More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputW619_2153 on replicon NC_010501
Organism: Pseudomonas putida W619



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010501  PputW619_2153  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  100 
 
 		 269 aa  538  9.999999999999999e-153  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.778065 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3217  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  79.18 
 
 		 269 aa  433  1e-120  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2608  shikimate dehydrogenase family protein  76.58 
 
 		 269 aa  422  1e-117  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0159253 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3117  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  76.58 
 
 		 269 aa  397  9.999999999999999e-111  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20210  shikimate 5-dehydrogenase  67.66 
 
 		 290 aa  366  1e-100  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0879  shikimate dehydrogenase  57.58 
 
 		 281 aa  267  1e-70  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.955974  normal  0.327323 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2294  shikimate dehydrogenase  44.27 
 
 		 288 aa  208  6e-53  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4100  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  38.4 
 
 		 277 aa  180  2.9999999999999997e-44  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.231752  normal  0.0287781 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7085  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  38.82 
 
 		 276 aa  179  4e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.876756  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5945  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  39.22 
 
 		 276 aa  178  1e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.039138 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4664  shikimate dehydrogenase  39.23 
 
 		 268 aa  162  4.0000000000000004e-39  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6263  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  35.98 
 
 		 279 aa  162  7e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.00180016  normal  0.468093 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2895  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  42.97 
 
 		 273 aa  159  5e-38  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0579203  hitchhiker  0.000304187 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4412  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  36.12 
 
 		 277 aa  154  1e-36  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.855071  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0575  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  38.87 
 
 		 271 aa  154  1e-36  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4302  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  36.12 
 
 		 277 aa  154  1e-36  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.261659  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6410  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  35.66 
 
 		 277 aa  154  2e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.639273  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0340  shikimate dehydrogenase family protein  38.78 
 
 		 272 aa  153  2.9999999999999998e-36  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3972  shikimate dehydrogenase  36.5 
 
 		 269 aa  152  5e-36  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2425  shikimate dehydrogenase  41.3 
 
 		 265 aa  151  1e-35  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.084211 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4437  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  35.66 
 
 		 277 aa  151  1e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.553792  normal  0.62875 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1561  shikimate dehydrogenase  37.64 
 
 		 277 aa  149  3e-35  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0353213  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5029  shikimate dehydrogenase  36.5 
 
 		 277 aa  149  4e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0397  shikimate dehydrogenase family protein  38.4 
 
 		 272 aa  149  5e-35  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7088  shikimate dehydrogenase  40.89 
 
 		 268 aa  149  5e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.847734 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6097  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  41.6 
 
 		 280 aa  148  9e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.00430016  normal  0.376579 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2703  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  43.08 
 
 		 268 aa  147  1.0000000000000001e-34  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0813959  normal  0.368485 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6063  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  39.54 
 
 		 282 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0849637 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8643  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  39.16 
 
 		 277 aa  144  1e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3325  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  38.78 
 
 		 277 aa  144  2e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1274  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  38.02 
 
 		 270 aa  140  3e-32  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00561367 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1616  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  35.71 
 
 		 277 aa  139  4.999999999999999e-32  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.221158  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3753  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  35.5 
 
 		 264 aa  139  4.999999999999999e-32  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.341199  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0034  shikimate dehydrogenase family protein  35.25 
 
 		 261 aa  136  3.0000000000000003e-31  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2706  shikimate dehydrogenase  38.13 
 
 		 264 aa  134  9.999999999999999e-31  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.14445  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1663  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  39.02 
 
 		 291 aa  134  1.9999999999999998e-30  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.486216 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0031  shikimate dehydrogenase family protein  34.87 
 
 		 261 aa  133  3.9999999999999996e-30  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.105922  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4495  shikimate dehydrogenase  36.12 
 
 		 277 aa  132  5e-30  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.39658 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0419  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  35.74 
 
 		 278 aa  131  1.0000000000000001e-29  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3685  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  35.96 
 
 		 297 aa  131  1.0000000000000001e-29  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3329  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  32.71 
 
 		 307 aa  130  2.0000000000000002e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0854  shikimate dehydrogenase  31.03 
 
 		 298 aa  129  3e-29  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0433  shikimate dehydrogenase  36.6 
 
 		 273 aa  128  1.0000000000000001e-28  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1437  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  37.4 
 
 		 271 aa  128  1.0000000000000001e-28  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.563675 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12500  shikimate 5-dehydrogenase  34.94 
 
 		 292 aa  125  5e-28  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5661  Shikimate/quinate 5-dehydrogenase  34.87 
 
 		 293 aa  125  7e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.33462  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0663  shikimate 5-dehydrogenase  30.58 
 
 		 294 aa  125  8.000000000000001e-28  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5799  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  34.73 
 
 		 278 aa  125  9e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0333  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  38.93 
 
 		 269 aa  124  1e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.259796  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5792  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  35.5 
 
 		 278 aa  124  2e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2860  shikimate 5-dehydrogenase  30.86 
 
 		 276 aa  123  4e-27  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.928598  normal  0.516476 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4665  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  34.87 
 
 		 276 aa  122  5e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0524  shikimate 5-dehydrogenase  32.57 
 
 		 290 aa  119  7.999999999999999e-26  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6119  shikimate 5-dehydrogenase  37.74 
 
 		 293 aa  118  9.999999999999999e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.288801 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2671  shikimate 5-dehydrogenase  32.13 
 
 		 279 aa  117  1.9999999999999998e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.134722  normal  0.358722 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2895  shikimate 5-dehydrogenase  32.13 
 
 		 279 aa  117  1.9999999999999998e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0777149  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1630  shikimate 5-dehydrogenase  36.78 
 
 		 290 aa  115  6e-25  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1234  shikimate 5-dehydrogenase  31.73 
 
 		 279 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1829  shikimate 5-dehydrogenase  35.06 
 
 		 282 aa  112  5e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.037769 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1649  shikimate dehydrogenase  34.09 
 
 		 303 aa  112  6e-24  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.264941  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3450  shikimate 5-dehydrogenase  30.08 
 
 		 278 aa  110  2.0000000000000002e-23  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3384  shikimate 5-dehydrogenase  33.09 
 
 		 292 aa  110  3e-23  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.442523 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0196  shikimate 5-dehydrogenase  30.86 
 
 		 278 aa  109  4.0000000000000004e-23  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2683  shikimate 5-dehydrogenase  35.09 
 
 		 289 aa  109  4.0000000000000004e-23  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.905975  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0361  shikimate 5-dehydrogenase  33.46 
 
 		 275 aa  109  4.0000000000000004e-23  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0156033  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05960  shikimate 5-dehydrogenase  27.64 
 
 		 289 aa  107  1e-22  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_06560  shikimate 5-dehydrogenase  31.84 
 
 		 291 aa  107  1e-22  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3613  shikimate 5-dehydrogenase  37.28 
 
 		 283 aa  108  1e-22  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2596  shikimate 5-dehydrogenase  36.02 
 
 		 290 aa  107  1e-22  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0656  shikimate 5-dehydrogenase  35.36 
 
 		 297 aa  107  2e-22  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.323596  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_18961  shikimate 5-dehydrogenase  24.9 
 
 		 285 aa  107  2e-22  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3572  shikimate 5-dehydrogenase  33.07 
 
 		 284 aa  106  3e-22  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.162128  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1392  shikimate dehydrogenase  35.09 
 
 		 286 aa  105  5e-22  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.975798 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1163  shikimate 5-dehydrogenase  29.08 
 
 		 269 aa  105  6e-22  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.33376  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3713  shikimate 5-dehydrogenase  34.5 
 
 		 272 aa  105  7e-22  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00019377  normal  0.0271258 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1303  shikimate 5-dehydrogenase  27.91 
 
 		 279 aa  105  8e-22  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00894856  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1490  shikimate 5-dehydrogenase  35.74 
 
 		 286 aa  105  9e-22  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0290047  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1278  shikimate 5-dehydrogenase  31.85 
 
 		 263 aa  105  1e-21  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.62401  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1847  shikimate dehydrogenase  35.45 
 
 		 325 aa  105  1e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.127242  normal  0.110669 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1688  shikimate 5-dehydrogenase  29.32 
 
 		 268 aa  105  1e-21  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.8714  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1653  shikimate 5-dehydrogenase  29.32 
 
 		 268 aa  105  1e-21  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4185  shikimate 5-dehydrogenase  29.76 
 
 		 277 aa  103  2e-21  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.263341  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2761  shikimate 5-dehydrogenase  35.45 
 
 		 276 aa  104  2e-21  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0783  shikimate 5-dehydrogenase  28.85 
 
 		 277 aa  103  2e-21  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000231913  hitchhiker  0.0000496147 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1362  shikimate dehydrogenase  36.6 
 
 		 284 aa  104  2e-21  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.758988  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4415  shikimate 5-dehydrogenase  28.46 
 
 		 277 aa  103  4e-21  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4070  shikimate 5-dehydrogenase  28.46 
 
 		 277 aa  103  4e-21  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000710125  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2458  shikimate 5-dehydrogenase  30.04 
 
 		 277 aa  103  4e-21  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000134489  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4467  shikimate 5-dehydrogenase  28.46 
 
 		 277 aa  103  4e-21  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00323757  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2150  shikimate 5-dehydrogenase-like oxidoreductase  32.44 
 
 		 283 aa  102  5e-21  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.411469  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3705  shikimate 5-dehydrogenase  35.02 
 
 		 272 aa  102  6e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.000798071  normal  0.028022 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4356  shikimate 5-dehydrogenase  28.46 
 
 		 277 aa  102  6e-21  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.110727 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4454  shikimate 5-dehydrogenase  28.85 
 
 		 277 aa  102  7e-21  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.809096  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03132  dehydroshikimate reductase, NAD(P)-binding  32.22 
 
 		 272 aa  102  8e-21  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.000370296  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0432  shikimate 5-dehydrogenase  32.22 
 
 		 272 aa  102  8e-21  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000304625  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3666  shikimate 5-dehydrogenase  32.22 
 
 		 272 aa  102  8e-21  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000246161  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4232  shikimate 5-dehydrogenase  28.46 
 
 		 277 aa  102  8e-21  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3475  shikimate 5-dehydrogenase  32.22 
 
 		 272 aa  102  8e-21  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000134858  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0432  shikimate 5-dehydrogenase  32.22 
 
 		 272 aa  102  8e-21  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000194925  hitchhiker  0.00828747 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03083  hypothetical protein  32.22 
 
 		 272 aa  102  8e-21  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.000786117  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>