More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daci_1168 on replicon NC_010002
Organism: Delftia acidovorans SPH-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010002  Daci_1168  pseudouridine synthase  100 
 
 		 591 aa  1146    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4291  RNA-binding S4 domain-containing protein  75.6 
 
 		 264 aa  393  1e-108  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0474  RNA-binding S4 domain-containing protein  74.4 
 
 		 360 aa  384  1e-105  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.15939 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0465  RNA-binding S4 domain protein  74.19 
 
 		 248 aa  373  1e-102  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.117084  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4985  RNA-binding S4 domain protein  68.03 
 
 		 273 aa  369  1e-101  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.33907  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0485  RNA-binding S4 domain-containing protein  72.98 
 
 		 305 aa  372  1e-101  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3595  pseudouridine synthase  72.98 
 
 		 278 aa  365  2e-99  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0606  ribosomal large subunit pseudouridine synthase F  72.98 
 
 		 266 aa  356  7.999999999999999e-97  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.000119564  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2042  RNA-binding S4 domain-containing protein  54.78 
 
 		 650 aa  350  3e-95  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.483684  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3544  RNA-binding S4  65.06 
 
 		 304 aa  350  4e-95  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.824299  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1401  hypothetical protein  54.46 
 
 		 631 aa  348  1e-94  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2024  pseudouridine synthase family protein  65.34 
 
 		 557 aa  348  2e-94  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2022  pseudouridine synthase, Rsu  52.04 
 
 		 669 aa  347  3e-94  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5332  pseudouridine synthase, Rsu  54.04 
 
 		 623 aa  347  3e-94  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.522456 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6055  pseudouridine synthase, Rsu  52.04 
 
 		 669 aa  347  3e-94  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0597355  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2586  pseudouridine synthase family protein  64.94 
 
 		 585 aa  347  4e-94  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1924  RNA-binding S4 domain-containing protein  43.68 
 
 		 646 aa  345  8.999999999999999e-94  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.257028 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1275  RNA-binding S4 domain protein  52.26 
 
 		 674 aa  345  2e-93  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.206781 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2055  pseudouridine synthase, Rsu  61.65 
 
 		 690 aa  344  2.9999999999999997e-93  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1339  RNA-binding S4 domain protein  50.93 
 
 		 627 aa  342  8e-93  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.476364  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1678  pseudouridine synthase, Rsu  61.07 
 
 		 649 aa  342  1e-92  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.151173  normal  0.0771799 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2497  RNA pseudouridine synthase family protein  48.44 
 
 		 571 aa  340  4e-92  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.142989  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1341  RNA-binding S4 domain-containing protein  63.64 
 
 		 624 aa  337  2.9999999999999997e-91  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.358627 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1432  pseudouridine synthase, Rsu  54.36 
 
 		 610 aa  337  5e-91  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000648222 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1884  pseudouridine synthase, Rsu  61.96 
 
 		 694 aa  330  4e-89  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.433738  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1558  pseudouridine synthase family protein  64.66 
 
 		 249 aa  329  8e-89  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2033  putative arginine/proline rich protein  52.72 
 
 		 421 aa  329  1.0000000000000001e-88  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0619869  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1254  RNA-binding S4 domain-containing protein  65.46 
 
 		 249 aa  327  4.0000000000000003e-88  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.0063069  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2529  pseudouridine synthase, Rsu  62.74 
 
 		 380 aa  325  1e-87  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2459  RNA-binding S4 domain protein  62.65 
 
 		 250 aa  322  9.999999999999999e-87  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0124526  hitchhiker  0.000345164 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1913  RNA-binding S4 domain-containing protein  56.55 
 
 		 416 aa  317  3e-85  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.162231 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3468  pseudouridine synthase, Rsu  54.47 
 
 		 379 aa  262  1e-68  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.242566  normal  0.43397 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0435  ribosomal large subunit pseudouridine synthase F  57.37 
 
 		 245 aa  259  8e-68  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.23799 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1106  pseudouridine synthase  56.79 
 
 		 234 aa  259  9e-68  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0733925  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0263  pseudouridine synthase, Rsu  52.21 
 
 		 243 aa  259  1e-67  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0539496  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1753  RNA-binding S4 domain protein  51.38 
 
 		 245 aa  249  1e-64  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.577127  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_2035  pseudouridine synthase  50.59 
 
 		 245 aa  240  4e-62  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011672  PHATRDRAFT_10768  predicted protein  49.21 
 
 		 252 aa  204  4e-51  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1692  pseudouridine synthase  45.85 
 
 		 255 aa  181  4e-44  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.344824 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3692  RNA-binding S4 domain-containing protein  37.17 
 
 		 266 aa  155  1e-36  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.493395  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3002  RNA-binding S4 domain protein  37.55 
 
 		 266 aa  155  2e-36  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3457  RNA-binding S4  36.96 
 
 		 262 aa  154  5e-36  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1005  RNA-binding S4 domain protein  36.18 
 
 		 227 aa  151  3e-35  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  2.0262199999999998e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4261  hypothetical protein  38.25 
 
 		 236 aa  150  8e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.28575  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_50030  hypothetical protein  37.5 
 
 		 236 aa  148  3e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.596266  normal  0.0284198 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1128  RNA-binding S4  39.53 
 
 		 248 aa  144  5e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.44972  normal  0.373423 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1390  RNA-binding S4  33.87 
 
 		 236 aa  144  6e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.553705  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0792  RNA-binding S4 domain-containing protein  37.74 
 
 		 267 aa  141  3.9999999999999997e-32  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.543217  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4021  S4 domain protein  33.06 
 
 		 236 aa  139  1e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2928  pseudouridine synthase  34.71 
 
 		 477 aa  138  2e-31  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2938  23S rRNA pseudouridine synthase F  34.27 
 
 		 355 aa  138  2e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.367273  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2613  RNA pseudouridine synthase family protein  33.33 
 
 		 298 aa  137  5e-31  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1707  RNA-binding S4 domain-containing protein  34.41 
 
 		 236 aa  137  7.000000000000001e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.067954 
 
 
-
 
NC_009356  OSTLU_6806  predicted protein  38.34 
 
 		 249 aa  136  9.999999999999999e-31  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01258  pseudouridylate synthase  32.65 
 
 		 384 aa  136  9.999999999999999e-31  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004196  ribosomal large subunit pseudouridine synthase F  33.2 
 
 		 385 aa  135  1.9999999999999998e-30  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00815873  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2299  ribosomal large subunit pseudouridine synthase f  33.33 
 
 		 298 aa  135  1.9999999999999998e-30  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6011  pseudouridine synthase  33.33 
 
 		 389 aa  135  3e-30  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1987  ribosomal large subunit pseudouridine synthase F  32.53 
 
 		 314 aa  129  1.0000000000000001e-28  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.514849  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3854  pseudouridine synthase  31.45 
 
 		 348 aa  129  1.0000000000000001e-28  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3362  RNA-binding S4 domain-containing protein  37.55 
 
 		 251 aa  129  2.0000000000000002e-28  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1816  pseudouridine synthase family 1 protein  32.13 
 
 		 340 aa  128  3e-28  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0908  23S rRNA pseudouridine synthase F  33.6 
 
 		 328 aa  126  1e-27  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.500296  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1646  pseudouridine synthase, Rsu  32.81 
 
 		 317 aa  126  1e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16880  16S rRNA uridine-516 pseudouridylate synthase  36.14 
 
 		 236 aa  126  1e-27  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2242  pseudouridine synthase  34.8 
 
 		 318 aa  125  2e-27  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.708681 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1235  pseudouridine synthase  34.01 
 
 		 248 aa  124  3e-27  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.176862  normal  0.0316242 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4604  23S rRNA pseudouridine synthase F  36.48 
 
 		 289 aa  124  6e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0855  23S rRNA pseudouridine synthase F  32.79 
 
 		 332 aa  124  6e-27  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.532937 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1743  pseudouridine synthase  35.04 
 
 		 235 aa  123  9.999999999999999e-27  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4530  23S rRNA pseudouridine synthase F  36.63 
 
 		 289 aa  123  9.999999999999999e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.115437  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4405  23S rRNA pseudouridine synthase F  36.63 
 
 		 289 aa  123  9.999999999999999e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.15276 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4444  23S rRNA pseudouridine synthase F  36.63 
 
 		 289 aa  122  9.999999999999999e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4528  23S rRNA pseudouridine synthase F  36.63 
 
 		 289 aa  122  9.999999999999999e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.358582 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3815  23S rRNA pseudouridine synthase F  33.87 
 
 		 332 aa  122  1.9999999999999998e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3069  23S rRNA pseudouridine synthase F  32.38 
 
 		 290 aa  121  3e-26  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1189  RNA-binding S4  35.08 
 
 		 236 aa  121  3e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.206395 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2990  23S rRNA pseudouridine synthase F  32.38 
 
 		 290 aa  121  3.9999999999999996e-26  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1748  23S rRNA pseudouridine synthase F  33.73 
 
 		 309 aa  120  7e-26  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.442205  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4677  RNA pseudouridine synthase family protein  33.73 
 
 		 229 aa  120  7e-26  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000310773  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13243  pseudouridine synthase, Rsu  33.47 
 
 		 244 aa  120  7.999999999999999e-26  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03894  23S rRNA pseudouridine synthase  36.99 
 
 		 290 aa  119  9.999999999999999e-26  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3975  pseudouridine synthase  36.99 
 
 		 290 aa  119  9.999999999999999e-26  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1217  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  34.12 
 
 		 258 aa  119  9.999999999999999e-26  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000897909  hitchhiker  0.000000206079 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0782  ribosomal large subunit pseudouridine synthase F  33.33 
 
 		 324 aa  119  9.999999999999999e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.168526  normal  0.0685581 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03854  hypothetical protein  36.99 
 
 		 290 aa  119  9.999999999999999e-26  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1403  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  35.69 
 
 		 247 aa  119  1.9999999999999998e-25  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.645637  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0226  23S rRNA pseudouridine synthase F  34.41 
 
 		 289 aa  119  1.9999999999999998e-25  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.387458  normal  0.300617 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4661  RNA pseudouridine synthase family protein  33.33 
 
 		 229 aa  118  3e-25  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.636337  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0660  pseudouridine synthase  32.93 
 
 		 239 aa  118  3e-25  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.665428  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1191  S4 domain-containing protein  33.47 
 
 		 236 aa  118  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0987  ribosomal large subunit pseudouridine synthase f  30.08 
 
 		 228 aa  118  3.9999999999999997e-25  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5500  23S rRNA pseudouridine synthase F  36.73 
 
 		 290 aa  117  6e-25  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4008  23S rRNA pseudouridine synthase F  36.73 
 
 		 290 aa  117  6e-25  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.098553 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4566  23S rRNA pseudouridine synthase F  36.73 
 
 		 290 aa  117  6e-25  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0498  RNA-binding S4 domain protein  26.89 
 
 		 472 aa  117  6e-25  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4525  23S rRNA pseudouridine synthase F  36.73 
 
 		 290 aa  117  6.9999999999999995e-25  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4258  23S rRNA pseudouridine synthase F  36.73 
 
 		 290 aa  117  7.999999999999999e-25  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.520843  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4483  23S rRNA pseudouridine synthase F  36.73 
 
 		 290 aa  117  8.999999999999998e-25  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.429263 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1204  ribosomal large subunit pseudouridine synthase F  32.26 
 
 		 240 aa  116  8.999999999999998e-25  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.501525  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>