More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_3685 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_3685  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  100 
 
 		 297 aa  591  1e-168  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1437  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  59.18 
 
 		 271 aa  275  8e-73  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.563675 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1847  shikimate dehydrogenase  53.12 
 
 		 325 aa  264  1e-69  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.127242  normal  0.110669 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1649  shikimate dehydrogenase  53.52 
 
 		 303 aa  260  2e-68  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.264941  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3329  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  47.16 
 
 		 307 aa  252  6e-66  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7085  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  41.47 
 
 		 276 aa  205  9e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.876756  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6410  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  40.77 
 
 		 277 aa  197  1.0000000000000001e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.639273  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5029  shikimate dehydrogenase  42.69 
 
 		 277 aa  197  2.0000000000000003e-49  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5945  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  39.92 
 
 		 276 aa  196  3e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.039138 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1274  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  47.53 
 
 		 270 aa  192  5e-48  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00561367 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3325  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  42.31 
 
 		 277 aa  192  8e-48  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1561  shikimate dehydrogenase  39.62 
 
 		 277 aa  190  2.9999999999999997e-47  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0353213  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4100  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  40.96 
 
 		 277 aa  188  1e-46  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.231752  normal  0.0287781 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0419  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  40.46 
 
 		 278 aa  178  1e-43  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4437  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  39.11 
 
 		 277 aa  177  2e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.553792  normal  0.62875 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4412  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  37.64 
 
 		 277 aa  175  9e-43  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.855071  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4302  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  37.64 
 
 		 277 aa  175  9e-43  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.261659  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4495  shikimate dehydrogenase  40.23 
 
 		 277 aa  174  1.9999999999999998e-42  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.39658 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8643  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  41 
 
 		 277 aa  172  5e-42  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1663  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  43.13 
 
 		 291 aa  167  2e-40  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.486216 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0575  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  41.22 
 
 		 271 aa  165  9e-40  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6097  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  39.62 
 
 		 280 aa  162  6e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.00430016  normal  0.376579 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6063  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  41.7 
 
 		 282 aa  160  2e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0849637 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2706  shikimate dehydrogenase  40.71 
 
 		 264 aa  159  6e-38  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.14445  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5799  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  40.46 
 
 		 278 aa  159  7e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5792  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  39.69 
 
 		 278 aa  159  8e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2425  shikimate dehydrogenase  40.47 
 
 		 265 aa  158  1e-37  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.084211 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4664  shikimate dehydrogenase  38.7 
 
 		 268 aa  155  6e-37  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3753  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  41.22 
 
 		 264 aa  154  1e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.341199  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0034  shikimate dehydrogenase family protein  37.4 
 
 		 261 aa  149  5e-35  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2153  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  35.96 
 
 		 269 aa  149  5e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.778065 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6263  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  36.12 
 
 		 279 aa  146  4.0000000000000006e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.00180016  normal  0.468093 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0031  shikimate dehydrogenase family protein  37.26 
 
 		 261 aa  146  5e-34  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.105922  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2703  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  38.78 
 
 		 268 aa  145  6e-34  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0813959  normal  0.368485 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1616  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  39.33 
 
 		 277 aa  144  1e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.221158  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20210  shikimate 5-dehydrogenase  34.46 
 
 		 290 aa  142  6e-33  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0433  shikimate dehydrogenase  41.06 
 
 		 273 aa  140  1.9999999999999998e-32  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3972  shikimate dehydrogenase  35.77 
 
 		 269 aa  138  8.999999999999999e-32  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5661  Shikimate/quinate 5-dehydrogenase  40.3 
 
 		 293 aa  137  2e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.33462  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2294  shikimate dehydrogenase  35.37 
 
 		 288 aa  137  2e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0340  shikimate dehydrogenase family protein  38.43 
 
 		 272 aa  134  9.999999999999999e-31  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0333  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  39.38 
 
 		 269 aa  134  3e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.259796  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7088  shikimate dehydrogenase  37.96 
 
 		 268 aa  132  5e-30  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.847734 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0397  shikimate dehydrogenase family protein  38.43 
 
 		 272 aa  132  6.999999999999999e-30  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3217  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  33.33 
 
 		 269 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4665  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  35.91 
 
 		 276 aa  124  2e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2608  shikimate dehydrogenase family protein  30.71 
 
 		 269 aa  122  5e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0159253 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5700  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  37.98 
 
 		 267 aa  121  1.9999999999999998e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2895  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  36.4 
 
 		 273 aa  118  9.999999999999999e-26  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0579203  hitchhiker  0.000304187 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0663  shikimate 5-dehydrogenase  29.34 
 
 		 294 aa  115  6e-25  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1303  shikimate 5-dehydrogenase  29.73 
 
 		 279 aa  115  7.999999999999999e-25  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00894856  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3117  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  31.09 
 
 		 269 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2761  shikimate 5-dehydrogenase  37.28 
 
 		 276 aa  108  1e-22  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1829  shikimate 5-dehydrogenase  34.52 
 
 		 282 aa  106  5e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.037769 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3384  shikimate 5-dehydrogenase  30.48 
 
 		 292 aa  101  2e-20  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.442523 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0879  shikimate dehydrogenase  35.36 
 
 		 281 aa  101  2e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.955974  normal  0.327323 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1362  shikimate dehydrogenase  36.19 
 
 		 284 aa  99.8  5e-20  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.758988  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_18961  shikimate 5-dehydrogenase  24.63 
 
 		 285 aa  99.8  6e-20  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3109  shikimate 5-dehydrogenase  31.5 
 
 		 286 aa  97.4  3e-19  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1345  quinate/shikimate 5-dehydrogenase  30.57 
 
 		 287 aa  96.7  4e-19  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.786263  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1392  shikimate dehydrogenase  32.31 
 
 		 286 aa  97.1  4e-19  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.975798 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0148  shikimate 5-dehydrogenase  32.76 
 
 		 297 aa  96.3  6e-19  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1688  shikimate 5-dehydrogenase  27.49 
 
 		 268 aa  95.9  7e-19  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.8714  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1653  shikimate 5-dehydrogenase  27.49 
 
 		 268 aa  95.9  7e-19  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2537  shikimate 5-dehydrogenase  32.6 
 
 		 280 aa  95.1  1e-18  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3480  shikimate 5-dehydrogenase  29.92 
 
 		 279 aa  95.1  1e-18  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0550  shikimate 5-dehydrogenase  27.71 
 
 		 273 aa  94.7  1e-18  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.950076 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2575  quinate/shikimate 5-dehydrogenase  26.28 
 
 		 282 aa  94.7  2e-18  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.303834  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3572  shikimate 5-dehydrogenase  29.82 
 
 		 284 aa  94.7  2e-18  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.162128  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0854  shikimate dehydrogenase  25.95 
 
 		 298 aa  94.7  2e-18  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2862  shikimate dehydrogenase  31.62 
 
 		 271 aa  93.2  5e-18  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3450  shikimate 5-dehydrogenase  28.29 
 
 		 278 aa  92.4  9e-18  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1163  shikimate 5-dehydrogenase  28.12 
 
 		 269 aa  92  1e-17  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.33376  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3613  shikimate 5-dehydrogenase  31.34 
 
 		 283 aa  91.7  1e-17  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12500  shikimate 5-dehydrogenase  30.37 
 
 		 292 aa  91.3  2e-17  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0581  shikimate 5-dehydrogenase  29.33 
 
 		 288 aa  90.5  3e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00113233 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1184  shikimate 5-dehydrogenase  26.71 
 
 		 273 aa  90.5  3e-17  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.504249  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0022  shikimate dehydrogenase  29.34 
 
 		 286 aa  90.5  3e-17  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.301777  normal  1 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_19151  shikimate 5-dehydrogenase  24.91 
 
 		 286 aa  90.1  4e-17  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0130  shikimate 5-dehydrogenase  29.33 
 
 		 288 aa  90.1  4e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.676056  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0613  shikimate 5-dehydrogenase  29.33 
 
 		 288 aa  90.1  4e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0196  shikimate 5-dehydrogenase  27.72 
 
 		 278 aa  89.4  6e-17  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_18961  shikimate 5-dehydrogenase  24.18 
 
 		 286 aa  89.4  6e-17  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2840  shikimate 5-dehydrogenase  29.53 
 
 		 274 aa  89.4  8e-17  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0530402 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0538  shikimate 5-dehydrogenase  29.27 
 
 		 288 aa  88.2  1e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.617722 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0514  shikimate 5-dehydrogenase  27.56 
 
 		 288 aa  88.2  1e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0851  shikimate 5-dehydrogenase  27.97 
 
 		 292 aa  87.8  2e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3695  shikimate 5-dehydrogenase  28.62 
 
 		 288 aa  87  3e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.452524 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2772  shikimate 5-dehydrogenase  27.08 
 
 		 288 aa  86.7  4e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2150  shikimate 5-dehydrogenase-like oxidoreductase  32.34 
 
 		 283 aa  85.9  8e-16  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.411469  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2467  shikimate 5-dehydrogenase  28.21 
 
 		 288 aa  85.9  8e-16  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.502359  hitchhiker  0.0000000000141391 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0004  shikimate 5-dehydrogenase  27.14 
 
 		 286 aa  85.5  9e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3564  shikimate dehydrogenase  29.75 
 
 		 279 aa  85.1  0.000000000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.490647  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6806  shikimate 5-dehydrogenase  31.97 
 
 		 282 aa  85.1  0.000000000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0429993  normal  0.348952 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0182  shikimate 5-dehydrogenase  28.41 
 
 		 298 aa  85.5  0.000000000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0361  shikimate 5-dehydrogenase  28.41 
 
 		 298 aa  85.5  0.000000000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.746823 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_06560  shikimate 5-dehydrogenase  27.17 
 
 		 291 aa  84  0.000000000000003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2976  shikimate dehydrogenase  28.74 
 
 		 280 aa  83.6  0.000000000000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4468  shikimate 5-dehydrogenase  32.54 
 
 		 273 aa  83.2  0.000000000000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.334714  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2016  shikimate 5-dehydrogenase  32.56 
 
 		 283 aa  83.6  0.000000000000004  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>