More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CHU_0006 on replicon NC_008255
Organism: Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008255  CHU_0006  shikimate dehydrogenase  100 
 
 		 246 aa  509  1e-143  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.171843  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1671  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  54.88 
 
 		 244 aa  280  1e-74  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4321  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  53.78 
 
 		 257 aa  280  2e-74  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.000245663  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0705  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  54.03 
 
 		 247 aa  266  2e-70  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.681902  normal  0.688441 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_2085  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  50 
 
 		 244 aa  261  1e-68  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.434063  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4157  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  52.42 
 
 		 247 aa  253  1.0000000000000001e-66  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000985519 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2589  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  49.59 
 
 		 249 aa  247  1e-64  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.62342  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_06730  shikimate 5-dehydrogenase  47.77 
 
 		 244 aa  244  9.999999999999999e-64  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0978  shikimate 5-dehydrogenase  45.82 
 
 		 249 aa  216  4e-55  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2373  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  38.52 
 
 		 271 aa  156  2e-37  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1889  shikimate 5-dehydrogenase  35.11 
 
 		 288 aa  155  4e-37  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0450  shikimate 5-dehydrogenase  37.16 
 
 		 278 aa  152  7e-36  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0121036  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2525  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  39 
 
 		 256 aa  148  7e-35  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.721385  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05960  shikimate 5-dehydrogenase  36.09 
 
 		 289 aa  143  2e-33  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0183  shikimate 5-dehydrogenase  35.11 
 
 		 280 aa  143  3e-33  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0524  shikimate 5-dehydrogenase  36.02 
 
 		 290 aa  140  9.999999999999999e-33  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1303  shikimate 5-dehydrogenase  34.7 
 
 		 279 aa  140  1.9999999999999998e-32  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00894856  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1018  shikimate 5-dehydrogenase  36.23 
 
 		 291 aa  140  1.9999999999999998e-32  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0693  shikimate 5-dehydrogenase  36.92 
 
 		 271 aa  139  3.9999999999999997e-32  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0110194  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1719  shikimate 5-dehydrogenase  35.09 
 
 		 279 aa  139  4.999999999999999e-32  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.049913  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0148  shikimate 5-dehydrogenase  34.44 
 
 		 297 aa  139  6e-32  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0743  shikimate 5-dehydrogenase  34.72 
 
 		 280 aa  138  8.999999999999999e-32  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.738673  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0693  shikimate 5-dehydrogenase  36.92 
 
 		 271 aa  137  1e-31  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.324204  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1503  shikimate 5-dehydrogenase  36.23 
 
 		 284 aa  137  1e-31  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3106  shikimate 5-dehydrogenase  34.85 
 
 		 289 aa  133  3e-30  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.828808 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1345  quinate/shikimate 5-dehydrogenase  38.03 
 
 		 287 aa  129  3e-29  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.786263  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_408  shikimate 5-dehydrogenase  32.83 
 
 		 286 aa  130  3e-29  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1154  shikimate 5-dehydrogenase  34.07 
 
 		 298 aa  129  3e-29  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3564  shikimate dehydrogenase  33.85 
 
 		 279 aa  125  5e-28  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.490647  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2467  shikimate 5-dehydrogenase  31.8 
 
 		 288 aa  125  9e-28  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.502359  hitchhiker  0.0000000000141391 
 
 
-
 
NC_002936  DET0465  shikimate 5-dehydrogenase  31.32 
 
 		 286 aa  124  1e-27  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0993  shikimate 5-dehydrogenase  32.31 
 
 		 276 aa  124  2e-27  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0253  shikimate 5-dehydrogenase  35.32 
 
 		 284 aa  122  4e-27  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.624987  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2736  shikimate 5-dehydrogenase  32.57 
 
 		 298 aa  122  5e-27  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.302287  normal  0.994524 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1163  shikimate 5-dehydrogenase  31.6 
 
 		 269 aa  122  5e-27  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.33376  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0442  shikimate 5-dehydrogenase  31.32 
 
 		 286 aa  122  6e-27  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.437298  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0923  shikimate dehydrogenase  31.42 
 
 		 280 aa  122  6e-27  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3060  shikimate 5-dehydrogenase  31.2 
 
 		 277 aa  120  1.9999999999999998e-26  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.445957  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4467  shikimate 5-dehydrogenase  30.57 
 
 		 277 aa  120  1.9999999999999998e-26  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00323757  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4415  shikimate 5-dehydrogenase  30.57 
 
 		 277 aa  119  3e-26  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2016  shikimate 5-dehydrogenase  31.54 
 
 		 283 aa  120  3e-26  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_18961  shikimate 5-dehydrogenase  29.48 
 
 		 286 aa  119  3e-26  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2458  shikimate 5-dehydrogenase  31.66 
 
 		 277 aa  120  3e-26  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000134489  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1688  shikimate 5-dehydrogenase  31.64 
 
 		 268 aa  119  3.9999999999999996e-26  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.8714  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1653  shikimate 5-dehydrogenase  31.64 
 
 		 268 aa  119  3.9999999999999996e-26  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0483  shikimate 5-dehydrogenase  31.73 
 
 		 296 aa  118  7e-26  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2746  shikimate 5-dehydrogenase  32.58 
 
 		 288 aa  117  9.999999999999999e-26  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0290691  normal  0.306598 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0550  shikimate 5-dehydrogenase  32.43 
 
 		 273 aa  117  1.9999999999999998e-25  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.950076 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1184  shikimate 5-dehydrogenase  30.28 
 
 		 273 aa  117  1.9999999999999998e-25  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.504249  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1774  shikimate 5-dehydrogenase  33.83 
 
 		 293 aa  116  3.9999999999999997e-25  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_18961  shikimate 5-dehydrogenase  29.96 
 
 		 285 aa  115  3.9999999999999997e-25  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0182  shikimate 5-dehydrogenase  32.18 
 
 		 298 aa  115  5e-25  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4454  shikimate 5-dehydrogenase  29.06 
 
 		 277 aa  115  5e-25  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.809096  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0361  shikimate 5-dehydrogenase  32.18 
 
 		 298 aa  115  5e-25  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.746823 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4356  shikimate 5-dehydrogenase  30.42 
 
 		 277 aa  114  1.0000000000000001e-24  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.110727 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2596  shikimate 5-dehydrogenase  31.84 
 
 		 290 aa  114  1.0000000000000001e-24  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4070  shikimate 5-dehydrogenase  30.42 
 
 		 277 aa  114  1.0000000000000001e-24  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000710125  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4080  shikimate 5-dehydrogenase  30.3 
 
 		 277 aa  114  1.0000000000000001e-24  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4185  shikimate 5-dehydrogenase  29.66 
 
 		 277 aa  114  1.0000000000000001e-24  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.263341  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4561  shikimate 5-dehydrogenase  30.8 
 
 		 308 aa  114  1.0000000000000001e-24  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.120804  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4232  shikimate 5-dehydrogenase  30.94 
 
 		 277 aa  114  2.0000000000000002e-24  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2187  shikimate 5-dehydrogenase  30.58 
 
 		 301 aa  112  4.0000000000000004e-24  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.134368 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1962  shikimate 5-dehydrogenase  32.34 
 
 		 315 aa  112  4.0000000000000004e-24  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_21871  shikimate 5-dehydrogenase  30.08 
 
 		 311 aa  112  4.0000000000000004e-24  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0022  shikimate dehydrogenase  29.39 
 
 		 286 aa  112  5e-24  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.301777  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0854  shikimate dehydrogenase  31.34 
 
 		 298 aa  112  6e-24  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12500  shikimate 5-dehydrogenase  30.8 
 
 		 292 aa  112  8.000000000000001e-24  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0783  shikimate 5-dehydrogenase  29.28 
 
 		 277 aa  111  9e-24  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000231913  hitchhiker  0.0000496147 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0708  shikimate dehydrogenase  31.51 
 
 		 295 aa  111  9e-24  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2830  shikimate dehydrogenase  35.35 
 
 		 289 aa  111  1.0000000000000001e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0523448 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1314  shikimate 5-dehydrogenase  28.95 
 
 		 311 aa  110  1.0000000000000001e-23  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4481  shikimate 5-dehydrogenase  34.09 
 
 		 288 aa  111  1.0000000000000001e-23  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.148819 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4417  shikimate 5-dehydrogenase  34.09 
 
 		 288 aa  111  1.0000000000000001e-23  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1558  shikimate dehydrogenase  35.25 
 
 		 295 aa  110  1.0000000000000001e-23  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.523819 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2304  shikimate 5-dehydrogenase  29.26 
 
 		 289 aa  110  2.0000000000000002e-23  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_19151  shikimate 5-dehydrogenase  28.57 
 
 		 286 aa  110  2.0000000000000002e-23  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1798  shikimate 5-dehydrogenase  29.1 
 
 		 286 aa  110  3e-23  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0663  shikimate 5-dehydrogenase  30.92 
 
 		 294 aa  109  4.0000000000000004e-23  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0690  shikimate 5-dehydrogenase  30.42 
 
 		 288 aa  109  4.0000000000000004e-23  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2860  shikimate 5-dehydrogenase  31.76 
 
 		 276 aa  108  9.000000000000001e-23  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.928598  normal  0.516476 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2150  shikimate 5-dehydrogenase-like oxidoreductase  34.7 
 
 		 283 aa  107  1e-22  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.411469  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1989  shikimate 5-dehydrogenase  35.04 
 
 		 289 aa  107  1e-22  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2671  shikimate 5-dehydrogenase  30.08 
 
 		 279 aa  107  2e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.134722  normal  0.358722 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_30051  shikimate 5-dehydrogenase  28.26 
 
 		 322 aa  105  6e-22  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.355106 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1630  shikimate 5-dehydrogenase  30.6 
 
 		 290 aa  105  7e-22  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2605  shikimate 5-dehydrogenase  30.74 
 
 		 457 aa  105  8e-22  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.776382 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1168  shikimate dehydrogenase  28.9 
 
 		 274 aa  105  8e-22  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  decreased coverage  0.00990538  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0120  shikimate 5-dehydrogenase  31.8 
 
 		 296 aa  105  8e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.115547  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4753  shikimate 5-dehydrogenase  30.53 
 
 		 285 aa  104  1e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.236468  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6119  shikimate 5-dehydrogenase  28.79 
 
 		 293 aa  104  1e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.288801 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2226  shikimate 5-dehydrogenase  32.67 
 
 		 269 aa  104  1e-21  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.584439  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0034  shikimate 5-dehydrogenase  28.46 
 
 		 273 aa  104  1e-21  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000000384966  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3613  shikimate 5-dehydrogenase  29.77 
 
 		 283 aa  103  2e-21  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1590  shikimate 5-dehydrogenase  31.32 
 
 		 276 aa  103  2e-21  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.494855  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2069  shikimate 5-dehydrogenase  34.77 
 
 		 284 aa  103  3e-21  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2848  shikimate 5-dehydrogenase  30.2 
 
 		 301 aa  103  3e-21  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3450  shikimate 5-dehydrogenase  31.27 
 
 		 278 aa  103  3e-21  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2683  shikimate 5-dehydrogenase  33.33 
 
 		 289 aa  103  3e-21  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.905975  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2895  shikimate 5-dehydrogenase  29.84 
 
 		 279 aa  103  3e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0777149  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1921  shikimate 5-dehydrogenase  32.78 
 
 		 286 aa  103  3e-21  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  unclonable  0.0000576763  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>