More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPA7_4261 on replicon NC_009656
Organism: Pseudomonas aeruginosa PA7



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009656  PSPA7_4261  hypothetical protein  100 
 
 		 236 aa  467  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.28575  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_50030  hypothetical protein  80.93 
 
 		 236 aa  377  1e-104  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.596266  normal  0.0284198 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1707  RNA-binding S4 domain-containing protein  58.9 
 
 		 236 aa  276  2e-73  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.067954 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1390  RNA-binding S4  52.97 
 
 		 236 aa  270  1e-71  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.553705  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16880  16S rRNA uridine-516 pseudouridylate synthase  62.71 
 
 		 236 aa  270  2e-71  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4021  S4 domain protein  52.12 
 
 		 236 aa  268  4e-71  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1128  RNA-binding S4  57.49 
 
 		 248 aa  265  7e-70  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.44972  normal  0.373423 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3362  RNA-binding S4 domain-containing protein  54.58 
 
 		 251 aa  249  3e-65  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1191  S4 domain-containing protein  54.66 
 
 		 236 aa  248  4e-65  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1189  RNA-binding S4  56.36 
 
 		 236 aa  248  5e-65  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.206395 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4225  RNA-binding S4 domain-containing protein  55.08 
 
 		 236 aa  248  6e-65  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1222  RNA-binding S4 domain-containing protein  54.24 
 
 		 247 aa  246  3e-64  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4018  RNA-binding S4 domain-containing protein  54.66 
 
 		 252 aa  244  6.999999999999999e-64  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00119907 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3457  RNA-binding S4  52.03 
 
 		 262 aa  236  2e-61  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3692  RNA-binding S4 domain-containing protein  49.42 
 
 		 266 aa  225  5.0000000000000005e-58  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.493395  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3002  RNA-binding S4 domain protein  49.03 
 
 		 266 aa  221  6e-57  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0792  RNA-binding S4 domain-containing protein  48.21 
 
 		 267 aa  209  3e-53  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.543217  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1451  RNA-binding S4 domain-containing protein  48.77 
 
 		 247 aa  206  2e-52  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.28914  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0873  RNA-binding S4 domain protein  47.7 
 
 		 237 aa  195  5.000000000000001e-49  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1753  RNA-binding S4 domain protein  42.34 
 
 		 245 aa  174  9.999999999999999e-43  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.577127  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1401  hypothetical protein  44.57 
 
 		 631 aa  174  1.9999999999999998e-42  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1558  pseudouridine synthase family protein  43.65 
 
 		 249 aa  171  7.999999999999999e-42  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2024  pseudouridine synthase family protein  44.44 
 
 		 557 aa  170  2e-41  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2497  RNA pseudouridine synthase family protein  44.44 
 
 		 571 aa  169  3e-41  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.142989  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2586  pseudouridine synthase family protein  44.44 
 
 		 585 aa  169  3e-41  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1332  RNA pseudouridine synthase family protein  44.44 
 
 		 559 aa  169  3e-41  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.126858  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2529  pseudouridine synthase, Rsu  43.51 
 
 		 380 aa  169  3e-41  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2060  RNA pseudouridine synthase family protein  44.44 
 
 		 559 aa  169  3e-41  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.239559  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3251  RNA pseudouridine synthase family protein  44.44 
 
 		 563 aa  169  3e-41  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.9005  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2440  RNA pseudouridine synthase family protein  44.44 
 
 		 574 aa  169  4e-41  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1889  RNA-binding S4 domain-containing protein  45.49 
 
 		 264 aa  168  5e-41  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.610472  normal  0.35019 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1432  pseudouridine synthase, Rsu  43.8 
 
 		 610 aa  168  8e-41  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000648222 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2033  putative arginine/proline rich protein  42.8 
 
 		 421 aa  167  9e-41  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0619869  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2459  RNA-binding S4 domain protein  39.36 
 
 		 250 aa  164  6.9999999999999995e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0124526  hitchhiker  0.000345164 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1275  RNA-binding S4 domain protein  43.41 
 
 		 674 aa  164  8e-40  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.206781 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1884  pseudouridine synthase, Rsu  43.8 
 
 		 694 aa  164  8e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.433738  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5332  pseudouridine synthase, Rsu  42.57 
 
 		 623 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.522456 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2950  RNA-binding S4 domain protein  44.54 
 
 		 232 aa  164  1.0000000000000001e-39  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.138382 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6055  pseudouridine synthase, Rsu  42.17 
 
 		 669 aa  163  2.0000000000000002e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0597355  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_2035  pseudouridine synthase  40.41 
 
 		 245 aa  164  2.0000000000000002e-39  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2022  pseudouridine synthase, Rsu  42.17 
 
 		 669 aa  163  2.0000000000000002e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1339  RNA-binding S4 domain protein  42.64 
 
 		 627 aa  163  2.0000000000000002e-39  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.476364  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2042  RNA-binding S4 domain-containing protein  42.17 
 
 		 650 aa  162  4.0000000000000004e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.483684  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1254  RNA-binding S4 domain-containing protein  40.48 
 
 		 249 aa  161  7e-39  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.0063069  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1924  RNA-binding S4 domain-containing protein  41.77 
 
 		 646 aa  158  5e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.257028 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2055  pseudouridine synthase, Rsu  41.77 
 
 		 690 aa  158  5e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1913  RNA-binding S4 domain-containing protein  42.04 
 
 		 416 aa  158  8e-38  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.162231 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4291  RNA-binding S4 domain-containing protein  40.87 
 
 		 264 aa  157  1e-37  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4985  RNA-binding S4 domain protein  37.87 
 
 		 273 aa  156  3e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.33907  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1678  pseudouridine synthase, Rsu  41.77 
 
 		 649 aa  156  3e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.151173  normal  0.0771799 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1341  RNA-binding S4 domain-containing protein  39.76 
 
 		 624 aa  154  1e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.358627 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0435  ribosomal large subunit pseudouridine synthase F  41.53 
 
 		 245 aa  151  7e-36  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.23799 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1168  pseudouridine synthase  38.25 
 
 		 591 aa  150  1e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0606  ribosomal large subunit pseudouridine synthase F  38.31 
 
 		 266 aa  147  1.0000000000000001e-34  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.000119564  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0263  pseudouridine synthase, Rsu  39.67 
 
 		 243 aa  147  2.0000000000000003e-34  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0539496  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3544  RNA-binding S4  36.3 
 
 		 304 aa  144  1e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.824299  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1106  pseudouridine synthase  39.47 
 
 		 234 aa  143  2e-33  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0733925  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3595  pseudouridine synthase  37.45 
 
 		 278 aa  141  9.999999999999999e-33  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0465  RNA-binding S4 domain protein  36.29 
 
 		 248 aa  140  1.9999999999999998e-32  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.117084  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0474  RNA-binding S4 domain-containing protein  37.1 
 
 		 360 aa  139  3e-32  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.15939 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3468  pseudouridine synthase, Rsu  38.21 
 
 		 379 aa  136  3.0000000000000003e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.242566  normal  0.43397 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0485  RNA-binding S4 domain-containing protein  37.11 
 
 		 305 aa  133  1.9999999999999998e-30  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011672  PHATRDRAFT_10768  predicted protein  36.25 
 
 		 252 aa  119  4.9999999999999996e-26  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1005  RNA-binding S4 domain protein  28.14 
 
 		 227 aa  108  1e-22  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  2.0262199999999998e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1692  pseudouridine synthase  34.45 
 
 		 255 aa  105  7e-22  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.344824 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1816  pseudouridine synthase family 1 protein  28.4 
 
 		 340 aa  95.1  8e-19  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2299  ribosomal large subunit pseudouridine synthase f  27.97 
 
 		 298 aa  91.7  9e-18  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01258  pseudouridylate synthase  29.11 
 
 		 384 aa  90.5  2e-17  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004196  ribosomal large subunit pseudouridine synthase F  29.11 
 
 		 385 aa  90.1  3e-17  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00815873  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2613  RNA pseudouridine synthase family protein  27.54 
 
 		 298 aa  89.4  5e-17  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0660  pseudouridine synthase  28.45 
 
 		 239 aa  81.3  0.00000000000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.665428  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3069  23S rRNA pseudouridine synthase F  29.24 
 
 		 290 aa  80.5  0.00000000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2990  23S rRNA pseudouridine synthase F  29.24 
 
 		 290 aa  80.5  0.00000000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0684  pseudouridine synthase  28.02 
 
 		 239 aa  80.1  0.00000000000003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1235  pseudouridine synthase  26.07 
 
 		 248 aa  79.7  0.00000000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.176862  normal  0.0316242 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0908  23S rRNA pseudouridine synthase F  28.33 
 
 		 328 aa  79.3  0.00000000000004  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.500296  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0058  pseudouridine synthase  29.66 
 
 		 241 aa  79  0.00000000000006  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1403  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  31.91 
 
 		 247 aa  78.2  0.0000000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.645637  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0855  23S rRNA pseudouridine synthase F  27.12 
 
 		 332 aa  77.8  0.0000000000001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.532937 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0099  RNA-binding S4 domain-containing protein  27.43 
 
 		 245 aa  77.8  0.0000000000001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1748  23S rRNA pseudouridine synthase F  27.31 
 
 		 309 aa  77.8  0.0000000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.442205  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1147  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  25.85 
 
 		 236 aa  78.2  0.0000000000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.000045472  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13243  pseudouridine synthase, Rsu  25.33 
 
 		 244 aa  77.4  0.0000000000002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1987  ribosomal large subunit pseudouridine synthase F  26.45 
 
 		 314 aa  77.4  0.0000000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.514849  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0944  pseudouridine synthase, Rsu  27.73 
 
 		 261 aa  77.4  0.0000000000002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000200951  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0603  23S rRNA pseudouridine synthase F  27.66 
 
 		 293 aa  77  0.0000000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.10967  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1336  ribosomal small subunit pseudouridine synthase B  25.85 
 
 		 236 aa  76.6  0.0000000000003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.014485  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_09640  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  29.11 
 
 		 249 aa  76.3  0.0000000000004  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.444703  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1743  pseudouridine synthase  26.78 
 
 		 235 aa  75.9  0.0000000000006  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3586  pseudouridine synthase  27.97 
 
 		 266 aa  75.1  0.0000000000008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.280598  normal  0.134237 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6011  pseudouridine synthase  28.51 
 
 		 389 aa  74.7  0.000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0782  ribosomal large subunit pseudouridine synthase F  24.79 
 
 		 324 aa  74.3  0.000000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.168526  normal  0.0685581 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0867  RNA-binding S4 domain-containing protein  21.59 
 
 		 230 aa  74.7  0.000000000001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1151  RNA pseudouridine synthase family protein  24.03 
 
 		 228 aa  74.7  0.000000000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.000576228  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0987  ribosomal large subunit pseudouridine synthase f  23.61 
 
 		 228 aa  75.1  0.000000000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2160  pseudouridylate synthase (pseudouridine synthase)  26.75 
 
 		 238 aa  73.9  0.000000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.28876  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2144  tRNA pseudouridine synthase A  26.75 
 
 		 238 aa  73.9  0.000000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2386  RNA pseudouridine synthase family protein  26.75 
 
 		 238 aa  73.9  0.000000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2974  RNA pseudouridine synthase family protein  27.16 
 
 		 235 aa  73.9  0.000000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.462691 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1384  RNA-binding S4 domain-containing protein  25 
 
 		 302 aa  73.9  0.000000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.176082  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>