More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dvul_2848 on replicon NC_008751
Organism: Desulfovibrio vulgaris DP4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008751  Dvul_2848  shikimate 5-dehydrogenase  100 
 
 		 301 aa  604  9.999999999999999e-173  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1962  shikimate 5-dehydrogenase  64.38 
 
 		 315 aa  350  2e-95  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3564  shikimate dehydrogenase  56.83 
 
 		 279 aa  291  1e-77  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.490647  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0088  shikimate 5-dehydrogenase  50.96 
 
 		 271 aa  246  4e-64  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2359  shikimate 5-dehydrogenase  47.19 
 
 		 277 aa  240  2.9999999999999997e-62  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2724  shikimate 5-dehydrogenase  51.52 
 
 		 270 aa  234  2.0000000000000002e-60  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2192  shikimate 5-dehydrogenase  46.47 
 
 		 277 aa  222  6e-57  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2096  shikimate 5-dehydrogenase  49.64 
 
 		 308 aa  203  3e-51  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1302  shikimate 5-dehydrogenase  45.49 
 
 		 280 aa  182  4.0000000000000006e-45  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.516899 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2977  shikimate/quinate 5-dehydrogenase  44.61 
 
 		 279 aa  182  7e-45  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.188578  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1503  shikimate 5-dehydrogenase  36.43 
 
 		 284 aa  181  1e-44  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1054  shikimate 5-dehydrogenase  35.21 
 
 		 275 aa  181  1e-44  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1109  shikimate 5-dehydrogenase  43.65 
 
 		 285 aa  175  9e-43  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_21871  shikimate 5-dehydrogenase  33.33 
 
 		 311 aa  174  1.9999999999999998e-42  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2860  shikimate 5-dehydrogenase  42.75 
 
 		 276 aa  172  5e-42  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.928598  normal  0.516476 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1989  shikimate 5-dehydrogenase  43.48 
 
 		 289 aa  172  5.999999999999999e-42  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0550  shikimate 5-dehydrogenase  32.46 
 
 		 273 aa  170  2e-41  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.950076 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3919  shikimate 5-dehydrogenase  42.44 
 
 		 283 aa  171  2e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0148  shikimate 5-dehydrogenase  42.05 
 
 		 297 aa  170  3e-41  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4454  shikimate 5-dehydrogenase  35.13 
 
 		 277 aa  168  8e-41  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.809096  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1314  shikimate 5-dehydrogenase  32.62 
 
 		 311 aa  167  1e-40  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0783  shikimate 5-dehydrogenase  35.71 
 
 		 277 aa  168  1e-40  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000231913  hitchhiker  0.0000496147 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0524  shikimate 5-dehydrogenase  36.14 
 
 		 290 aa  168  1e-40  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2069  shikimate 5-dehydrogenase  42.69 
 
 		 284 aa  167  2e-40  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4803  shikimate 5-dehydrogenase  42.31 
 
 		 278 aa  167  2e-40  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.742777  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4415  shikimate 5-dehydrogenase  34.06 
 
 		 277 aa  167  2.9999999999999998e-40  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3060  shikimate 5-dehydrogenase  34.42 
 
 		 277 aa  166  2.9999999999999998e-40  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.445957  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3106  shikimate 5-dehydrogenase  36.4 
 
 		 289 aa  167  2.9999999999999998e-40  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.828808 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0693  shikimate 5-dehydrogenase  33.83 
 
 		 271 aa  166  2.9999999999999998e-40  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0110194  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2150  shikimate 5-dehydrogenase-like oxidoreductase  39.79 
 
 		 283 aa  166  5e-40  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.411469  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2458  shikimate 5-dehydrogenase  36.36 
 
 		 277 aa  166  5e-40  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000134489  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4080  shikimate 5-dehydrogenase  34.06 
 
 		 277 aa  165  6.9999999999999995e-40  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1184  shikimate 5-dehydrogenase  34.26 
 
 		 273 aa  165  9e-40  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.504249  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4070  shikimate 5-dehydrogenase  34.17 
 
 		 277 aa  164  1.0000000000000001e-39  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000710125  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4467  shikimate 5-dehydrogenase  33.7 
 
 		 277 aa  165  1.0000000000000001e-39  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00323757  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4356  shikimate 5-dehydrogenase  34.06 
 
 		 277 aa  164  1.0000000000000001e-39  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.110727 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4232  shikimate 5-dehydrogenase  34.06 
 
 		 277 aa  164  2.0000000000000002e-39  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0693  shikimate 5-dehydrogenase  33.46 
 
 		 271 aa  164  2.0000000000000002e-39  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.324204  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2671  shikimate 5-dehydrogenase  41.67 
 
 		 279 aa  163  4.0000000000000004e-39  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.134722  normal  0.358722 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0851  shikimate 5-dehydrogenase  41.5 
 
 		 292 aa  162  5.0000000000000005e-39  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_19151  shikimate 5-dehydrogenase  32.45 
 
 		 286 aa  162  7e-39  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4561  shikimate 5-dehydrogenase  33.82 
 
 		 308 aa  162  7e-39  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.120804  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_18961  shikimate 5-dehydrogenase  32.08 
 
 		 286 aa  161  1e-38  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0663  shikimate 5-dehydrogenase  31.43 
 
 		 294 aa  160  2e-38  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1809  shikimate dehydrogenase  42.52 
 
 		 280 aa  160  3e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1489  shikimate 5-dehydrogenase  45.56 
 
 		 278 aa  160  3e-38  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.06753 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1154  shikimate 5-dehydrogenase  35.89 
 
 		 298 aa  160  4e-38  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2895  shikimate 5-dehydrogenase  41.83 
 
 		 279 aa  159  4e-38  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0777149  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1798  shikimate 5-dehydrogenase  32.83 
 
 		 286 aa  159  4e-38  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4185  shikimate 5-dehydrogenase  32.25 
 
 		 277 aa  159  5e-38  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.263341  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0656  shikimate 5-dehydrogenase  41.34 
 
 		 297 aa  159  6e-38  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.323596  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1234  shikimate 5-dehydrogenase  41.83 
 
 		 279 aa  158  8e-38  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4117  shikimate 5-dehydrogenase  43.65 
 
 		 277 aa  157  2e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.363839  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1767  shikimate 5-dehydrogenase  44.4 
 
 		 288 aa  157  2e-37  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.393552  normal  0.147032 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2467  shikimate 5-dehydrogenase  38.52 
 
 		 288 aa  157  3e-37  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.502359  hitchhiker  0.0000000000141391 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2187  shikimate 5-dehydrogenase  34.01 
 
 		 301 aa  156  4e-37  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.134368 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2761  shikimate 5-dehydrogenase  44.92 
 
 		 276 aa  155  1e-36  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0182  shikimate 5-dehydrogenase  41.47 
 
 		 298 aa  154  2e-36  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1163  shikimate 5-dehydrogenase  31.32 
 
 		 269 aa  154  2e-36  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.33376  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1630  shikimate 5-dehydrogenase  41.24 
 
 		 290 aa  154  2e-36  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_18961  shikimate 5-dehydrogenase  31.46 
 
 		 285 aa  154  2e-36  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0361  shikimate 5-dehydrogenase  41.47 
 
 		 298 aa  154  2e-36  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.746823 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0108  shikimate 5-dehydrogenase  32.37 
 
 		 289 aa  154  2e-36  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1489  shikimate 5-dehydrogenase  44.02 
 
 		 278 aa  152  5e-36  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.130432  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2596  shikimate 5-dehydrogenase  41.48 
 
 		 290 aa  152  5.9999999999999996e-36  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1889  shikimate 5-dehydrogenase  34.63 
 
 		 288 aa  152  8e-36  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3211  shikimate 5-dehydrogenase  39.15 
 
 		 286 aa  151  1e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_18411  shikimate / quinate 5-dehydrogenase  32.86 
 
 		 300 aa  150  2e-35  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  0.611208 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4285  shikimate 5-dehydrogenase  43.94 
 
 		 282 aa  150  2e-35  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0105341 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4110  3-dehydroquinate dehydratase / shikimate dehydrogenase  35.82 
 
 		 613 aa  150  2e-35  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.471518  normal  0.833222 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1829  shikimate 5-dehydrogenase  39.61 
 
 		 282 aa  150  2e-35  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.037769 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0183  shikimate 5-dehydrogenase  33.2 
 
 		 280 aa  151  2e-35  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0004  shikimate 5-dehydrogenase  38.28 
 
 		 286 aa  150  3e-35  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2675  shikimate 5-dehydrogenase  36.88 
 
 		 289 aa  148  1.0000000000000001e-34  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0923  shikimate dehydrogenase  34.15 
 
 		 280 aa  147  2.0000000000000003e-34  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3384  shikimate 5-dehydrogenase  41 
 
 		 292 aa  147  2.0000000000000003e-34  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.442523 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0854  shikimate dehydrogenase  30.66 
 
 		 298 aa  147  2.0000000000000003e-34  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3480  shikimate 5-dehydrogenase  39.53 
 
 		 279 aa  147  3e-34  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1921  shikimate 5-dehydrogenase  32.35 
 
 		 286 aa  147  3e-34  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  unclonable  0.0000576763  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4263  shikimate 5-dehydrogenase  38.52 
 
 		 285 aa  145  6e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.43866  normal  0.585644 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3937  shikimate 5-dehydrogenase  37.35 
 
 		 285 aa  145  7.0000000000000006e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.538125  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4417  shikimate 5-dehydrogenase  35.23 
 
 		 288 aa  145  1e-33  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4481  shikimate 5-dehydrogenase  35.23 
 
 		 288 aa  145  1e-33  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.148819 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0993  shikimate 5-dehydrogenase  36.13 
 
 		 276 aa  144  1e-33  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0690  shikimate 5-dehydrogenase  32.27 
 
 		 288 aa  144  2e-33  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0450  shikimate 5-dehydrogenase  32.43 
 
 		 278 aa  144  2e-33  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0121036  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3572  shikimate 5-dehydrogenase  36.72 
 
 		 284 aa  144  2e-33  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.162128  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1385  quinate/shikimate dehydrogenase  33.45 
 
 		 289 aa  143  5e-33  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.859901  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2537  shikimate 5-dehydrogenase  39.37 
 
 		 280 aa  142  5e-33  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3613  shikimate 5-dehydrogenase  42.22 
 
 		 283 aa  142  5e-33  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_30051  shikimate 5-dehydrogenase  33.68 
 
 		 322 aa  142  6e-33  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.355106 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1719  shikimate 5-dehydrogenase  32.33 
 
 		 279 aa  142  7e-33  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.049913  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0196  shikimate 5-dehydrogenase  40.08 
 
 		 278 aa  141  9.999999999999999e-33  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05960  shikimate 5-dehydrogenase  31.97 
 
 		 289 aa  141  9.999999999999999e-33  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1271  shikimate 5-dehydrogenase  40.47 
 
 		 360 aa  141  9.999999999999999e-33  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.945829  normal  0.49023 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1275  shikimate 5-dehydrogenase  42.8 
 
 		 290 aa  141  9.999999999999999e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0689  shikimate 5-dehydrogenase  31.48 
 
 		 285 aa  141  9.999999999999999e-33  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_408  shikimate 5-dehydrogenase  34.81 
 
 		 286 aa  142  9.999999999999999e-33  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0006  shikimate 5-dehydrogenase  35.58 
 
 		 291 aa  141  1.9999999999999998e-32  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.0000629471  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3907  shikimate dehydrogenase  38.93 
 
 		 274 aa  140  3e-32  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>