More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Veis_0485 on replicon NC_008786
Organism: Verminephrobacter eiseniae EF01-2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008786  Veis_0485  RNA-binding S4 domain-containing protein  100 
 
 		 305 aa  605  9.999999999999999e-173  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0474  RNA-binding S4 domain-containing protein  68.34 
 
 		 360 aa  406  1.0000000000000001e-112  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.15939 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4291  RNA-binding S4 domain-containing protein  79.35 
 
 		 264 aa  395  1e-109  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0465  RNA-binding S4 domain protein  80.24 
 
 		 248 aa  394  1e-108  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.117084  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1168  pseudouridine synthase  72.98 
 
 		 591 aa  373  1e-102  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4985  RNA-binding S4 domain protein  66.17 
 
 		 273 aa  351  8.999999999999999e-96  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.33907  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0606  ribosomal large subunit pseudouridine synthase F  71.77 
 
 		 266 aa  338  9e-92  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.000119564  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3251  RNA pseudouridine synthase family protein  58.58 
 
 		 563 aa  336  2.9999999999999997e-91  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.9005  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3595  pseudouridine synthase  70.97 
 
 		 278 aa  336  2.9999999999999997e-91  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2497  RNA pseudouridine synthase family protein  58.58 
 
 		 571 aa  336  2.9999999999999997e-91  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.142989  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2586  pseudouridine synthase family protein  58.58 
 
 		 585 aa  335  3.9999999999999995e-91  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2060  RNA pseudouridine synthase family protein  58.58 
 
 		 559 aa  335  3.9999999999999995e-91  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.239559  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1332  RNA pseudouridine synthase family protein  58.58 
 
 		 559 aa  335  5e-91  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.126858  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2440  RNA pseudouridine synthase family protein  58.01 
 
 		 574 aa  335  7.999999999999999e-91  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3544  RNA-binding S4  60.59 
 
 		 304 aa  332  3e-90  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.824299  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2024  pseudouridine synthase family protein  65.46 
 
 		 557 aa  331  9e-90  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1558  pseudouridine synthase family protein  65.46 
 
 		 249 aa  328  8e-89  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1254  RNA-binding S4 domain-containing protein  66.67 
 
 		 249 aa  323  2e-87  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.0063069  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5332  pseudouridine synthase, Rsu  63.86 
 
 		 623 aa  321  9.999999999999999e-87  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.522456 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2055  pseudouridine synthase, Rsu  63.45 
 
 		 690 aa  320  1.9999999999999998e-86  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6055  pseudouridine synthase, Rsu  63.45 
 
 		 669 aa  320  3e-86  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0597355  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2022  pseudouridine synthase, Rsu  63.45 
 
 		 669 aa  320  3e-86  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1924  RNA-binding S4 domain-containing protein  63.45 
 
 		 646 aa  319  5e-86  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.257028 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2042  RNA-binding S4 domain-containing protein  63.45 
 
 		 650 aa  318  5e-86  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.483684  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1884  pseudouridine synthase, Rsu  63.4 
 
 		 694 aa  318  1e-85  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.433738  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2459  RNA-binding S4 domain protein  63.05 
 
 		 250 aa  317  2e-85  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0124526  hitchhiker  0.000345164 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1678  pseudouridine synthase, Rsu  59.11 
 
 		 649 aa  315  7e-85  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.151173  normal  0.0771799 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1341  RNA-binding S4 domain-containing protein  64.66 
 
 		 624 aa  312  4.999999999999999e-84  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.358627 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2033  putative arginine/proline rich protein  63.6 
 
 		 421 aa  309  4e-83  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0619869  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1401  hypothetical protein  57.05 
 
 		 631 aa  305  8.000000000000001e-82  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1339  RNA-binding S4 domain protein  62.45 
 
 		 627 aa  305  8.000000000000001e-82  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.476364  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2529  pseudouridine synthase, Rsu  65.32 
 
 		 380 aa  304  1.0000000000000001e-81  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1432  pseudouridine synthase, Rsu  63.24 
 
 		 610 aa  303  2.0000000000000002e-81  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000648222 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1275  RNA-binding S4 domain protein  62.45 
 
 		 674 aa  304  2.0000000000000002e-81  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.206781 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1913  RNA-binding S4 domain-containing protein  57.67 
 
 		 416 aa  303  2.0000000000000002e-81  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.162231 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0263  pseudouridine synthase, Rsu  55.78 
 
 		 243 aa  278  7e-74  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0539496  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0435  ribosomal large subunit pseudouridine synthase F  64 
 
 		 245 aa  277  2e-73  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.23799 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1106  pseudouridine synthase  60.08 
 
 		 234 aa  266  2e-70  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0733925  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3468  pseudouridine synthase, Rsu  58.8 
 
 		 379 aa  264  2e-69  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.242566  normal  0.43397 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_2035  pseudouridine synthase  51.59 
 
 		 245 aa  246  3e-64  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1753  RNA-binding S4 domain protein  51.19 
 
 		 245 aa  244  9.999999999999999e-64  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.577127  normal  1 
 
 
-
 
NC_011672  PHATRDRAFT_10768  predicted protein  50.81 
 
 		 252 aa  199  3e-50  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1692  pseudouridine synthase  42.51 
 
 		 255 aa  174  1.9999999999999998e-42  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.344824 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1005  RNA-binding S4 domain protein  37.65 
 
 		 227 aa  166  4e-40  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  2.0262199999999998e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3692  RNA-binding S4 domain-containing protein  38.24 
 
 		 266 aa  159  7e-38  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.493395  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3002  RNA-binding S4 domain protein  37.87 
 
 		 266 aa  156  4e-37  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2613  RNA pseudouridine synthase family protein  33.47 
 
 		 298 aa  147  2.0000000000000003e-34  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2299  ribosomal large subunit pseudouridine synthase f  33.47 
 
 		 298 aa  145  1e-33  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3457  RNA-binding S4  37.65 
 
 		 262 aa  143  3e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01258  pseudouridylate synthase  35.51 
 
 		 384 aa  140  1.9999999999999998e-32  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009356  OSTLU_6806  predicted protein  37.25 
 
 		 249 aa  138  1e-31  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004196  ribosomal large subunit pseudouridine synthase F  35.1 
 
 		 385 aa  137  2e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00815873  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1390  RNA-binding S4  34.66 
 
 		 236 aa  136  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.553705  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1816  pseudouridine synthase family 1 protein  35.51 
 
 		 340 aa  137  3.0000000000000003e-31  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6011  pseudouridine synthase  36.29 
 
 		 389 aa  136  5e-31  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0792  RNA-binding S4 domain-containing protein  38.29 
 
 		 267 aa  136  5e-31  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.543217  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_50030  hypothetical protein  37.45 
 
 		 236 aa  136  5e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.596266  normal  0.0284198 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1403  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  39.61 
 
 		 247 aa  135  9.999999999999999e-31  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.645637  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1987  ribosomal large subunit pseudouridine synthase F  35.22 
 
 		 314 aa  134  1.9999999999999998e-30  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.514849  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0660  pseudouridine synthase  35.74 
 
 		 239 aa  134  1.9999999999999998e-30  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.665428  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4261  hypothetical protein  37.11 
 
 		 236 aa  133  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.28575  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1743  pseudouridine synthase  34.92 
 
 		 235 aa  133  5e-30  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4021  S4 domain protein  33.86 
 
 		 236 aa  133  5e-30  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4677  RNA pseudouridine synthase family protein  33.2 
 
 		 229 aa  131  2.0000000000000002e-29  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000310773  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2242  pseudouridine synthase  34.38 
 
 		 318 aa  130  2.0000000000000002e-29  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.708681 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1646  pseudouridine synthase, Rsu  35.52 
 
 		 317 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0577  RNA pseudouridine synthase family protein  32.39 
 
 		 229 aa  130  3e-29  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0806  pseudouridine synthase  35.52 
 
 		 274 aa  130  3e-29  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.316767  normal  0.474505 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1217  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  38.04 
 
 		 258 aa  129  4.0000000000000003e-29  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000897909  hitchhiker  0.000000206079 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2505  pseudouridine synthase  38.65 
 
 		 239 aa  130  4.0000000000000003e-29  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000824724  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1235  pseudouridine synthase  35.37 
 
 		 248 aa  129  6e-29  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.176862  normal  0.0316242 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3089  pseudouridine synthase  35.46 
 
 		 266 aa  129  6e-29  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.000000212991  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1172  pseudouridine synthase  35.46 
 
 		 266 aa  129  6e-29  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.8005300000000004e-32 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2938  23S rRNA pseudouridine synthase F  34.82 
 
 		 355 aa  129  7.000000000000001e-29  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.367273  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1707  RNA-binding S4 domain-containing protein  34.82 
 
 		 236 aa  129  8.000000000000001e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.067954 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0693  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  33.33 
 
 		 239 aa  128  1.0000000000000001e-28  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4661  RNA pseudouridine synthase family protein  32.79 
 
 		 229 aa  128  1.0000000000000001e-28  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.636337  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4379  pseudouridine synthase  33.6 
 
 		 229 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0226  23S rRNA pseudouridine synthase F  36.44 
 
 		 289 aa  127  2.0000000000000002e-28  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.387458  normal  0.300617 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1301  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  39.27 
 
 		 236 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0684  pseudouridine synthase  35.34 
 
 		 239 aa  127  2.0000000000000002e-28  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1748  23S rRNA pseudouridine synthase F  36.55 
 
 		 309 aa  126  4.0000000000000003e-28  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.442205  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4604  23S rRNA pseudouridine synthase F  36.95 
 
 		 289 aa  126  5e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2728  pseudouridine synthase  37.85 
 
 		 274 aa  126  5e-28  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01765  RNA pseudouridine synthase family protein  33.46 
 
 		 248 aa  126  5e-28  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  decreased coverage  0.00504065  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4530  23S rRNA pseudouridine synthase F  37.1 
 
 		 289 aa  125  7e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.115437  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4444  23S rRNA pseudouridine synthase F  37.1 
 
 		 289 aa  125  7e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4405  23S rRNA pseudouridine synthase F  37.1 
 
 		 289 aa  125  7e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.15276 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3238  pseudouridine synthase  34.41 
 
 		 229 aa  125  8.000000000000001e-28  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.643571  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4664  RNA pseudouridine synthase family protein  32.39 
 
 		 229 aa  125  8.000000000000001e-28  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000338172 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4528  23S rRNA pseudouridine synthase F  37.1 
 
 		 289 aa  125  9e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.358582 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1545  pseudouridine synthase  32.92 
 
 		 230 aa  125  9e-28  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3975  pseudouridine synthase  37.75 
 
 		 290 aa  125  1e-27  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2990  23S rRNA pseudouridine synthase F  35.08 
 
 		 290 aa  125  1e-27  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03854  hypothetical protein  37.75 
 
 		 290 aa  125  1e-27  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3069  23S rRNA pseudouridine synthase F  35.08 
 
 		 290 aa  125  1e-27  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_12681  pseudouridine synthase, Rsu  32.78 
 
 		 240 aa  125  1e-27  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.850167  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1204  ribosomal large subunit pseudouridine synthase F  31.98 
 
 		 240 aa  124  1e-27  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.501525  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1442  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  39.58 
 
 		 236 aa  125  1e-27  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.000380815  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1151  RNA pseudouridine synthase family protein  32.11 
 
 		 228 aa  124  1e-27  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.000576228  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>