More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Reut_A1884 on replicon NC_007347
Organism: Ralstonia eutropha JMP134



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007347  Reut_A1884  pseudouridine synthase, Rsu  100 
 
 		 694 aa  1321    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.433738  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1432  pseudouridine synthase, Rsu  60.08 
 
 		 610 aa  678    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000648222 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1401  hypothetical protein  59.28 
 
 		 631 aa  604  1.0000000000000001e-171  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1275  RNA-binding S4 domain protein  59.68 
 
 		 674 aa  603  1.0000000000000001e-171  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.206781 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1339  RNA-binding S4 domain protein  55.88 
 
 		 627 aa  563  1.0000000000000001e-159  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.476364  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1924  RNA-binding S4 domain-containing protein  46.38 
 
 		 646 aa  412  1e-114  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.257028 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2055  pseudouridine synthase, Rsu  44.63 
 
 		 690 aa  391  1e-107  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2042  RNA-binding S4 domain-containing protein  47.88 
 
 		 650 aa  379  1e-104  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.483684  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1678  pseudouridine synthase, Rsu  46.31 
 
 		 649 aa  374  1e-102  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.151173  normal  0.0771799 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2440  RNA pseudouridine synthase family protein  68.48 
 
 		 574 aa  368  1e-100  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2586  pseudouridine synthase family protein  68.48 
 
 		 585 aa  368  1e-100  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3251  RNA pseudouridine synthase family protein  68.48 
 
 		 563 aa  368  1e-100  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.9005  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2060  RNA pseudouridine synthase family protein  68.48 
 
 		 559 aa  367  1e-100  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.239559  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2024  pseudouridine synthase family protein  68.87 
 
 		 557 aa  369  1e-100  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2497  RNA pseudouridine synthase family protein  68.48 
 
 		 571 aa  368  1e-100  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.142989  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1332  RNA pseudouridine synthase family protein  68.48 
 
 		 559 aa  367  1e-100  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.126858  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5332  pseudouridine synthase, Rsu  61.2 
 
 		 623 aa  360  4e-98  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.522456 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1341  RNA-binding S4 domain-containing protein  50.1 
 
 		 624 aa  358  1.9999999999999998e-97  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.358627 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1558  pseudouridine synthase family protein  68.77 
 
 		 249 aa  348  2e-94  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2033  putative arginine/proline rich protein  64.31 
 
 		 421 aa  342  1e-92  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0619869  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1254  RNA-binding S4 domain-containing protein  68.38 
 
 		 249 aa  338  9.999999999999999e-92  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.0063069  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4985  RNA-binding S4 domain protein  63.67 
 
 		 273 aa  335  1e-90  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.33907  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2529  pseudouridine synthase, Rsu  66.93 
 
 		 380 aa  333  8e-90  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0474  RNA-binding S4 domain-containing protein  64.84 
 
 		 360 aa  332  2e-89  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.15939 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1168  pseudouridine synthase  61.96 
 
 		 591 aa  330  6e-89  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4291  RNA-binding S4 domain-containing protein  64.53 
 
 		 264 aa  329  1.0000000000000001e-88  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2459  RNA-binding S4 domain protein  65.23 
 
 		 250 aa  328  2.0000000000000001e-88  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0124526  hitchhiker  0.000345164 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0465  RNA-binding S4 domain protein  64.82 
 
 		 248 aa  322  1.9999999999999998e-86  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.117084  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3544  RNA-binding S4  60.89 
 
 		 304 aa  317  4e-85  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.824299  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0485  RNA-binding S4 domain-containing protein  62.59 
 
 		 305 aa  317  7e-85  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0606  ribosomal large subunit pseudouridine synthase F  64.82 
 
 		 266 aa  317  7e-85  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.000119564  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3595  pseudouridine synthase  61.59 
 
 		 278 aa  315  1.9999999999999998e-84  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1913  RNA-binding S4 domain-containing protein  50.74 
 
 		 416 aa  311  2e-83  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.162231 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3468  pseudouridine synthase, Rsu  52.71 
 
 		 379 aa  289  1e-76  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.242566  normal  0.43397 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0435  ribosomal large subunit pseudouridine synthase F  61.87 
 
 		 245 aa  289  1e-76  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.23799 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1753  RNA-binding S4 domain protein  59.61 
 
 		 245 aa  286  5.999999999999999e-76  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.577127  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_2035  pseudouridine synthase  59.06 
 
 		 245 aa  285  2.0000000000000002e-75  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0263  pseudouridine synthase, Rsu  56.52 
 
 		 243 aa  277  5e-73  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0539496  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1106  pseudouridine synthase  62.35 
 
 		 234 aa  276  1.0000000000000001e-72  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0733925  n/a   
 
 
-
 
NC_011672  PHATRDRAFT_10768  predicted protein  48.62 
 
 		 252 aa  197  7e-49  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1692  pseudouridine synthase  43.43 
 
 		 255 aa  184  5.0000000000000004e-45  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.344824 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4261  hypothetical protein  43.8 
 
 		 236 aa  165  3e-39  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.28575  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_50030  hypothetical protein  42.64 
 
 		 236 aa  163  1e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.596266  normal  0.0284198 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1128  RNA-binding S4  41.6 
 
 		 248 aa  157  5.0000000000000005e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.44972  normal  0.373423 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3692  RNA-binding S4 domain-containing protein  38.27 
 
 		 266 aa  155  2.9999999999999998e-36  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.493395  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3002  RNA-binding S4 domain protein  38.27 
 
 		 266 aa  154  4e-36  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0792  RNA-binding S4 domain-containing protein  40.29 
 
 		 267 aa  152  2e-35  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.543217  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4021  S4 domain protein  36.36 
 
 		 236 aa  148  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1390  RNA-binding S4  35.97 
 
 		 236 aa  147  8.000000000000001e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.553705  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1889  RNA-binding S4 domain-containing protein  39.31 
 
 		 264 aa  145  2e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.610472  normal  0.35019 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1005  RNA-binding S4 domain protein  35.63 
 
 		 227 aa  144  4e-33  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  2.0262199999999998e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1707  RNA-binding S4 domain-containing protein  37.7 
 
 		 236 aa  142  3e-32  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.067954 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3362  RNA-binding S4 domain-containing protein  39.93 
 
 		 251 aa  138  3.0000000000000003e-31  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009356  OSTLU_6806  predicted protein  39.92 
 
 		 249 aa  138  4e-31  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1451  RNA-binding S4 domain-containing protein  38.58 
 
 		 247 aa  135  3e-30  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.28914  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4420  RNA-binding S4 domain protein  31.15 
 
 		 638 aa  134  6.999999999999999e-30  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3457  RNA-binding S4  35.77 
 
 		 262 aa  133  1.0000000000000001e-29  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4592  pseudouridine synthase  36.25 
 
 		 624 aa  132  3e-29  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.667434  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0498  RNA-binding S4 domain protein  32.68 
 
 		 472 aa  132  3e-29  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3919  pseudouridine synthase  30.07 
 
 		 555 aa  130  6e-29  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16880  16S rRNA uridine-516 pseudouridylate synthase  40.78 
 
 		 236 aa  129  2.0000000000000002e-28  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1189  RNA-binding S4  38.34 
 
 		 236 aa  129  3e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.206395 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0166  pseudouridine synthase  36.25 
 
 		 556 aa  127  9e-28  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.252408  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01258  pseudouridylate synthase  32.79 
 
 		 384 aa  127  9e-28  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6011  pseudouridine synthase  33.72 
 
 		 389 aa  127  9e-28  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004196  ribosomal large subunit pseudouridine synthase F  32.94 
 
 		 385 aa  126  2e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00815873  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2613  RNA pseudouridine synthase family protein  32.79 
 
 		 298 aa  125  2e-27  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1172  pseudouridine synthase  34.77 
 
 		 266 aa  125  3e-27  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.8005300000000004e-32 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0328  pseudouridine synthase  36.47 
 
 		 567 aa  124  5e-27  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.106742 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3089  pseudouridine synthase  34.77 
 
 		 266 aa  124  5e-27  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.000000212991  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2299  ribosomal large subunit pseudouridine synthase f  32.79 
 
 		 298 aa  124  5e-27  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0058  pseudouridine synthase  38.13 
 
 		 241 aa  123  9.999999999999999e-27  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1217  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  36.96 
 
 		 258 aa  122  1.9999999999999998e-26  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000897909  hitchhiker  0.000000206079 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1356  RNA-binding S4 domain protein  32.5 
 
 		 736 aa  122  1.9999999999999998e-26  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.284872  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2242  pseudouridine synthase  33.33 
 
 		 318 aa  122  1.9999999999999998e-26  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.708681 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0660  pseudouridine synthase  34.92 
 
 		 239 aa  121  3.9999999999999996e-26  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.665428  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0873  RNA-binding S4 domain protein  35.21 
 
 		 237 aa  121  3.9999999999999996e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07230  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  34.39 
 
 		 237 aa  121  4.9999999999999996e-26  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000010493  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0603  23S rRNA pseudouridine synthase F  32.27 
 
 		 293 aa  121  4.9999999999999996e-26  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.10967  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_09640  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  34.63 
 
 		 249 aa  119  9.999999999999999e-26  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.444703  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1816  pseudouridine synthase family 1 protein  33.33 
 
 		 340 aa  119  9.999999999999999e-26  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2505  pseudouridine synthase  35.94 
 
 		 239 aa  119  9.999999999999999e-26  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000824724  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1171  pseudouridine synthase Rsu  31.41 
 
 		 784 aa  119  9.999999999999999e-26  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.312711 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1403  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  37.36 
 
 		 247 aa  119  1.9999999999999998e-25  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.645637  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2938  23S rRNA pseudouridine synthase F  32.94 
 
 		 355 aa  119  1.9999999999999998e-25  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.367273  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0143  pseudouridylate synthase (ribosomal large subunit pseudouridine synthase B)  29.76 
 
 		 562 aa  119  1.9999999999999998e-25  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.303983 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2928  pseudouridine synthase  30.77 
 
 		 477 aa  117  5e-25  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1151  RNA pseudouridine synthase family protein  31.98 
 
 		 228 aa  117  5e-25  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.000576228  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0987  ribosomal large subunit pseudouridine synthase f  31.17 
 
 		 228 aa  117  8.999999999999998e-25  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1203  pseudouridine synthase  28.67 
 
 		 516 aa  116  1.0000000000000001e-24  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0112543 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0908  23S rRNA pseudouridine synthase F  33.07 
 
 		 328 aa  116  1.0000000000000001e-24  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.500296  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3863  pseudouridine synthase, Rsu  34.21 
 
 		 680 aa  116  1.0000000000000001e-24  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.695211  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0684  pseudouridine synthase  34.39 
 
 		 239 aa  116  1.0000000000000001e-24  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4225  RNA-binding S4 domain-containing protein  34.25 
 
 		 236 aa  116  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1196  pseudouridine synthase  34.38 
 
 		 242 aa  115  3e-24  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1191  S4 domain-containing protein  33.2 
 
 		 236 aa  114  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2376  RNA-binding S4 domain-containing protein  32.65 
 
 		 528 aa  115  4.0000000000000004e-24  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  decreased coverage  0.000179936  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0916  RNA pseudouridine synthase family protein  32.03 
 
 		 314 aa  114  5e-24  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1646  pseudouridine synthase, Rsu  33.33 
 
 		 317 aa  114  5e-24  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0693  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  31.08 
 
 		 239 aa  114  5e-24  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>