More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_2937 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008700  Sama_2937  pseudouridine synthase, Rsu  100 
 
 
254 aa  520  1e-146  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.0746934 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0572  pseudouridine synthase, Rsu  49.59 
 
 
238 aa  226  2e-58  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0685  pseudouridine synthase, Rsu  50.41 
 
 
238 aa  221  7e-57  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.301358  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3873  pseudouridine synthase  45.56 
 
 
245 aa  205  5e-52  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00341682 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3180  pseudouridine synthase  48.35 
 
 
238 aa  202  4e-51  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3461  pseudouridine synthase  45.2 
 
 
242 aa  202  4e-51  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0916  pseudouridine synthase, Rsu  45 
 
 
236 aa  199  5e-50  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.659376  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0952  pseudouridine synthase, Rsu  45 
 
 
236 aa  197  1.0000000000000001e-49  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.823269  normal  0.19606 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3385  pseudouridine synthase  44 
 
 
242 aa  196  3e-49  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3582  pseudouridine synthase  43.27 
 
 
236 aa  192  3e-48  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.299626 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0917  pseudouridine synthase, Rsu  44.08 
 
 
241 aa  191  1e-47  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.81174 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0675  pseudouridine synthase  45.27 
 
 
238 aa  191  1e-47  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0922  pseudouridine synthase  43.82 
 
 
242 aa  190  2e-47  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0902  pseudouridine synthase  44.17 
 
 
236 aa  189  2.9999999999999997e-47  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3936  pseudouridine synthase  41.9 
 
 
261 aa  185  5e-46  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.348402  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1142  pseudouridine synthase  41.35 
 
 
309 aa  164  9e-40  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1196  pseudouridine synthase  42.34 
 
 
238 aa  163  2.0000000000000002e-39  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.939109  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0577  RNA pseudouridine synthase family protein  37.23 
 
 
229 aa  160  2e-38  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4677  RNA pseudouridine synthase family protein  37.61 
 
 
229 aa  160  2e-38  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000310773  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4664  RNA pseudouridine synthase family protein  37.18 
 
 
229 aa  159  6e-38  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000338172 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4661  RNA pseudouridine synthase family protein  37.61 
 
 
229 aa  158  6e-38  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.636337  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2613  RNA pseudouridine synthase family protein  36.44 
 
 
298 aa  158  7e-38  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4674  RNA pseudouridylate synthase family protein  37.61 
 
 
229 aa  158  1e-37  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4446  RNA pseudouridylate synthase  37.18 
 
 
229 aa  157  1e-37  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4792  RNA pseudouridine synthase family protein  37.18 
 
 
229 aa  157  1e-37  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4295  tRNA pseudouridine synthase A  37.18 
 
 
229 aa  156  2e-37  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.502862  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1401  pseudouridine synthase  41.43 
 
 
250 aa  156  2e-37  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.288863  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2299  ribosomal large subunit pseudouridine synthase f  36.44 
 
 
298 aa  157  2e-37  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4284  pseudouridylate synthase  36.32 
 
 
229 aa  156  3e-37  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4379  pseudouridine synthase  36.32 
 
 
229 aa  156  4e-37  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2928  pseudouridine synthase  33.74 
 
 
477 aa  155  5.0000000000000005e-37  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2938  23S rRNA pseudouridine synthase F  35.68 
 
 
355 aa  151  1e-35  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.367273  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1643  pseudouridine synthase  36.25 
 
 
238 aa  150  2e-35  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.734555 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3238  pseudouridine synthase  36.55 
 
 
229 aa  149  3e-35  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.643571  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1235  pseudouridine synthase  35.04 
 
 
248 aa  149  5e-35  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.176862  normal  0.0316242 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1987  ribosomal large subunit pseudouridine synthase F  35.42 
 
 
314 aa  149  6e-35  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.514849  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01258  pseudouridylate synthase  34.33 
 
 
384 aa  147  1.0000000000000001e-34  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1403  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  38.4 
 
 
247 aa  146  3e-34  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.645637  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1204  ribosomal large subunit pseudouridine synthase F  34.3 
 
 
240 aa  145  4.0000000000000006e-34  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.501525  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1816  pseudouridine synthase family 1 protein  33.05 
 
 
340 aa  144  1e-33  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2505  pseudouridine synthase  37.45 
 
 
239 aa  144  2e-33  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000824724  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2488  RNA pseudouridine synthase family protein  36.48 
 
 
235 aa  143  2e-33  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.970242  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2403  RNA pseudouridine synthase family protein  36.48 
 
 
235 aa  143  2e-33  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1748  23S rRNA pseudouridine synthase F  35.1 
 
 
309 aa  144  2e-33  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.442205  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0908  23S rRNA pseudouridine synthase F  33.2 
 
 
328 aa  144  2e-33  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.500296  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2221  RNA pseudouridylate synthase  36.13 
 
 
238 aa  143  3e-33  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2160  pseudouridylate synthase (pseudouridine synthase)  36.13 
 
 
238 aa  143  3e-33  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.28876  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2144  tRNA pseudouridine synthase A  36.13 
 
 
238 aa  143  3e-33  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3854  pseudouridine synthase  36.36 
 
 
348 aa  143  3e-33  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2386  RNA pseudouridine synthase family protein  36.13 
 
 
238 aa  143  3e-33  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2974  RNA pseudouridine synthase family protein  36.48 
 
 
235 aa  142  4e-33  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.462691 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0763  pseudouridine synthase, Rsu  39.34 
 
 
253 aa  142  4e-33  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0855  23S rRNA pseudouridine synthase F  33.9 
 
 
332 aa  141  8e-33  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.532937 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2353  RNA pseudouridine synthase family protein  36.05 
 
 
235 aa  141  9e-33  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2417  RNA pseudouridylate synthase family protein  36.05 
 
 
238 aa  141  9.999999999999999e-33  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1292  pseudouridine synthase  39.18 
 
 
251 aa  141  9.999999999999999e-33  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0693  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  37.24 
 
 
239 aa  140  1.9999999999999998e-32  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004196  ribosomal large subunit pseudouridine synthase F  33.05 
 
 
385 aa  140  1.9999999999999998e-32  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00815873  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1211  pseudouridine synthase  39.27 
 
 
243 aa  139  3.9999999999999997e-32  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2192  RNA-binding S4 domain-containing protein  34.87 
 
 
235 aa  139  4.999999999999999e-32  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.731966  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0987  ribosomal large subunit pseudouridine synthase f  32.49 
 
 
228 aa  137  1e-31  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3971  23S rRNA pseudouridine synthase F  35.27 
 
 
286 aa  137  1e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_14081  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal small subunit  35.16 
 
 
240 aa  137  2e-31  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.484902  normal 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0601  ribosomal large subunit pseudouridine synthase F  35.16 
 
 
240 aa  137  2e-31  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.624758  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_12541  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal small subunit  34.63 
 
 
240 aa  137  2e-31  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.558344  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0166  pseudouridine synthase  38.91 
 
 
556 aa  136  3.0000000000000003e-31  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.252408  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2990  23S rRNA pseudouridine synthase F  33.75 
 
 
290 aa  136  3.0000000000000003e-31  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_4141  pseudouridine synthase  38.52 
 
 
554 aa  136  3.0000000000000003e-31  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.244372  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3069  23S rRNA pseudouridine synthase F  33.75 
 
 
290 aa  136  3.0000000000000003e-31  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_12681  pseudouridine synthase, Rsu  34.7 
 
 
240 aa  136  4e-31  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.850167  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_12611  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal small subunit  36.07 
 
 
240 aa  135  4e-31  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.594453  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1151  RNA pseudouridine synthase family protein  32.07 
 
 
228 aa  135  7.000000000000001e-31  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.000576228  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1646  pseudouridine synthase, Rsu  33.6 
 
 
317 aa  135  9e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3089  pseudouridine synthase  34.02 
 
 
266 aa  134  9.999999999999999e-31  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.000000212991  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1228  pseudouridine synthase  33.73 
 
 
240 aa  134  9.999999999999999e-31  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.481726  normal  0.0793814 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1743  pseudouridine synthase  35.27 
 
 
235 aa  134  9.999999999999999e-31  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1172  pseudouridine synthase  34.02 
 
 
266 aa  133  1.9999999999999998e-30  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.8005300000000004e-32 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0916  RNA pseudouridine synthase family protein  30.99 
 
 
314 aa  133  1.9999999999999998e-30  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1352  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  38.87 
 
 
240 aa  134  1.9999999999999998e-30  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.92415  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1682  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  36.95 
 
 
328 aa  133  1.9999999999999998e-30  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  decreased coverage  0.00200841  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04827  ribosomal large subunit pseudouridine synthase F  34.13 
 
 
240 aa  133  1.9999999999999998e-30  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0236  pseudouridine synthase  32.92 
 
 
272 aa  134  1.9999999999999998e-30  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3586  pseudouridine synthase  35.42 
 
 
266 aa  133  3e-30  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.280598  normal  0.134237 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0689  pseudouridine synthase  34.84 
 
 
253 aa  133  3e-30  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3744  pseudouridine synthase  38.08 
 
 
233 aa  133  3e-30  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.212732  normal  0.0135633 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2790  RNA pseudouridine synthase  37.55 
 
 
322 aa  133  3e-30  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.525633  normal  0.683012 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2242  pseudouridine synthase  34.02 
 
 
318 aa  133  3e-30  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.708681 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_695  pseudouridine synthase, RsuA family  36.99 
 
 
249 aa  133  3.9999999999999996e-30  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0782  ribosomal large subunit pseudouridine synthase F  35.15 
 
 
324 aa  132  3.9999999999999996e-30  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.168526  normal  0.0685581 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2728  pseudouridine synthase  36.29 
 
 
274 aa  131  9e-30  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1377  pseudouridine synthase, Rsu  38.72 
 
 
247 aa  130  2.0000000000000002e-29  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2174  pseudouridine synthase  36.44 
 
 
329 aa  130  2.0000000000000002e-29  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0226  23S rRNA pseudouridine synthase F  33.2 
 
 
289 aa  130  2.0000000000000002e-29  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.387458  normal  0.300617 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2223  pseudouridine synthase  32.91 
 
 
243 aa  130  2.0000000000000002e-29  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.0000000780288  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4444  23S rRNA pseudouridine synthase F  35.68 
 
 
289 aa  130  2.0000000000000002e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4530  23S rRNA pseudouridine synthase F  35.68 
 
 
289 aa  130  2.0000000000000002e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.115437  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4592  pseudouridine synthase  39.42 
 
 
624 aa  130  2.0000000000000002e-29  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.667434  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4405  23S rRNA pseudouridine synthase F  35.68 
 
 
289 aa  130  2.0000000000000002e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.15276 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4528  23S rRNA pseudouridine synthase F  35.68 
 
 
289 aa  130  2.0000000000000002e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.358582 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2263  pseudouridine synthase  36.44 
 
 
324 aa  130  3e-29  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0689065  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>