More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_3873 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010506  Swoo_3873  pseudouridine synthase  100 
 
 		 245 aa  503  1e-141  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00341682 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3936  pseudouridine synthase  77.45 
 
 		 261 aa  372  1e-102  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.348402  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0675  pseudouridine synthase  73.39 
 
 		 238 aa  351  7e-96  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3180  pseudouridine synthase  66.24 
 
 		 238 aa  326  2.0000000000000001e-88  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0916  pseudouridine synthase, Rsu  62.87 
 
 		 236 aa  301  7.000000000000001e-81  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.659376  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0952  pseudouridine synthase, Rsu  62.03 
 
 		 236 aa  297  1e-79  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.823269  normal  0.19606 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3461  pseudouridine synthase  61.57 
 
 		 242 aa  296  2e-79  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0917  pseudouridine synthase, Rsu  61.57 
 
 		 241 aa  291  6e-78  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.81174 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3582  pseudouridine synthase  61.18 
 
 		 236 aa  290  1e-77  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.299626 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3385  pseudouridine synthase  59.92 
 
 		 242 aa  290  2e-77  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0902  pseudouridine synthase  61.18 
 
 		 236 aa  290  2e-77  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0922  pseudouridine synthase  59.92 
 
 		 242 aa  283  2.0000000000000002e-75  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0572  pseudouridine synthase, Rsu  53.69 
 
 		 238 aa  256  2e-67  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0685  pseudouridine synthase, Rsu  51.23 
 
 		 238 aa  235  4e-61  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.301358  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2937  pseudouridine synthase, Rsu  45.56 
 
 		 254 aa  205  5e-52  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.0746934 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0577  RNA pseudouridine synthase family protein  41.99 
 
 		 229 aa  182  3e-45  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4661  RNA pseudouridine synthase family protein  41.56 
 
 		 229 aa  181  8.000000000000001e-45  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.636337  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4284  pseudouridylate synthase  41.56 
 
 		 229 aa  181  1e-44  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4664  RNA pseudouridine synthase family protein  41.56 
 
 		 229 aa  181  1e-44  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000338172 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4446  RNA pseudouridylate synthase  41.13 
 
 		 229 aa  177  1e-43  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4295  tRNA pseudouridine synthase A  41.13 
 
 		 229 aa  177  1e-43  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.502862  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4792  RNA pseudouridine synthase family protein  41.13 
 
 		 229 aa  177  1e-43  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4677  RNA pseudouridine synthase family protein  40.69 
 
 		 229 aa  177  1e-43  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000310773  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4674  RNA pseudouridylate synthase family protein  40.69 
 
 		 229 aa  176  3e-43  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4379  pseudouridine synthase  40.69 
 
 		 229 aa  176  4e-43  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3238  pseudouridine synthase  39.5 
 
 		 229 aa  174  1.9999999999999998e-42  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.643571  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1987  ribosomal large subunit pseudouridine synthase F  40.34 
 
 		 314 aa  173  1.9999999999999998e-42  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.514849  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004196  ribosomal large subunit pseudouridine synthase F  38.36 
 
 		 385 aa  171  9e-42  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00815873  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01258  pseudouridylate synthase  37.97 
 
 		 384 aa  170  2e-41  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2613  RNA pseudouridine synthase family protein  36.17 
 
 		 298 aa  169  5e-41  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1816  pseudouridine synthase family 1 protein  35.68 
 
 		 340 aa  168  6e-41  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2299  ribosomal large subunit pseudouridine synthase f  35.74 
 
 		 298 aa  166  4e-40  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1151  RNA pseudouridine synthase family protein  36.13 
 
 		 228 aa  165  5e-40  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.000576228  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0987  ribosomal large subunit pseudouridine synthase f  35.71 
 
 		 228 aa  165  5.9999999999999996e-40  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0058  pseudouridine synthase  40 
 
 		 241 aa  164  9e-40  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0236  pseudouridine synthase  36.99 
 
 		 272 aa  163  2.0000000000000002e-39  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1204  ribosomal large subunit pseudouridine synthase F  37.45 
 
 		 240 aa  164  2.0000000000000002e-39  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.501525  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1228  pseudouridine synthase  37.66 
 
 		 240 aa  163  3e-39  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.481726  normal  0.0793814 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1646  pseudouridine synthase, Rsu  37.7 
 
 		 317 aa  162  4.0000000000000004e-39  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0601  ribosomal large subunit pseudouridine synthase F  37.93 
 
 		 240 aa  161  8.000000000000001e-39  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.624758  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_14081  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal small subunit  37.93 
 
 		 240 aa  161  8.000000000000001e-39  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.484902  normal  1 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_12681  pseudouridine synthase, Rsu  39.04 
 
 		 240 aa  160  1e-38  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.850167  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_12541  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal small subunit  36.8 
 
 		 240 aa  160  2e-38  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.558344  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_12611  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal small subunit  38.94 
 
 		 240 aa  159  3e-38  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.594453  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3854  pseudouridine synthase  38.03 
 
 		 348 aa  159  4e-38  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04827  ribosomal large subunit pseudouridine synthase F  36.82 
 
 		 240 aa  157  1e-37  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2192  RNA-binding S4 domain-containing protein  37.55 
 
 		 235 aa  157  2e-37  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.731966  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1235  pseudouridine synthase  35.44 
 
 		 248 aa  156  2e-37  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.176862  normal  0.0316242 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2928  pseudouridine synthase  37.39 
 
 		 477 aa  155  4e-37  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3744  pseudouridine synthase  38.24 
 
 		 233 aa  156  4e-37  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.212732  normal  0.0135633 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6011  pseudouridine synthase  38.08 
 
 		 389 aa  155  5.0000000000000005e-37  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2488  RNA pseudouridine synthase family protein  37.12 
 
 		 235 aa  155  6e-37  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.970242  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2353  RNA pseudouridine synthase family protein  37.12 
 
 		 235 aa  155  6e-37  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2974  RNA pseudouridine synthase family protein  37.12 
 
 		 235 aa  155  7e-37  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.462691 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2403  RNA pseudouridine synthase family protein  37.12 
 
 		 235 aa  155  7e-37  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2242  pseudouridine synthase  33.88 
 
 		 318 aa  154  9e-37  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.708681 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2221  RNA pseudouridylate synthase  36.52 
 
 		 238 aa  154  1e-36  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2160  pseudouridylate synthase (pseudouridine synthase)  36.52 
 
 		 238 aa  154  1e-36  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.28876  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2144  tRNA pseudouridine synthase A  36.52 
 
 		 238 aa  154  1e-36  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2386  RNA pseudouridine synthase family protein  36.52 
 
 		 238 aa  154  1e-36  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0689  pseudouridine synthase  40.08 
 
 		 253 aa  154  1e-36  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2417  RNA pseudouridylate synthase family protein  36.52 
 
 		 238 aa  154  2e-36  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1748  23S rRNA pseudouridine synthase F  35.47 
 
 		 309 aa  153  2e-36  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.442205  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0855  23S rRNA pseudouridine synthase F  35.15 
 
 		 332 aa  153  2.9999999999999998e-36  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.532937 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01765  RNA pseudouridine synthase family protein  35.68 
 
 		 248 aa  152  4e-36  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  decreased coverage  0.00504065  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13243  pseudouridine synthase, Rsu  35.66 
 
 		 244 aa  152  5.9999999999999996e-36  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2938  23S rRNA pseudouridine synthase F  34.43 
 
 		 355 aa  151  8.999999999999999e-36  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.367273  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0916  RNA pseudouridine synthase family protein  34.45 
 
 		 314 aa  149  3e-35  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0944  pseudouridine synthase, Rsu  35.42 
 
 		 261 aa  149  3e-35  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000200951  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2990  23S rRNA pseudouridine synthase F  34.71 
 
 		 290 aa  149  3e-35  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3069  23S rRNA pseudouridine synthase F  34.71 
 
 		 290 aa  149  4e-35  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0603  23S rRNA pseudouridine synthase F  35.56 
 
 		 293 aa  148  8e-35  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.10967  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0908  23S rRNA pseudouridine synthase F  34.01 
 
 		 328 aa  148  9e-35  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.500296  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3815  23S rRNA pseudouridine synthase F  34.98 
 
 		 332 aa  147  2.0000000000000003e-34  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1142  pseudouridine synthase  39.18 
 
 		 309 aa  147  2.0000000000000003e-34  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1352  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  40.5 
 
 		 240 aa  144  1e-33  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.92415  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0226  23S rRNA pseudouridine synthase F  36.07 
 
 		 289 aa  144  2e-33  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.387458  normal  0.300617 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4604  23S rRNA pseudouridine synthase F  35.95 
 
 		 289 aa  142  4e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0782  ribosomal large subunit pseudouridine synthase F  34.75 
 
 		 324 aa  142  5e-33  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.168526  normal  0.0685581 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4444  23S rRNA pseudouridine synthase F  35.95 
 
 		 289 aa  141  7e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1401  pseudouridine synthase  37.89 
 
 		 250 aa  141  8e-33  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.288863  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4530  23S rRNA pseudouridine synthase F  35.95 
 
 		 289 aa  141  8e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.115437  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4405  23S rRNA pseudouridine synthase F  35.95 
 
 		 289 aa  141  8e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.15276 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4483  23S rRNA pseudouridine synthase F  35.54 
 
 		 290 aa  141  9e-33  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.429263 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4258  23S rRNA pseudouridine synthase F  35.54 
 
 		 290 aa  141  9e-33  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.520843  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4566  23S rRNA pseudouridine synthase F  35.54 
 
 		 290 aa  141  9e-33  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5500  23S rRNA pseudouridine synthase F  35.54 
 
 		 290 aa  141  9e-33  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4528  23S rRNA pseudouridine synthase F  35.95 
 
 		 289 aa  141  9e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.358582 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4008  23S rRNA pseudouridine synthase F  35.54 
 
 		 290 aa  141  9e-33  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.098553 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1367  pseudouridine synthase  33.33 
 
 		 228 aa  141  9.999999999999999e-33  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4525  23S rRNA pseudouridine synthase F  35.54 
 
 		 290 aa  141  9.999999999999999e-33  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1377  pseudouridine synthase, Rsu  38.24 
 
 		 247 aa  140  1.9999999999999998e-32  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3586  pseudouridine synthase  36.33 
 
 		 266 aa  140  1.9999999999999998e-32  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.280598  normal  0.134237 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03894  23S rRNA pseudouridine synthase  35.12 
 
 		 290 aa  139  3e-32  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3975  pseudouridine synthase  35.12 
 
 		 290 aa  139  3e-32  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03854  hypothetical protein  35.12 
 
 		 290 aa  139  3e-32  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1643  pseudouridine synthase  36.89 
 
 		 238 aa  139  3.9999999999999997e-32  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.734555 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1196  pseudouridine synthase  38.59 
 
 		 238 aa  139  3.9999999999999997e-32  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.939109  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1292  pseudouridine synthase  37.34 
 
 		 251 aa  139  4.999999999999999e-32  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3971  23S rRNA pseudouridine synthase F  34.73 
 
 		 286 aa  137  1e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>