198 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smal_2950 on replicon NC_011071
Organism: Stenotrophomonas maltophilia R551-3



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011071  Smal_2950  RNA-binding S4 domain protein  100 
 
 		 232 aa  458  9.999999999999999e-129  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.138382 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1390  RNA-binding S4  40.76 
 
 		 236 aa  169  4e-41  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.553705  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4021  S4 domain protein  39.92 
 
 		 236 aa  167  1e-40  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4261  hypothetical protein  44.54 
 
 		 236 aa  164  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.28575  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_50030  hypothetical protein  44.26 
 
 		 236 aa  159  4e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.596266  normal  0.0284198 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1128  RNA-binding S4  42.52 
 
 		 248 aa  155  5.0000000000000005e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.44972  normal  0.373423 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16880  16S rRNA uridine-516 pseudouridylate synthase  44.54 
 
 		 236 aa  155  7e-37  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1707  RNA-binding S4 domain-containing protein  42.98 
 
 		 236 aa  153  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.067954 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3692  RNA-binding S4 domain-containing protein  39.45 
 
 		 266 aa  150  1e-35  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.493395  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3002  RNA-binding S4 domain protein  39.22 
 
 		 266 aa  148  7e-35  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4018  RNA-binding S4 domain-containing protein  42.13 
 
 		 252 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00119907 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4225  RNA-binding S4 domain-containing protein  41.28 
 
 		 236 aa  144  1e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3362  RNA-binding S4 domain-containing protein  40.16 
 
 		 251 aa  143  3e-33  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1189  RNA-binding S4  41.08 
 
 		 236 aa  142  4e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.206395 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1191  S4 domain-containing protein  41.28 
 
 		 236 aa  141  9e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1222  RNA-binding S4 domain-containing protein  40.85 
 
 		 247 aa  139  3e-32  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0792  RNA-binding S4 domain-containing protein  40.55 
 
 		 267 aa  137  1e-31  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.543217  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3457  RNA-binding S4  39.45 
 
 		 262 aa  134  9e-31  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1889  RNA-binding S4 domain-containing protein  37.84 
 
 		 264 aa  129  4.0000000000000003e-29  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.610472  normal  0.35019 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2529  pseudouridine synthase, Rsu  37.19 
 
 		 380 aa  124  1e-27  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2033  putative arginine/proline rich protein  38.04 
 
 		 421 aa  123  3e-27  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0619869  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1913  RNA-binding S4 domain-containing protein  39.92 
 
 		 416 aa  121  9e-27  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.162231 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5332  pseudouridine synthase, Rsu  36 
 
 		 623 aa  112  4.0000000000000004e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.522456 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1432  pseudouridine synthase, Rsu  35.43 
 
 		 610 aa  112  5e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000648222 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0873  RNA-binding S4 domain protein  34.76 
 
 		 237 aa  112  6e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2042  RNA-binding S4 domain-containing protein  36 
 
 		 650 aa  111  9e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.483684  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2459  RNA-binding S4 domain protein  32.66 
 
 		 250 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0124526  hitchhiker  0.000345164 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1254  RNA-binding S4 domain-containing protein  34.52 
 
 		 249 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.0063069  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1401  hypothetical protein  35.27 
 
 		 631 aa  109  4.0000000000000004e-23  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1558  pseudouridine synthase family protein  34.4 
 
 		 249 aa  108  5e-23  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6055  pseudouridine synthase, Rsu  35.6 
 
 		 669 aa  108  6e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0597355  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2022  pseudouridine synthase, Rsu  35.6 
 
 		 669 aa  108  6e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1451  RNA-binding S4 domain-containing protein  34.57 
 
 		 247 aa  106  2e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.28914  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4291  RNA-binding S4 domain-containing protein  35.46 
 
 		 264 aa  107  2e-22  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1924  RNA-binding S4 domain-containing protein  35.2 
 
 		 646 aa  106  3e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.257028 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2024  pseudouridine synthase family protein  34.8 
 
 		 557 aa  106  4e-22  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1106  pseudouridine synthase  33.62 
 
 		 234 aa  105  4e-22  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0733925  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1341  RNA-binding S4 domain-containing protein  34.27 
 
 		 624 aa  106  4e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.358627 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2055  pseudouridine synthase, Rsu  35.2 
 
 		 690 aa  106  4e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0435  ribosomal large subunit pseudouridine synthase F  34.57 
 
 		 245 aa  105  5e-22  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.23799 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1339  RNA-binding S4 domain protein  33.07 
 
 		 627 aa  105  5e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.476364  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1753  RNA-binding S4 domain protein  33.87 
 
 		 245 aa  105  6e-22  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.577127  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1275  RNA-binding S4 domain protein  34.25 
 
 		 674 aa  105  8e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.206781 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2586  pseudouridine synthase family protein  34.4 
 
 		 585 aa  103  2e-21  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2060  RNA pseudouridine synthase family protein  34.4 
 
 		 559 aa  103  2e-21  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.239559  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3251  RNA pseudouridine synthase family protein  34.4 
 
 		 563 aa  103  2e-21  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.9005  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2440  RNA pseudouridine synthase family protein  34.4 
 
 		 574 aa  103  2e-21  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2497  RNA pseudouridine synthase family protein  34.4 
 
 		 571 aa  103  2e-21  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.142989  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1332  RNA pseudouridine synthase family protein  34.4 
 
 		 559 aa  103  2e-21  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.126858  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_2035  pseudouridine synthase  32.93 
 
 		 245 aa  103  2e-21  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4985  RNA-binding S4 domain protein  30.97 
 
 		 273 aa  102  7e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.33907  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0465  RNA-binding S4 domain protein  33.87 
 
 		 248 aa  101  8e-21  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.117084  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1168  pseudouridine synthase  32.26 
 
 		 591 aa  101  1e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1884  pseudouridine synthase, Rsu  34.25 
 
 		 694 aa  101  1e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.433738  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0474  RNA-binding S4 domain-containing protein  34 
 
 		 360 aa  100  2e-20  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.15939 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0485  RNA-binding S4 domain-containing protein  35.08 
 
 		 305 aa  100  2e-20  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1678  pseudouridine synthase, Rsu  33.06 
 
 		 649 aa  99.4  4e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.151173  normal  0.0771799 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0263  pseudouridine synthase, Rsu  31.69 
 
 		 243 aa  97.1  2e-19  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0539496  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3468  pseudouridine synthase, Rsu  34.15 
 
 		 379 aa  96.7  3e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.242566  normal  0.43397 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3595  pseudouridine synthase  34.14 
 
 		 278 aa  95.5  6e-19  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0606  ribosomal large subunit pseudouridine synthase F  33.33 
 
 		 266 aa  93.6  2e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.000119564  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3544  RNA-binding S4  30.51 
 
 		 304 aa  84.3  0.000000000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.824299  n/a   
 
 
-
 
NC_011672  PHATRDRAFT_10768  predicted protein  31.56 
 
 		 252 aa  77.8  0.0000000000001  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2242  pseudouridine synthase  25.81 
 
 		 318 aa  63.2  0.000000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.708681 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01258  pseudouridylate synthase  25.85 
 
 		 384 aa  63.5  0.000000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1885  putative peptide ABC transporter, permease protein  26.15 
 
 		 257 aa  62.8  0.000000005  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.0639352  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0660  pseudouridine synthase  28.99 
 
 		 239 aa  62  0.000000007  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.665428  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004196  ribosomal large subunit pseudouridine synthase F  25.42 
 
 		 385 aa  60.1  0.00000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00815873  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2136  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  25.3 
 
 		 243 aa  58.9  0.00000006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2975  pseudouridine synthase  27.8 
 
 		 230 aa  58.5  0.00000008  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0220169  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0916  RNA pseudouridine synthase family protein  25.97 
 
 		 314 aa  57  0.0000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0867  RNA-binding S4 domain-containing protein  21.34 
 
 		 230 aa  56.2  0.0000004  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1019  pseudouridine synthase  31.4 
 
 		 236 aa  55.8  0.0000006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0802  pseudouridine synthase  26.87 
 
 		 268 aa  55.5  0.0000008  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0903267  normal  0.0729553 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1692  pseudouridine synthase  26.25 
 
 		 255 aa  55.5  0.0000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.344824 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0684  pseudouridine synthase  27.54 
 
 		 239 aa  54.7  0.000001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1816  pseudouridine synthase family 1 protein  24.18 
 
 		 340 aa  55.1  0.000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0577  RNA pseudouridine synthase family protein  20.6 
 
 		 229 aa  53.5  0.000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4661  RNA pseudouridine synthase family protein  20.17 
 
 		 229 aa  53.5  0.000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.636337  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3411  pseudouridine synthase  28.22 
 
 		 239 aa  53.1  0.000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1987  ribosomal large subunit pseudouridine synthase F  24.79 
 
 		 314 aa  52.8  0.000004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.514849  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0099  RNA-binding S4 domain-containing protein  25 
 
 		 245 aa  53.1  0.000004  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1893  pseudouridine synthase  26.27 
 
 		 238 aa  52.8  0.000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3602  pseudouridine synthase  26.5 
 
 		 231 aa  52.8  0.000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1442  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  27.59 
 
 		 236 aa  52  0.000007  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.000380815  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0788  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  26.56 
 
 		 235 aa  52  0.000009  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0198055  normal  0.495021 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01765  RNA pseudouridine synthase family protein  26.16 
 
 		 248 aa  51.6  0.000009  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  decreased coverage  0.00504065  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4674  RNA pseudouridylate synthase family protein  20.6 
 
 		 229 aa  51.6  0.00001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1646  pseudouridine synthase, Rsu  24.46 
 
 		 317 aa  51.2  0.00001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13243  pseudouridine synthase, Rsu  21.95 
 
 		 244 aa  51.6  0.00001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0674  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A protein  25.99 
 
 		 252 aa  50.8  0.00002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1750  RNA pseudouridine synthase  24.51 
 
 		 253 aa  50.4  0.00002  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1228  pseudouridine synthase  24.8 
 
 		 240 aa  50.4  0.00002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.481726  normal  0.0793814 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4677  RNA pseudouridine synthase family protein  19.74 
 
 		 229 aa  50.4  0.00002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000310773  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4284  pseudouridylate synthase  21.37 
 
 		 229 aa  50.4  0.00002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0058  pseudouridine synthase  28.45 
 
 		 241 aa  50.8  0.00002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1403  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  27.82 
 
 		 247 aa  50.1  0.00003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.645637  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3178  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  26.34 
 
 		 235 aa  50.1  0.00003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.021025  normal  0.1902 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1113  RNA-uridine isomerase  23.17 
 
 		 257 aa  50.4  0.00003  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2299  ribosomal large subunit pseudouridine synthase f  23.63 
 
 		 298 aa  49.7  0.00004  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>