More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tcr_0944 on replicon NC_007520
Organism: Thiomicrospira crunogena XCL-2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007520  Tcr_0944  pseudouridine synthase, Rsu  100 
 
 		 261 aa  541  1e-153  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000200951  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01258  pseudouridylate synthase  48.2 
 
 		 384 aa  220  1.9999999999999999e-56  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004196  ribosomal large subunit pseudouridine synthase F  47.75 
 
 		 385 aa  219  3.9999999999999997e-56  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00815873  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1816  pseudouridine synthase family 1 protein  47.06 
 
 		 340 aa  217  1e-55  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2242  pseudouridine synthase  44.44 
 
 		 318 aa  214  9.999999999999999e-55  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.708681 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0236  pseudouridine synthase  45.61 
 
 		 272 aa  213  1.9999999999999998e-54  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1987  ribosomal large subunit pseudouridine synthase F  45.37 
 
 		 314 aa  209  4e-53  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.514849  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0987  ribosomal large subunit pseudouridine synthase f  45.18 
 
 		 228 aa  209  4e-53  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2488  RNA pseudouridine synthase family protein  46.43 
 
 		 235 aa  209  5e-53  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.970242  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2403  RNA pseudouridine synthase family protein  46.43 
 
 		 235 aa  209  5e-53  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2299  ribosomal large subunit pseudouridine synthase f  40.73 
 
 		 298 aa  208  6e-53  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1151  RNA pseudouridine synthase family protein  45.18 
 
 		 228 aa  208  7e-53  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.000576228  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2417  RNA pseudouridylate synthase family protein  45.37 
 
 		 238 aa  207  9e-53  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2221  RNA pseudouridylate synthase  45.37 
 
 		 238 aa  208  9e-53  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2160  pseudouridylate synthase (pseudouridine synthase)  45.37 
 
 		 238 aa  208  9e-53  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.28876  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2144  tRNA pseudouridine synthase A  45.37 
 
 		 238 aa  208  9e-53  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2386  RNA pseudouridine synthase family protein  45.37 
 
 		 238 aa  208  9e-53  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2353  RNA pseudouridine synthase family protein  46.43 
 
 		 235 aa  207  9e-53  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2974  RNA pseudouridine synthase family protein  45.98 
 
 		 235 aa  207  2e-52  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.462691 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1646  pseudouridine synthase, Rsu  46.29 
 
 		 317 aa  207  2e-52  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2928  pseudouridine synthase  44.1 
 
 		 477 aa  206  3e-52  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2613  RNA pseudouridine synthase family protein  40.73 
 
 		 298 aa  205  5e-52  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1235  pseudouridine synthase  44.09 
 
 		 248 aa  203  2e-51  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.176862  normal  0.0316242 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01765  RNA pseudouridine synthase family protein  43.46 
 
 		 248 aa  202  5e-51  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  decreased coverage  0.00504065  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2192  RNA-binding S4 domain-containing protein  44.2 
 
 		 235 aa  202  6e-51  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.731966  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0916  RNA pseudouridine synthase family protein  42.68 
 
 		 314 aa  201  9.999999999999999e-51  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1204  ribosomal large subunit pseudouridine synthase F  43.53 
 
 		 240 aa  200  1.9999999999999998e-50  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.501525  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_12681  pseudouridine synthase, Rsu  44.29 
 
 		 240 aa  196  2.0000000000000003e-49  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.850167  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3854  pseudouridine synthase  43.78 
 
 		 348 aa  196  3e-49  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13243  pseudouridine synthase, Rsu  43.35 
 
 		 244 aa  193  2e-48  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_12611  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal small subunit  43.81 
 
 		 240 aa  194  2e-48  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.594453  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3815  23S rRNA pseudouridine synthase F  45.09 
 
 		 332 aa  192  3e-48  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0601  ribosomal large subunit pseudouridine synthase F  43.64 
 
 		 240 aa  192  4e-48  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.624758  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_14081  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal small subunit  43.64 
 
 		 240 aa  192  4e-48  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.484902  normal  1 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_12541  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal small subunit  42.73 
 
 		 240 aa  192  6e-48  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.558344  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6011  pseudouridine synthase  44.39 
 
 		 389 aa  191  7e-48  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4674  RNA pseudouridylate synthase family protein  42.08 
 
 		 229 aa  191  1e-47  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0603  23S rRNA pseudouridine synthase F  41.81 
 
 		 293 aa  191  1e-47  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.10967  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4284  pseudouridylate synthase  41.18 
 
 		 229 aa  189  4e-47  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2990  23S rRNA pseudouridine synthase F  42.24 
 
 		 290 aa  189  4e-47  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3069  23S rRNA pseudouridine synthase F  42.24 
 
 		 290 aa  189  4e-47  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4664  RNA pseudouridine synthase family protein  41.47 
 
 		 229 aa  189  4e-47  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000338172 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0782  ribosomal large subunit pseudouridine synthase F  42.04 
 
 		 324 aa  188  9e-47  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.168526  normal  0.0685581 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4604  23S rRNA pseudouridine synthase F  43.59 
 
 		 289 aa  187  1e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0577  RNA pseudouridine synthase family protein  40.27 
 
 		 229 aa  187  2e-46  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4530  23S rRNA pseudouridine synthase F  43.59 
 
 		 289 aa  187  2e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.115437  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4405  23S rRNA pseudouridine synthase F  43.59 
 
 		 289 aa  187  2e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.15276 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4528  23S rRNA pseudouridine synthase F  43.59 
 
 		 289 aa  186  2e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.358582 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2938  23S rRNA pseudouridine synthase F  43.16 
 
 		 355 aa  187  2e-46  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.367273  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03894  23S rRNA pseudouridine synthase  43.97 
 
 		 290 aa  186  3e-46  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3975  pseudouridine synthase  43.97 
 
 		 290 aa  186  3e-46  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4661  RNA pseudouridine synthase family protein  41.01 
 
 		 229 aa  186  3e-46  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.636337  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4295  tRNA pseudouridine synthase A  41.47 
 
 		 229 aa  186  3e-46  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.502862  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03854  hypothetical protein  43.97 
 
 		 290 aa  186  3e-46  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3586  pseudouridine synthase  42.67 
 
 		 266 aa  186  3e-46  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.280598  normal  0.134237 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4446  RNA pseudouridylate synthase  41.01 
 
 		 229 aa  185  5e-46  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4792  RNA pseudouridine synthase family protein  41.01 
 
 		 229 aa  185  5e-46  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4444  23S rRNA pseudouridine synthase F  43.53 
 
 		 289 aa  184  8e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1228  pseudouridine synthase  42.86 
 
 		 240 aa  184  9e-46  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.481726  normal  0.0793814 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4379  pseudouridine synthase  40.72 
 
 		 229 aa  184  1.0000000000000001e-45  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4008  23S rRNA pseudouridine synthase F  43.53 
 
 		 290 aa  184  1.0000000000000001e-45  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.098553 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04827  ribosomal large subunit pseudouridine synthase F  43.1 
 
 		 240 aa  184  1.0000000000000001e-45  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5500  23S rRNA pseudouridine synthase F  43.53 
 
 		 290 aa  184  1.0000000000000001e-45  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4566  23S rRNA pseudouridine synthase F  43.53 
 
 		 290 aa  184  1.0000000000000001e-45  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4258  23S rRNA pseudouridine synthase F  43.53 
 
 		 290 aa  184  1.0000000000000001e-45  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.520843  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4483  23S rRNA pseudouridine synthase F  43.53 
 
 		 290 aa  184  2.0000000000000003e-45  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.429263 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4677  RNA pseudouridine synthase family protein  41.01 
 
 		 229 aa  184  2.0000000000000003e-45  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000310773  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4525  23S rRNA pseudouridine synthase F  43.53 
 
 		 290 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1748  23S rRNA pseudouridine synthase F  41.96 
 
 		 309 aa  183  3e-45  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.442205  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0855  23S rRNA pseudouridine synthase F  41.23 
 
 		 332 aa  181  2e-44  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.532937 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0908  23S rRNA pseudouridine synthase F  40.52 
 
 		 328 aa  178  8e-44  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.500296  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0226  23S rRNA pseudouridine synthase F  42.42 
 
 		 289 aa  176  2e-43  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.387458  normal  0.300617 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3238  pseudouridine synthase  40.72 
 
 		 229 aa  173  2.9999999999999996e-42  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.643571  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3971  23S rRNA pseudouridine synthase F  42.15 
 
 		 286 aa  171  7.999999999999999e-42  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1834  ribosomal large subunit pseudouridine synthase F  39.46 
 
 		 281 aa  169  4e-41  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.954651  normal  0.0468047 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0572  pseudouridine synthase, Rsu  37.13 
 
 		 238 aa  161  1e-38  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3461  pseudouridine synthase  38.46 
 
 		 242 aa  157  1e-37  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3582  pseudouridine synthase  37.23 
 
 		 236 aa  156  4e-37  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.299626 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0685  pseudouridine synthase, Rsu  37.39 
 
 		 238 aa  155  7e-37  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.301358  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0058  pseudouridine synthase  38.05 
 
 		 241 aa  153  2e-36  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0902  pseudouridine synthase  36.36 
 
 		 236 aa  153  2.9999999999999998e-36  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3385  pseudouridine synthase  37.1 
 
 		 242 aa  150  2e-35  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0952  pseudouridine synthase, Rsu  36.32 
 
 		 236 aa  150  2e-35  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.823269  normal  0.19606 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3873  pseudouridine synthase  35.42 
 
 		 245 aa  149  3e-35  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00341682 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0922  pseudouridine synthase  37.56 
 
 		 242 aa  149  4e-35  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0916  pseudouridine synthase, Rsu  35.9 
 
 		 236 aa  148  1.0000000000000001e-34  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.659376  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0917  pseudouridine synthase, Rsu  35.56 
 
 		 241 aa  142  4e-33  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.81174 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3180  pseudouridine synthase  34.5 
 
 		 238 aa  142  8e-33  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_09831  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal small subunit  35.9 
 
 		 244 aa  142  8e-33  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0166  pseudouridine synthase  38.43 
 
 		 556 aa  140  1.9999999999999998e-32  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.252408  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1167  RNA-binding S4 domain protein  33.03 
 
 		 228 aa  140  1.9999999999999998e-32  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0328  pseudouridine synthase  39.15 
 
 		 567 aa  140  1.9999999999999998e-32  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.106742 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2873  pseudouridine synthase  34.67 
 
 		 736 aa  139  3e-32  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1367  pseudouridine synthase  32.89 
 
 		 228 aa  139  3.9999999999999997e-32  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1292  pseudouridine synthase  36.86 
 
 		 251 aa  138  8.999999999999999e-32  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4592  pseudouridine synthase  37.99 
 
 		 624 aa  137  2e-31  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.667434  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1356  pseudouridine synthase  36.75 
 
 		 254 aa  137  3.0000000000000003e-31  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1258  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  34.8 
 
 		 296 aa  136  4e-31  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.919604  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3936  pseudouridine synthase  35.84 
 
 		 261 aa  135  5e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.348402  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1401  pseudouridine synthase  38.49 
 
 		 250 aa  135  5e-31  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.288863  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>