More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_1646 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_1646  pseudouridine synthase, Rsu  100 
 
 		 317 aa  652    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0916  RNA pseudouridine synthase family protein  63.85 
 
 		 314 aa  382  1e-105  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2242  pseudouridine synthase  69.55 
 
 		 318 aa  384  1e-105  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.708681 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01765  RNA pseudouridine synthase family protein  70.17 
 
 		 248 aa  351  8e-96  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  decreased coverage  0.00504065  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1987  ribosomal large subunit pseudouridine synthase F  63.2 
 
 		 314 aa  347  1e-94  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.514849  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0782  ribosomal large subunit pseudouridine synthase F  63.3 
 
 		 324 aa  337  9.999999999999999e-92  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.168526  normal  0.0685581 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1235  pseudouridine synthase  67.23 
 
 		 248 aa  327  2.0000000000000001e-88  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.176862  normal  0.0316242 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004196  ribosomal large subunit pseudouridine synthase F  64.63 
 
 		 385 aa  321  9.000000000000001e-87  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00815873  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01258  pseudouridylate synthase  63.82 
 
 		 384 aa  320  3e-86  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0236  pseudouridine synthase  63.56 
 
 		 272 aa  313  1.9999999999999998e-84  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1816  pseudouridine synthase family 1 protein  62.45 
 
 		 340 aa  306  3e-82  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2299  ribosomal large subunit pseudouridine synthase f  62.18 
 
 		 298 aa  304  1.0000000000000001e-81  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2613  RNA pseudouridine synthase family protein  61.76 
 
 		 298 aa  303  2.0000000000000002e-81  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6011  pseudouridine synthase  55.4 
 
 		 389 aa  296  4e-79  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13243  pseudouridine synthase, Rsu  58.61 
 
 		 244 aa  288  1e-76  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3854  pseudouridine synthase  53.26 
 
 		 348 aa  286  2.9999999999999996e-76  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3815  23S rRNA pseudouridine synthase F  50.87 
 
 		 332 aa  281  1e-74  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2938  23S rRNA pseudouridine synthase F  47.71 
 
 		 355 aa  281  1e-74  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.367273  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2221  RNA pseudouridylate synthase  60.7 
 
 		 238 aa  280  2e-74  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2160  pseudouridylate synthase (pseudouridine synthase)  60.7 
 
 		 238 aa  280  2e-74  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.28876  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2144  tRNA pseudouridine synthase A  60.7 
 
 		 238 aa  280  2e-74  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2928  pseudouridine synthase  56.22 
 
 		 477 aa  280  2e-74  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2386  RNA pseudouridine synthase family protein  60.7 
 
 		 238 aa  280  2e-74  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2192  RNA-binding S4 domain-containing protein  60.53 
 
 		 235 aa  280  3e-74  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.731966  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2488  RNA pseudouridine synthase family protein  60.96 
 
 		 235 aa  280  3e-74  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.970242  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2403  RNA pseudouridine synthase family protein  60.96 
 
 		 235 aa  280  3e-74  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2974  RNA pseudouridine synthase family protein  60.96 
 
 		 235 aa  279  4e-74  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.462691 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2417  RNA pseudouridylate synthase family protein  60.26 
 
 		 238 aa  278  9e-74  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2353  RNA pseudouridine synthase family protein  60.53 
 
 		 235 aa  278  1e-73  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1204  ribosomal large subunit pseudouridine synthase F  57.81 
 
 		 240 aa  276  4e-73  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.501525  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3069  23S rRNA pseudouridine synthase F  55.42 
 
 		 290 aa  274  1.0000000000000001e-72  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2990  23S rRNA pseudouridine synthase F  55.42 
 
 		 290 aa  274  1.0000000000000001e-72  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4528  23S rRNA pseudouridine synthase F  52.61 
 
 		 289 aa  273  2.0000000000000002e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.358582 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1748  23S rRNA pseudouridine synthase F  55.6 
 
 		 309 aa  274  2.0000000000000002e-72  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.442205  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4604  23S rRNA pseudouridine synthase F  58.33 
 
 		 289 aa  274  2.0000000000000002e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0603  23S rRNA pseudouridine synthase F  55.04 
 
 		 293 aa  273  3e-72  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.10967  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_14081  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal small subunit  59.66 
 
 		 240 aa  272  5.000000000000001e-72  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.484902  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0601  ribosomal large subunit pseudouridine synthase F  59.66 
 
 		 240 aa  272  5.000000000000001e-72  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.624758  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4444  23S rRNA pseudouridine synthase F  57.92 
 
 		 289 aa  272  5.000000000000001e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4405  23S rRNA pseudouridine synthase F  57.92 
 
 		 289 aa  272  7e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.15276 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4530  23S rRNA pseudouridine synthase F  57.92 
 
 		 289 aa  272  7e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.115437  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3971  23S rRNA pseudouridine synthase F  57.5 
 
 		 286 aa  271  1e-71  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0908  23S rRNA pseudouridine synthase F  47.35 
 
 		 328 aa  270  2.9999999999999997e-71  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.500296  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4664  RNA pseudouridine synthase family protein  56 
 
 		 229 aa  268  5.9999999999999995e-71  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000338172 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3586  pseudouridine synthase  56.25 
 
 		 266 aa  266  2.9999999999999995e-70  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.280598  normal  0.134237 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4008  23S rRNA pseudouridine synthase F  56.72 
 
 		 290 aa  266  4e-70  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.098553 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0226  23S rRNA pseudouridine synthase F  56.72 
 
 		 289 aa  266  4e-70  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.387458  normal  0.300617 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5500  23S rRNA pseudouridine synthase F  56.72 
 
 		 290 aa  266  4e-70  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4258  23S rRNA pseudouridine synthase F  56.72 
 
 		 290 aa  266  4e-70  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.520843  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4566  23S rRNA pseudouridine synthase F  56.72 
 
 		 290 aa  266  4e-70  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4483  23S rRNA pseudouridine synthase F  56.72 
 
 		 290 aa  266  5e-70  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.429263 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4525  23S rRNA pseudouridine synthase F  56.72 
 
 		 290 aa  265  5.999999999999999e-70  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03894  23S rRNA pseudouridine synthase  56.72 
 
 		 290 aa  265  8e-70  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3975  pseudouridine synthase  56.72 
 
 		 290 aa  265  8e-70  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03854  hypothetical protein  56.72 
 
 		 290 aa  265  8e-70  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4446  RNA pseudouridylate synthase  55.56 
 
 		 229 aa  265  1e-69  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4792  RNA pseudouridine synthase family protein  55.56 
 
 		 229 aa  265  1e-69  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4295  tRNA pseudouridine synthase A  55.56 
 
 		 229 aa  263  3e-69  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.502862  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_12541  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal small subunit  59.24 
 
 		 240 aa  263  3e-69  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.558344  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_12681  pseudouridine synthase, Rsu  61.01 
 
 		 240 aa  262  4e-69  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.850167  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1228  pseudouridine synthase  57.02 
 
 		 240 aa  263  4e-69  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.481726  normal  0.0793814 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4284  pseudouridylate synthase  54.67 
 
 		 229 aa  262  4.999999999999999e-69  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0855  23S rRNA pseudouridine synthase F  54.63 
 
 		 332 aa  262  6.999999999999999e-69  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.532937 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0577  RNA pseudouridine synthase family protein  53.88 
 
 		 229 aa  261  1e-68  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4674  RNA pseudouridylate synthase family protein  55.11 
 
 		 229 aa  260  2e-68  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4677  RNA pseudouridine synthase family protein  54.67 
 
 		 229 aa  259  3e-68  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000310773  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_12611  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal small subunit  62.68 
 
 		 240 aa  259  5.0000000000000005e-68  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.594453  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4661  RNA pseudouridine synthase family protein  54.67 
 
 		 229 aa  257  1e-67  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.636337  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04827  ribosomal large subunit pseudouridine synthase F  56.14 
 
 		 240 aa  257  2e-67  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4379  pseudouridine synthase  53.33 
 
 		 229 aa  255  7e-67  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3238  pseudouridine synthase  53.88 
 
 		 229 aa  251  1e-65  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.643571  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1151  RNA pseudouridine synthase family protein  47.11 
 
 		 228 aa  213  3.9999999999999995e-54  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.000576228  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0987  ribosomal large subunit pseudouridine synthase f  46.67 
 
 		 228 aa  211  1e-53  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0944  pseudouridine synthase, Rsu  46.29 
 
 		 261 aa  207  2e-52  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000200951  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1834  ribosomal large subunit pseudouridine synthase F  39.41 
 
 		 281 aa  175  9.999999999999999e-43  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.954651  normal  0.0468047 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0058  pseudouridine synthase  40.76 
 
 		 241 aa  165  8e-40  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1367  pseudouridine synthase  39.3 
 
 		 228 aa  163  4.0000000000000004e-39  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0952  pseudouridine synthase, Rsu  38.17 
 
 		 236 aa  163  4.0000000000000004e-39  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.823269  normal  0.19606 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3873  pseudouridine synthase  37.7 
 
 		 245 aa  162  6e-39  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00341682 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0916  pseudouridine synthase, Rsu  38.03 
 
 		 236 aa  161  1e-38  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.659376  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3582  pseudouridine synthase  38.53 
 
 		 236 aa  159  5e-38  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.299626 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0902  pseudouridine synthase  38.24 
 
 		 236 aa  159  6e-38  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1167  RNA-binding S4 domain protein  37.66 
 
 		 228 aa  159  7e-38  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3461  pseudouridine synthase  38.49 
 
 		 242 aa  159  8e-38  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0806  pseudouridine synthase  37.65 
 
 		 274 aa  155  9e-37  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.316767  normal  0.474505 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0917  pseudouridine synthase, Rsu  36.4 
 
 		 241 aa  154  2e-36  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.81174 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0572  pseudouridine synthase, Rsu  36.93 
 
 		 238 aa  154  2e-36  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0685  pseudouridine synthase, Rsu  36.86 
 
 		 238 aa  153  2.9999999999999998e-36  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.301358  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0922  pseudouridine synthase  39.66 
 
 		 242 aa  152  7e-36  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3180  pseudouridine synthase  37.55 
 
 		 238 aa  151  1e-35  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3385  pseudouridine synthase  37.87 
 
 		 242 aa  151  2e-35  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0328  pseudouridine synthase  38.3 
 
 		 567 aa  146  4.0000000000000006e-34  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.106742 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3936  pseudouridine synthase  34.01 
 
 		 261 aa  145  1e-33  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.348402  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0441  pseudouridine synthase  36.25 
 
 		 248 aa  144  2e-33  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00343055  normal  1 
 
 
-
 
NC_009370  OSTLU_10376  predicted protein  36.4 
 
 		 238 aa  142  5e-33  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0125267  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1147  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  38.86 
 
 		 236 aa  143  5e-33  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.000045472  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1688  pseudouridine synthase, Rsu  34.43 
 
 		 250 aa  142  6e-33  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0675  pseudouridine synthase  35.39 
 
 		 238 aa  142  7e-33  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1005  RNA-binding S4 domain protein  38.36 
 
 		 227 aa  142  9e-33  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  2.0262199999999998e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1336  ribosomal small subunit pseudouridine synthase B  38.43 
 
 		 236 aa  141  9.999999999999999e-33  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.014485  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>