More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bpro_0606 on replicon NC_007948
Organism: Polaromonas sp. JS666



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007948  Bpro_0606  ribosomal large subunit pseudouridine synthase F  100 
 
 		 266 aa  538  9.999999999999999e-153  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.000119564  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3595  pseudouridine synthase  88.37 
 
 		 278 aa  442  1e-123  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4985  RNA-binding S4 domain protein  70.22 
 
 		 273 aa  377  1e-103  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.33907  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3544  RNA-binding S4  67.14 
 
 		 304 aa  371  1e-102  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.824299  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1168  pseudouridine synthase  72.98 
 
 		 591 aa  372  1e-102  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4291  RNA-binding S4 domain-containing protein  73.52 
 
 		 264 aa  370  1e-101  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0474  RNA-binding S4 domain-containing protein  72.18 
 
 		 360 aa  367  1e-100  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.15939 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0465  RNA-binding S4 domain protein  71.77 
 
 		 248 aa  361  5.0000000000000005e-99  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.117084  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0485  RNA-binding S4 domain-containing protein  69.17 
 
 		 305 aa  357  9.999999999999999e-98  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1678  pseudouridine synthase, Rsu  66.8 
 
 		 649 aa  338  5.9999999999999996e-92  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.151173  normal  0.0771799 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1913  RNA-binding S4 domain-containing protein  66.79 
 
 		 416 aa  337  1.9999999999999998e-91  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.162231 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2024  pseudouridine synthase family protein  66.67 
 
 		 557 aa  333  2e-90  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3251  RNA pseudouridine synthase family protein  66.27 
 
 		 563 aa  331  8e-90  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.9005  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2440  RNA pseudouridine synthase family protein  66.27 
 
 		 574 aa  331  9e-90  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1275  RNA-binding S4 domain protein  62.92 
 
 		 674 aa  331  9e-90  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.206781 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1339  RNA-binding S4 domain protein  62.92 
 
 		 627 aa  331  9e-90  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.476364  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2060  RNA pseudouridine synthase family protein  66.27 
 
 		 559 aa  330  1e-89  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.239559  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1332  RNA pseudouridine synthase family protein  66.27 
 
 		 559 aa  330  1e-89  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.126858  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2497  RNA pseudouridine synthase family protein  66.27 
 
 		 571 aa  330  1e-89  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.142989  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2586  pseudouridine synthase family protein  66.27 
 
 		 585 aa  330  1e-89  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2022  pseudouridine synthase, Rsu  62.64 
 
 		 669 aa  330  1e-89  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6055  pseudouridine synthase, Rsu  62.64 
 
 		 669 aa  330  1e-89  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0597355  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1432  pseudouridine synthase, Rsu  62.96 
 
 		 610 aa  330  2e-89  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000648222 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2055  pseudouridine synthase, Rsu  65.46 
 
 		 690 aa  329  3e-89  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2459  RNA-binding S4 domain protein  65.86 
 
 		 250 aa  329  4e-89  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0124526  hitchhiker  0.000345164 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1924  RNA-binding S4 domain-containing protein  65.46 
 
 		 646 aa  328  5.0000000000000004e-89  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.257028 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5332  pseudouridine synthase, Rsu  62.26 
 
 		 623 aa  327  8e-89  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.522456 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1401  hypothetical protein  63.36 
 
 		 631 aa  327  2.0000000000000001e-88  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2042  RNA-binding S4 domain-containing protein  62.26 
 
 		 650 aa  327  2.0000000000000001e-88  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.483684  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1884  pseudouridine synthase, Rsu  63.46 
 
 		 694 aa  326  2.0000000000000001e-88  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.433738  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1341  RNA-binding S4 domain-containing protein  66.01 
 
 		 624 aa  325  3e-88  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.358627 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1558  pseudouridine synthase family protein  65.86 
 
 		 249 aa  325  6e-88  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1254  RNA-binding S4 domain-containing protein  65.46 
 
 		 249 aa  323  2e-87  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.0063069  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2529  pseudouridine synthase, Rsu  64.62 
 
 		 380 aa  321  9.000000000000001e-87  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2033  putative arginine/proline rich protein  61.6 
 
 		 421 aa  301  7.000000000000001e-81  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0619869  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0435  ribosomal large subunit pseudouridine synthase F  60.47 
 
 		 245 aa  278  9e-74  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.23799 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0263  pseudouridine synthase, Rsu  57.83 
 
 		 243 aa  277  2e-73  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0539496  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1106  pseudouridine synthase  58.85 
 
 		 234 aa  267  1e-70  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0733925  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3468  pseudouridine synthase, Rsu  55.19 
 
 		 379 aa  263  3e-69  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.242566  normal  0.43397 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1753  RNA-binding S4 domain protein  54 
 
 		 245 aa  249  3e-65  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.577127  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_2035  pseudouridine synthase  54 
 
 		 245 aa  247  1e-64  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011672  PHATRDRAFT_10768  predicted protein  50 
 
 		 252 aa  207  2e-52  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1692  pseudouridine synthase  45.12 
 
 		 255 aa  181  8.000000000000001e-45  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.344824 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1005  RNA-binding S4 domain protein  37.35 
 
 		 227 aa  159  3e-38  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  2.0262199999999998e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4261  hypothetical protein  39.44 
 
 		 236 aa  150  3e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.28575  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_50030  hypothetical protein  36.25 
 
 		 236 aa  148  7e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.596266  normal  0.0284198 
 
 
-
 
NC_009356  OSTLU_6806  predicted protein  37.3 
 
 		 249 aa  148  9e-35  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1128  RNA-binding S4  37.85 
 
 		 248 aa  142  5e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.44972  normal  0.373423 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3457  RNA-binding S4  36.58 
 
 		 262 aa  139  4.999999999999999e-32  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2613  RNA pseudouridine synthase family protein  32.52 
 
 		 298 aa  138  1e-31  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2299  ribosomal large subunit pseudouridine synthase f  32.52 
 
 		 298 aa  137  2e-31  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4021  S4 domain protein  34.4 
 
 		 236 aa  136  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1390  RNA-binding S4  34.8 
 
 		 236 aa  136  4e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.553705  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0792  RNA-binding S4 domain-containing protein  37.59 
 
 		 267 aa  135  5e-31  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.543217  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6011  pseudouridine synthase  35.2 
 
 		 389 aa  135  6.0000000000000005e-31  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1189  RNA-binding S4  37.25 
 
 		 236 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.206395 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3692  RNA-binding S4 domain-containing protein  34.93 
 
 		 266 aa  132  6.999999999999999e-30  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.493395  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0693  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  33.73 
 
 		 239 aa  132  7.999999999999999e-30  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3002  RNA-binding S4 domain protein  34.93 
 
 		 266 aa  132  7.999999999999999e-30  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0226  23S rRNA pseudouridine synthase F  34.92 
 
 		 289 aa  131  9e-30  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.387458  normal  0.300617 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2928  pseudouridine synthase  33.74 
 
 		 477 aa  130  3e-29  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1217  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  35.69 
 
 		 258 aa  129  4.0000000000000003e-29  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000897909  hitchhiker  0.000000206079 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01258  pseudouridylate synthase  33.47 
 
 		 384 aa  129  5.0000000000000004e-29  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03894  23S rRNA pseudouridine synthase  35.71 
 
 		 290 aa  129  6e-29  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3975  pseudouridine synthase  35.71 
 
 		 290 aa  129  6e-29  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03854  hypothetical protein  35.71 
 
 		 290 aa  129  6e-29  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1235  pseudouridine synthase  34.15 
 
 		 248 aa  128  7.000000000000001e-29  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.176862  normal  0.0316242 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004196  ribosomal large subunit pseudouridine synthase F  33.47 
 
 		 385 aa  129  7.000000000000001e-29  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00815873  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1707  RNA-binding S4 domain-containing protein  34.66 
 
 		 236 aa  128  9.000000000000001e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.067954 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4525  23S rRNA pseudouridine synthase F  35.32 
 
 		 290 aa  127  1.0000000000000001e-28  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4008  23S rRNA pseudouridine synthase F  35.32 
 
 		 290 aa  128  1.0000000000000001e-28  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.098553 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5500  23S rRNA pseudouridine synthase F  35.32 
 
 		 290 aa  128  1.0000000000000001e-28  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4258  23S rRNA pseudouridine synthase F  35.32 
 
 		 290 aa  128  1.0000000000000001e-28  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.520843  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1743  pseudouridine synthase  33.86 
 
 		 235 aa  127  1.0000000000000001e-28  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4483  23S rRNA pseudouridine synthase F  35.32 
 
 		 290 aa  127  1.0000000000000001e-28  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.429263 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4566  23S rRNA pseudouridine synthase F  35.32 
 
 		 290 aa  128  1.0000000000000001e-28  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3971  23S rRNA pseudouridine synthase F  34.54 
 
 		 286 aa  127  2.0000000000000002e-28  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1403  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  36.08 
 
 		 247 aa  126  3e-28  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.645637  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1578  pseudouridine synthase  32.54 
 
 		 236 aa  126  3e-28  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1451  RNA-binding S4 domain-containing protein  34.33 
 
 		 247 aa  125  5e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.28914  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1816  pseudouridine synthase family 1 protein  32.65 
 
 		 340 aa  125  6e-28  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1301  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  37.2 
 
 		 236 aa  125  7e-28  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2938  23S rRNA pseudouridine synthase F  34.26 
 
 		 355 aa  124  1e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.367273  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1987  ribosomal large subunit pseudouridine synthase F  32.41 
 
 		 314 aa  124  1e-27  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.514849  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3069  23S rRNA pseudouridine synthase F  31.35 
 
 		 290 aa  124  1e-27  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2990  23S rRNA pseudouridine synthase F  31.35 
 
 		 290 aa  124  1e-27  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4604  23S rRNA pseudouridine synthase F  35.18 
 
 		 289 aa  124  1e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0603  23S rRNA pseudouridine synthase F  32.94 
 
 		 293 aa  124  1e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.10967  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4444  23S rRNA pseudouridine synthase F  35.18 
 
 		 289 aa  124  2e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4528  23S rRNA pseudouridine synthase F  35.18 
 
 		 289 aa  124  2e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.358582 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0908  23S rRNA pseudouridine synthase F  33.86 
 
 		 328 aa  123  2e-27  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.500296  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4530  23S rRNA pseudouridine synthase F  35.18 
 
 		 289 aa  124  2e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.115437  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4405  23S rRNA pseudouridine synthase F  35.18 
 
 		 289 aa  124  2e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.15276 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1748  23S rRNA pseudouridine synthase F  32.14 
 
 		 309 aa  123  4e-27  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.442205  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0855  23S rRNA pseudouridine synthase F  33.07 
 
 		 332 aa  122  7e-27  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.532937 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0806  pseudouridine synthase  35.53 
 
 		 274 aa  121  9.999999999999999e-27  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.316767  normal  0.474505 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3586  pseudouridine synthase  32.94 
 
 		 266 aa  121  9.999999999999999e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.280598  normal  0.134237 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2403  RNA pseudouridine synthase family protein  32.93 
 
 		 235 aa  120  1.9999999999999998e-26  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2144  tRNA pseudouridine synthase A  32.79 
 
 		 238 aa  120  1.9999999999999998e-26  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2386  RNA pseudouridine synthase family protein  32.79 
 
 		 238 aa  120  1.9999999999999998e-26  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>