More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rsph17025_2671 on replicon NC_009428
Organism: Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009428  Rsph17025_2671  shikimate 5-dehydrogenase  100 
 
 		 279 aa  564  1e-160  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.134722  normal  0.358722 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1234  shikimate 5-dehydrogenase  92.83 
 
 		 279 aa  526  1e-148  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2895  shikimate 5-dehydrogenase  92.81 
 
 		 279 aa  526  1e-148  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0777149  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2813  shikimate 5-dehydrogenase  72.69 
 
 		 282 aa  382  1e-105  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.668736 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2860  shikimate 5-dehydrogenase  66.06 
 
 		 276 aa  379  1e-104  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.928598  normal  0.516476 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3450  shikimate 5-dehydrogenase  62.95 
 
 		 278 aa  351  7e-96  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0196  shikimate 5-dehydrogenase  59.93 
 
 		 278 aa  342  2.9999999999999997e-93  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3613  shikimate 5-dehydrogenase  54.58 
 
 		 283 aa  258  6e-68  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1829  shikimate 5-dehydrogenase  48.31 
 
 		 282 aa  245  6e-64  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.037769 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0004  shikimate 5-dehydrogenase  50.18 
 
 		 286 aa  244  1.9999999999999999e-63  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3572  shikimate 5-dehydrogenase  47.6 
 
 		 284 aa  244  1.9999999999999999e-63  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.162128  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR2069  shikimate 5-dehydrogenase  48.15 
 
 		 284 aa  243  3e-63  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1989  shikimate 5-dehydrogenase  48.51 
 
 		 289 aa  241  7.999999999999999e-63  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0851  shikimate 5-dehydrogenase  47.78 
 
 		 292 aa  236  4e-61  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3480  shikimate 5-dehydrogenase  48.7 
 
 		 279 aa  235  5.0000000000000005e-61  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3211  shikimate 5-dehydrogenase  48.71 
 
 		 286 aa  234  9e-61  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3937  shikimate 5-dehydrogenase  48.35 
 
 		 285 aa  233  3e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.538125  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4263  shikimate 5-dehydrogenase  48.72 
 
 		 285 aa  229  4e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.43866  normal  0.585644 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4803  shikimate 5-dehydrogenase  49.81 
 
 		 278 aa  228  7e-59  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.742777  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1109  shikimate 5-dehydrogenase  49.46 
 
 		 285 aa  228  8e-59  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1275  shikimate 5-dehydrogenase  48.61 
 
 		 290 aa  227  1e-58  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3919  shikimate 5-dehydrogenase  48.89 
 
 		 283 aa  226  2e-58  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2537  shikimate 5-dehydrogenase  47.97 
 
 		 280 aa  226  4e-58  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0006  shikimate 5-dehydrogenase  43.82 
 
 		 291 aa  226  5.0000000000000005e-58  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.0000629471  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1302  shikimate 5-dehydrogenase  49.44 
 
 		 280 aa  223  2e-57  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.516899 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1809  shikimate dehydrogenase  47.58 
 
 		 280 aa  221  9e-57  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2977  shikimate/quinate 5-dehydrogenase  47.58 
 
 		 279 aa  220  1.9999999999999999e-56  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.188578  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2761  shikimate 5-dehydrogenase  51.08 
 
 		 276 aa  219  3.9999999999999997e-56  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1489  shikimate 5-dehydrogenase  48.33 
 
 		 278 aa  219  5e-56  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.06753 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1767  shikimate 5-dehydrogenase  47.97 
 
 		 288 aa  218  1e-55  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.393552  normal  0.147032 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1489  shikimate 5-dehydrogenase  47.6 
 
 		 278 aa  218  1e-55  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.130432  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3384  shikimate 5-dehydrogenase  47.23 
 
 		 292 aa  215  5e-55  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.442523 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1035  shikimate 5-dehydrogenase  48.2 
 
 		 287 aa  212  7e-54  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.32318  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1254  shikimate 5-dehydrogenase  49.08 
 
 		 278 aa  210  2e-53  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4285  shikimate 5-dehydrogenase  47.99 
 
 		 282 aa  207  1e-52  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0105341 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4117  shikimate 5-dehydrogenase  46.72 
 
 		 277 aa  196  3e-49  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.363839  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2840  shikimate 5-dehydrogenase  43.26 
 
 		 274 aa  181  1e-44  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0530402 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2976  shikimate dehydrogenase  38.75 
 
 		 280 aa  172  5.999999999999999e-42  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_5013  shikimate 5-dehydrogenase  44.07 
 
 		 285 aa  168  1e-40  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2830  shikimate dehydrogenase  40.91 
 
 		 289 aa  163  3e-39  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0523448 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2848  shikimate 5-dehydrogenase  41.67 
 
 		 301 aa  163  3e-39  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0923  shikimate dehydrogenase  39.47 
 
 		 280 aa  162  5.0000000000000005e-39  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3564  shikimate dehydrogenase  41.29 
 
 		 279 aa  159  6e-38  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.490647  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0182  shikimate 5-dehydrogenase  39.08 
 
 		 298 aa  158  9e-38  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0361  shikimate 5-dehydrogenase  39.08 
 
 		 298 aa  158  9e-38  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.746823 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0148  shikimate 5-dehydrogenase  40.23 
 
 		 297 aa  156  4e-37  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0450  shikimate 5-dehydrogenase  34.2 
 
 		 278 aa  156  4e-37  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0121036  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2467  shikimate 5-dehydrogenase  38.79 
 
 		 288 aa  155  7e-37  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.502359  hitchhiker  0.0000000000141391 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2596  shikimate 5-dehydrogenase  39.64 
 
 		 290 aa  154  1e-36  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0690  shikimate 5-dehydrogenase  35.21 
 
 		 288 aa  154  2e-36  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0524  shikimate 5-dehydrogenase  33.57 
 
 		 290 aa  153  2e-36  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0854  shikimate dehydrogenase  31.97 
 
 		 298 aa  153  2.9999999999999998e-36  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4185  shikimate 5-dehydrogenase  34.34 
 
 		 277 aa  152  7e-36  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.263341  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4467  shikimate 5-dehydrogenase  33.71 
 
 		 277 aa  150  2e-35  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00323757  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1503  shikimate 5-dehydrogenase  35.4 
 
 		 284 aa  150  2e-35  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1630  shikimate 5-dehydrogenase  39.24 
 
 		 290 aa  149  4e-35  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0663  shikimate 5-dehydrogenase  31.75 
 
 		 294 aa  149  5e-35  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1962  shikimate 5-dehydrogenase  37.89 
 
 		 315 aa  148  8e-35  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1163  shikimate 5-dehydrogenase  31.91 
 
 		 269 aa  148  9e-35  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.33376  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1719  shikimate 5-dehydrogenase  32.84 
 
 		 279 aa  147  1.0000000000000001e-34  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.049913  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3856  shikimate 5-dehydrogenase  37.16 
 
 		 281 aa  147  1.0000000000000001e-34  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.824661  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03620  Shikimate/quinate 5-dehydrogenase  36.67 
 
 		 283 aa  148  1.0000000000000001e-34  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0590963  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1154  shikimate 5-dehydrogenase  35.82 
 
 		 298 aa  148  1.0000000000000001e-34  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4415  shikimate 5-dehydrogenase  33.33 
 
 		 277 aa  147  2.0000000000000003e-34  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3106  shikimate 5-dehydrogenase  35.07 
 
 		 289 aa  147  2.0000000000000003e-34  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.828808 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3060  shikimate 5-dehydrogenase  32.58 
 
 		 277 aa  147  2.0000000000000003e-34  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.445957  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0656  shikimate 5-dehydrogenase  39.07 
 
 		 297 aa  146  3e-34  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.323596  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4080  shikimate 5-dehydrogenase  33.33 
 
 		 277 aa  147  3e-34  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0183  shikimate 5-dehydrogenase  32.59 
 
 		 280 aa  147  3e-34  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1653  shikimate 5-dehydrogenase  32.71 
 
 		 268 aa  146  4.0000000000000006e-34  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1688  shikimate 5-dehydrogenase  32.71 
 
 		 268 aa  146  4.0000000000000006e-34  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.8714  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2458  shikimate 5-dehydrogenase  32.7 
 
 		 277 aa  145  7.0000000000000006e-34  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000134489  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05960  shikimate 5-dehydrogenase  33.95 
 
 		 289 aa  144  1e-33  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0743  shikimate 5-dehydrogenase  31.72 
 
 		 280 aa  144  1e-33  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.738673  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4070  shikimate 5-dehydrogenase  33.46 
 
 		 277 aa  144  2e-33  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000710125  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4561  shikimate 5-dehydrogenase  32.95 
 
 		 308 aa  144  2e-33  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.120804  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4356  shikimate 5-dehydrogenase  32.95 
 
 		 277 aa  144  2e-33  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.110727 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2746  shikimate 5-dehydrogenase  35.42 
 
 		 288 aa  144  2e-33  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0290691  normal  0.306598 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2187  shikimate 5-dehydrogenase  32.98 
 
 		 301 aa  144  2e-33  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.134368 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4232  shikimate 5-dehydrogenase  32.95 
 
 		 277 aa  143  3e-33  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_18961  shikimate 5-dehydrogenase  31.09 
 
 		 286 aa  143  3e-33  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0689  shikimate 5-dehydrogenase  33.33 
 
 		 285 aa  143  3e-33  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4454  shikimate 5-dehydrogenase  33.83 
 
 		 277 aa  142  5e-33  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.809096  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0040  shikimate 5-dehydrogenase  34.85 
 
 		 271 aa  142  6e-33  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0102694  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0115  shikimate dehydrogenase  40.7 
 
 		 290 aa  142  7e-33  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6119  shikimate 5-dehydrogenase  38.58 
 
 		 293 aa  142  7e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.288801 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1054  shikimate 5-dehydrogenase  32.82 
 
 		 275 aa  142  8e-33  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_19151  shikimate 5-dehydrogenase  32.1 
 
 		 286 aa  141  9.999999999999999e-33  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_06560  shikimate 5-dehydrogenase  35.09 
 
 		 291 aa  141  9.999999999999999e-33  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2736  shikimate 5-dehydrogenase  34.29 
 
 		 298 aa  141  9.999999999999999e-33  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.302287  normal  0.994524 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4753  shikimate 5-dehydrogenase  37.84 
 
 		 285 aa  141  9.999999999999999e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.236468  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0022  shikimate dehydrogenase  34.73 
 
 		 286 aa  141  9.999999999999999e-33  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.301777  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0108  shikimate 5-dehydrogenase  34.64 
 
 		 289 aa  140  1.9999999999999998e-32  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1184  shikimate 5-dehydrogenase  33.07 
 
 		 273 aa  140  1.9999999999999998e-32  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.504249  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0783  shikimate 5-dehydrogenase  33.96 
 
 		 277 aa  140  1.9999999999999998e-32  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000231913  hitchhiker  0.0000496147 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4417  shikimate 5-dehydrogenase  34.05 
 
 		 288 aa  140  3e-32  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4481  shikimate 5-dehydrogenase  34.05 
 
 		 288 aa  140  3e-32  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.148819 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2281  shikimate 5-dehydrogenase  36.33 
 
 		 282 aa  140  3e-32  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.010499 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3037  shikimate 5-dehydrogenase  42.54 
 
 		 265 aa  140  3e-32  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.314744  normal  0.137134 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_21871  shikimate 5-dehydrogenase  32.5 
 
 		 311 aa  140  3e-32  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>