More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dtpsy_0465 on replicon NC_011992
Organism: Acidovorax ebreus TPSY



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008782  Ajs_0474  RNA-binding S4 domain-containing protein  98.79 
 
 		 360 aa  502  1e-141  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.15939 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0465  RNA-binding S4 domain protein  100 
 
 		 248 aa  499  1e-140  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.117084  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4291  RNA-binding S4 domain-containing protein  83 
 
 		 264 aa  416  9.999999999999999e-116  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0485  RNA-binding S4 domain-containing protein  80.24 
 
 		 305 aa  394  1e-109  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1168  pseudouridine synthase  74.19 
 
 		 591 aa  373  1e-102  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4985  RNA-binding S4 domain protein  67.67 
 
 		 273 aa  364  1e-100  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.33907  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0606  ribosomal large subunit pseudouridine synthase F  71.77 
 
 		 266 aa  345  3e-94  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.000119564  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3544  RNA-binding S4  65.92 
 
 		 304 aa  342  2.9999999999999997e-93  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.824299  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3595  pseudouridine synthase  71.77 
 
 		 278 aa  339  2.9999999999999998e-92  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2024  pseudouridine synthase family protein  64.66 
 
 		 557 aa  334  7e-91  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3251  RNA pseudouridine synthase family protein  64.26 
 
 		 563 aa  333  2e-90  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.9005  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2060  RNA pseudouridine synthase family protein  64.26 
 
 		 559 aa  332  2e-90  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.239559  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1332  RNA pseudouridine synthase family protein  64.26 
 
 		 559 aa  332  2e-90  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.126858  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2440  RNA pseudouridine synthase family protein  64.26 
 
 		 574 aa  332  2e-90  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2497  RNA pseudouridine synthase family protein  64.26 
 
 		 571 aa  332  3e-90  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.142989  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2586  pseudouridine synthase family protein  64.26 
 
 		 585 aa  332  3e-90  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1558  pseudouridine synthase family protein  64.66 
 
 		 249 aa  332  4e-90  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1924  RNA-binding S4 domain-containing protein  64.26 
 
 		 646 aa  328  5.0000000000000004e-89  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.257028 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2055  pseudouridine synthase, Rsu  64.26 
 
 		 690 aa  328  6e-89  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2529  pseudouridine synthase, Rsu  66.53 
 
 		 380 aa  325  3e-88  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2459  RNA-binding S4 domain protein  62.25 
 
 		 250 aa  323  1e-87  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0124526  hitchhiker  0.000345164 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1254  RNA-binding S4 domain-containing protein  65.46 
 
 		 249 aa  322  3e-87  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.0063069  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1678  pseudouridine synthase, Rsu  62.25 
 
 		 649 aa  322  3e-87  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.151173  normal  0.0771799 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1884  pseudouridine synthase, Rsu  64.82 
 
 		 694 aa  322  4e-87  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.433738  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5332  pseudouridine synthase, Rsu  63.45 
 
 		 623 aa  320  1.9999999999999998e-86  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.522456 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1341  RNA-binding S4 domain-containing protein  65.86 
 
 		 624 aa  320  1.9999999999999998e-86  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.358627 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2022  pseudouridine synthase, Rsu  63.45 
 
 		 669 aa  319  1.9999999999999998e-86  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6055  pseudouridine synthase, Rsu  63.45 
 
 		 669 aa  319  1.9999999999999998e-86  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0597355  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2042  RNA-binding S4 domain-containing protein  63.45 
 
 		 650 aa  318  7e-86  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.483684  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2033  putative arginine/proline rich protein  64.8 
 
 		 421 aa  317  9e-86  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0619869  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1432  pseudouridine synthase, Rsu  62.85 
 
 		 610 aa  313  1.9999999999999998e-84  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000648222 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1913  RNA-binding S4 domain-containing protein  65.59 
 
 		 416 aa  312  2.9999999999999996e-84  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.162231 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1275  RNA-binding S4 domain protein  62.85 
 
 		 674 aa  311  5.999999999999999e-84  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.206781 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1339  RNA-binding S4 domain protein  62.45 
 
 		 627 aa  310  1e-83  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.476364  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1401  hypothetical protein  63.64 
 
 		 631 aa  310  1e-83  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0263  pseudouridine synthase, Rsu  57.83 
 
 		 243 aa  289  2e-77  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0539496  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0435  ribosomal large subunit pseudouridine synthase F  62.8 
 
 		 245 aa  286  2.9999999999999996e-76  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.23799 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1106  pseudouridine synthase  61.32 
 
 		 234 aa  275  4e-73  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0733925  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3468  pseudouridine synthase, Rsu  56.4 
 
 		 379 aa  250  1e-65  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.242566  normal  0.43397 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1753  RNA-binding S4 domain protein  50.8 
 
 		 245 aa  251  1e-65  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.577127  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_2035  pseudouridine synthase  52.4 
 
 		 245 aa  250  2e-65  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011672  PHATRDRAFT_10768  predicted protein  51 
 
 		 252 aa  208  6e-53  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1692  pseudouridine synthase  44.13 
 
 		 255 aa  182  4.0000000000000006e-45  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.344824 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1005  RNA-binding S4 domain protein  38.46 
 
 		 227 aa  168  7e-41  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  2.0262199999999998e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3692  RNA-binding S4 domain-containing protein  38.95 
 
 		 266 aa  155  4e-37  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.493395  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3457  RNA-binding S4  38.43 
 
 		 262 aa  154  9e-37  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3002  RNA-binding S4 domain protein  38.58 
 
 		 266 aa  153  2e-36  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1390  RNA-binding S4  36.29 
 
 		 236 aa  149  3e-35  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.553705  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4021  S4 domain protein  35.48 
 
 		 236 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009356  OSTLU_6806  predicted protein  37.25 
 
 		 249 aa  146  2.0000000000000003e-34  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_50030  hypothetical protein  37.9 
 
 		 236 aa  146  3e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.596266  normal  0.0284198 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0792  RNA-binding S4 domain-containing protein  38.46 
 
 		 267 aa  144  2e-33  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.543217  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1707  RNA-binding S4 domain-containing protein  37.5 
 
 		 236 aa  142  4e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.067954 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4261  hypothetical protein  36.29 
 
 		 236 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.28575  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1451  RNA-binding S4 domain-containing protein  37.6 
 
 		 247 aa  139  6e-32  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.28914  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1128  RNA-binding S4  36.25 
 
 		 248 aa  137  2e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.44972  normal  0.373423 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1889  RNA-binding S4 domain-containing protein  38.43 
 
 		 264 aa  134  9.999999999999999e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.610472  normal  0.35019 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2613  RNA pseudouridine synthase family protein  32.52 
 
 		 298 aa  133  3e-30  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2299  ribosomal large subunit pseudouridine synthase f  32.52 
 
 		 298 aa  131  7.999999999999999e-30  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1403  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  38.43 
 
 		 247 aa  130  1.0000000000000001e-29  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.645637  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0660  pseudouridine synthase  36.55 
 
 		 239 aa  130  2.0000000000000002e-29  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.665428  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1743  pseudouridine synthase  36.4 
 
 		 235 aa  130  3e-29  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01258  pseudouridylate synthase  34.29 
 
 		 384 aa  129  3e-29  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3362  RNA-binding S4 domain-containing protein  38.02 
 
 		 251 aa  130  3e-29  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0693  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  34.92 
 
 		 239 aa  129  5.0000000000000004e-29  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6011  pseudouridine synthase  34.27 
 
 		 389 aa  129  5.0000000000000004e-29  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0684  pseudouridine synthase  36.4 
 
 		 239 aa  125  6e-28  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1189  RNA-binding S4  36.95 
 
 		 236 aa  125  6e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.206395 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004196  ribosomal large subunit pseudouridine synthase F  33.47 
 
 		 385 aa  125  8.000000000000001e-28  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00815873  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1442  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  38.56 
 
 		 236 aa  125  9e-28  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.000380815  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16880  16S rRNA uridine-516 pseudouridylate synthase  36.55 
 
 		 236 aa  124  1e-27  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1301  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  37.6 
 
 		 236 aa  124  2e-27  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1172  pseudouridine synthase  36.86 
 
 		 266 aa  124  2e-27  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.8005300000000004e-32 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1319  RNA-binding S4 domain protein  34.8 
 
 		 268 aa  123  3e-27  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.834019  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3089  pseudouridine synthase  36.47 
 
 		 266 aa  122  5e-27  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.000000212991  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2505  pseudouridine synthase  38.04 
 
 		 239 aa  122  5e-27  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000824724  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2242  pseudouridine synthase  35.2 
 
 		 318 aa  122  5e-27  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.708681 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01765  RNA pseudouridine synthase family protein  32.93 
 
 		 248 aa  122  6e-27  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  decreased coverage  0.00504065  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3818  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  32.54 
 
 		 242 aa  121  9e-27  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000000641699 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1987  ribosomal large subunit pseudouridine synthase F  33.06 
 
 		 314 aa  120  9.999999999999999e-27  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.514849  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1545  pseudouridine synthase  32.1 
 
 		 230 aa  120  1.9999999999999998e-26  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0806  pseudouridine synthase  36.33 
 
 		 274 aa  120  1.9999999999999998e-26  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.316767  normal  0.474505 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1217  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  36.47 
 
 		 258 aa  120  1.9999999999999998e-26  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000897909  hitchhiker  0.000000206079 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0058  pseudouridine synthase  35.74 
 
 		 241 aa  120  1.9999999999999998e-26  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1382  RNA pseudouridine  32.14 
 
 		 242 aa  120  3e-26  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.947274  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1565  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  32.14 
 
 		 242 aa  119  3e-26  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.37262e-16 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1355  pseudouridylate synthase  32.14 
 
 		 242 aa  119  3e-26  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1354  pseudouridylate synthase  32.14 
 
 		 242 aa  119  3e-26  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1493  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  32.14 
 
 		 242 aa  120  3e-26  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1816  pseudouridine synthase family 1 protein  31.84 
 
 		 340 aa  119  3e-26  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1527  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  32.14 
 
 		 242 aa  119  3e-26  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0166  pseudouridine synthase  37.3 
 
 		 556 aa  119  3e-26  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.252408  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1395  pseudouridine synthase  32.14 
 
 		 242 aa  119  3.9999999999999996e-26  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3971  23S rRNA pseudouridine synthase F  34.41 
 
 		 286 aa  119  3.9999999999999996e-26  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1597  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  32.14 
 
 		 242 aa  119  4.9999999999999996e-26  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1633  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  32.14 
 
 		 242 aa  119  4.9999999999999996e-26  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1196  pseudouridine synthase  32.14 
 
 		 242 aa  119  6e-26  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1578  pseudouridine synthase  30.56 
 
 		 236 aa  118  7e-26  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4677  RNA pseudouridine synthase family protein  31.17 
 
 		 229 aa  117  9.999999999999999e-26  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000310773  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2353  RNA pseudouridine synthase family protein  32.39 
 
 		 235 aa  117  9.999999999999999e-26  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>