More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_1924 on replicon NC_010551
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007510  Bcep18194_A5332  pseudouridine synthase, Rsu  75.99 
 
 		 623 aa  815    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.522456 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1924  RNA-binding S4 domain-containing protein  100 
 
 		 646 aa  1256    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.257028 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6055  pseudouridine synthase, Rsu  75.37 
 
 		 669 aa  798    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0597355  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2042  RNA-binding S4 domain-containing protein  68.91 
 
 		 650 aa  795    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.483684  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2055  pseudouridine synthase, Rsu  89.86 
 
 		 690 aa  1137    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2022  pseudouridine synthase, Rsu  75.37 
 
 		 669 aa  798    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2586  pseudouridine synthase family protein  53.83 
 
 		 585 aa  537  1e-151  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2440  RNA pseudouridine synthase family protein  54.93 
 
 		 574 aa  528  1e-148  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2497  RNA pseudouridine synthase family protein  59.39 
 
 		 571 aa  510  1e-143  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.142989  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2024  pseudouridine synthase family protein  73.76 
 
 		 557 aa  511  1e-143  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3251  RNA pseudouridine synthase family protein  62.99 
 
 		 563 aa  507  9.999999999999999e-143  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.9005  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1332  RNA pseudouridine synthase family protein  62.99 
 
 		 559 aa  507  9.999999999999999e-143  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.126858  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2060  RNA pseudouridine synthase family protein  69.52 
 
 		 559 aa  506  9.999999999999999e-143  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.239559  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1558  pseudouridine synthase family protein  91.57 
 
 		 249 aa  474  1e-132  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1678  pseudouridine synthase, Rsu  49.86 
 
 		 649 aa  469  1.0000000000000001e-131  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.151173  normal  0.0771799 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1254  RNA-binding S4 domain-containing protein  93.57 
 
 		 249 aa  469  1.0000000000000001e-131  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.0063069  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1341  RNA-binding S4 domain-containing protein  49.14 
 
 		 624 aa  436  1e-121  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.358627 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1884  pseudouridine synthase, Rsu  46.38 
 
 		 694 aa  413  1e-114  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.433738  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2459  RNA-binding S4 domain protein  79.2 
 
 		 250 aa  411  1e-113  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0124526  hitchhiker  0.000345164 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1275  RNA-binding S4 domain protein  50.28 
 
 		 674 aa  398  1e-109  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.206781 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1401  hypothetical protein  46.23 
 
 		 631 aa  393  1e-108  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1339  RNA-binding S4 domain protein  48.23 
 
 		 627 aa  388  1e-106  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.476364  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1432  pseudouridine synthase, Rsu  47.84 
 
 		 610 aa  380  1e-104  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000648222 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2033  putative arginine/proline rich protein  53.85 
 
 		 421 aa  353  7e-96  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0619869  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1168  pseudouridine synthase  57.01 
 
 		 591 aa  345  1e-93  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0474  RNA-binding S4 domain-containing protein  64.94 
 
 		 360 aa  339  9.999999999999999e-92  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.15939 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2529  pseudouridine synthase, Rsu  67.2 
 
 		 380 aa  334  3e-90  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0465  RNA-binding S4 domain protein  64.26 
 
 		 248 aa  328  2.0000000000000001e-88  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.117084  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4291  RNA-binding S4 domain-containing protein  63.89 
 
 		 264 aa  327  5e-88  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4985  RNA-binding S4 domain protein  61.05 
 
 		 273 aa  322  9.999999999999999e-87  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.33907  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0606  ribosomal large subunit pseudouridine synthase F  65.46 
 
 		 266 aa  320  5e-86  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.000119564  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0485  RNA-binding S4 domain-containing protein  63.45 
 
 		 305 aa  318  2e-85  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3544  RNA-binding S4  59.41 
 
 		 304 aa  314  3.9999999999999997e-84  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.824299  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1913  RNA-binding S4 domain-containing protein  64.92 
 
 		 416 aa  313  4.999999999999999e-84  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.162231 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3595  pseudouridine synthase  59.04 
 
 		 278 aa  303  9e-81  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0435  ribosomal large subunit pseudouridine synthase F  63.2 
 
 		 245 aa  300  5e-80  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.23799 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0263  pseudouridine synthase, Rsu  60.24 
 
 		 243 aa  295  1e-78  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0539496  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1753  RNA-binding S4 domain protein  60.16 
 
 		 245 aa  285  2.0000000000000002e-75  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.577127  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3468  pseudouridine synthase, Rsu  59.68 
 
 		 379 aa  283  5.000000000000001e-75  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.242566  normal  0.43397 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_2035  pseudouridine synthase  59.38 
 
 		 245 aa  280  5e-74  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1106  pseudouridine synthase  60.49 
 
 		 234 aa  275  1.0000000000000001e-72  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0733925  n/a   
 
 
-
 
NC_011672  PHATRDRAFT_10768  predicted protein  49.6 
 
 		 252 aa  202  9.999999999999999e-51  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1692  pseudouridine synthase  45.93 
 
 		 255 aa  202  1.9999999999999998e-50  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.344824 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0792  RNA-binding S4 domain-containing protein  39.71 
 
 		 267 aa  169  1e-40  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.543217  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4261  hypothetical protein  41.77 
 
 		 236 aa  158  3e-37  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.28575  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_50030  hypothetical protein  40.16 
 
 		 236 aa  158  3e-37  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.596266  normal  0.0284198 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1128  RNA-binding S4  40.87 
 
 		 248 aa  157  4e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.44972  normal  0.373423 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1390  RNA-binding S4  37.35 
 
 		 236 aa  152  2e-35  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.553705  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1005  RNA-binding S4 domain protein  35.22 
 
 		 227 aa  151  3e-35  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  2.0262199999999998e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4021  S4 domain protein  37.75 
 
 		 236 aa  151  5e-35  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3457  RNA-binding S4  35.94 
 
 		 262 aa  150  6e-35  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004196  ribosomal large subunit pseudouridine synthase F  36.44 
 
 		 385 aa  149  2.0000000000000003e-34  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00815873  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01258  pseudouridylate synthase  36.84 
 
 		 384 aa  148  3e-34  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3002  RNA-binding S4 domain protein  34.72 
 
 		 266 aa  144  6e-33  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3692  RNA-binding S4 domain-containing protein  34.34 
 
 		 266 aa  142  9.999999999999999e-33  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.493395  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16880  16S rRNA uridine-516 pseudouridylate synthase  40 
 
 		 236 aa  140  7e-32  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4592  pseudouridine synthase  35.06 
 
 		 624 aa  139  1e-31  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.667434  normal  1 
 
 
-
 
NC_009356  OSTLU_6806  predicted protein  38.04 
 
 		 249 aa  138  3.0000000000000003e-31  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1189  RNA-binding S4  39.36 
 
 		 236 aa  137  5e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.206395 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2613  RNA pseudouridine synthase family protein  34.01 
 
 		 298 aa  136  9.999999999999999e-31  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1171  pseudouridine synthase Rsu  31.16 
 
 		 784 aa  135  1.9999999999999998e-30  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.312711 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2299  ribosomal large subunit pseudouridine synthase f  34.01 
 
 		 298 aa  135  1.9999999999999998e-30  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0166  pseudouridine synthase  36.25 
 
 		 556 aa  135  3e-30  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.252408  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3919  pseudouridine synthase  29.18 
 
 		 555 aa  134  3.9999999999999996e-30  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2938  23S rRNA pseudouridine synthase F  33.06 
 
 		 355 aa  134  3.9999999999999996e-30  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.367273  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0498  RNA-binding S4 domain protein  28.02 
 
 		 472 aa  134  5e-30  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6011  pseudouridine synthase  34.54 
 
 		 389 aa  134  5e-30  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1451  RNA-binding S4 domain-containing protein  35.2 
 
 		 247 aa  133  7.999999999999999e-30  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.28914  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3362  RNA-binding S4 domain-containing protein  38.13 
 
 		 251 aa  133  7.999999999999999e-30  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1707  RNA-binding S4 domain-containing protein  34.68 
 
 		 236 aa  133  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.067954 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2928  pseudouridine synthase  32.83 
 
 		 477 aa  132  1.0000000000000001e-29  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1816  pseudouridine synthase family 1 protein  34.82 
 
 		 340 aa  132  2.0000000000000002e-29  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2996  pseudouridine synthase, Rsu  33.1 
 
 		 621 aa  127  6e-28  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.772965  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1889  RNA-binding S4 domain-containing protein  35.77 
 
 		 264 aa  127  7e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.610472  normal  0.35019 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0328  pseudouridine synthase  35.06 
 
 		 567 aa  126  2e-27  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.106742 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03894  23S rRNA pseudouridine synthase  35.34 
 
 		 290 aa  125  3e-27  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3975  pseudouridine synthase  35.34 
 
 		 290 aa  125  3e-27  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1403  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  36.25 
 
 		 247 aa  125  3e-27  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.645637  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1356  RNA-binding S4 domain protein  30.94 
 
 		 736 aa  125  3e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.284872  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03854  hypothetical protein  35.34 
 
 		 290 aa  125  3e-27  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3854  pseudouridine synthase  31.05 
 
 		 348 aa  125  3e-27  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3089  pseudouridine synthase  34.25 
 
 		 266 aa  124  4e-27  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.000000212991  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1172  pseudouridine synthase  34.25 
 
 		 266 aa  124  4e-27  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.8005300000000004e-32 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5500  23S rRNA pseudouridine synthase F  35.34 
 
 		 290 aa  124  5e-27  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4008  23S rRNA pseudouridine synthase F  35.34 
 
 		 290 aa  124  5e-27  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.098553 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4566  23S rRNA pseudouridine synthase F  35.34 
 
 		 290 aa  124  5e-27  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4525  23S rRNA pseudouridine synthase F  35.34 
 
 		 290 aa  124  6e-27  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4258  23S rRNA pseudouridine synthase F  35.34 
 
 		 290 aa  124  6e-27  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.520843  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4483  23S rRNA pseudouridine synthase F  35.34 
 
 		 290 aa  124  7e-27  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.429263 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1217  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  35.06 
 
 		 258 aa  124  7e-27  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000897909  hitchhiker  0.000000206079 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1987  ribosomal large subunit pseudouridine synthase F  34.14 
 
 		 314 aa  123  9.999999999999999e-27  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.514849  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07230  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  34.25 
 
 		 237 aa  123  9.999999999999999e-27  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000010493  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0806  pseudouridine synthase  34.32 
 
 		 274 aa  123  9.999999999999999e-27  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.316767  normal  0.474505 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2728  pseudouridine synthase  35.97 
 
 		 274 aa  123  9.999999999999999e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2070  pseudouridine synthase  35.71 
 
 		 271 aa  123  9.999999999999999e-27  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0652133  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1578  pseudouridine synthase  31.75 
 
 		 236 aa  122  1.9999999999999998e-26  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1273  pseudouridine synthase Rsu  29.77 
 
 		 795 aa  122  1.9999999999999998e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.897048 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4420  RNA-binding S4 domain protein  29.08 
 
 		 638 aa  122  1.9999999999999998e-26  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2505  pseudouridine synthase  35.97 
 
 		 239 aa  122  1.9999999999999998e-26  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000824724  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1646  pseudouridine synthase, Rsu  33.07 
 
 		 317 aa  122  3e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>