More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPR_0693 on replicon NC_008262
Organism: Clostridium perfringens SM101



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008262  CPR_0693  shikimate 5-dehydrogenase  100 
 
 		 271 aa  544  1e-154  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.324204  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0693  shikimate 5-dehydrogenase  96.68 
 
 		 271 aa  528  1e-149  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0110194  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2373  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  40.52 
 
 		 271 aa  202  6e-51  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1503  shikimate 5-dehydrogenase  41.97 
 
 		 284 aa  198  9e-50  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0183  shikimate 5-dehydrogenase  42.21 
 
 		 280 aa  179  2.9999999999999997e-44  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0450  shikimate 5-dehydrogenase  39.55 
 
 		 278 aa  176  4e-43  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0121036  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2458  shikimate 5-dehydrogenase  39.42 
 
 		 277 aa  174  9.999999999999999e-43  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000134489  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4467  shikimate 5-dehydrogenase  40.47 
 
 		 277 aa  173  2.9999999999999996e-42  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00323757  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4454  shikimate 5-dehydrogenase  39.15 
 
 		 277 aa  171  9e-42  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.809096  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05960  shikimate 5-dehydrogenase  37.74 
 
 		 289 aa  171  1e-41  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4070  shikimate 5-dehydrogenase  39.3 
 
 		 277 aa  170  2e-41  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000710125  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0783  shikimate 5-dehydrogenase  39.15 
 
 		 277 aa  171  2e-41  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000231913  hitchhiker  0.0000496147 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4356  shikimate 5-dehydrogenase  39.3 
 
 		 277 aa  169  3e-41  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.110727 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0854  shikimate dehydrogenase  38.13 
 
 		 298 aa  169  5e-41  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4415  shikimate 5-dehydrogenase  39.3 
 
 		 277 aa  168  8e-41  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4080  shikimate 5-dehydrogenase  39.3 
 
 		 277 aa  168  9e-41  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1719  shikimate 5-dehydrogenase  40.46 
 
 		 279 aa  167  2e-40  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.049913  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4232  shikimate 5-dehydrogenase  38.91 
 
 		 277 aa  167  2e-40  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4185  shikimate 5-dehydrogenase  37.74 
 
 		 277 aa  167  2e-40  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.263341  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4561  shikimate 5-dehydrogenase  37.32 
 
 		 308 aa  167  2e-40  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.120804  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3060  shikimate 5-dehydrogenase  38.06 
 
 		 277 aa  166  5e-40  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.445957  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0923  shikimate dehydrogenase  37.5 
 
 		 280 aa  165  5.9999999999999996e-40  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2848  shikimate 5-dehydrogenase  33.46 
 
 		 301 aa  164  1.0000000000000001e-39  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0743  shikimate 5-dehydrogenase  39.42 
 
 		 280 aa  163  3e-39  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.738673  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0550  shikimate 5-dehydrogenase  37.69 
 
 		 273 aa  161  8.000000000000001e-39  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.950076 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0690  shikimate 5-dehydrogenase  35.38 
 
 		 288 aa  159  6e-38  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1962  shikimate 5-dehydrogenase  32.74 
 
 		 315 aa  158  7e-38  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0253  shikimate 5-dehydrogenase  40.22 
 
 		 284 aa  158  1e-37  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.624987  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0148  shikimate 5-dehydrogenase  34.38 
 
 		 297 aa  157  2e-37  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_408  shikimate 5-dehydrogenase  34.87 
 
 		 286 aa  156  3e-37  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1774  shikimate 5-dehydrogenase  35.71 
 
 		 293 aa  156  3e-37  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0442  shikimate 5-dehydrogenase  33.97 
 
 		 286 aa  155  5.0000000000000005e-37  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.437298  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0524  shikimate 5-dehydrogenase  35.85 
 
 		 290 aa  154  1e-36  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1889  shikimate 5-dehydrogenase  38.7 
 
 		 288 aa  151  8.999999999999999e-36  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1163  shikimate 5-dehydrogenase  36.4 
 
 		 269 aa  151  1e-35  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.33376  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0993  shikimate 5-dehydrogenase  38.28 
 
 		 276 aa  150  2e-35  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1054  shikimate 5-dehydrogenase  38.13 
 
 		 275 aa  150  2e-35  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0465  shikimate 5-dehydrogenase  34.87 
 
 		 286 aa  149  3e-35  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2467  shikimate 5-dehydrogenase  32.69 
 
 		 288 aa  150  3e-35  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.502359  hitchhiker  0.0000000000141391 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2525  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  36.33 
 
 		 256 aa  149  5e-35  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.721385  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0361  shikimate 5-dehydrogenase  34.66 
 
 		 298 aa  148  7e-35  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.746823 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0182  shikimate 5-dehydrogenase  34.66 
 
 		 298 aa  148  7e-35  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3564  shikimate dehydrogenase  33.07 
 
 		 279 aa  147  1.0000000000000001e-34  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.490647  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1303  shikimate 5-dehydrogenase  37.69 
 
 		 279 aa  147  2.0000000000000003e-34  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00894856  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3106  shikimate 5-dehydrogenase  34.44 
 
 		 289 aa  144  1e-33  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.828808 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4481  shikimate 5-dehydrogenase  34.56 
 
 		 288 aa  144  1e-33  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.148819 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0663  shikimate 5-dehydrogenase  31.84 
 
 		 294 aa  145  1e-33  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4417  shikimate 5-dehydrogenase  34.56 
 
 		 288 aa  144  1e-33  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1154  shikimate 5-dehydrogenase  35.74 
 
 		 298 aa  144  2e-33  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0022  shikimate dehydrogenase  34.23 
 
 		 286 aa  143  2e-33  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.301777  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0851  shikimate 5-dehydrogenase  35.93 
 
 		 292 aa  143  3e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2736  shikimate 5-dehydrogenase  31.8 
 
 		 298 aa  143  3e-33  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.302287  normal  0.994524 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3613  shikimate 5-dehydrogenase  34.35 
 
 		 283 aa  143  3e-33  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0689  shikimate 5-dehydrogenase  31.54 
 
 		 285 aa  143  3e-33  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2016  shikimate 5-dehydrogenase  34.5 
 
 		 283 aa  143  4e-33  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2226  shikimate 5-dehydrogenase  37.4 
 
 		 269 aa  142  5e-33  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.584439  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1989  shikimate 5-dehydrogenase  35.36 
 
 		 289 aa  141  9.999999999999999e-33  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2187  shikimate 5-dehydrogenase  34.4 
 
 		 301 aa  140  1.9999999999999998e-32  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.134368 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1688  shikimate 5-dehydrogenase  35.21 
 
 		 268 aa  140  1.9999999999999998e-32  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.8714  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1653  shikimate 5-dehydrogenase  35.21 
 
 		 268 aa  140  1.9999999999999998e-32  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2724  shikimate 5-dehydrogenase  32.96 
 
 		 270 aa  140  3e-32  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1797  shikimate 5-dehydrogenase  32.22 
 
 		 295 aa  139  3.9999999999999997e-32  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.910555  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2746  shikimate 5-dehydrogenase  36.12 
 
 		 288 aa  139  4.999999999999999e-32  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0290691  normal  0.306598 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_30051  shikimate 5-dehydrogenase  29.5 
 
 		 322 aa  138  7.999999999999999e-32  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.355106 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1345  quinate/shikimate 5-dehydrogenase  30.71 
 
 		 287 aa  137  1e-31  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.786263  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0006  shikimate dehydrogenase  36.92 
 
 		 246 aa  137  1e-31  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.171843  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0708  shikimate dehydrogenase  32.59 
 
 		 295 aa  137  2e-31  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1018  shikimate 5-dehydrogenase  34.43 
 
 		 291 aa  137  3.0000000000000003e-31  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_18961  shikimate 5-dehydrogenase  34.21 
 
 		 285 aa  137  3.0000000000000003e-31  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1184  shikimate 5-dehydrogenase  34.26 
 
 		 273 aa  136  3.0000000000000003e-31  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.504249  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0030  shikimate 5-dehydrogenase  35.8 
 
 		 275 aa  136  4e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_06730  shikimate 5-dehydrogenase  36.61 
 
 		 244 aa  136  4e-31  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2860  shikimate 5-dehydrogenase  33.08 
 
 		 276 aa  136  4e-31  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.928598  normal  0.516476 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_18411  shikimate / quinate 5-dehydrogenase  31.48 
 
 		 300 aa  136  4e-31  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  0.611208 
 
 
-
 
NC_004310  BR2069  shikimate 5-dehydrogenase  34.44 
 
 		 284 aa  135  6.0000000000000005e-31  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0483  shikimate 5-dehydrogenase  31.71 
 
 		 296 aa  135  6.0000000000000005e-31  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2895  shikimate 5-dehydrogenase  32.1 
 
 		 279 aa  135  7.000000000000001e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0777149  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2671  shikimate 5-dehydrogenase  31.73 
 
 		 279 aa  135  8e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.134722  normal  0.358722 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0656  shikimate 5-dehydrogenase  28.42 
 
 		 297 aa  135  8e-31  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.323596  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1819  shikimate 5-dehydrogenase  35.83 
 
 		 271 aa  135  9e-31  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.302994  normal  0.244145 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1385  quinate/shikimate dehydrogenase  32.71 
 
 		 289 aa  134  9.999999999999999e-31  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.859901  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0120  shikimate 5-dehydrogenase  32.32 
 
 		 296 aa  134  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.115547  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1234  shikimate 5-dehydrogenase  31.73 
 
 		 279 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1558  shikimate dehydrogenase  34.8 
 
 		 295 aa  134  1.9999999999999998e-30  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.523819 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2830  shikimate dehydrogenase  34.18 
 
 		 289 aa  134  1.9999999999999998e-30  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0523448 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2359  shikimate 5-dehydrogenase  31.05 
 
 		 277 aa  133  1.9999999999999998e-30  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1654  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  31.23 
 
 		 290 aa  133  3e-30  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.910773  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0088  shikimate 5-dehydrogenase  31.4 
 
 		 271 aa  133  3e-30  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2596  shikimate 5-dehydrogenase  33.69 
 
 		 290 aa  132  3.9999999999999996e-30  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3109  shikimate 5-dehydrogenase  33.21 
 
 		 286 aa  132  3.9999999999999996e-30  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2150  shikimate 5-dehydrogenase-like oxidoreductase  35.36 
 
 		 283 aa  132  5e-30  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.411469  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1671  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  34.51 
 
 		 244 aa  132  5e-30  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0660  shikimate kinase  35.69 
 
 		 436 aa  132  6e-30  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.737166  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1109  shikimate 5-dehydrogenase  35.29 
 
 		 285 aa  132  6e-30  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0229  shikimate 5-dehydrogenase  34.81 
 
 		 262 aa  132  6.999999999999999e-30  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2066  shikimate 5-dehydrogenase  32.49 
 
 		 283 aa  132  6.999999999999999e-30  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3450  shikimate 5-dehydrogenase  32.33 
 
 		 278 aa  132  6.999999999999999e-30  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1630  shikimate 5-dehydrogenase  35.36 
 
 		 290 aa  131  9e-30  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4321  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  37 
 
 		 257 aa  132  9e-30  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.000245663  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2932  shikimate 5-dehydrogenase  33.2 
 
 		 265 aa  131  1.0000000000000001e-29  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  hitchhiker  0.00976663  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>