More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_1432 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007347  Reut_A1884  pseudouridine synthase, Rsu  60.25 
 
 		 694 aa  681    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.433738  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1432  pseudouridine synthase, Rsu  100 
 
 		 610 aa  1189    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000648222 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1401  hypothetical protein  60.16 
 
 		 631 aa  580  1e-164  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1275  RNA-binding S4 domain protein  56.23 
 
 		 674 aa  574  1.0000000000000001e-162  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.206781 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1339  RNA-binding S4 domain protein  58.15 
 
 		 627 aa  557  1e-157  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.476364  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1924  RNA-binding S4 domain-containing protein  48.42 
 
 		 646 aa  385  1e-105  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.257028 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1678  pseudouridine synthase, Rsu  48.73 
 
 		 649 aa  376  1e-103  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.151173  normal  0.0771799 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2055  pseudouridine synthase, Rsu  53.96 
 
 		 690 aa  366  1e-100  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6055  pseudouridine synthase, Rsu  56.34 
 
 		 669 aa  362  1e-98  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0597355  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2022  pseudouridine synthase, Rsu  56.34 
 
 		 669 aa  362  1e-98  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2042  RNA-binding S4 domain-containing protein  56.34 
 
 		 650 aa  360  6e-98  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.483684  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2024  pseudouridine synthase family protein  58.58 
 
 		 557 aa  358  9.999999999999999e-98  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1341  RNA-binding S4 domain-containing protein  51.77 
 
 		 624 aa  357  2.9999999999999997e-97  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.358627 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5332  pseudouridine synthase, Rsu  62.93 
 
 		 623 aa  355  2e-96  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.522456 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2586  pseudouridine synthase family protein  66.93 
 
 		 585 aa  352  1e-95  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2440  RNA pseudouridine synthase family protein  66.93 
 
 		 574 aa  352  1e-95  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1332  RNA pseudouridine synthase family protein  66.93 
 
 		 559 aa  352  2e-95  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.126858  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3251  RNA pseudouridine synthase family protein  66.93 
 
 		 563 aa  352  2e-95  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.9005  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2497  RNA pseudouridine synthase family protein  66.93 
 
 		 571 aa  352  2e-95  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.142989  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2060  RNA pseudouridine synthase family protein  66.93 
 
 		 559 aa  351  2e-95  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.239559  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4985  RNA-binding S4 domain protein  63.3 
 
 		 273 aa  339  8e-92  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.33907  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2033  putative arginine/proline rich protein  66.67 
 
 		 421 aa  338  1.9999999999999998e-91  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0619869  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1168  pseudouridine synthase  54.36 
 
 		 591 aa  336  7e-91  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2529  pseudouridine synthase, Rsu  66.54 
 
 		 380 aa  333  5e-90  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1558  pseudouridine synthase family protein  66.4 
 
 		 249 aa  332  1e-89  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1254  RNA-binding S4 domain-containing protein  67.59 
 
 		 249 aa  327  4.0000000000000003e-88  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.0063069  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4291  RNA-binding S4 domain-containing protein  64.45 
 
 		 264 aa  325  1e-87  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2459  RNA-binding S4 domain protein  64.96 
 
 		 250 aa  325  1e-87  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0124526  hitchhiker  0.000345164 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0474  RNA-binding S4 domain-containing protein  62.89 
 
 		 360 aa  323  7e-87  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.15939 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1913  RNA-binding S4 domain-containing protein  55.11 
 
 		 416 aa  322  9.999999999999999e-87  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.162231 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0606  ribosomal large subunit pseudouridine synthase F  66.01 
 
 		 266 aa  321  3e-86  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.000119564  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0465  RNA-binding S4 domain protein  62.85 
 
 		 248 aa  313  7.999999999999999e-84  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.117084  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3544  RNA-binding S4  59.78 
 
 		 304 aa  310  2.9999999999999997e-83  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.824299  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3595  pseudouridine synthase  63.64 
 
 		 278 aa  304  3.0000000000000004e-81  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0485  RNA-binding S4 domain-containing protein  63.24 
 
 		 305 aa  302  1e-80  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1753  RNA-binding S4 domain protein  60.39 
 
 		 245 aa  291  3e-77  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.577127  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0435  ribosomal large subunit pseudouridine synthase F  63.92 
 
 		 245 aa  289  1e-76  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.23799 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_2035  pseudouridine synthase  60.24 
 
 		 245 aa  288  2.9999999999999996e-76  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3468  pseudouridine synthase, Rsu  53.92 
 
 		 379 aa  286  1.0000000000000001e-75  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.242566  normal  0.43397 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1106  pseudouridine synthase  61.94 
 
 		 234 aa  281  2e-74  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0733925  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0263  pseudouridine synthase, Rsu  56.92 
 
 		 243 aa  281  2e-74  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0539496  n/a   
 
 
-
 
NC_011672  PHATRDRAFT_10768  predicted protein  47.83 
 
 		 252 aa  198  3e-49  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1692  pseudouridine synthase  44.05 
 
 		 255 aa  182  1e-44  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.344824 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4261  hypothetical protein  43.8 
 
 		 236 aa  168  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.28575  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_50030  hypothetical protein  41.47 
 
 		 236 aa  159  1e-37  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.596266  normal  0.0284198 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0792  RNA-binding S4 domain-containing protein  40.66 
 
 		 267 aa  155  2e-36  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.543217  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1128  RNA-binding S4  41.6 
 
 		 248 aa  152  1e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.44972  normal  0.373423 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1390  RNA-binding S4  36.36 
 
 		 236 aa  150  6e-35  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.553705  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4021  S4 domain protein  35.97 
 
 		 236 aa  149  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1005  RNA-binding S4 domain protein  35.22 
 
 		 227 aa  148  3e-34  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  2.0262199999999998e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1451  RNA-binding S4 domain-containing protein  38.93 
 
 		 247 aa  146  9e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.28914  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1707  RNA-binding S4 domain-containing protein  37.7 
 
 		 236 aa  146  1e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.067954 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3692  RNA-binding S4 domain-containing protein  36.59 
 
 		 266 aa  145  2e-33  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.493395  normal  1 
 
 
-
 
NC_009356  OSTLU_6806  predicted protein  40 
 
 		 249 aa  145  3e-33  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3002  RNA-binding S4 domain protein  36.59 
 
 		 266 aa  144  4e-33  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6011  pseudouridine synthase  33.72 
 
 		 389 aa  136  9.999999999999999e-31  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1189  RNA-binding S4  38.74 
 
 		 236 aa  135  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.206395 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07230  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  36.9 
 
 		 237 aa  135  1.9999999999999998e-30  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000010493  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01258  pseudouridylate synthase  34.52 
 
 		 384 aa  135  3e-30  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004196  ribosomal large subunit pseudouridine synthase F  34.78 
 
 		 385 aa  134  3.9999999999999996e-30  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00815873  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3362  RNA-binding S4 domain-containing protein  39.85 
 
 		 251 aa  134  6.999999999999999e-30  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0498  RNA-binding S4 domain protein  33.21 
 
 		 472 aa  132  2.0000000000000002e-29  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1889  RNA-binding S4 domain-containing protein  37.35 
 
 		 264 aa  132  2.0000000000000002e-29  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.610472  normal  0.35019 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3919  pseudouridine synthase  29.93 
 
 		 555 aa  132  2.0000000000000002e-29  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4592  pseudouridine synthase  37.94 
 
 		 624 aa  132  2.0000000000000002e-29  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.667434  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2613  RNA pseudouridine synthase family protein  33.2 
 
 		 298 aa  130  6e-29  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3457  RNA-binding S4  35 
 
 		 262 aa  130  8.000000000000001e-29  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2299  ribosomal large subunit pseudouridine synthase f  33.6 
 
 		 298 aa  130  9.000000000000001e-29  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4225  RNA-binding S4 domain-containing protein  37.25 
 
 		 236 aa  129  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0058  pseudouridine synthase  35.69 
 
 		 241 aa  129  1.0000000000000001e-28  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2242  pseudouridine synthase  33.33 
 
 		 318 aa  128  3e-28  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.708681 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1172  pseudouridine synthase  35.97 
 
 		 266 aa  128  3e-28  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.8005300000000004e-32 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1191  S4 domain-containing protein  36.61 
 
 		 236 aa  128  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3089  pseudouridine synthase  35.97 
 
 		 266 aa  128  4.0000000000000003e-28  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.000000212991  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4420  RNA-binding S4 domain protein  32.81 
 
 		 638 aa  127  5e-28  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0166  pseudouridine synthase  37.3 
 
 		 556 aa  127  6e-28  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.252408  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1403  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  39.36 
 
 		 247 aa  126  1e-27  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.645637  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1222  RNA-binding S4 domain-containing protein  36.22 
 
 		 247 aa  126  1e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1816  pseudouridine synthase family 1 protein  34.13 
 
 		 340 aa  125  2e-27  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1217  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  38.04 
 
 		 258 aa  125  2e-27  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000897909  hitchhiker  0.000000206079 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0660  pseudouridine synthase  34.14 
 
 		 239 aa  125  3e-27  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.665428  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1151  RNA pseudouridine synthase family protein  32.79 
 
 		 228 aa  125  3e-27  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.000576228  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_09640  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  33.07 
 
 		 249 aa  124  5e-27  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.444703  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0987  ribosomal large subunit pseudouridine synthase f  31.98 
 
 		 228 aa  124  7e-27  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16880  16S rRNA uridine-516 pseudouridylate synthase  38.43 
 
 		 236 aa  123  8e-27  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1987  ribosomal large subunit pseudouridine synthase F  33.6 
 
 		 314 aa  123  9.999999999999999e-27  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.514849  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1545  pseudouridine synthase  34.15 
 
 		 230 aa  123  9.999999999999999e-27  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1578  pseudouridine synthase  31.75 
 
 		 236 aa  122  1.9999999999999998e-26  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0328  pseudouridine synthase  36.9 
 
 		 567 aa  122  1.9999999999999998e-26  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.106742 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4018  RNA-binding S4 domain-containing protein  35.43 
 
 		 252 aa  122  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00119907 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0143  pseudouridylate synthase (ribosomal large subunit pseudouridine synthase B)  32 
 
 		 562 aa  122  1.9999999999999998e-26  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.303983 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2070  pseudouridine synthase  35.46 
 
 		 271 aa  121  3e-26  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0652133  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0693  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  31.47 
 
 		 239 aa  120  4.9999999999999996e-26  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2928  pseudouridine synthase  31.17 
 
 		 477 aa  119  9.999999999999999e-26  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1203  pseudouridine synthase  28.22 
 
 		 516 aa  119  9.999999999999999e-26  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0112543 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2817  pseudouridine synthase  38.74 
 
 		 329 aa  119  9.999999999999999e-26  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0696867  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2505  pseudouridine synthase  36.65 
 
 		 239 aa  119  1.9999999999999998e-25  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000824724  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2996  pseudouridine synthase, Rsu  33.46 
 
 		 621 aa  119  1.9999999999999998e-25  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.772965  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1356  RNA-binding S4 domain protein  29.5 
 
 		 736 aa  118  3e-25  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.284872  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01765  RNA pseudouridine synthase family protein  33.33 
 
 		 248 aa  118  3e-25  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  decreased coverage  0.00504065  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>