More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_0917 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008321  Shewmr4_0917  pseudouridine synthase, Rsu  100 
 
 		 241 aa  496  1e-139  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.81174 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0952  pseudouridine synthase, Rsu  95.02 
 
 		 236 aa  466  9.999999999999999e-131  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.823269  normal  0.19606 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0916  pseudouridine synthase, Rsu  91.7 
 
 		 236 aa  449  1e-125  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.659376  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0922  pseudouridine synthase  75.51 
 
 		 242 aa  379  1e-104  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0902  pseudouridine synthase  75.93 
 
 		 236 aa  376  1e-103  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3582  pseudouridine synthase  75.93 
 
 		 236 aa  374  1e-102  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.299626 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3461  pseudouridine synthase  71.14 
 
 		 242 aa  355  3.9999999999999996e-97  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3385  pseudouridine synthase  70.33 
 
 		 242 aa  352  4e-96  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3180  pseudouridine synthase  62.14 
 
 		 238 aa  297  1e-79  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3873  pseudouridine synthase  61.57 
 
 		 245 aa  291  6e-78  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00341682 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0675  pseudouridine synthase  59.67 
 
 		 238 aa  284  9e-76  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3936  pseudouridine synthase  59.43 
 
 		 261 aa  278  4e-74  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.348402  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0685  pseudouridine synthase, Rsu  58.33 
 
 		 238 aa  269  2.9999999999999997e-71  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.301358  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0572  pseudouridine synthase, Rsu  55.42 
 
 		 238 aa  265  5.999999999999999e-70  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2937  pseudouridine synthase, Rsu  44.08 
 
 		 254 aa  191  1e-47  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.0746934 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4661  RNA pseudouridine synthase family protein  40.85 
 
 		 229 aa  185  6e-46  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.636337  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0577  RNA pseudouridine synthase family protein  40 
 
 		 229 aa  184  1.0000000000000001e-45  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4677  RNA pseudouridine synthase family protein  40 
 
 		 229 aa  182  4.0000000000000006e-45  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000310773  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004196  ribosomal large subunit pseudouridine synthase F  40.17 
 
 		 385 aa  182  5.0000000000000004e-45  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00815873  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3238  pseudouridine synthase  40.17 
 
 		 229 aa  181  1e-44  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.643571  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4379  pseudouridine synthase  39.15 
 
 		 229 aa  179  2e-44  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01258  pseudouridylate synthase  40.17 
 
 		 384 aa  180  2e-44  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4674  RNA pseudouridylate synthase family protein  40 
 
 		 229 aa  179  2.9999999999999997e-44  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4295  tRNA pseudouridine synthase A  39.57 
 
 		 229 aa  178  4.999999999999999e-44  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.502862  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4284  pseudouridylate synthase  39.15 
 
 		 229 aa  178  5.999999999999999e-44  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4664  RNA pseudouridine synthase family protein  39.15 
 
 		 229 aa  177  1e-43  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000338172 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1816  pseudouridine synthase family 1 protein  41.1 
 
 		 340 aa  177  1e-43  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1987  ribosomal large subunit pseudouridine synthase F  40.17 
 
 		 314 aa  175  7e-43  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.514849  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4446  RNA pseudouridylate synthase  38.72 
 
 		 229 aa  173  1.9999999999999998e-42  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4792  RNA pseudouridine synthase family protein  38.72 
 
 		 229 aa  173  1.9999999999999998e-42  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2192  RNA-binding S4 domain-containing protein  40.26 
 
 		 235 aa  171  1e-41  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.731966  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1151  RNA pseudouridine synthase family protein  37.92 
 
 		 228 aa  171  1e-41  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.000576228  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2299  ribosomal large subunit pseudouridine synthase f  38.3 
 
 		 298 aa  170  2e-41  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0987  ribosomal large subunit pseudouridine synthase f  37.08 
 
 		 228 aa  169  3e-41  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1235  pseudouridine synthase  38.33 
 
 		 248 aa  167  1e-40  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.176862  normal  0.0316242 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2974  RNA pseudouridine synthase family protein  39.24 
 
 		 235 aa  167  1e-40  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.462691 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2353  RNA pseudouridine synthase family protein  38.82 
 
 		 235 aa  166  2.9999999999999998e-40  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1204  ribosomal large subunit pseudouridine synthase F  38.68 
 
 		 240 aa  166  2.9999999999999998e-40  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.501525  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3854  pseudouridine synthase  39.33 
 
 		 348 aa  166  2.9999999999999998e-40  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2488  RNA pseudouridine synthase family protein  38.82 
 
 		 235 aa  166  4e-40  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.970242  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2613  RNA pseudouridine synthase family protein  37.87 
 
 		 298 aa  165  5e-40  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2403  RNA pseudouridine synthase family protein  38.96 
 
 		 235 aa  165  5e-40  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2221  RNA pseudouridylate synthase  38.53 
 
 		 238 aa  164  2.0000000000000002e-39  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2160  pseudouridylate synthase (pseudouridine synthase)  38.53 
 
 		 238 aa  164  2.0000000000000002e-39  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.28876  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2144  tRNA pseudouridine synthase A  38.53 
 
 		 238 aa  164  2.0000000000000002e-39  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2386  RNA pseudouridine synthase family protein  38.53 
 
 		 238 aa  164  2.0000000000000002e-39  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0236  pseudouridine synthase  37.39 
 
 		 272 aa  163  2.0000000000000002e-39  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0855  23S rRNA pseudouridine synthase F  37.61 
 
 		 332 aa  162  3e-39  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.532937 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2417  RNA pseudouridylate synthase family protein  37.97 
 
 		 238 aa  162  5.0000000000000005e-39  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2938  23S rRNA pseudouridine synthase F  37.18 
 
 		 355 aa  160  1e-38  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.367273  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2242  pseudouridine synthase  36.67 
 
 		 318 aa  160  2e-38  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.708681 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13243  pseudouridine synthase, Rsu  35.83 
 
 		 244 aa  157  1e-37  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1748  23S rRNA pseudouridine synthase F  36.17 
 
 		 309 aa  157  2e-37  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.442205  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0908  23S rRNA pseudouridine synthase F  36.55 
 
 		 328 aa  157  2e-37  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.500296  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1228  pseudouridine synthase  37.39 
 
 		 240 aa  156  3e-37  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.481726  normal  0.0793814 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_12541  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal small subunit  37.93 
 
 		 240 aa  156  3e-37  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.558344  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01765  RNA pseudouridine synthase family protein  37.7 
 
 		 248 aa  155  4e-37  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  decreased coverage  0.00504065  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0689  pseudouridine synthase  38.27 
 
 		 253 aa  155  6e-37  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0058  pseudouridine synthase  39.15 
 
 		 241 aa  155  7e-37  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1646  pseudouridine synthase, Rsu  36.4 
 
 		 317 aa  154  1e-36  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04827  ribosomal large subunit pseudouridine synthase F  37.13 
 
 		 240 aa  154  1e-36  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2928  pseudouridine synthase  35.27 
 
 		 477 aa  153  2e-36  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0916  RNA pseudouridine synthase family protein  36.73 
 
 		 314 aa  152  4e-36  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0603  23S rRNA pseudouridine synthase F  36.02 
 
 		 293 aa  152  4e-36  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.10967  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6011  pseudouridine synthase  38.52 
 
 		 389 aa  152  5e-36  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0601  ribosomal large subunit pseudouridine synthase F  39.45 
 
 		 240 aa  151  7e-36  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.624758  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_14081  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal small subunit  39.45 
 
 		 240 aa  151  7e-36  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.484902  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0441  pseudouridine synthase  39 
 
 		 248 aa  151  8e-36  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00343055  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1643  pseudouridine synthase  35.46 
 
 		 238 aa  151  1e-35  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.734555 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1352  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  39.18 
 
 		 240 aa  150  1e-35  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.92415  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3815  23S rRNA pseudouridine synthase F  36.13 
 
 		 332 aa  151  1e-35  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1211  pseudouridine synthase  38.89 
 
 		 243 aa  150  2e-35  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1292  pseudouridine synthase  40.65 
 
 		 251 aa  150  2e-35  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3069  23S rRNA pseudouridine synthase F  35.32 
 
 		 290 aa  150  2e-35  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2990  23S rRNA pseudouridine synthase F  35.32 
 
 		 290 aa  150  2e-35  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_12611  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal small subunit  38.74 
 
 		 240 aa  149  3e-35  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.594453  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07230  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  37.34 
 
 		 237 aa  148  6e-35  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000010493  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_12681  pseudouridine synthase, Rsu  37.93 
 
 		 240 aa  147  1.0000000000000001e-34  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.850167  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0494  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  38.84 
 
 		 243 aa  147  1.0000000000000001e-34  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3744  pseudouridine synthase  38.75 
 
 		 233 aa  146  3e-34  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.212732  normal  0.0135633 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1997  pseudouridine synthase  37.34 
 
 		 252 aa  146  3e-34  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3411  pseudouridine synthase  35.74 
 
 		 255 aa  145  4.0000000000000006e-34  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1010  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  39.67 
 
 		 243 aa  144  1e-33  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4604  23S rRNA pseudouridine synthase F  37.02 
 
 		 289 aa  144  1e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4530  23S rRNA pseudouridine synthase F  37.18 
 
 		 289 aa  144  1e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.115437  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4405  23S rRNA pseudouridine synthase F  37.18 
 
 		 289 aa  144  1e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.15276 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4528  23S rRNA pseudouridine synthase F  37.18 
 
 		 289 aa  144  2e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.358582 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4444  23S rRNA pseudouridine synthase F  37.18 
 
 		 289 aa  144  2e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4008  23S rRNA pseudouridine synthase F  37.45 
 
 		 290 aa  143  3e-33  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.098553 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0944  pseudouridine synthase, Rsu  35.56 
 
 		 261 aa  142  3e-33  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000200951  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4525  23S rRNA pseudouridine synthase F  37.45 
 
 		 290 aa  142  3e-33  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4258  23S rRNA pseudouridine synthase F  37.45 
 
 		 290 aa  143  3e-33  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.520843  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5500  23S rRNA pseudouridine synthase F  37.45 
 
 		 290 aa  143  3e-33  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4483  23S rRNA pseudouridine synthase F  37.45 
 
 		 290 aa  143  3e-33  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.429263 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4566  23S rRNA pseudouridine synthase F  37.45 
 
 		 290 aa  143  3e-33  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1142  pseudouridine synthase  38.87 
 
 		 309 aa  142  4e-33  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0226  23S rRNA pseudouridine synthase F  36.32 
 
 		 289 aa  142  4e-33  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.387458  normal  0.300617 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1616  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  40 
 
 		 250 aa  142  6e-33  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.771877  normal  0.0569453 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1172  pseudouridine synthase  36.1 
 
 		 266 aa  141  7e-33  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.8005300000000004e-32 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3089  pseudouridine synthase  36.1 
 
 		 266 aa  142  7e-33  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.000000212991  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>