More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_1707 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_1707  RNA-binding S4 domain-containing protein  100 
 
 		 236 aa  477  1e-134  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.067954 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4261  hypothetical protein  58.9 
 
 		 236 aa  276  2e-73  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.28575  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_50030  hypothetical protein  57.2 
 
 		 236 aa  270  2e-71  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.596266  normal  0.0284198 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1390  RNA-binding S4  52.12 
 
 		 236 aa  268  7e-71  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.553705  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4021  S4 domain protein  51.27 
 
 		 236 aa  263  2e-69  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4018  RNA-binding S4 domain-containing protein  56.67 
 
 		 252 aa  262  3e-69  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00119907 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1189  RNA-binding S4  56.36 
 
 		 236 aa  258  4e-68  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.206395 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1191  S4 domain-containing protein  55.08 
 
 		 236 aa  258  5.0000000000000005e-68  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4225  RNA-binding S4 domain-containing protein  55.42 
 
 		 236 aa  258  5.0000000000000005e-68  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1222  RNA-binding S4 domain-containing protein  54.66 
 
 		 247 aa  256  3e-67  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16880  16S rRNA uridine-516 pseudouridylate synthase  54.66 
 
 		 236 aa  236  2e-61  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3457  RNA-binding S4  48.19 
 
 		 262 aa  223  2e-57  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1128  RNA-binding S4  49.39 
 
 		 248 aa  222  4e-57  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.44972  normal  0.373423 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3362  RNA-binding S4 domain-containing protein  47.01 
 
 		 251 aa  212  4.9999999999999996e-54  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3002  RNA-binding S4 domain protein  47.49 
 
 		 266 aa  203  2e-51  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3692  RNA-binding S4 domain-containing protein  47.1 
 
 		 266 aa  200  1.9999999999999998e-50  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.493395  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0792  RNA-binding S4 domain-containing protein  46.4 
 
 		 267 aa  187  8e-47  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.543217  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1451  RNA-binding S4 domain-containing protein  45.9 
 
 		 247 aa  185  4e-46  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.28914  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0873  RNA-binding S4 domain protein  45.19 
 
 		 237 aa  179  2e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2529  pseudouridine synthase, Rsu  41.42 
 
 		 380 aa  172  3.9999999999999995e-42  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1889  RNA-binding S4 domain-containing protein  44.27 
 
 		 264 aa  160  2e-38  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.610472  normal  0.35019 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4291  RNA-binding S4 domain-containing protein  39.44 
 
 		 264 aa  158  6e-38  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2950  RNA-binding S4 domain protein  42.98 
 
 		 232 aa  153  2.9999999999999998e-36  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.138382 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1558  pseudouridine synthase family protein  36.29 
 
 		 249 aa  150  2e-35  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2024  pseudouridine synthase family protein  37.1 
 
 		 557 aa  150  2e-35  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1401  hypothetical protein  39.69 
 
 		 631 aa  149  3e-35  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3251  RNA pseudouridine synthase family protein  36.29 
 
 		 563 aa  146  2.0000000000000003e-34  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.9005  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2586  pseudouridine synthase family protein  36.29 
 
 		 585 aa  146  3e-34  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2060  RNA pseudouridine synthase family protein  36.29 
 
 		 559 aa  146  3e-34  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.239559  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2497  RNA pseudouridine synthase family protein  36.29 
 
 		 571 aa  146  3e-34  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.142989  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1432  pseudouridine synthase, Rsu  37.7 
 
 		 610 aa  146  3e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000648222 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2440  RNA pseudouridine synthase family protein  36.29 
 
 		 574 aa  146  3e-34  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1332  RNA pseudouridine synthase family protein  36.29 
 
 		 559 aa  146  3e-34  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.126858  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1254  RNA-binding S4 domain-containing protein  36.29 
 
 		 249 aa  145  4.0000000000000006e-34  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.0063069  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1753  RNA-binding S4 domain protein  34.38 
 
 		 245 aa  145  4.0000000000000006e-34  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.577127  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2459  RNA-binding S4 domain protein  36.29 
 
 		 250 aa  145  5e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0124526  hitchhiker  0.000345164 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1339  RNA-binding S4 domain protein  38.1 
 
 		 627 aa  145  7.0000000000000006e-34  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.476364  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1275  RNA-binding S4 domain protein  38.1 
 
 		 674 aa  144  1e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.206781 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1913  RNA-binding S4 domain-containing protein  40.24 
 
 		 416 aa  144  1e-33  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.162231 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0465  RNA-binding S4 domain protein  37.5 
 
 		 248 aa  142  4e-33  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.117084  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1884  pseudouridine synthase, Rsu  38.28 
 
 		 694 aa  142  5e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.433738  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2033  putative arginine/proline rich protein  37.6 
 
 		 421 aa  142  5e-33  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0619869  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0474  RNA-binding S4 domain-containing protein  37.5 
 
 		 360 aa  141  9e-33  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.15939 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0435  ribosomal large subunit pseudouridine synthase F  37.9 
 
 		 245 aa  141  9.999999999999999e-33  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.23799 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4985  RNA-binding S4 domain protein  35.07 
 
 		 273 aa  139  3e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.33907  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1341  RNA-binding S4 domain-containing protein  37.5 
 
 		 624 aa  138  6e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.358627 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1168  pseudouridine synthase  34.41 
 
 		 591 aa  138  8.999999999999999e-32  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_2035  pseudouridine synthase  33.59 
 
 		 245 aa  136  2e-31  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1678  pseudouridine synthase, Rsu  35.89 
 
 		 649 aa  135  7.000000000000001e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.151173  normal  0.0771799 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5332  pseudouridine synthase, Rsu  34.68 
 
 		 623 aa  134  8e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.522456 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1106  pseudouridine synthase  36.84 
 
 		 234 aa  134  8e-31  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0733925  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1924  RNA-binding S4 domain-containing protein  34.68 
 
 		 646 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.257028 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2055  pseudouridine synthase, Rsu  34.68 
 
 		 690 aa  133  1.9999999999999998e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2042  RNA-binding S4 domain-containing protein  34.68 
 
 		 650 aa  133  3e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.483684  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6055  pseudouridine synthase, Rsu  34.68 
 
 		 669 aa  132  6e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0597355  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2022  pseudouridine synthase, Rsu  34.68 
 
 		 669 aa  132  6e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3544  RNA-binding S4  34.57 
 
 		 304 aa  131  9e-30  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.824299  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0485  RNA-binding S4 domain-containing protein  34.26 
 
 		 305 aa  129  4.0000000000000003e-29  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0606  ribosomal large subunit pseudouridine synthase F  34.68 
 
 		 266 aa  125  6e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.000119564  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0263  pseudouridine synthase, Rsu  34.3 
 
 		 243 aa  125  8.000000000000001e-28  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0539496  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3595  pseudouridine synthase  34.27 
 
 		 278 aa  124  1e-27  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011672  PHATRDRAFT_10768  predicted protein  33.47 
 
 		 252 aa  109  4.0000000000000004e-23  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3468  pseudouridine synthase, Rsu  32.79 
 
 		 379 aa  108  6e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.242566  normal  0.43397 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1816  pseudouridine synthase family 1 protein  28.69 
 
 		 340 aa  90.5  2e-17  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01258  pseudouridylate synthase  28.27 
 
 		 384 aa  89.4  5e-17  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004196  ribosomal large subunit pseudouridine synthase F  27.43 
 
 		 385 aa  87.4  2e-16  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00815873  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1692  pseudouridine synthase  29.34 
 
 		 255 aa  84  0.000000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.344824 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2299  ribosomal large subunit pseudouridine synthase f  26.03 
 
 		 298 aa  82  0.000000000000007  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6011  pseudouridine synthase  28.1 
 
 		 389 aa  81.3  0.00000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2417  RNA pseudouridylate synthase family protein  27.39 
 
 		 238 aa  80.5  0.00000000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2221  RNA pseudouridylate synthase  27.39 
 
 		 238 aa  80.1  0.00000000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2160  pseudouridylate synthase (pseudouridine synthase)  27.39 
 
 		 238 aa  80.1  0.00000000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.28876  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2144  tRNA pseudouridine synthase A  27.39 
 
 		 238 aa  80.1  0.00000000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2403  RNA pseudouridine synthase family protein  27.39 
 
 		 235 aa  80.1  0.00000000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2386  RNA pseudouridine synthase family protein  27.39 
 
 		 238 aa  80.1  0.00000000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2488  RNA pseudouridine synthase family protein  27.39 
 
 		 235 aa  80.5  0.00000000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.970242  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1005  RNA-binding S4 domain protein  25.22 
 
 		 227 aa  80.9  0.00000000000002  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  2.0262199999999998e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2353  RNA pseudouridine synthase family protein  27.39 
 
 		 235 aa  80.1  0.00000000000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2974  RNA pseudouridine synthase family protein  27.39 
 
 		 235 aa  79.3  0.00000000000005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.462691 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0577  RNA pseudouridine synthase family protein  23.93 
 
 		 229 aa  79.3  0.00000000000005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2613  RNA pseudouridine synthase family protein  25.83 
 
 		 298 aa  79  0.00000000000005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13243  pseudouridine synthase, Rsu  26.47 
 
 		 244 aa  79  0.00000000000006  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4661  RNA pseudouridine synthase family protein  23.93 
 
 		 229 aa  79  0.00000000000007  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.636337  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4674  RNA pseudouridylate synthase family protein  24.79 
 
 		 229 aa  78.2  0.0000000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2242  pseudouridine synthase  28.03 
 
 		 318 aa  77.8  0.0000000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.708681 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1987  ribosomal large subunit pseudouridine synthase F  27.35 
 
 		 314 aa  77  0.0000000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.514849  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2192  RNA-binding S4 domain-containing protein  26.97 
 
 		 235 aa  77.4  0.0000000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.731966  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3815  23S rRNA pseudouridine synthase F  29.63 
 
 		 332 aa  76.6  0.0000000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3854  pseudouridine synthase  26.97 
 
 		 348 aa  76.3  0.0000000000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0660  pseudouridine synthase  24.66 
 
 		 239 aa  75.1  0.0000000000008  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.665428  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3238  pseudouridine synthase  23.18 
 
 		 229 aa  74.7  0.000000000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.643571  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0058  pseudouridine synthase  28.16 
 
 		 241 aa  74.3  0.000000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1384  RNA-binding S4 domain-containing protein  25.62 
 
 		 302 aa  73.6  0.000000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.176082  n/a   
 
 
-
 
NC_009370  OSTLU_10376  predicted protein  28.63 
 
 		 238 aa  73.2  0.000000000003  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0125267  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4379  pseudouridine synthase  23.08 
 
 		 229 aa  73.2  0.000000000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4284  pseudouridylate synthase  23.08 
 
 		 229 aa  73.2  0.000000000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4677  RNA pseudouridine synthase family protein  22.75 
 
 		 229 aa  73.2  0.000000000004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000310773  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1235  pseudouridine synthase  26.5 
 
 		 248 aa  72.8  0.000000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.176862  normal  0.0316242 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0684  pseudouridine synthase  25.11 
 
 		 239 aa  72.8  0.000000000005  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0908  23S rRNA pseudouridine synthase F  27.8 
 
 		 328 aa  72.8  0.000000000005  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.500296  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>