More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_1339 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc1401  hypothetical protein  78.63 
 
 		 631 aa  876    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1275  RNA-binding S4 domain protein  90.95 
 
 		 674 aa  1056    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.206781 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1339  RNA-binding S4 domain protein  100 
 
 		 627 aa  1197    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.476364  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1884  pseudouridine synthase, Rsu  57.68 
 
 		 694 aa  583  1.0000000000000001e-165  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.433738  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1432  pseudouridine synthase, Rsu  57.56 
 
 		 610 aa  570  1e-161  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000648222 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1924  RNA-binding S4 domain-containing protein  47.95 
 
 		 646 aa  405  1e-111  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.257028 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1678  pseudouridine synthase, Rsu  49.57 
 
 		 649 aa  402  1e-111  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.151173  normal  0.0771799 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2055  pseudouridine synthase, Rsu  47.44 
 
 		 690 aa  389  1e-106  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6055  pseudouridine synthase, Rsu  57.27 
 
 		 669 aa  373  1e-102  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0597355  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2022  pseudouridine synthase, Rsu  57.27 
 
 		 669 aa  373  1e-102  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2042  RNA-binding S4 domain-containing protein  57.56 
 
 		 650 aa  372  1e-101  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.483684  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1341  RNA-binding S4 domain-containing protein  48.55 
 
 		 624 aa  365  1e-100  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.358627 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2024  pseudouridine synthase family protein  58.57 
 
 		 557 aa  366  1e-100  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2586  pseudouridine synthase family protein  68.36 
 
 		 585 aa  361  2e-98  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2440  RNA pseudouridine synthase family protein  68.36 
 
 		 574 aa  361  2e-98  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2497  RNA pseudouridine synthase family protein  68.36 
 
 		 571 aa  361  2e-98  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.142989  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3251  RNA pseudouridine synthase family protein  68.36 
 
 		 563 aa  361  2e-98  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.9005  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2060  RNA pseudouridine synthase family protein  68.36 
 
 		 559 aa  360  3e-98  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.239559  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1332  RNA pseudouridine synthase family protein  68.36 
 
 		 559 aa  360  3e-98  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.126858  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5332  pseudouridine synthase, Rsu  61.15 
 
 		 623 aa  357  2.9999999999999997e-97  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.522456 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1168  pseudouridine synthase  54.62 
 
 		 591 aa  343  5.999999999999999e-93  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2529  pseudouridine synthase, Rsu  68.11 
 
 		 380 aa  343  7e-93  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1558  pseudouridine synthase family protein  67.98 
 
 		 249 aa  339  7e-92  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4985  RNA-binding S4 domain protein  61.8 
 
 		 273 aa  338  1.9999999999999998e-91  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.33907  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2033  putative arginine/proline rich protein  55.43 
 
 		 421 aa  337  3.9999999999999995e-91  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0619869  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4291  RNA-binding S4 domain-containing protein  66.41 
 
 		 264 aa  335  2e-90  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3544  RNA-binding S4  59.44 
 
 		 304 aa  328  2.0000000000000001e-88  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.824299  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2459  RNA-binding S4 domain protein  65.23 
 
 		 250 aa  326  7e-88  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0124526  hitchhiker  0.000345164 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1254  RNA-binding S4 domain-containing protein  66.8 
 
 		 249 aa  324  4e-87  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.0063069  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0474  RNA-binding S4 domain-containing protein  62.35 
 
 		 360 aa  319  1e-85  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.15939 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0606  ribosomal large subunit pseudouridine synthase F  64.82 
 
 		 266 aa  315  9.999999999999999e-85  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.000119564  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1913  RNA-binding S4 domain-containing protein  52.67 
 
 		 416 aa  315  1.9999999999999998e-84  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.162231 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0465  RNA-binding S4 domain protein  62.45 
 
 		 248 aa  310  4e-83  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.117084  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0485  RNA-binding S4 domain-containing protein  62.45 
 
 		 305 aa  304  3.0000000000000004e-81  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3595  pseudouridine synthase  62.85 
 
 		 278 aa  303  4.0000000000000003e-81  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3468  pseudouridine synthase, Rsu  60.55 
 
 		 379 aa  286  9e-76  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.242566  normal  0.43397 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0435  ribosomal large subunit pseudouridine synthase F  59.92 
 
 		 245 aa  280  4e-74  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.23799 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0263  pseudouridine synthase, Rsu  54.94 
 
 		 243 aa  279  1e-73  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0539496  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1753  RNA-binding S4 domain protein  58.04 
 
 		 245 aa  276  9e-73  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.577127  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1106  pseudouridine synthase  60.73 
 
 		 234 aa  275  3e-72  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0733925  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_2035  pseudouridine synthase  58.27 
 
 		 245 aa  271  2e-71  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011672  PHATRDRAFT_10768  predicted protein  48.62 
 
 		 252 aa  201  3e-50  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1692  pseudouridine synthase  43.03 
 
 		 255 aa  177  6e-43  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.344824 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4261  hypothetical protein  42.64 
 
 		 236 aa  162  1e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.28575  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1005  RNA-binding S4 domain protein  36.03 
 
 		 227 aa  154  4e-36  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  2.0262199999999998e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_50030  hypothetical protein  40.31 
 
 		 236 aa  154  4e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.596266  normal  0.0284198 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0792  RNA-binding S4 domain-containing protein  40.07 
 
 		 267 aa  154  7e-36  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.543217  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1707  RNA-binding S4 domain-containing protein  38.1 
 
 		 236 aa  144  5e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.067954 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1390  RNA-binding S4  35.43 
 
 		 236 aa  142  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.553705  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1128  RNA-binding S4  38.93 
 
 		 248 aa  142  1.9999999999999998e-32  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.44972  normal  0.373423 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4021  S4 domain protein  35.04 
 
 		 236 aa  141  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009356  OSTLU_6806  predicted protein  41.02 
 
 		 249 aa  140  7.999999999999999e-32  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3692  RNA-binding S4 domain-containing protein  36.8 
 
 		 266 aa  139  1e-31  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.493395  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3002  RNA-binding S4 domain protein  36.8 
 
 		 266 aa  139  2e-31  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6011  pseudouridine synthase  35.04 
 
 		 389 aa  132  2.0000000000000002e-29  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1451  RNA-binding S4 domain-containing protein  37.4 
 
 		 247 aa  129  2.0000000000000002e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.28914  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0498  RNA-binding S4 domain protein  29.71 
 
 		 472 aa  129  2.0000000000000002e-28  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2613  RNA pseudouridine synthase family protein  33.2 
 
 		 298 aa  129  2.0000000000000002e-28  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07230  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  34.52 
 
 		 237 aa  128  4.0000000000000003e-28  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000010493  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004196  ribosomal large subunit pseudouridine synthase F  32.52 
 
 		 385 aa  127  5e-28  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00815873  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2299  ribosomal large subunit pseudouridine synthase f  33.2 
 
 		 298 aa  127  5e-28  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01258  pseudouridylate synthase  32.52 
 
 		 384 aa  127  6e-28  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4592  pseudouridine synthase  34.75 
 
 		 624 aa  127  7e-28  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.667434  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3919  pseudouridine synthase  29.64 
 
 		 555 aa  126  1e-27  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16880  16S rRNA uridine-516 pseudouridylate synthase  36.68 
 
 		 236 aa  126  1e-27  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1172  pseudouridine synthase  35.41 
 
 		 266 aa  125  2e-27  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.8005300000000004e-32 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3457  RNA-binding S4  32.69 
 
 		 262 aa  125  2e-27  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4420  RNA-binding S4 domain protein  29.41 
 
 		 638 aa  125  3e-27  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3089  pseudouridine synthase  35.29 
 
 		 266 aa  124  4e-27  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.000000212991  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1189  RNA-binding S4  37.15 
 
 		 236 aa  124  4e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.206395 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1403  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  37.5 
 
 		 247 aa  122  1.9999999999999998e-26  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.645637  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1217  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  36.96 
 
 		 258 aa  122  1.9999999999999998e-26  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000897909  hitchhiker  0.000000206079 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_09640  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  32.3 
 
 		 249 aa  121  3.9999999999999996e-26  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.444703  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0166  pseudouridine synthase  35.86 
 
 		 556 aa  120  4.9999999999999996e-26  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.252408  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2928  pseudouridine synthase  31.68 
 
 		 477 aa  121  4.9999999999999996e-26  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0693  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  32.05 
 
 		 239 aa  120  7.999999999999999e-26  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1889  RNA-binding S4 domain-containing protein  35.38 
 
 		 264 aa  119  9.999999999999999e-26  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.610472  normal  0.35019 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2242  pseudouridine synthase  32.42 
 
 		 318 aa  119  1.9999999999999998e-25  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.708681 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3362  RNA-binding S4 domain-containing protein  37.97 
 
 		 251 aa  118  3e-25  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1816  pseudouridine synthase family 1 protein  34.39 
 
 		 340 aa  118  3e-25  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1191  S4 domain-containing protein  36.61 
 
 		 236 aa  118  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4225  RNA-binding S4 domain-containing protein  36.22 
 
 		 236 aa  117  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1356  RNA-binding S4 domain protein  31.45 
 
 		 736 aa  117  5e-25  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.284872  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0806  pseudouridine synthase  35.82 
 
 		 274 aa  117  5e-25  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.316767  normal  0.474505 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2505  pseudouridine synthase  36.33 
 
 		 239 aa  117  5e-25  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000824724  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1203  pseudouridine synthase  27.44 
 
 		 516 aa  117  7.999999999999999e-25  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0112543 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1743  pseudouridine synthase  32.94 
 
 		 235 aa  116  1.0000000000000001e-24  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0058  pseudouridine synthase  33.85 
 
 		 241 aa  116  1.0000000000000001e-24  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3863  pseudouridine synthase, Rsu  34.08 
 
 		 680 aa  116  1.0000000000000001e-24  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.695211  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1222  RNA-binding S4 domain-containing protein  36.22 
 
 		 247 aa  116  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2376  RNA-binding S4 domain-containing protein  31.6 
 
 		 528 aa  116  1.0000000000000001e-24  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  decreased coverage  0.000179936  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2371  pseudouridine synthase  34.06 
 
 		 319 aa  115  2.0000000000000002e-24  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.588015  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2938  23S rRNA pseudouridine synthase F  31.75 
 
 		 355 aa  115  2.0000000000000002e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.367273  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0873  RNA-binding S4 domain protein  35.27 
 
 		 237 aa  115  3e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0143  pseudouridylate synthase (ribosomal large subunit pseudouridine synthase B)  29.37 
 
 		 562 aa  115  3e-24  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.303983 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2817  pseudouridine synthase  34.64 
 
 		 329 aa  115  3e-24  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0696867  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03894  23S rRNA pseudouridine synthase  34.82 
 
 		 290 aa  114  4.0000000000000004e-24  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3975  pseudouridine synthase  34.82 
 
 		 290 aa  114  4.0000000000000004e-24  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03854  hypothetical protein  34.82 
 
 		 290 aa  114  4.0000000000000004e-24  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0603  23S rRNA pseudouridine synthase F  31.73 
 
 		 293 aa  114  4.0000000000000004e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.10967  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>