More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_6119 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_6119  shikimate 5-dehydrogenase  100 
 
 		 293 aa  579  1e-164  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.288801 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4753  shikimate 5-dehydrogenase  63.08 
 
 		 285 aa  310  2e-83  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.236468  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0120  shikimate 5-dehydrogenase  62.17 
 
 		 296 aa  306  3e-82  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.115547  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2132  shikimate 5-dehydrogenase  45.26 
 
 		 284 aa  196  6e-49  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.123171  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4903  shikimate 5-dehydrogenase  44.36 
 
 		 284 aa  192  4e-48  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0329  shikimate 5-dehydrogenase  46.15 
 
 		 278 aa  192  6e-48  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.24235  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4569  shikimate 5-dehydrogenase  44.93 
 
 		 304 aa  191  2e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.988976  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03020  shikimate 5-dehydrogenase  45.82 
 
 		 284 aa  187  2e-46  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000201937 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1912  shikimate 5-dehydrogenase  43.96 
 
 		 282 aa  186  3e-46  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.820542  normal  0.253219 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2348  shikimate 5-dehydrogenase, putative  44.32 
 
 		 284 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.43472  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2040  shikimate 5-dehydrogenase  43.17 
 
 		 282 aa  182  5.0000000000000004e-45  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.842464 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2406  shikimate 5-dehydrogenase  42.45 
 
 		 282 aa  181  2e-44  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38080  shikimate 5-dehydrogenase  45.1 
 
 		 284 aa  181  2e-44  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.797056  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0483  shikimate 5-dehydrogenase  46.1 
 
 		 284 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4664  shikimate 5-dehydrogenase  42.65 
 
 		 284 aa  179  5.999999999999999e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.589898  normal  0.583924 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1897  shikimate 5-dehydrogenase  46.1 
 
 		 284 aa  179  7e-44  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3289  shikimate 5-dehydrogenase  42.45 
 
 		 282 aa  179  7e-44  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.618073 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0580  shikimate 5-dehydrogenase  46.1 
 
 		 284 aa  177  1e-43  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0850  shikimate 5-dehydrogenase  46.1 
 
 		 284 aa  177  2e-43  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0893  shikimate 5-dehydrogenase  46.1 
 
 		 284 aa  177  2e-43  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.171328  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2208  shikimate 5-dehydrogenase  46.1 
 
 		 284 aa  177  2e-43  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1754  shikimate 5-dehydrogenase  46.1 
 
 		 284 aa  177  2e-43  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.198827  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2057  shikimate 5-dehydrogenase  46.07 
 
 		 284 aa  176  4e-43  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0884  shikimate 5-dehydrogenase  43.68 
 
 		 296 aa  175  7e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3465  shikimate 5-dehydrogenase  40.36 
 
 		 286 aa  174  1.9999999999999998e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.259749  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2247  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  44.36 
 
 		 292 aa  174  1.9999999999999998e-42  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.261853  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5454  shikimate 5-dehydrogenase  43.7 
 
 		 289 aa  173  2.9999999999999996e-42  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.558316  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0118  shikimate 5-dehydrogenase  43.7 
 
 		 291 aa  172  5e-42  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.758312  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4454  shikimate 5-dehydrogenase  38.15 
 
 		 277 aa  169  6e-41  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.809096  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4070  shikimate 5-dehydrogenase  39.34 
 
 		 277 aa  168  9e-41  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000710125  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4561  shikimate 5-dehydrogenase  38.6 
 
 		 308 aa  168  9e-41  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.120804  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4356  shikimate 5-dehydrogenase  38.6 
 
 		 277 aa  168  1e-40  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.110727 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4415  shikimate 5-dehydrogenase  37.78 
 
 		 277 aa  167  2e-40  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4232  shikimate 5-dehydrogenase  38.6 
 
 		 277 aa  167  2e-40  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4185  shikimate 5-dehydrogenase  39.49 
 
 		 277 aa  167  2e-40  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.263341  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_4080  shikimate 5-dehydrogenase  40.86 
 
 		 293 aa  167  2.9999999999999998e-40  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4080  shikimate 5-dehydrogenase  37.87 
 
 		 277 aa  166  4e-40  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4467  shikimate 5-dehydrogenase  37.41 
 
 		 277 aa  166  5.9999999999999996e-40  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00323757  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0524  shikimate 5-dehydrogenase  34.72 
 
 		 290 aa  165  6.9999999999999995e-40  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4965  shikimate 5-dehydrogenase  41.73 
 
 		 284 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0261415 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0783  shikimate 5-dehydrogenase  37.78 
 
 		 277 aa  164  1.0000000000000001e-39  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000231913  hitchhiker  0.0000496147 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5192  shikimate 5-dehydrogenase  41.73 
 
 		 284 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.746305 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2374  shikimate 5-dehydrogenase  42.65 
 
 		 289 aa  164  1.0000000000000001e-39  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3064  shikimate 5-dehydrogenase  41.73 
 
 		 284 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5303  shikimate 5-dehydrogenase  41.73 
 
 		 284 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0352079 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5094  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain-containing protein  39.86 
 
 		 310 aa  164  2.0000000000000002e-39  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0348844 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3420  shikimate 5-dehydrogenase  41.7 
 
 		 289 aa  163  3e-39  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0516943  normal  0.167185 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2458  shikimate 5-dehydrogenase  37.08 
 
 		 277 aa  160  2e-38  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000134489  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5698  shikimate 5-dehydrogenase  39.71 
 
 		 299 aa  160  3e-38  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.341043  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3856  shikimate 5-dehydrogenase  40.86 
 
 		 293 aa  160  3e-38  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1590  shikimate 5-dehydrogenase  42.65 
 
 		 276 aa  159  6e-38  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.494855  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0293  shikimate dehydrogenase  40.39 
 
 		 288 aa  159  6e-38  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0345  shikimate 5-dehydrogenase  40.82 
 
 		 284 aa  159  8e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.916967  normal  0.720007 
 
 
-
 
NC_003296  RSp1398  shikimate 5-dehydrogenase  44.16 
 
 		 315 aa  157  2e-37  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.000150041  normal  0.643629 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3060  shikimate 5-dehydrogenase  37.13 
 
 		 277 aa  157  2e-37  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.445957  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5913  shikimate 5-dehydrogenase  46.72 
 
 		 304 aa  157  2e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.705052  decreased coverage  0.00175054 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0108  shikimate 5-dehydrogenase  35.19 
 
 		 289 aa  155  6e-37  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3919  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  37.4 
 
 		 289 aa  153  2.9999999999999998e-36  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.509677  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0854  shikimate dehydrogenase  33.45 
 
 		 298 aa  152  5e-36  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4426  shikimate 5-dehydrogenase  38.65 
 
 		 289 aa  150  2e-35  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0183  shikimate 5-dehydrogenase  31.23 
 
 		 280 aa  150  2e-35  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0663  shikimate 5-dehydrogenase  33.33 
 
 		 294 aa  149  5e-35  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0708  shikimate dehydrogenase  36.12 
 
 		 295 aa  147  1.0000000000000001e-34  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1503  shikimate 5-dehydrogenase  34.88 
 
 		 284 aa  147  2.0000000000000003e-34  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0465  shikimate 5-dehydrogenase  38.55 
 
 		 286 aa  146  4.0000000000000006e-34  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1719  shikimate 5-dehydrogenase  31.23 
 
 		 279 aa  145  6e-34  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.049913  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0923  shikimate dehydrogenase  37.96 
 
 		 280 aa  145  7.0000000000000006e-34  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05960  shikimate 5-dehydrogenase  35.32 
 
 		 289 aa  144  1e-33  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2895  shikimate 5-dehydrogenase  38.95 
 
 		 279 aa  144  2e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0777149  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0993  shikimate 5-dehydrogenase  39.62 
 
 		 276 aa  144  2e-33  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2860  shikimate 5-dehydrogenase  35.45 
 
 		 276 aa  143  4e-33  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.928598  normal  0.516476 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1774  shikimate 5-dehydrogenase  35.9 
 
 		 293 aa  142  6e-33  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2671  shikimate 5-dehydrogenase  38.58 
 
 		 279 aa  142  8e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.134722  normal  0.358722 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1234  shikimate 5-dehydrogenase  38.58 
 
 		 279 aa  141  9.999999999999999e-33  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0743  shikimate 5-dehydrogenase  29.89 
 
 		 280 aa  141  9.999999999999999e-33  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.738673  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_408  shikimate 5-dehydrogenase  37.16 
 
 		 286 aa  140  1.9999999999999998e-32  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0450  shikimate 5-dehydrogenase  30.94 
 
 		 278 aa  140  1.9999999999999998e-32  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0121036  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0550  shikimate 5-dehydrogenase  32.58 
 
 		 273 aa  139  4.999999999999999e-32  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.950076 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0442  shikimate 5-dehydrogenase  35.63 
 
 		 286 aa  137  2e-31  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.437298  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0689  shikimate 5-dehydrogenase  33.81 
 
 		 285 aa  137  2e-31  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1797  shikimate 5-dehydrogenase  35.81 
 
 		 295 aa  136  3.0000000000000003e-31  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.910555  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1018  shikimate 5-dehydrogenase  36.3 
 
 		 291 aa  136  3.0000000000000003e-31  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1163  shikimate 5-dehydrogenase  30 
 
 		 269 aa  136  4e-31  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.33376  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1345  quinate/shikimate 5-dehydrogenase  36.16 
 
 		 287 aa  135  6.0000000000000005e-31  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.786263  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3450  shikimate 5-dehydrogenase  36.57 
 
 		 278 aa  135  7.000000000000001e-31  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1671  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  34.63 
 
 		 244 aa  135  8e-31  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3109  shikimate 5-dehydrogenase  37.88 
 
 		 286 aa  135  8e-31  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1688  shikimate 5-dehydrogenase  29.66 
 
 		 268 aa  135  9e-31  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.8714  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1653  shikimate 5-dehydrogenase  29.66 
 
 		 268 aa  135  9e-31  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2746  shikimate 5-dehydrogenase  37.02 
 
 		 288 aa  135  9.999999999999999e-31  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0290691  normal  0.306598 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2150  shikimate 5-dehydrogenase-like oxidoreductase  38.79 
 
 		 283 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.411469  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1303  shikimate 5-dehydrogenase  30.36 
 
 		 279 aa  133  3e-30  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00894856  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2226  shikimate 5-dehydrogenase  39.03 
 
 		 269 aa  132  6.999999999999999e-30  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.584439  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1819  shikimate 5-dehydrogenase  39.48 
 
 		 271 aa  132  6.999999999999999e-30  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.302994  normal  0.244145 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2066  shikimate 5-dehydrogenase  35.54 
 
 		 283 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0148  shikimate 5-dehydrogenase  36.24 
 
 		 297 aa  131  2.0000000000000002e-29  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1680  shikimate 5-dehydrogenase  32.97 
 
 		 292 aa  129  9.000000000000001e-29  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.00934148  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2356  shikimate 5-dehydrogenase  28.15 
 
 		 283 aa  128  9.000000000000001e-29  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  4.49241e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1654  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  33.83 
 
 		 290 aa  127  2.0000000000000002e-28  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.910773  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0656  shikimate 5-dehydrogenase  38.57 
 
 		 297 aa  127  2.0000000000000002e-28  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.323596  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>