More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PA14_50030 on replicon NC_008463
Organism: Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008463  PA14_50030  hypothetical protein  100 
 
 		 236 aa  469  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.596266  normal  0.0284198 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4261  hypothetical protein  80.93 
 
 		 236 aa  377  1e-104  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.28575  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1707  RNA-binding S4 domain-containing protein  57.2 
 
 		 236 aa  270  2e-71  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.067954 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1390  RNA-binding S4  53.39 
 
 		 236 aa  265  4e-70  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.553705  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4021  S4 domain protein  51.27 
 
 		 236 aa  256  2e-67  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16880  16S rRNA uridine-516 pseudouridylate synthase  58.9 
 
 		 236 aa  252  3e-66  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1128  RNA-binding S4  53.44 
 
 		 248 aa  238  5e-62  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.44972  normal  0.373423 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1189  RNA-binding S4  54.66 
 
 		 236 aa  237  1e-61  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.206395 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1191  S4 domain-containing protein  52.54 
 
 		 236 aa  235  4e-61  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1222  RNA-binding S4 domain-containing protein  52.12 
 
 		 247 aa  233  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3362  RNA-binding S4 domain-containing protein  51.79 
 
 		 251 aa  233  2.0000000000000002e-60  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4225  RNA-binding S4 domain-containing protein  52.54 
 
 		 236 aa  233  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3457  RNA-binding S4  50 
 
 		 262 aa  226  2e-58  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4018  RNA-binding S4 domain-containing protein  50.85 
 
 		 252 aa  225  5.0000000000000005e-58  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00119907 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3692  RNA-binding S4 domain-containing protein  48.65 
 
 		 266 aa  219  3e-56  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.493395  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3002  RNA-binding S4 domain protein  47.88 
 
 		 266 aa  218  6e-56  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0792  RNA-binding S4 domain-containing protein  49.8 
 
 		 267 aa  217  1e-55  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.543217  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1451  RNA-binding S4 domain-containing protein  47.13 
 
 		 247 aa  200  9.999999999999999e-51  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.28914  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2529  pseudouridine synthase, Rsu  43.1 
 
 		 380 aa  182  5.0000000000000004e-45  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0873  RNA-binding S4 domain protein  44.3 
 
 		 237 aa  172  3.9999999999999995e-42  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1401  hypothetical protein  42.25 
 
 		 631 aa  172  5e-42  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1558  pseudouridine synthase family protein  42.97 
 
 		 249 aa  171  7.999999999999999e-42  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1753  RNA-binding S4 domain protein  38.78 
 
 		 245 aa  171  1e-41  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.577127  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2586  pseudouridine synthase family protein  42.97 
 
 		 585 aa  169  4e-41  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3251  RNA pseudouridine synthase family protein  42.97 
 
 		 563 aa  169  4e-41  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.9005  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2060  RNA pseudouridine synthase family protein  42.97 
 
 		 559 aa  169  4e-41  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.239559  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2440  RNA pseudouridine synthase family protein  42.97 
 
 		 574 aa  169  4e-41  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1332  RNA pseudouridine synthase family protein  42.97 
 
 		 559 aa  169  5e-41  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.126858  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4291  RNA-binding S4 domain-containing protein  42.11 
 
 		 264 aa  169  5e-41  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2497  RNA pseudouridine synthase family protein  42.97 
 
 		 571 aa  169  5e-41  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.142989  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2024  pseudouridine synthase family protein  42.57 
 
 		 557 aa  168  6e-41  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2033  putative arginine/proline rich protein  42 
 
 		 421 aa  167  1e-40  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0619869  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1884  pseudouridine synthase, Rsu  42.64 
 
 		 694 aa  163  2.0000000000000002e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.433738  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0435  ribosomal large subunit pseudouridine synthase F  42.45 
 
 		 245 aa  162  3e-39  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.23799 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5332  pseudouridine synthase, Rsu  40.56 
 
 		 623 aa  162  4.0000000000000004e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.522456 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1254  RNA-binding S4 domain-containing protein  42.17 
 
 		 249 aa  162  4.0000000000000004e-39  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.0063069  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2042  RNA-binding S4 domain-containing protein  40.16 
 
 		 650 aa  160  2e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.483684  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_2035  pseudouridine synthase  39.59 
 
 		 245 aa  160  2e-38  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1432  pseudouridine synthase, Rsu  41.47 
 
 		 610 aa  160  2e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000648222 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2950  RNA-binding S4 domain protein  44.26 
 
 		 232 aa  159  4e-38  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.138382 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6055  pseudouridine synthase, Rsu  39.76 
 
 		 669 aa  158  6e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0597355  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2022  pseudouridine synthase, Rsu  39.76 
 
 		 669 aa  158  6e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1924  RNA-binding S4 domain-containing protein  40.16 
 
 		 646 aa  158  7e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.257028 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1889  RNA-binding S4 domain-containing protein  42.64 
 
 		 264 aa  158  8e-38  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.610472  normal  0.35019 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2055  pseudouridine synthase, Rsu  40.16 
 
 		 690 aa  158  8e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4985  RNA-binding S4 domain protein  36.26 
 
 		 273 aa  157  1e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.33907  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2459  RNA-binding S4 domain protein  38.55 
 
 		 250 aa  155  7e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0124526  hitchhiker  0.000345164 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1339  RNA-binding S4 domain protein  40.31 
 
 		 627 aa  155  7e-37  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.476364  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1275  RNA-binding S4 domain protein  40.7 
 
 		 674 aa  154  8e-37  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.206781 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0263  pseudouridine synthase, Rsu  38.84 
 
 		 243 aa  150  2e-35  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0539496  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1913  RNA-binding S4 domain-containing protein  39.67 
 
 		 416 aa  149  3e-35  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.162231 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1106  pseudouridine synthase  39.91 
 
 		 234 aa  149  4e-35  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0733925  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1168  pseudouridine synthase  37.5 
 
 		 591 aa  149  5e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1341  RNA-binding S4 domain-containing protein  38.96 
 
 		 624 aa  148  6e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.358627 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1678  pseudouridine synthase, Rsu  39.36 
 
 		 649 aa  146  2.0000000000000003e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.151173  normal  0.0771799 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0465  RNA-binding S4 domain protein  37.9 
 
 		 248 aa  146  3e-34  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.117084  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0474  RNA-binding S4 domain-containing protein  37.9 
 
 		 360 aa  146  3e-34  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.15939 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0606  ribosomal large subunit pseudouridine synthase F  36.69 
 
 		 266 aa  145  4.0000000000000006e-34  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.000119564  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3544  RNA-binding S4  36.13 
 
 		 304 aa  142  6e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.824299  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3595  pseudouridine synthase  37.1 
 
 		 278 aa  140  1.9999999999999998e-32  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0485  RNA-binding S4 domain-containing protein  37.45 
 
 		 305 aa  137  2e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3468  pseudouridine synthase, Rsu  36.44 
 
 		 379 aa  135  5e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.242566  normal  0.43397 
 
 
-
 
NC_011672  PHATRDRAFT_10768  predicted protein  35.92 
 
 		 252 aa  123  2e-27  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1005  RNA-binding S4 domain protein  28.45 
 
 		 227 aa  108  6e-23  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  2.0262199999999998e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1816  pseudouridine synthase family 1 protein  30.8 
 
 		 340 aa  99  5e-20  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01258  pseudouridylate synthase  32.05 
 
 		 384 aa  99  6e-20  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004196  ribosomal large subunit pseudouridine synthase F  32.17 
 
 		 385 aa  97.4  2e-19  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00815873  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2299  ribosomal large subunit pseudouridine synthase f  29.06 
 
 		 298 aa  97.4  2e-19  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1692  pseudouridine synthase  31.3 
 
 		 255 aa  96.7  3e-19  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.344824 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2613  RNA pseudouridine synthase family protein  28.63 
 
 		 298 aa  94.4  1e-18  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3586  pseudouridine synthase  29.41 
 
 		 266 aa  87.8  1e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.280598  normal  0.134237 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3069  23S rRNA pseudouridine synthase F  29.66 
 
 		 290 aa  87.4  2e-16  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2990  23S rRNA pseudouridine synthase F  29.66 
 
 		 290 aa  87.4  2e-16  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3854  pseudouridine synthase  28.93 
 
 		 348 aa  86.3  4e-16  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0908  23S rRNA pseudouridine synthase F  28.39 
 
 		 328 aa  85.9  5e-16  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.500296  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1748  23S rRNA pseudouridine synthase F  26.97 
 
 		 309 aa  85.1  9e-16  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.442205  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1743  pseudouridine synthase  25.96 
 
 		 235 aa  85.1  9e-16  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0855  23S rRNA pseudouridine synthase F  27.12 
 
 		 332 aa  84.3  0.000000000000001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.532937 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2928  pseudouridine synthase  28.63 
 
 		 477 aa  84.7  0.000000000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0603  23S rRNA pseudouridine synthase F  28.21 
 
 		 293 aa  83.6  0.000000000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.10967  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1384  RNA-binding S4 domain-containing protein  27.12 
 
 		 302 aa  84  0.000000000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.176082  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0058  pseudouridine synthase  29.61 
 
 		 241 aa  82.8  0.000000000000005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_12681  pseudouridine synthase, Rsu  27.39 
 
 		 240 aa  82  0.000000000000007  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.850167  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2242  pseudouridine synthase  29.24 
 
 		 318 aa  82  0.000000000000008  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.708681 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2938  23S rRNA pseudouridine synthase F  27.54 
 
 		 355 aa  81.6  0.000000000000009  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.367273  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03894  23S rRNA pseudouridine synthase  29.66 
 
 		 290 aa  81.3  0.00000000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3975  pseudouridine synthase  29.66 
 
 		 290 aa  81.3  0.00000000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0226  23S rRNA pseudouridine synthase F  29.29 
 
 		 289 aa  81.3  0.00000000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.387458  normal  0.300617 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13243  pseudouridine synthase, Rsu  26.61 
 
 		 244 aa  81.3  0.00000000000001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03854  hypothetical protein  29.66 
 
 		 290 aa  81.3  0.00000000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0369  pseudouridine synthase  30.08 
 
 		 251 aa  81.3  0.00000000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.126334 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3815  23S rRNA pseudouridine synthase F  28.81 
 
 		 332 aa  80.5  0.00000000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3971  23S rRNA pseudouridine synthase F  30.29 
 
 		 286 aa  80.5  0.00000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4566  23S rRNA pseudouridine synthase F  29.66 
 
 		 290 aa  80.5  0.00000000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4258  23S rRNA pseudouridine synthase F  29.66 
 
 		 290 aa  80.5  0.00000000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.520843  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5500  23S rRNA pseudouridine synthase F  29.66 
 
 		 290 aa  80.5  0.00000000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4483  23S rRNA pseudouridine synthase F  29.66 
 
 		 290 aa  80.5  0.00000000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.429263 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4008  23S rRNA pseudouridine synthase F  29.66 
 
 		 290 aa  80.5  0.00000000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.098553 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4525  23S rRNA pseudouridine synthase F  29.66 
 
 		 290 aa  80.5  0.00000000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1401  pseudouridine synthase  30 
 
 		 250 aa  79.7  0.00000000000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.288863  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>