More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DvMF_1962 on replicon NC_011769
Organism: Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011769  DvMF_1962  shikimate 5-dehydrogenase  100 
 
 		 315 aa  623  1e-177  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2848  shikimate 5-dehydrogenase  64.38 
 
 		 301 aa  350  2e-95  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3564  shikimate dehydrogenase  54.11 
 
 		 279 aa  288  1e-76  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.490647  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0088  shikimate 5-dehydrogenase  47.74 
 
 		 271 aa  234  1.0000000000000001e-60  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2359  shikimate 5-dehydrogenase  45 
 
 		 277 aa  231  1e-59  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2192  shikimate 5-dehydrogenase  46.67 
 
 		 277 aa  226  4e-58  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2096  shikimate 5-dehydrogenase  50.71 
 
 		 308 aa  224  1e-57  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2724  shikimate 5-dehydrogenase  46.13 
 
 		 270 aa  208  8e-53  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3106  shikimate 5-dehydrogenase  37.16 
 
 		 289 aa  186  5e-46  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.828808 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1154  shikimate 5-dehydrogenase  36.27 
 
 		 298 aa  174  1.9999999999999998e-42  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4454  shikimate 5-dehydrogenase  33.9 
 
 		 277 aa  171  2e-41  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.809096  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1503  shikimate 5-dehydrogenase  35.02 
 
 		 284 aa  171  2e-41  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2467  shikimate 5-dehydrogenase  38.57 
 
 		 288 aa  171  2e-41  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.502359  hitchhiker  0.0000000000141391 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2458  shikimate 5-dehydrogenase  36 
 
 		 277 aa  170  2e-41  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000134489  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0524  shikimate 5-dehydrogenase  36.08 
 
 		 290 aa  169  4e-41  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4080  shikimate 5-dehydrogenase  33.22 
 
 		 277 aa  168  9e-41  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4070  shikimate 5-dehydrogenase  33.22 
 
 		 277 aa  168  1e-40  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000710125  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4356  shikimate 5-dehydrogenase  33.22 
 
 		 277 aa  168  1e-40  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.110727 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3060  shikimate 5-dehydrogenase  34.13 
 
 		 277 aa  168  1e-40  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.445957  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4415  shikimate 5-dehydrogenase  32.88 
 
 		 277 aa  167  2e-40  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4232  shikimate 5-dehydrogenase  33.22 
 
 		 277 aa  167  2e-40  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4467  shikimate 5-dehydrogenase  32.88 
 
 		 277 aa  167  2e-40  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00323757  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0783  shikimate 5-dehydrogenase  33.82 
 
 		 277 aa  166  5.9999999999999996e-40  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000231913  hitchhiker  0.0000496147 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4185  shikimate 5-dehydrogenase  32.53 
 
 		 277 aa  166  6.9999999999999995e-40  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.263341  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4561  shikimate 5-dehydrogenase  33.1 
 
 		 308 aa  165  8e-40  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.120804  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2187  shikimate 5-dehydrogenase  36.31 
 
 		 301 aa  164  2.0000000000000002e-39  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.134368 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0183  shikimate 5-dehydrogenase  33.81 
 
 		 280 aa  163  3e-39  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2150  shikimate 5-dehydrogenase-like oxidoreductase  37.98 
 
 		 283 aa  163  3e-39  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.411469  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0148  shikimate 5-dehydrogenase  39.79 
 
 		 297 aa  159  5e-38  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0693  shikimate 5-dehydrogenase  32.72 
 
 		 271 aa  159  7e-38  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0110194  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0693  shikimate 5-dehydrogenase  32.74 
 
 		 271 aa  158  9e-38  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.324204  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1054  shikimate 5-dehydrogenase  32.87 
 
 		 275 aa  158  1e-37  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0690  shikimate 5-dehydrogenase  34.63 
 
 		 288 aa  157  2e-37  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0361  shikimate 5-dehydrogenase  38.08 
 
 		 298 aa  155  1e-36  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.746823 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0182  shikimate 5-dehydrogenase  38.08 
 
 		 298 aa  155  1e-36  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0663  shikimate 5-dehydrogenase  30.38 
 
 		 294 aa  153  2.9999999999999998e-36  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1018  shikimate 5-dehydrogenase  35.52 
 
 		 291 aa  153  4e-36  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0851  shikimate 5-dehydrogenase  37.17 
 
 		 292 aa  152  5e-36  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_18961  shikimate 5-dehydrogenase  31.54 
 
 		 286 aa  152  5.9999999999999996e-36  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1184  shikimate 5-dehydrogenase  31.34 
 
 		 273 aa  152  5.9999999999999996e-36  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.504249  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_30051  shikimate 5-dehydrogenase  35.47 
 
 		 322 aa  152  7e-36  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.355106 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2860  shikimate 5-dehydrogenase  38.99 
 
 		 276 aa  152  8e-36  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.928598  normal  0.516476 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_18411  shikimate / quinate 5-dehydrogenase  32.98 
 
 		 300 aa  152  1e-35  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  0.611208 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1719  shikimate 5-dehydrogenase  31.88 
 
 		 279 aa  151  1e-35  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.049913  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1989  shikimate 5-dehydrogenase  39.41 
 
 		 289 aa  150  2e-35  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2069  shikimate 5-dehydrogenase  39.03 
 
 		 284 aa  150  2e-35  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4417  shikimate 5-dehydrogenase  35.54 
 
 		 288 aa  151  2e-35  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4481  shikimate 5-dehydrogenase  35.54 
 
 		 288 aa  151  2e-35  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.148819 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0993  shikimate 5-dehydrogenase  37.59 
 
 		 276 aa  150  3e-35  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0854  shikimate dehydrogenase  31.85 
 
 		 298 aa  150  3e-35  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_19151  shikimate 5-dehydrogenase  32.97 
 
 		 286 aa  150  4e-35  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2736  shikimate 5-dehydrogenase  35 
 
 		 298 aa  149  6e-35  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.302287  normal  0.994524 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0108  shikimate 5-dehydrogenase  32.75 
 
 		 289 aa  149  6e-35  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1630  shikimate 5-dehydrogenase  38.87 
 
 		 290 aa  149  7e-35  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2671  shikimate 5-dehydrogenase  37.89 
 
 		 279 aa  148  9e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.134722  normal  0.358722 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0483  shikimate 5-dehydrogenase  35.57 
 
 		 296 aa  148  9e-35  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1163  shikimate 5-dehydrogenase  30.93 
 
 		 269 aa  148  1.0000000000000001e-34  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.33376  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1889  shikimate 5-dehydrogenase  33.58 
 
 		 288 aa  148  1.0000000000000001e-34  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_21871  shikimate 5-dehydrogenase  30.38 
 
 		 311 aa  148  1.0000000000000001e-34  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2895  shikimate 5-dehydrogenase  38.91 
 
 		 279 aa  147  2.0000000000000003e-34  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0777149  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1302  shikimate 5-dehydrogenase  39.56 
 
 		 280 aa  146  4.0000000000000006e-34  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.516899 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1314  shikimate 5-dehydrogenase  31.06 
 
 		 311 aa  146  6e-34  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1234  shikimate 5-dehydrogenase  38.55 
 
 		 279 aa  145  8.000000000000001e-34  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0550  shikimate 5-dehydrogenase  29.33 
 
 		 273 aa  144  1e-33  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.950076 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1798  shikimate 5-dehydrogenase  31.18 
 
 		 286 aa  144  1e-33  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2596  shikimate 5-dehydrogenase  38.81 
 
 		 290 aa  145  1e-33  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0450  shikimate 5-dehydrogenase  30.6 
 
 		 278 aa  144  2e-33  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0121036  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4110  3-dehydroquinate dehydratase / shikimate dehydrogenase  34.97 
 
 		 613 aa  144  2e-33  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.471518  normal  0.833222 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2746  shikimate 5-dehydrogenase  34.03 
 
 		 288 aa  144  2e-33  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0290691  normal  0.306598 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_18961  shikimate 5-dehydrogenase  30.25 
 
 		 285 aa  142  6e-33  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0743  shikimate 5-dehydrogenase  31.05 
 
 		 280 aa  142  9e-33  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.738673  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0656  shikimate 5-dehydrogenase  34.77 
 
 		 297 aa  141  9.999999999999999e-33  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.323596  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3937  shikimate 5-dehydrogenase  34.77 
 
 		 285 aa  140  1.9999999999999998e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.538125  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1809  shikimate dehydrogenase  39.78 
 
 		 280 aa  140  1.9999999999999998e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_408  shikimate 5-dehydrogenase  33.8 
 
 		 286 aa  140  1.9999999999999998e-32  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1797  shikimate 5-dehydrogenase  34.46 
 
 		 295 aa  140  3e-32  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.910555  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1109  shikimate 5-dehydrogenase  39.03 
 
 		 285 aa  140  3.9999999999999997e-32  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6806  shikimate 5-dehydrogenase  39.5 
 
 		 282 aa  139  7e-32  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0429993  normal  0.348952 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2977  shikimate/quinate 5-dehydrogenase  38.46 
 
 		 279 aa  139  7.999999999999999e-32  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.188578  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05960  shikimate 5-dehydrogenase  31.32 
 
 		 289 aa  139  8.999999999999999e-32  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4263  shikimate 5-dehydrogenase  35.19 
 
 		 285 aa  138  1e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.43866  normal  0.585644 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0442  shikimate 5-dehydrogenase  32.52 
 
 		 286 aa  138  1e-31  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.437298  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2304  shikimate 5-dehydrogenase  35.12 
 
 		 289 aa  137  2e-31  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3919  shikimate 5-dehydrogenase  38.69 
 
 		 283 aa  137  2e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2830  shikimate dehydrogenase  34.55 
 
 		 289 aa  138  2e-31  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0523448 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0004  shikimate 5-dehydrogenase  35.66 
 
 		 286 aa  136  4e-31  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3211  shikimate 5-dehydrogenase  34.32 
 
 		 286 aa  135  6.0000000000000005e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1654  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  33.45 
 
 		 290 aa  135  7.000000000000001e-31  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.910773  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1345  quinate/shikimate 5-dehydrogenase  32.54 
 
 		 287 aa  135  9.999999999999999e-31  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.786263  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0689  shikimate 5-dehydrogenase  31.69 
 
 		 285 aa  135  9.999999999999999e-31  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2675  shikimate 5-dehydrogenase  35.1 
 
 		 289 aa  134  1.9999999999999998e-30  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1921  shikimate 5-dehydrogenase  31.82 
 
 		 286 aa  134  1.9999999999999998e-30  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  unclonable  0.0000576763  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0022  shikimate dehydrogenase  32.07 
 
 		 286 aa  134  1.9999999999999998e-30  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.301777  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1303  shikimate 5-dehydrogenase  29.45 
 
 		 279 aa  133  3e-30  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00894856  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4803  shikimate 5-dehydrogenase  38.27 
 
 		 278 aa  133  3e-30  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.742777  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0253  shikimate 5-dehydrogenase  28.57 
 
 		 284 aa  133  3.9999999999999996e-30  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.624987  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3613  shikimate 5-dehydrogenase  39.71 
 
 		 283 aa  130  3e-29  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0465  shikimate 5-dehydrogenase  31.58 
 
 		 286 aa  130  4.0000000000000003e-29  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3572  shikimate 5-dehydrogenase  34.44 
 
 		 284 aa  130  4.0000000000000003e-29  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.162128  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0708  shikimate dehydrogenase  31.88 
 
 		 295 aa  129  6e-29  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>