More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnap_3362 on replicon NC_008781
Organism: Polaromonas naphthalenivorans CJ2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008781  Pnap_3362  RNA-binding S4 domain-containing protein  100 
 
 		 251 aa  512  1e-144  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1128  RNA-binding S4  79.2 
 
 		 248 aa  404  1.0000000000000001e-112  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.44972  normal  0.373423 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3457  RNA-binding S4  57.2 
 
 		 262 aa  279  2e-74  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3002  RNA-binding S4 domain protein  54.58 
 
 		 266 aa  273  2.0000000000000002e-72  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3692  RNA-binding S4 domain-containing protein  54.2 
 
 		 266 aa  270  2e-71  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.493395  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4261  hypothetical protein  54.58 
 
 		 236 aa  260  1e-68  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.28575  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4021  S4 domain protein  49 
 
 		 236 aa  248  4e-65  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1390  RNA-binding S4  49.8 
 
 		 236 aa  249  4e-65  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.553705  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_50030  hypothetical protein  51.79 
 
 		 236 aa  246  2e-64  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.596266  normal  0.0284198 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0792  RNA-binding S4 domain-containing protein  51.97 
 
 		 267 aa  242  3.9999999999999997e-63  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.543217  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4225  RNA-binding S4 domain-containing protein  49.4 
 
 		 236 aa  231  6e-60  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4018  RNA-binding S4 domain-containing protein  49.8 
 
 		 252 aa  229  4e-59  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00119907 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1191  S4 domain-containing protein  47.81 
 
 		 236 aa  227  1e-58  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0873  RNA-binding S4 domain protein  50 
 
 		 237 aa  226  2e-58  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1222  RNA-binding S4 domain-containing protein  47.41 
 
 		 247 aa  224  8e-58  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1707  RNA-binding S4 domain-containing protein  47.01 
 
 		 236 aa  224  1e-57  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.067954 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1189  RNA-binding S4  47.81 
 
 		 236 aa  221  6e-57  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.206395 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16880  16S rRNA uridine-516 pseudouridylate synthase  49.8 
 
 		 236 aa  219  3e-56  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1889  RNA-binding S4 domain-containing protein  47.51 
 
 		 264 aa  208  8e-53  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.610472  normal  0.35019 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1451  RNA-binding S4 domain-containing protein  46.43 
 
 		 247 aa  199  3.9999999999999996e-50  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.28914  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2033  putative arginine/proline rich protein  43.35 
 
 		 421 aa  167  1e-40  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0619869  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1753  RNA-binding S4 domain protein  39.62 
 
 		 245 aa  160  2e-38  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.577127  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_2035  pseudouridine synthase  39.22 
 
 		 245 aa  158  8e-38  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2529  pseudouridine synthase, Rsu  40.8 
 
 		 380 aa  154  1e-36  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0435  ribosomal large subunit pseudouridine synthase F  41.73 
 
 		 245 aa  154  2e-36  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.23799 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2950  RNA-binding S4 domain protein  40.55 
 
 		 232 aa  150  1e-35  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.138382 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1558  pseudouridine synthase family protein  38.13 
 
 		 249 aa  149  5e-35  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1884  pseudouridine synthase, Rsu  40.23 
 
 		 694 aa  149  6e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.433738  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3251  RNA pseudouridine synthase family protein  38.52 
 
 		 563 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.9005  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1332  RNA pseudouridine synthase family protein  38.52 
 
 		 559 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.126858  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2586  pseudouridine synthase family protein  38.52 
 
 		 585 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2497  RNA pseudouridine synthase family protein  38.52 
 
 		 571 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.142989  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2440  RNA pseudouridine synthase family protein  38.52 
 
 		 574 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1254  RNA-binding S4 domain-containing protein  37.25 
 
 		 249 aa  146  2.0000000000000003e-34  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.0063069  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2060  RNA pseudouridine synthase family protein  38.52 
 
 		 559 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.239559  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2024  pseudouridine synthase family protein  38.52 
 
 		 557 aa  146  4.0000000000000006e-34  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1432  pseudouridine synthase, Rsu  39.85 
 
 		 610 aa  144  1e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000648222 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4291  RNA-binding S4 domain-containing protein  40.08 
 
 		 264 aa  140  9.999999999999999e-33  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1341  RNA-binding S4 domain-containing protein  38.91 
 
 		 624 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.358627 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1924  RNA-binding S4 domain-containing protein  38.52 
 
 		 646 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.257028 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2055  pseudouridine synthase, Rsu  38.52 
 
 		 690 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1106  pseudouridine synthase  39.76 
 
 		 234 aa  140  1.9999999999999998e-32  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0733925  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1401  hypothetical protein  39.1 
 
 		 631 aa  139  6e-32  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0263  pseudouridine synthase, Rsu  36.51 
 
 		 243 aa  137  1e-31  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0539496  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2459  RNA-binding S4 domain protein  35.38 
 
 		 250 aa  136  3.0000000000000003e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0124526  hitchhiker  0.000345164 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3595  pseudouridine synthase  38.22 
 
 		 278 aa  135  8e-31  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0474  RNA-binding S4 domain-containing protein  37.55 
 
 		 360 aa  135  9e-31  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.15939 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0465  RNA-binding S4 domain protein  37.16 
 
 		 248 aa  134  9e-31  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.117084  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5332  pseudouridine synthase, Rsu  38.13 
 
 		 623 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.522456 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1168  pseudouridine synthase  37.55 
 
 		 591 aa  133  1.9999999999999998e-30  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6055  pseudouridine synthase, Rsu  37.74 
 
 		 669 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0597355  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2022  pseudouridine synthase, Rsu  37.74 
 
 		 669 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2042  RNA-binding S4 domain-containing protein  37.74 
 
 		 650 aa  132  3.9999999999999996e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.483684  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4985  RNA-binding S4 domain protein  34.3 
 
 		 273 aa  132  3.9999999999999996e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.33907  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1913  RNA-binding S4 domain-containing protein  40.08 
 
 		 416 aa  132  3.9999999999999996e-30  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.162231 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1339  RNA-binding S4 domain protein  36.84 
 
 		 627 aa  130  2.0000000000000002e-29  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.476364  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1275  RNA-binding S4 domain protein  37.22 
 
 		 674 aa  130  3e-29  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.206781 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3468  pseudouridine synthase, Rsu  38.43 
 
 		 379 aa  124  1e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.242566  normal  0.43397 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3544  RNA-binding S4  34.64 
 
 		 304 aa  123  2e-27  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.824299  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0606  ribosomal large subunit pseudouridine synthase F  35.55 
 
 		 266 aa  124  2e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.000119564  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1678  pseudouridine synthase, Rsu  35 
 
 		 649 aa  124  2e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.151173  normal  0.0771799 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0485  RNA-binding S4 domain-containing protein  36.84 
 
 		 305 aa  123  2e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011672  PHATRDRAFT_10768  predicted protein  32.43 
 
 		 252 aa  97.4  2e-19  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1005  RNA-binding S4 domain protein  26.94 
 
 		 227 aa  94.4  1e-18  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  2.0262199999999998e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1692  pseudouridine synthase  31.75 
 
 		 255 aa  91.7  1e-17  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.344824 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2299  ribosomal large subunit pseudouridine synthase f  25.51 
 
 		 298 aa  82  0.000000000000009  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0660  pseudouridine synthase  27.98 
 
 		 239 aa  80.9  0.00000000000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.665428  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1816  pseudouridine synthase family 1 protein  25.59 
 
 		 340 aa  80.5  0.00000000000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2613  RNA pseudouridine synthase family protein  24.7 
 
 		 298 aa  79.3  0.00000000000005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0684  pseudouridine synthase  29.39 
 
 		 239 aa  78.2  0.0000000000001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1241  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  27.42 
 
 		 231 aa  77  0.0000000000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000134561  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004196  ribosomal large subunit pseudouridine synthase F  25.91 
 
 		 385 aa  75.5  0.0000000000008  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00815873  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0782  ribosomal large subunit pseudouridine synthase F  25.6 
 
 		 324 aa  75.1  0.000000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.168526  normal  0.0685581 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01258  pseudouridylate synthase  25.91 
 
 		 384 aa  74.3  0.000000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3089  pseudouridine synthase  26.46 
 
 		 266 aa  74.3  0.000000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.000000212991  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1172  pseudouridine synthase  26.46 
 
 		 266 aa  73.6  0.000000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.8005300000000004e-32 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4379  pseudouridine synthase  23.11 
 
 		 229 aa  72.8  0.000000000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2242  pseudouridine synthase  25.2 
 
 		 318 aa  72  0.000000000008  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.708681 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4674  RNA pseudouridylate synthase family protein  23.51 
 
 		 229 aa  72  0.000000000009  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1220  pseudouridine synthase  25.2 
 
 		 233 aa  71.6  0.00000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07230  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  26.51 
 
 		 237 aa  71.2  0.00000000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000010493  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0577  RNA pseudouridine synthase family protein  23.11 
 
 		 229 aa  71.6  0.00000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009356  OSTLU_6806  predicted protein  26 
 
 		 249 aa  70.9  0.00000000002  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4661  RNA pseudouridine synthase family protein  22.71 
 
 		 229 aa  70.5  0.00000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.636337  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_09640  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  28.17 
 
 		 249 aa  71.2  0.00000000002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.444703  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1401  pseudouridine synthase  28.96 
 
 		 250 aa  70.5  0.00000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.288863  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0058  pseudouridine synthase  27.82 
 
 		 241 aa  70.5  0.00000000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003781  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  27.6 
 
 		 233 aa  70.5  0.00000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000000946261  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4284  pseudouridylate synthase  23.11 
 
 		 229 aa  67.8  0.0000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3238  pseudouridine synthase  22.57 
 
 		 229 aa  68.2  0.0000000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.643571  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4664  RNA pseudouridine synthase family protein  23.11 
 
 		 229 aa  68.2  0.0000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000338172 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4446  RNA pseudouridylate synthase  23.11 
 
 		 229 aa  67.8  0.0000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4792  RNA pseudouridine synthase family protein  23.11 
 
 		 229 aa  67.8  0.0000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4677  RNA pseudouridine synthase family protein  22.31 
 
 		 229 aa  67.8  0.0000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000310773  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2614  pseudouridine synthase, Rsu  28.92 
 
 		 230 aa  67.8  0.0000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.736823 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4295  tRNA pseudouridine synthase A  22.31 
 
 		 229 aa  66.6  0.0000000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.502862  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2505  pseudouridine synthase  26.38 
 
 		 239 aa  66.6  0.0000000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000824724  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2728  pseudouridine synthase  30.36 
 
 		 274 aa  66.2  0.0000000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1403  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  27.09 
 
 		 247 aa  66.2  0.0000000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.645637  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0916  RNA pseudouridine synthase family protein  25.39 
 
 		 314 aa  65.5  0.0000000007  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>