  172  2.9999999999999996e-42  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1292  pseudouridine synthase  40.77 
 
 		 251 aa  165  5e-40  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1466  pseudouridine synthase  38.33 
 
 		 241 aa  165  5.9999999999999996e-40  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5061  pseudouridine synthase  40.87 
 
 		 259 aa  164  1.0000000000000001e-39  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0210858  normal  0.0392738 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1142  pseudouridine synthase  41.63 
 
 		 309 aa  164  1.0000000000000001e-39  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1236  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  39.83 
 
 		 269 aa  163  3e-39  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.862824 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0757  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  39.75 
 
 		 238 aa  162  5.0000000000000005e-39  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000912353  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1241  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  41.3 
 
 		 231 aa  160  1e-38  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000134561  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0916  pseudouridine synthase  39.13 
 
 		 236 aa  160  2e-38  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.952694 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1593  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  41.2 
 
 		 240 aa  159  3e-38  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1395  pseudouridine synthase  40.6 
 
 		 242 aa  159  3e-38  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02655  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  42.17 
 
 		 233 aa  159  5e-38  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1597  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  40.6 
 
 		 242 aa  159  6e-38  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3602  pseudouridine synthase  38.72 
 
 		 231 aa  158  6e-38  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1633  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  40.6 
 
 		 242 aa  159  6e-38  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1382  RNA pseudouridine  40.6 
 
 		 242 aa  158  7e-38  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.947274  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1355  pseudouridylate synthase  40.6 
 
 		 242 aa  158  7e-38  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1527  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  40.6 
 
 		 242 aa  158  7e-38  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1565  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  40.6 
 
 		 242 aa  158  7e-38  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.37262e-16 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1493  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  40.6 
 
 		 242 aa  158  7e-38  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1454  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  40.87 
 
 		 252 aa  158  7e-38  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00702616 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1354  pseudouridylate synthase  40.6 
 
 		 242 aa  158  8e-38  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3818  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  40.17 
 
 		 242 aa  157  2e-37  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000000641699 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0888  16S rRNA uridine-516 pseudouridylate synthase related enzyme  40.68 
 
 		 245 aa  157  2e-37  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000000206154 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1578  pseudouridine synthase  42.74 
 
 		 236 aa  157  2e-37  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2459  16S rRNA pseudouridylate synthase A  38.63 
 
 		 231 aa  156  3e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.8368  hitchhiker  0.0000353867 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_25330  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  41.53 
 
 		 247 aa  156  3e-37  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.411992  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1019  pseudouridine synthase  39.74 
 
 		 236 aa  155  4e-37  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1919  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  37.34 
 
 		 242 aa  155  6e-37  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000207089  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1196  pseudouridine synthase  39.74 
 
 		 242 aa  154  9e-37  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0309  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  40.34 
 
 		 255 aa  153  2e-36  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0398  pseudouridine synthase  40.76 
 
 		 243 aa  153  2e-36  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003781  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  39.13 
 
 		 233 aa  152  4e-36  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000000946261  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2785  pseudouridine synthase, Rsu  37.77 
 
 		 251 aa  152  4e-36  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.50538 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1010  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  36.89 
 
 		 243 aa  152  5e-36  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2497  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  39.39 
 
 		 251 aa  152  5e-36  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2018  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A (16S pseudouridine 516 synthase)  37.83 
 
 		 234 aa  152  5.9999999999999996e-36  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.136483  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2573  16S rRNA pseudouridylate synthase A  37.77 
 
 		 231 aa  151  1e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.750523  hitchhiker  0.00365879 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2153  pseudouridine synthase  40.09 
 
 		 245 aa  150  1e-35  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.433224  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2779  16S rRNA pseudouridylate synthase A  39.74 
 
 		 235 aa  150  1e-35  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.480199  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2416  16S rRNA pseudouridylate synthase A  37.77 
 
 		 231 aa  151  1e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0365053  normal  0.123384 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3469  pseudouridine synthase, Rsu  37.39 
 
 		 241 aa  150  1e-35  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2462  16S rRNA pseudouridylate synthase A  37.77 
 
 		 231 aa  151  1e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.983555 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2371  16S rRNA pseudouridylate synthase A  37.77 
 
 		 231 aa  151  1e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000147517  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1196  pseudouridine synthase  37.24 
 
 		 238 aa  150  2e-35  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.939109  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1013  pseudouridine synthase  38.03 
 
 		 256 aa  150  2e-35  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.163733  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_09640  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  36.96 
 
 		 249 aa  150  2e-35  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.444703  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0689  pseudouridine synthase  37.87 
 
 		 253 aa  150  2e-35  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3527  pseudouridine synthase  38.24 
 
 		 230 aa  150  2e-35  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0423129  hitchhiker  0.000538559 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1493  pseudouridine synthase  41.53 
 
 		 426 aa  149  3e-35  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.797477  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1490  16S rRNA pseudouridylate synthase A  37.77 
 
 		 235 aa  149  3e-35  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.708247  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2793  16S rRNA pseudouridylate synthase A  37.77 
 
 		 235 aa  149  3e-35  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.863598  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2718  16S rRNA pseudouridylate synthase A  37.77 
 
 		 235 aa  149  3e-35  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00684404  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1050  pseudouridine synthase  38.72 
 
 		 233 aa  149  4e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.143385  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4413  putative ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  36.17 
 
 		 240 aa  149  4e-35  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1082  pseudouridine synthase  38.03 
 
 		 256 aa  149  4e-35  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0607342  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3276  pseudouridine synthase  38.03 
 
 		 235 aa  149  6e-35  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.471385  normal  0.11353 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1545  pseudouridine synthase  38.14 
 
 		 230 aa  148  7e-35  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_06820  pseudouridine synthase family protein  37.07 
 
 		 296 aa  148  7e-35  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.493821 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>