More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputW619_4018 on replicon NC_010501
Organism: Pseudomonas putida W619



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010501  PputW619_4018  RNA-binding S4 domain-containing protein  100 
 
 		 252 aa  513  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00119907 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4225  RNA-binding S4 domain-containing protein  90.25 
 
 		 236 aa  439  9.999999999999999e-123  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1191  S4 domain-containing protein  88.56 
 
 		 236 aa  429  1e-119  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1222  RNA-binding S4 domain-containing protein  85.77 
 
 		 247 aa  427  1e-118  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1189  RNA-binding S4  60.17 
 
 		 236 aa  284  1.0000000000000001e-75  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.206395 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1390  RNA-binding S4  52.97 
 
 		 236 aa  270  1e-71  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.553705  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4021  S4 domain protein  52.54 
 
 		 236 aa  269  2.9999999999999997e-71  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1707  RNA-binding S4 domain-containing protein  56.67 
 
 		 236 aa  262  4e-69  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.067954 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4261  hypothetical protein  54.66 
 
 		 236 aa  244  8e-64  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.28575  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16880  16S rRNA uridine-516 pseudouridylate synthase  52.97 
 
 		 236 aa  235  5.0000000000000005e-61  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1128  RNA-binding S4  52.63 
 
 		 248 aa  228  8e-59  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.44972  normal  0.373423 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_50030  hypothetical protein  50.85 
 
 		 236 aa  225  6e-58  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.596266  normal  0.0284198 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3457  RNA-binding S4  46.64 
 
 		 262 aa  216  2e-55  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3362  RNA-binding S4 domain-containing protein  49.8 
 
 		 251 aa  215  7e-55  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3692  RNA-binding S4 domain-containing protein  44.4 
 
 		 266 aa  197  1.0000000000000001e-49  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.493395  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3002  RNA-binding S4 domain protein  43.63 
 
 		 266 aa  196  3e-49  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0873  RNA-binding S4 domain protein  46.38 
 
 		 237 aa  189  2.9999999999999997e-47  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0792  RNA-binding S4 domain-containing protein  45.42 
 
 		 267 aa  185  5e-46  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.543217  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1451  RNA-binding S4 domain-containing protein  44.67 
 
 		 247 aa  181  1e-44  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.28914  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1889  RNA-binding S4 domain-containing protein  40.94 
 
 		 264 aa  156  4e-37  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.610472  normal  0.35019 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2950  RNA-binding S4 domain protein  42.13 
 
 		 232 aa  147  2.0000000000000003e-34  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.138382 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1753  RNA-binding S4 domain protein  36.73 
 
 		 245 aa  143  3e-33  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.577127  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_2035  pseudouridine synthase  36.73 
 
 		 245 aa  141  8e-33  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2529  pseudouridine synthase, Rsu  35.52 
 
 		 380 aa  140  1.9999999999999998e-32  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0435  ribosomal large subunit pseudouridine synthase F  35.92 
 
 		 245 aa  136  3.0000000000000003e-31  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.23799 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0263  pseudouridine synthase, Rsu  36.63 
 
 		 243 aa  133  3e-30  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0539496  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2459  RNA-binding S4 domain protein  33.73 
 
 		 250 aa  132  6e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0124526  hitchhiker  0.000345164 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1106  pseudouridine synthase  33.92 
 
 		 234 aa  126  3e-28  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0733925  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2033  putative arginine/proline rich protein  36.8 
 
 		 421 aa  124  1e-27  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0619869  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1678  pseudouridine synthase, Rsu  34.8 
 
 		 649 aa  122  4e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.151173  normal  0.0771799 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1432  pseudouridine synthase, Rsu  35.43 
 
 		 610 aa  122  5e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000648222 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1913  RNA-binding S4 domain-containing protein  33.58 
 
 		 416 aa  122  6e-27  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.162231 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1558  pseudouridine synthase family protein  34.54 
 
 		 249 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2024  pseudouridine synthase family protein  35.34 
 
 		 557 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2586  pseudouridine synthase family protein  34.94 
 
 		 585 aa  117  9.999999999999999e-26  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2060  RNA pseudouridine synthase family protein  34.94 
 
 		 559 aa  117  9.999999999999999e-26  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.239559  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3251  RNA pseudouridine synthase family protein  34.94 
 
 		 563 aa  117  9.999999999999999e-26  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.9005  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2497  RNA pseudouridine synthase family protein  34.94 
 
 		 571 aa  117  9.999999999999999e-26  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.142989  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1332  RNA pseudouridine synthase family protein  34.94 
 
 		 559 aa  117  9.999999999999999e-26  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.126858  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1401  hypothetical protein  35.43 
 
 		 631 aa  117  1.9999999999999998e-25  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2440  RNA pseudouridine synthase family protein  34.94 
 
 		 574 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1254  RNA-binding S4 domain-containing protein  33.73 
 
 		 249 aa  116  3e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.0063069  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1341  RNA-binding S4 domain-containing protein  33.6 
 
 		 624 aa  117  3e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.358627 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4291  RNA-binding S4 domain-containing protein  32.81 
 
 		 264 aa  114  2.0000000000000002e-24  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1339  RNA-binding S4 domain protein  34.78 
 
 		 627 aa  113  3e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.476364  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5332  pseudouridine synthase, Rsu  33.33 
 
 		 623 aa  112  6e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.522456 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3595  pseudouridine synthase  31.09 
 
 		 278 aa  112  6e-24  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1924  RNA-binding S4 domain-containing protein  32.93 
 
 		 646 aa  112  8.000000000000001e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.257028 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6055  pseudouridine synthase, Rsu  32.93 
 
 		 669 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0597355  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2055  pseudouridine synthase, Rsu  32.93 
 
 		 690 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2022  pseudouridine synthase, Rsu  32.93 
 
 		 669 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0465  RNA-binding S4 domain protein  31.85 
 
 		 248 aa  110  2.0000000000000002e-23  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.117084  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4985  RNA-binding S4 domain protein  29.59 
 
 		 273 aa  110  2.0000000000000002e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.33907  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2042  RNA-binding S4 domain-containing protein  32.93 
 
 		 650 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.483684  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1275  RNA-binding S4 domain protein  34.39 
 
 		 674 aa  109  3e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.206781 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0474  RNA-binding S4 domain-containing protein  31.85 
 
 		 360 aa  108  6e-23  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.15939 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3468  pseudouridine synthase, Rsu  30.99 
 
 		 379 aa  107  2e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.242566  normal  0.43397 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1884  pseudouridine synthase, Rsu  32.41 
 
 		 694 aa  107  2e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.433738  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1168  pseudouridine synthase  31.05 
 
 		 591 aa  107  2e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0606  ribosomal large subunit pseudouridine synthase F  32.54 
 
 		 266 aa  107  2e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.000119564  normal  1 
 
 
-
 
NC_011672  PHATRDRAFT_10768  predicted protein  31.95 
 
 		 252 aa  100  2e-20  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3544  RNA-binding S4  28.46 
 
 		 304 aa  99  7e-20  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.824299  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0485  RNA-binding S4 domain-containing protein  29.48 
 
 		 305 aa  95.5  7e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1816  pseudouridine synthase family 1 protein  28.33 
 
 		 340 aa  94.7  1e-18  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1692  pseudouridine synthase  28.99 
 
 		 255 aa  94.4  2e-18  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.344824 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01258  pseudouridylate synthase  27.85 
 
 		 384 aa  89.4  5e-17  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004196  ribosomal large subunit pseudouridine synthase F  27.43 
 
 		 385 aa  87.4  2e-16  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00815873  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2299  ribosomal large subunit pseudouridine synthase f  28.21 
 
 		 298 aa  86.7  3e-16  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2613  RNA pseudouridine synthase family protein  27.47 
 
 		 298 aa  85.9  6e-16  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1005  RNA-binding S4 domain protein  23.61 
 
 		 227 aa  82.8  0.000000000000005  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  2.0262199999999998e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2242  pseudouridine synthase  28.51 
 
 		 318 aa  82.4  0.000000000000006  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.708681 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1987  ribosomal large subunit pseudouridine synthase F  27.16 
 
 		 314 aa  80.1  0.00000000000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.514849  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13243  pseudouridine synthase, Rsu  26.16 
 
 		 244 aa  79.3  0.00000000000005  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1403  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  28.94 
 
 		 247 aa  77.8  0.0000000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.645637  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2990  23S rRNA pseudouridine synthase F  25.32 
 
 		 290 aa  77  0.0000000000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3069  23S rRNA pseudouridine synthase F  25.32 
 
 		 290 aa  77  0.0000000000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0684  pseudouridine synthase  26.18 
 
 		 239 aa  75.9  0.0000000000006  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1384  RNA-binding S4 domain-containing protein  23.67 
 
 		 302 aa  75.9  0.0000000000007  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.176082  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0660  pseudouridine synthase  25.75 
 
 		 239 aa  75.5  0.0000000000007  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.665428  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00765  putative ribosomal large subunit pseudouridine synthase  25.96 
 
 		 259 aa  75.1  0.000000000001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.385176  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1235  pseudouridine synthase  25.96 
 
 		 248 aa  75.1  0.000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.176862  normal  0.0316242 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0855  23S rRNA pseudouridine synthase F  25.32 
 
 		 332 aa  74.7  0.000000000001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.532937 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0908  23S rRNA pseudouridine synthase F  25.74 
 
 		 328 aa  74.7  0.000000000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.500296  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0806  pseudouridine synthase  28.41 
 
 		 274 aa  74.3  0.000000000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.316767  normal  0.474505 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2192  RNA-binding S4 domain-containing protein  25.1 
 
 		 235 aa  74.3  0.000000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.731966  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0689  pseudouridine synthase  27.94 
 
 		 253 aa  73.6  0.000000000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2938  23S rRNA pseudouridine synthase F  25.32 
 
 		 355 aa  73.6  0.000000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.367273  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0226  23S rRNA pseudouridine synthase F  26.25 
 
 		 289 aa  73.2  0.000000000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.387458  normal  0.300617 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3815  23S rRNA pseudouridine synthase F  25 
 
 		 332 aa  72.8  0.000000000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4604  23S rRNA pseudouridine synthase F  26.16 
 
 		 289 aa  72.4  0.000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0916  RNA pseudouridine synthase family protein  26.19 
 
 		 314 aa  72  0.000000000008  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6011  pseudouridine synthase  26.56 
 
 		 389 aa  72  0.000000000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4528  23S rRNA pseudouridine synthase F  26.27 
 
 		 289 aa  71.2  0.00000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.358582 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4530  23S rRNA pseudouridine synthase F  26.27 
 
 		 289 aa  71.2  0.00000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.115437  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4444  23S rRNA pseudouridine synthase F  26.27 
 
 		 289 aa  71.2  0.00000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4405  23S rRNA pseudouridine synthase F  26.27 
 
 		 289 aa  71.2  0.00000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.15276 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1217  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  26.38 
 
 		 258 aa  71.2  0.00000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000897909  hitchhiker  0.000000206079 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03854  hypothetical protein  27.05 
 
 		 290 aa  70.9  0.00000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4483  23S rRNA pseudouridine synthase F  27.05 
 
 		 290 aa  70.9  0.00000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.429263 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4525  23S rRNA pseudouridine synthase F  27.05 
 
 		 290 aa  70.9  0.00000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>