More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A3613 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007643  Rru_A3613  shikimate 5-dehydrogenase  100 
 
 
283 aa  549  1e-155  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2671  shikimate 5-dehydrogenase  54.58 
 
 
279 aa  286  2.9999999999999996e-76  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.134722  normal  0.358722 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2895  shikimate 5-dehydrogenase  54.58 
 
 
279 aa  284  1.0000000000000001e-75  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0777149  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0196  shikimate 5-dehydrogenase  53.85 
 
 
278 aa  283  2.0000000000000002e-75  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1234  shikimate 5-dehydrogenase  54.58 
 
 
279 aa  281  6.000000000000001e-75  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2860  shikimate 5-dehydrogenase  49.29 
 
 
276 aa  278  5e-74  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.928598  normal  0.516476 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2813  shikimate 5-dehydrogenase  56.88 
 
 
282 aa  277  1e-73  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.668736 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3450  shikimate 5-dehydrogenase  53.9 
 
 
278 aa  265  5e-70  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2761  shikimate 5-dehydrogenase  57.35 
 
 
276 aa  255  5e-67  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1767  shikimate 5-dehydrogenase  55.8 
 
 
288 aa  245  6.999999999999999e-64  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.393552  normal  0.147032 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1489  shikimate 5-dehydrogenase  55.8 
 
 
278 aa  245  6.999999999999999e-64  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.130432  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3572  shikimate 5-dehydrogenase  51.67 
 
 
284 aa  241  9e-63  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.162128  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1254  shikimate 5-dehydrogenase  56.57 
 
 
278 aa  238  1e-61  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3384  shikimate 5-dehydrogenase  52.88 
 
 
292 aa  234  9e-61  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.442523 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1989  shikimate 5-dehydrogenase  48.75 
 
 
289 aa  232  7.000000000000001e-60  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1489  shikimate 5-dehydrogenase  54.91 
 
 
278 aa  232  7.000000000000001e-60  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.06753 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3919  shikimate 5-dehydrogenase  52.14 
 
 
283 aa  231  1e-59  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0851  shikimate 5-dehydrogenase  47.84 
 
 
292 aa  230  2e-59  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1109  shikimate 5-dehydrogenase  52.17 
 
 
285 aa  228  6e-59  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4803  shikimate 5-dehydrogenase  52.36 
 
 
278 aa  228  8e-59  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.742777  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3480  shikimate 5-dehydrogenase  49.63 
 
 
279 aa  228  9e-59  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2069  shikimate 5-dehydrogenase  48.39 
 
 
284 aa  227  1e-58  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1275  shikimate 5-dehydrogenase  52.13 
 
 
290 aa  227  1e-58  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1302  shikimate 5-dehydrogenase  52.94 
 
 
280 aa  225  8e-58  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.516899 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2537  shikimate 5-dehydrogenase  50.75 
 
 
280 aa  224  1e-57  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2977  shikimate/quinate 5-dehydrogenase  49.47 
 
 
279 aa  224  1e-57  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.188578  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1829  shikimate 5-dehydrogenase  49.25 
 
 
282 aa  223  2e-57  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.037769 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1035  shikimate 5-dehydrogenase  54.68 
 
 
287 aa  220  1.9999999999999999e-56  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.32318  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4285  shikimate 5-dehydrogenase  55.43 
 
 
282 aa  216  4e-55  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0105341 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4263  shikimate 5-dehydrogenase  47.64 
 
 
285 aa  214  9e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.43866  normal  0.585644 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3211  shikimate 5-dehydrogenase  45.62 
 
 
286 aa  214  9e-55  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3937  shikimate 5-dehydrogenase  46.35 
 
 
285 aa  213  2.9999999999999995e-54  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.538125  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0004  shikimate 5-dehydrogenase  46.35 
 
 
286 aa  213  2.9999999999999995e-54  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1809  shikimate dehydrogenase  47.48 
 
 
280 aa  209  5e-53  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0006  shikimate 5-dehydrogenase  41.61 
 
 
291 aa  199  3.9999999999999996e-50  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.0000629471  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0361  shikimate 5-dehydrogenase  46.79 
 
 
298 aa  196  5.000000000000001e-49  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.746823 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0182  shikimate 5-dehydrogenase  46.79 
 
 
298 aa  196  5.000000000000001e-49  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4117  shikimate 5-dehydrogenase  48.75 
 
 
277 aa  194  1e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.363839  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0022  shikimate dehydrogenase  40.15 
 
 
286 aa  186  3e-46  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.301777  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1303  shikimate 5-dehydrogenase  38.66 
 
 
279 aa  186  5e-46  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00894856  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1503  shikimate 5-dehydrogenase  37.31 
 
 
284 aa  182  4.0000000000000006e-45  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2830  shikimate dehydrogenase  45.99 
 
 
289 aa  180  2e-44  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0523448 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1630  shikimate 5-dehydrogenase  45.29 
 
 
290 aa  180  2e-44  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2596  shikimate 5-dehydrogenase  45.36 
 
 
290 aa  177  1e-43  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4481  shikimate 5-dehydrogenase  39.44 
 
 
288 aa  175  7e-43  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.148819 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4417  shikimate 5-dehydrogenase  39.44 
 
 
288 aa  175  7e-43  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0690  shikimate 5-dehydrogenase  37.73 
 
 
288 aa  172  5.999999999999999e-42  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2458  shikimate 5-dehydrogenase  37.59 
 
 
277 aa  172  6.999999999999999e-42  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000134489  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1154  shikimate 5-dehydrogenase  38.46 
 
 
298 aa  171  1e-41  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0450  shikimate 5-dehydrogenase  32.75 
 
 
278 aa  170  2e-41  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0121036  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0183  shikimate 5-dehydrogenase  34.29 
 
 
280 aa  169  3e-41  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3106  shikimate 5-dehydrogenase  37.85 
 
 
289 aa  169  5e-41  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.828808 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4185  shikimate 5-dehydrogenase  35.69 
 
 
277 aa  169  5e-41  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.263341  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0854  shikimate dehydrogenase  33.92 
 
 
298 aa  169  7e-41  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1054  shikimate 5-dehydrogenase  34.94 
 
 
275 aa  168  9e-41  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4070  shikimate 5-dehydrogenase  35.38 
 
 
277 aa  167  2e-40  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000710125  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3564  shikimate dehydrogenase  40.91 
 
 
279 aa  167  2e-40  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.490647  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4561  shikimate 5-dehydrogenase  36.06 
 
 
308 aa  167  2e-40  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.120804  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2683  shikimate 5-dehydrogenase  40.59 
 
 
289 aa  167  2e-40  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.905975  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4356  shikimate 5-dehydrogenase  35.38 
 
 
277 aa  167  2e-40  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.110727 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4232  shikimate 5-dehydrogenase  35.38 
 
 
277 aa  166  2.9999999999999998e-40  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4080  shikimate 5-dehydrogenase  35.69 
 
 
277 aa  166  2.9999999999999998e-40  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1719  shikimate 5-dehydrogenase  34.51 
 
 
279 aa  166  4e-40  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.049913  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2467  shikimate 5-dehydrogenase  38.3 
 
 
288 aa  165  5.9999999999999996e-40  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.502359  hitchhiker  0.0000000000141391 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2736  shikimate 5-dehydrogenase  38.06 
 
 
298 aa  165  8e-40  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.302287  normal  0.994524 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4454  shikimate 5-dehydrogenase  36.06 
 
 
277 aa  164  1.0000000000000001e-39  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.809096  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0783  shikimate 5-dehydrogenase  36.06 
 
 
277 aa  164  1.0000000000000001e-39  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000231913  hitchhiker  0.0000496147 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4467  shikimate 5-dehydrogenase  35.69 
 
 
277 aa  164  2.0000000000000002e-39  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00323757  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4415  shikimate 5-dehydrogenase  35.69 
 
 
277 aa  163  2.0000000000000002e-39  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0923  shikimate dehydrogenase  40.44 
 
 
280 aa  164  2.0000000000000002e-39  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3060  shikimate 5-dehydrogenase  35.66 
 
 
277 aa  163  3e-39  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.445957  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0148  shikimate 5-dehydrogenase  43.07 
 
 
297 aa  162  5.0000000000000005e-39  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2840  shikimate 5-dehydrogenase  43.75 
 
 
274 aa  162  6e-39  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.0530402 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0663  shikimate 5-dehydrogenase  32.35 
 
 
294 aa  161  1e-38  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2187  shikimate 5-dehydrogenase  34.59 
 
 
301 aa  161  1e-38  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.134368 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0689  shikimate 5-dehydrogenase  35.42 
 
 
285 aa  161  1e-38  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1018  shikimate 5-dehydrogenase  39.13 
 
 
291 aa  160  2e-38  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1392  shikimate dehydrogenase  42.7 
 
 
286 aa  159  4e-38  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.975798 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2848  shikimate 5-dehydrogenase  42.22 
 
 
301 aa  159  6e-38  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2976  shikimate dehydrogenase  37.5 
 
 
280 aa  158  9e-38  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1653  shikimate 5-dehydrogenase  32.35 
 
 
268 aa  158  1e-37  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1688  shikimate 5-dehydrogenase  32.35 
 
 
268 aa  158  1e-37  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.8714  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0321  shikimate 5-dehydrogenase  38.93 
 
 
273 aa  157  2e-37  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000166732  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_5013  shikimate 5-dehydrogenase  41.28 
 
 
285 aa  157  2e-37  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0693  shikimate 5-dehydrogenase  34.09 
 
 
271 aa  157  2e-37  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0110194  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0693  shikimate 5-dehydrogenase  33.58 
 
 
271 aa  157  2e-37  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.324204  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0622  shikimate 5-dehydrogenase  38.93 
 
 
273 aa  157  2e-37  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000000482333  normal  0.0381897 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3877  shikimate 5-dehydrogenase  38.93 
 
 
273 aa  157  2e-37  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000561624  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1168  shikimate dehydrogenase  37.93 
 
 
274 aa  157  3e-37  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  decreased coverage  0.00990538  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1163  shikimate 5-dehydrogenase  32.35 
 
 
269 aa  156  4e-37  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.33376  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0993  shikimate 5-dehydrogenase  40.89 
 
 
276 aa  155  5.0000000000000005e-37  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0743  shikimate 5-dehydrogenase  33.09 
 
 
280 aa  155  7e-37  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.738673  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0361  shikimate 5-dehydrogenase  37.78 
 
 
275 aa  154  2e-36  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0156033  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0550  shikimate 5-dehydrogenase  33.33 
 
 
273 aa  153  2.9999999999999998e-36  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.950076 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2746  shikimate 5-dehydrogenase  38.05 
 
 
288 aa  152  5.9999999999999996e-36  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0290691  normal  0.306598 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1184  shikimate 5-dehydrogenase  30.36 
 
 
273 aa  152  7e-36  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.504249  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05960  shikimate 5-dehydrogenase  34.17 
 
 
289 aa  151  1e-35  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0524  shikimate 5-dehydrogenase  35.51 
 
 
290 aa  150  3e-35  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0656  shikimate 5-dehydrogenase  41.92 
 
 
297 aa  148  1.0000000000000001e-34  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.323596  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2150  shikimate 5-dehydrogenase-like oxidoreductase  38.97 
 
 
283 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.411469  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>