More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_3544 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_3544  RNA-binding S4  100 
 
 		 304 aa  616  1e-175  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.824299  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4985  RNA-binding S4 domain protein  77.53 
 
 		 273 aa  429  1e-119  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.33907  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4291  RNA-binding S4 domain-containing protein  66.31 
 
 		 264 aa  372  1e-102  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0474  RNA-binding S4 domain-containing protein  63.14 
 
 		 360 aa  369  1e-101  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.15939 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0606  ribosomal large subunit pseudouridine synthase F  69.66 
 
 		 266 aa  362  3e-99  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.000119564  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1168  pseudouridine synthase  65.06 
 
 		 591 aa  360  1e-98  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0465  RNA-binding S4 domain protein  65.92 
 
 		 248 aa  355  5e-97  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.117084  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3595  pseudouridine synthase  65.69 
 
 		 278 aa  349  3e-95  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0485  RNA-binding S4 domain-containing protein  62.67 
 
 		 305 aa  343  2e-93  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1275  RNA-binding S4 domain protein  59.44 
 
 		 674 aa  338  8e-92  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.206781 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1339  RNA-binding S4 domain protein  59.44 
 
 		 627 aa  337  1.9999999999999998e-91  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.476364  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1401  hypothetical protein  61.62 
 
 		 631 aa  332  3e-90  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1678  pseudouridine synthase, Rsu  62.22 
 
 		 649 aa  333  3e-90  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.151173  normal  0.0771799 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1341  RNA-binding S4 domain-containing protein  58.96 
 
 		 624 aa  331  9e-90  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.358627 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2024  pseudouridine synthase family protein  60.52 
 
 		 557 aa  330  2e-89  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2033  putative arginine/proline rich protein  62.55 
 
 		 421 aa  328  9e-89  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0619869  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1884  pseudouridine synthase, Rsu  60.89 
 
 		 694 aa  326  3e-88  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.433738  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2440  RNA pseudouridine synthase family protein  59.78 
 
 		 574 aa  326  3e-88  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2586  pseudouridine synthase family protein  59.78 
 
 		 585 aa  326  3e-88  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2459  RNA-binding S4 domain protein  62.31 
 
 		 250 aa  326  3e-88  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0124526  hitchhiker  0.000345164 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2497  RNA pseudouridine synthase family protein  59.78 
 
 		 571 aa  326  3e-88  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.142989  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1332  RNA pseudouridine synthase family protein  59.78 
 
 		 559 aa  326  3e-88  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.126858  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3251  RNA pseudouridine synthase family protein  59.78 
 
 		 563 aa  326  3e-88  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.9005  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2060  RNA pseudouridine synthase family protein  59.78 
 
 		 559 aa  326  3e-88  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.239559  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2055  pseudouridine synthase, Rsu  56.66 
 
 		 690 aa  324  1e-87  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1924  RNA-binding S4 domain-containing protein  59.41 
 
 		 646 aa  323  2e-87  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.257028 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1432  pseudouridine synthase, Rsu  59.78 
 
 		 610 aa  319  3.9999999999999996e-86  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000648222 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1558  pseudouridine synthase family protein  60.07 
 
 		 249 aa  317  1e-85  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2529  pseudouridine synthase, Rsu  61.42 
 
 		 380 aa  316  3e-85  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6055  pseudouridine synthase, Rsu  58.67 
 
 		 669 aa  316  3e-85  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0597355  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2022  pseudouridine synthase, Rsu  58.67 
 
 		 669 aa  316  3e-85  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5332  pseudouridine synthase, Rsu  59.04 
 
 		 623 aa  315  5e-85  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.522456 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1913  RNA-binding S4 domain-containing protein  59.4 
 
 		 416 aa  315  7e-85  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.162231 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2042  RNA-binding S4 domain-containing protein  58.67 
 
 		 650 aa  313  1.9999999999999998e-84  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.483684  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1254  RNA-binding S4 domain-containing protein  59.7 
 
 		 249 aa  303  2.0000000000000002e-81  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.0063069  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0263  pseudouridine synthase, Rsu  54.1 
 
 		 243 aa  275  9e-73  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0539496  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1106  pseudouridine synthase  55.73 
 
 		 234 aa  269  5e-71  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0733925  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0435  ribosomal large subunit pseudouridine synthase F  56.3 
 
 		 245 aa  266  2.9999999999999995e-70  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.23799 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3468  pseudouridine synthase, Rsu  50.86 
 
 		 379 aa  262  4.999999999999999e-69  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.242566  normal  0.43397 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1753  RNA-binding S4 domain protein  49.64 
 
 		 245 aa  244  1.9999999999999999e-63  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.577127  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_2035  pseudouridine synthase  49.64 
 
 		 245 aa  240  2e-62  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011672  PHATRDRAFT_10768  predicted protein  46.69 
 
 		 252 aa  213  3.9999999999999995e-54  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1692  pseudouridine synthase  43.61 
 
 		 255 aa  189  5e-47  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.344824 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1005  RNA-binding S4 domain protein  35.71 
 
 		 227 aa  162  6e-39  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  2.0262199999999998e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4261  hypothetical protein  37.04 
 
 		 236 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.28575  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0792  RNA-binding S4 domain-containing protein  35.62 
 
 		 267 aa  147  2.0000000000000003e-34  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.543217  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_50030  hypothetical protein  36.13 
 
 		 236 aa  146  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.596266  normal  0.0284198 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1128  RNA-binding S4  37.73 
 
 		 248 aa  144  2e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.44972  normal  0.373423 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3002  RNA-binding S4 domain protein  34.46 
 
 		 266 aa  139  6e-32  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3457  RNA-binding S4  33.78 
 
 		 262 aa  139  7e-32  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3692  RNA-binding S4 domain-containing protein  34.12 
 
 		 266 aa  138  1e-31  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.493395  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2299  ribosomal large subunit pseudouridine synthase f  32.83 
 
 		 298 aa  136  5e-31  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4021  S4 domain protein  32.21 
 
 		 236 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009356  OSTLU_6806  predicted protein  35.16 
 
 		 249 aa  134  1.9999999999999998e-30  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2613  RNA pseudouridine synthase family protein  32.08 
 
 		 298 aa  134  1.9999999999999998e-30  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1707  RNA-binding S4 domain-containing protein  34.57 
 
 		 236 aa  134  3e-30  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.067954 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01258  pseudouridylate synthase  32.2 
 
 		 384 aa  131  1.0000000000000001e-29  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1390  RNA-binding S4  31.46 
 
 		 236 aa  130  3e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.553705  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004196  ribosomal large subunit pseudouridine synthase F  32.95 
 
 		 385 aa  130  4.0000000000000003e-29  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00815873  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6011  pseudouridine synthase  33.83 
 
 		 389 aa  129  9.000000000000001e-29  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2221  RNA pseudouridylate synthase  34.07 
 
 		 238 aa  126  4.0000000000000003e-28  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2160  pseudouridylate synthase (pseudouridine synthase)  34.07 
 
 		 238 aa  126  4.0000000000000003e-28  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.28876  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2144  tRNA pseudouridine synthase A  34.07 
 
 		 238 aa  126  4.0000000000000003e-28  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2386  RNA pseudouridine synthase family protein  34.07 
 
 		 238 aa  126  4.0000000000000003e-28  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2417  RNA pseudouridylate synthase family protein  34.07 
 
 		 238 aa  126  5e-28  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1189  RNA-binding S4  35.96 
 
 		 236 aa  125  7e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.206395 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2488  RNA pseudouridine synthase family protein  33.82 
 
 		 235 aa  125  9e-28  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.970242  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2403  RNA pseudouridine synthase family protein  33.82 
 
 		 235 aa  125  9e-28  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2353  RNA pseudouridine synthase family protein  33.82 
 
 		 235 aa  125  1e-27  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2928  pseudouridine synthase  32.45 
 
 		 477 aa  124  2e-27  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2974  RNA pseudouridine synthase family protein  34.67 
 
 		 235 aa  124  2e-27  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.462691 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1451  RNA-binding S4 domain-containing protein  34.8 
 
 		 247 aa  123  3e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.28914  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1816  pseudouridine synthase family 1 protein  31.44 
 
 		 340 aa  124  3e-27  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1403  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  34.81 
 
 		 247 aa  122  8e-27  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.645637  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03894  23S rRNA pseudouridine synthase  34.32 
 
 		 290 aa  122  9e-27  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3975  pseudouridine synthase  34.32 
 
 		 290 aa  122  9e-27  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03854  hypothetical protein  34.32 
 
 		 290 aa  122  9e-27  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4008  23S rRNA pseudouridine synthase F  34.32 
 
 		 290 aa  121  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.098553 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4525  23S rRNA pseudouridine synthase F  34.32 
 
 		 290 aa  120  1.9999999999999998e-26  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4258  23S rRNA pseudouridine synthase F  34.32 
 
 		 290 aa  121  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.520843  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4483  23S rRNA pseudouridine synthase F  34.32 
 
 		 290 aa  121  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.429263 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5500  23S rRNA pseudouridine synthase F  34.32 
 
 		 290 aa  121  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2192  RNA-binding S4 domain-containing protein  34.31 
 
 		 235 aa  120  1.9999999999999998e-26  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.731966  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4566  23S rRNA pseudouridine synthase F  34.32 
 
 		 290 aa  121  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1743  pseudouridine synthase  32.72 
 
 		 235 aa  120  1.9999999999999998e-26  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1301  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  35.32 
 
 		 236 aa  120  3e-26  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0693  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  31.37 
 
 		 239 aa  120  3e-26  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2242  pseudouridine synthase  31.88 
 
 		 318 aa  120  3.9999999999999996e-26  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.708681 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0226  23S rRNA pseudouridine synthase F  33.95 
 
 		 289 aa  119  3.9999999999999996e-26  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.387458  normal  0.300617 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1172  pseudouridine synthase  32.59 
 
 		 266 aa  119  4.9999999999999996e-26  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.8005300000000004e-32 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1578  pseudouridine synthase  31 
 
 		 236 aa  119  6e-26  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2938  23S rRNA pseudouridine synthase F  32.09 
 
 		 355 aa  119  6e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.367273  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1646  pseudouridine synthase, Rsu  30.26 
 
 		 317 aa  119  6e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3089  pseudouridine synthase  32.59 
 
 		 266 aa  119  7e-26  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.000000212991  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1356  pseudouridine synthase  35.21 
 
 		 254 aa  119  7.999999999999999e-26  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1987  ribosomal large subunit pseudouridine synthase F  29.92 
 
 		 314 aa  118  9.999999999999999e-26  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.514849  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1545  pseudouridine synthase  33.08 
 
 		 230 aa  117  1.9999999999999998e-25  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16880  16S rRNA uridine-516 pseudouridylate synthase  32.23 
 
 		 236 aa  117  1.9999999999999998e-25  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0806  pseudouridine synthase  32.88 
 
 		 274 aa  117  3e-25  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.316767  normal  0.474505 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3815  23S rRNA pseudouridine synthase F  32.46 
 
 		 332 aa  117  3e-25  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>