More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_4985 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_4985  RNA-binding S4 domain protein  100 
 
 		 273 aa  559  1e-158  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.33907  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3544  RNA-binding S4  77.53 
 
 		 304 aa  413  1e-114  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.824299  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4291  RNA-binding S4 domain-containing protein  70.96 
 
 		 264 aa  387  1e-106  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0474  RNA-binding S4 domain-containing protein  68.42 
 
 		 360 aa  369  1e-101  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.15939 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1168  pseudouridine synthase  68.03 
 
 		 591 aa  370  1e-101  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0465  RNA-binding S4 domain protein  67.67 
 
 		 248 aa  364  1e-100  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.117084  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0606  ribosomal large subunit pseudouridine synthase F  71.43 
 
 		 266 aa  363  2e-99  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.000119564  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3595  pseudouridine synthase  69.37 
 
 		 278 aa  352  5e-96  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0485  RNA-binding S4 domain-containing protein  66.17 
 
 		 305 aa  351  5.9999999999999994e-96  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1275  RNA-binding S4 domain protein  62.17 
 
 		 674 aa  340  1e-92  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.206781 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1432  pseudouridine synthase, Rsu  63.3 
 
 		 610 aa  339  2.9999999999999998e-92  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000648222 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1339  RNA-binding S4 domain protein  61.8 
 
 		 627 aa  338  8e-92  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.476364  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2024  pseudouridine synthase family protein  62.92 
 
 		 557 aa  336  1.9999999999999998e-91  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1401  hypothetical protein  62.92 
 
 		 631 aa  336  2.9999999999999997e-91  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1884  pseudouridine synthase, Rsu  63.67 
 
 		 694 aa  335  3.9999999999999995e-91  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.433738  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2440  RNA pseudouridine synthase family protein  61.8 
 
 		 574 aa  332  3e-90  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1678  pseudouridine synthase, Rsu  62.5 
 
 		 649 aa  332  4e-90  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.151173  normal  0.0771799 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2060  RNA pseudouridine synthase family protein  62.17 
 
 		 559 aa  332  5e-90  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.239559  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1332  RNA pseudouridine synthase family protein  62.17 
 
 		 559 aa  332  5e-90  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.126858  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3251  RNA pseudouridine synthase family protein  62.17 
 
 		 563 aa  332  5e-90  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.9005  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2497  RNA pseudouridine synthase family protein  61.8 
 
 		 571 aa  332  5e-90  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.142989  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2586  pseudouridine synthase family protein  62.17 
 
 		 585 aa  332  6e-90  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1558  pseudouridine synthase family protein  61.8 
 
 		 249 aa  327  9e-89  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2459  RNA-binding S4 domain protein  62.92 
 
 		 250 aa  326  3e-88  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0124526  hitchhiker  0.000345164 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1341  RNA-binding S4 domain-containing protein  62.77 
 
 		 624 aa  325  4.0000000000000003e-88  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.358627 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1913  RNA-binding S4 domain-containing protein  62.26 
 
 		 416 aa  323  2e-87  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.162231 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2055  pseudouridine synthase, Rsu  61.05 
 
 		 690 aa  322  4e-87  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1924  RNA-binding S4 domain-containing protein  61.05 
 
 		 646 aa  322  5e-87  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.257028 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2529  pseudouridine synthase, Rsu  63.16 
 
 		 380 aa  318  9e-86  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2033  putative arginine/proline rich protein  59.77 
 
 		 421 aa  316  2e-85  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0619869  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5332  pseudouridine synthase, Rsu  60.67 
 
 		 623 aa  314  9.999999999999999e-85  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.522456 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2022  pseudouridine synthase, Rsu  60.3 
 
 		 669 aa  314  9.999999999999999e-85  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6055  pseudouridine synthase, Rsu  60.3 
 
 		 669 aa  314  9.999999999999999e-85  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0597355  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2042  RNA-binding S4 domain-containing protein  60.3 
 
 		 650 aa  313  2.9999999999999996e-84  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.483684  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1254  RNA-binding S4 domain-containing protein  60.67 
 
 		 249 aa  308  9e-83  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.0063069  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0263  pseudouridine synthase, Rsu  53.18 
 
 		 243 aa  275  8e-73  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0539496  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0435  ribosomal large subunit pseudouridine synthase F  56.13 
 
 		 245 aa  271  8.000000000000001e-72  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.23799 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1753  RNA-binding S4 domain protein  53.14 
 
 		 245 aa  265  5e-70  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.577127  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1106  pseudouridine synthase  57.09 
 
 		 234 aa  265  7e-70  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0733925  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3468  pseudouridine synthase, Rsu  54.04 
 
 		 379 aa  265  8e-70  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.242566  normal  0.43397 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_2035  pseudouridine synthase  51.65 
 
 		 245 aa  255  5e-67  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011672  PHATRDRAFT_10768  predicted protein  48.35 
 
 		 252 aa  217  2e-55  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1692  pseudouridine synthase  41.39 
 
 		 255 aa  185  5e-46  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.344824 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1005  RNA-binding S4 domain protein  35.45 
 
 		 227 aa  162  8.000000000000001e-39  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  2.0262199999999998e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_50030  hypothetical protein  36.26 
 
 		 236 aa  157  1e-37  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.596266  normal  0.0284198 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4261  hypothetical protein  37.87 
 
 		 236 aa  156  4e-37  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.28575  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0792  RNA-binding S4 domain-containing protein  38.13 
 
 		 267 aa  152  8e-36  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.543217  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3002  RNA-binding S4 domain protein  35.79 
 
 		 266 aa  150  2e-35  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3457  RNA-binding S4  34.64 
 
 		 262 aa  149  3e-35  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3692  RNA-binding S4 domain-containing protein  35.45 
 
 		 266 aa  149  5e-35  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.493395  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1390  RNA-binding S4  35.38 
 
 		 236 aa  149  7e-35  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.553705  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4021  S4 domain protein  35.02 
 
 		 236 aa  147  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1128  RNA-binding S4  36.3 
 
 		 248 aa  146  4.0000000000000006e-34  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.44972  normal  0.373423 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6011  pseudouridine synthase  36.19 
 
 		 389 aa  142  9e-33  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009356  OSTLU_6806  predicted protein  35.53 
 
 		 249 aa  140  1.9999999999999998e-32  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1707  RNA-binding S4 domain-containing protein  35.07 
 
 		 236 aa  139  4.999999999999999e-32  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.067954 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01258  pseudouridylate synthase  34.22 
 
 		 384 aa  137  1e-31  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2299  ribosomal large subunit pseudouridine synthase f  33.33 
 
 		 298 aa  138  1e-31  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16880  16S rRNA uridine-516 pseudouridylate synthase  34.8 
 
 		 236 aa  136  4e-31  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2613  RNA pseudouridine synthase family protein  32.83 
 
 		 298 aa  136  4e-31  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004196  ribosomal large subunit pseudouridine synthase F  33.84 
 
 		 385 aa  134  9.999999999999999e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00815873  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2242  pseudouridine synthase  33.58 
 
 		 318 aa  134  1.9999999999999998e-30  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.708681 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1816  pseudouridine synthase family 1 protein  32.96 
 
 		 340 aa  134  1.9999999999999998e-30  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01765  RNA pseudouridine synthase family protein  34.15 
 
 		 248 aa  132  5e-30  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  decreased coverage  0.00504065  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1987  ribosomal large subunit pseudouridine synthase F  32.96 
 
 		 314 aa  132  9e-30  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.514849  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1189  RNA-binding S4  37.73 
 
 		 236 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.206395 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1235  pseudouridine synthase  34.59 
 
 		 248 aa  130  3e-29  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.176862  normal  0.0316242 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0058  pseudouridine synthase  34.42 
 
 		 241 aa  129  7.000000000000001e-29  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13243  pseudouridine synthase, Rsu  33.58 
 
 		 244 aa  128  1.0000000000000001e-28  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1451  RNA-binding S4 domain-containing protein  34.33 
 
 		 247 aa  128  1.0000000000000001e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.28914  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1403  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  35.32 
 
 		 247 aa  127  2.0000000000000002e-28  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.645637  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2417  RNA pseudouridylate synthase family protein  32.08 
 
 		 238 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2221  RNA pseudouridylate synthase  32.08 
 
 		 238 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2160  pseudouridylate synthase (pseudouridine synthase)  32.08 
 
 		 238 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.28876  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2144  tRNA pseudouridine synthase A  32.08 
 
 		 238 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1301  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  36.74 
 
 		 236 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2386  RNA pseudouridine synthase family protein  32.08 
 
 		 238 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2938  23S rRNA pseudouridine synthase F  33.96 
 
 		 355 aa  127  2.0000000000000002e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.367273  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2488  RNA pseudouridine synthase family protein  32.08 
 
 		 235 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.970242  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2403  RNA pseudouridine synthase family protein  32.08 
 
 		 235 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2353  RNA pseudouridine synthase family protein  32.08 
 
 		 235 aa  127  3e-28  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1217  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  34.43 
 
 		 258 aa  126  4.0000000000000003e-28  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000897909  hitchhiker  0.000000206079 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1646  pseudouridine synthase, Rsu  34.41 
 
 		 317 aa  126  4.0000000000000003e-28  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2974  RNA pseudouridine synthase family protein  32.08 
 
 		 235 aa  126  5e-28  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.462691 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0693  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  33.7 
 
 		 239 aa  125  5e-28  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0603  23S rRNA pseudouridine synthase F  32.22 
 
 		 293 aa  125  6e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.10967  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0987  ribosomal large subunit pseudouridine synthase f  31.06 
 
 		 228 aa  125  9e-28  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1527  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  34.81 
 
 		 242 aa  124  1e-27  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1382  RNA pseudouridine  34.81 
 
 		 242 aa  124  1e-27  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.947274  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1355  pseudouridylate synthase  34.81 
 
 		 242 aa  124  1e-27  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4604  23S rRNA pseudouridine synthase F  35.16 
 
 		 289 aa  125  1e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1493  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  34.81 
 
 		 242 aa  124  1e-27  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1565  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  34.81 
 
 		 242 aa  124  1e-27  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.37262e-16 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03894  23S rRNA pseudouridine synthase  35.07 
 
 		 290 aa  124  2e-27  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3975  pseudouridine synthase  35.07 
 
 		 290 aa  124  2e-27  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1196  pseudouridine synthase  35.19 
 
 		 242 aa  124  2e-27  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1204  ribosomal large subunit pseudouridine synthase F  32.33 
 
 		 240 aa  124  2e-27  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.501525  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1748  23S rRNA pseudouridine synthase F  32.49 
 
 		 309 aa  124  2e-27  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.442205  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03854  hypothetical protein  35.07 
 
 		 290 aa  124  2e-27  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4258  23S rRNA pseudouridine synthase F  35.07 
 
 		 290 aa  123  3e-27  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.520843  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>