More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Hoch_6806 on replicon NC_013440
Organism: Haliangium ochraceum DSM 14365



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013440  Hoch_6806  shikimate 5-dehydrogenase  100 
 
 		 282 aa  545  1e-154  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0429993  normal  0.348952 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1303  shikimate 5-dehydrogenase  32.53 
 
 		 279 aa  174  9.999999999999999e-43  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00894856  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1018  shikimate 5-dehydrogenase  37.41 
 
 		 291 aa  169  5e-41  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05960  shikimate 5-dehydrogenase  35.38 
 
 		 289 aa  164  1.0000000000000001e-39  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2150  shikimate 5-dehydrogenase-like oxidoreductase  40.35 
 
 		 283 aa  164  1.0000000000000001e-39  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.411469  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2746  shikimate 5-dehydrogenase  37.5 
 
 		 288 aa  164  1.0000000000000001e-39  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0290691  normal  0.306598 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0148  shikimate 5-dehydrogenase  41.58 
 
 		 297 aa  164  2.0000000000000002e-39  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4417  shikimate 5-dehydrogenase  36.11 
 
 		 288 aa  160  3e-38  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1154  shikimate 5-dehydrogenase  36.11 
 
 		 298 aa  160  3e-38  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4481  shikimate 5-dehydrogenase  36.11 
 
 		 288 aa  160  3e-38  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.148819 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0690  shikimate 5-dehydrogenase  35.19 
 
 		 288 aa  160  3e-38  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0022  shikimate dehydrogenase  37.58 
 
 		 286 aa  158  8e-38  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.301777  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0183  shikimate 5-dehydrogenase  31.47 
 
 		 280 aa  157  3e-37  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1719  shikimate 5-dehydrogenase  31.82 
 
 		 279 aa  155  7e-37  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.049913  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1503  shikimate 5-dehydrogenase  36.4 
 
 		 284 aa  154  2e-36  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1564  shikimate 5-dehydrogenase  42.36 
 
 		 283 aa  154  2e-36  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4467  shikimate 5-dehydrogenase  33.46 
 
 		 277 aa  154  2e-36  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00323757  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2016  shikimate 5-dehydrogenase  37.68 
 
 		 283 aa  152  4e-36  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4454  shikimate 5-dehydrogenase  34.57 
 
 		 277 aa  153  4e-36  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.809096  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0465  shikimate 5-dehydrogenase  35.64 
 
 		 286 aa  152  5e-36  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3106  shikimate 5-dehydrogenase  35.05 
 
 		 289 aa  152  5.9999999999999996e-36  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.828808 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4415  shikimate 5-dehydrogenase  33.83 
 
 		 277 aa  151  1e-35  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0108  shikimate 5-dehydrogenase  33.57 
 
 		 289 aa  151  1e-35  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0689  shikimate 5-dehydrogenase  31.51 
 
 		 285 aa  151  1e-35  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4185  shikimate 5-dehydrogenase  34.73 
 
 		 277 aa  151  1e-35  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.263341  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1392  shikimate dehydrogenase  42.61 
 
 		 286 aa  150  2e-35  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.975798 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0783  shikimate 5-dehydrogenase  35.25 
 
 		 277 aa  150  2e-35  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000231913  hitchhiker  0.0000496147 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_18961  shikimate 5-dehydrogenase  28.42 
 
 		 285 aa  150  2e-35  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3060  shikimate 5-dehydrogenase  34.87 
 
 		 277 aa  150  3e-35  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.445957  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1921  shikimate 5-dehydrogenase  33.33 
 
 		 286 aa  150  3e-35  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  unclonable  0.0000576763  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4561  shikimate 5-dehydrogenase  34.1 
 
 		 308 aa  149  4e-35  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.120804  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_408  shikimate 5-dehydrogenase  34.91 
 
 		 286 aa  149  5e-35  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4080  shikimate 5-dehydrogenase  33.72 
 
 		 277 aa  149  6e-35  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4356  shikimate 5-dehydrogenase  34.1 
 
 		 277 aa  149  6e-35  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.110727 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4232  shikimate 5-dehydrogenase  34.1 
 
 		 277 aa  149  7e-35  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2458  shikimate 5-dehydrogenase  32.45 
 
 		 277 aa  149  7e-35  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000134489  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0442  shikimate 5-dehydrogenase  33.82 
 
 		 286 aa  148  8e-35  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.437298  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0854  shikimate dehydrogenase  29.35 
 
 		 298 aa  148  9e-35  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4070  shikimate 5-dehydrogenase  34.1 
 
 		 277 aa  148  1.0000000000000001e-34  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000710125  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_21871  shikimate 5-dehydrogenase  29.97 
 
 		 311 aa  147  2.0000000000000003e-34  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0088  shikimate 5-dehydrogenase  39.05 
 
 		 271 aa  146  3e-34  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3415  shikimate 5-dehydrogenase  41.18 
 
 		 283 aa  145  5e-34  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.17955  normal  1 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_19151  shikimate 5-dehydrogenase  29.07 
 
 		 286 aa  145  8.000000000000001e-34  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2596  shikimate 5-dehydrogenase  39.32 
 
 		 290 aa  145  9e-34  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0550  shikimate 5-dehydrogenase  29.86 
 
 		 273 aa  145  9e-34  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.950076 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2860  shikimate 5-dehydrogenase  37.93 
 
 		 276 aa  144  1e-33  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.928598  normal  0.516476 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1798  shikimate 5-dehydrogenase  30.45 
 
 		 286 aa  144  2e-33  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_18961  shikimate 5-dehydrogenase  30.14 
 
 		 286 aa  143  3e-33  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1558  shikimate dehydrogenase  42.96 
 
 		 295 aa  143  3e-33  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.523819 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0450  shikimate 5-dehydrogenase  29.41 
 
 		 278 aa  143  3e-33  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0121036  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_30051  shikimate 5-dehydrogenase  33.66 
 
 		 322 aa  143  3e-33  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.355106 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0743  shikimate 5-dehydrogenase  29.02 
 
 		 280 aa  143  3e-33  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.738673  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1962  shikimate 5-dehydrogenase  39.5 
 
 		 315 aa  143  4e-33  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2790  shikimate 5-dehydrogenase  39.51 
 
 		 280 aa  143  4e-33  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1630  shikimate 5-dehydrogenase  40.07 
 
 		 290 aa  143  4e-33  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1314  shikimate 5-dehydrogenase  28.62 
 
 		 311 aa  142  5e-33  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03620  Shikimate/quinate 5-dehydrogenase  36.73 
 
 		 283 aa  141  9.999999999999999e-33  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0590963  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2848  shikimate 5-dehydrogenase  38.66 
 
 		 301 aa  141  9.999999999999999e-33  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0923  shikimate dehydrogenase  37.41 
 
 		 280 aa  140  1.9999999999999998e-32  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0656  shikimate 5-dehydrogenase  38.01 
 
 		 297 aa  140  3e-32  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.323596  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2671  shikimate 5-dehydrogenase  38.26 
 
 		 279 aa  139  7e-32  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.134722  normal  0.358722 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2683  shikimate 5-dehydrogenase  38.78 
 
 		 289 aa  139  7e-32  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.905975  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1732  shikimate 5-dehydrogenase  31.25 
 
 		 305 aa  138  8.999999999999999e-32  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.035063 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2736  shikimate 5-dehydrogenase  34.95 
 
 		 298 aa  138  8.999999999999999e-32  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.302287  normal  0.994524 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2187  shikimate 5-dehydrogenase  32.53 
 
 		 301 aa  137  2e-31  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.134368 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0993  shikimate 5-dehydrogenase  34.34 
 
 		 276 aa  137  2e-31  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0253  shikimate 5-dehydrogenase  27.43 
 
 		 284 aa  136  4e-31  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.624987  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0987  shikimate 5-dehydrogenase  42.18 
 
 		 289 aa  136  4e-31  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2895  shikimate 5-dehydrogenase  38.66 
 
 		 279 aa  135  9e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0777149  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1504  quinate/shikimate dehydrogenase  30.48 
 
 		 288 aa  132  5e-30  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0010931 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1184  shikimate 5-dehydrogenase  30.12 
 
 		 273 aa  132  6e-30  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.504249  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2304  shikimate 5-dehydrogenase  33.45 
 
 		 289 aa  132  9e-30  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01661  quinate/shikimate 5-dehydrogenase, NAD(P)-binding  30.24 
 
 		 288 aa  131  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1950  Quinate/shikimate dehydrogenase  30.24 
 
 		 288 aa  131  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.210326  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1908  quinate/shikimate dehydrogenase  29.9 
 
 		 288 aa  131  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1234  shikimate 5-dehydrogenase  37.92 
 
 		 279 aa  131  1.0000000000000001e-29  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1773  quinate/shikimate dehydrogenase  30.24 
 
 		 288 aa  131  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01650  hypothetical protein  30.24 
 
 		 288 aa  131  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2226  shikimate 5-dehydrogenase  37.72 
 
 		 269 aa  131  1.0000000000000001e-29  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.584439  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1895  quinate/shikimate dehydrogenase  30.24 
 
 		 288 aa  131  1.0000000000000001e-29  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1939  quinate/shikimate dehydrogenase  30.24 
 
 		 288 aa  131  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000737953 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0663  shikimate 5-dehydrogenase  28.27 
 
 		 294 aa  130  2.0000000000000002e-29  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3572  shikimate 5-dehydrogenase  35.25 
 
 		 284 aa  130  3e-29  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.162128  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2408  quinate/shikimate dehydrogenase  29.9 
 
 		 288 aa  130  3e-29  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.419065 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1054  shikimate 5-dehydrogenase  31.12 
 
 		 275 aa  129  5.0000000000000004e-29  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2467  shikimate 5-dehydrogenase  36.81 
 
 		 288 aa  129  8.000000000000001e-29  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.502359  hitchhiker  0.0000000000141391 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2675  shikimate 5-dehydrogenase  34.83 
 
 		 289 aa  128  9.000000000000001e-29  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1490  shikimate 5-dehydrogenase  34.83 
 
 		 286 aa  127  1.0000000000000001e-28  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0290047  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1819  shikimate 5-dehydrogenase  41.61 
 
 		 271 aa  128  1.0000000000000001e-28  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.302994  normal  0.244145 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_06560  shikimate 5-dehydrogenase  31.82 
 
 		 291 aa  128  1.0000000000000001e-28  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3450  shikimate 5-dehydrogenase  35.98 
 
 		 278 aa  127  2.0000000000000002e-28  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1345  quinate/shikimate 5-dehydrogenase  32.86 
 
 		 287 aa  127  2.0000000000000002e-28  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.786263  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_18411  shikimate / quinate 5-dehydrogenase  27.34 
 
 		 300 aa  127  2.0000000000000002e-28  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  0.611208 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3564  shikimate dehydrogenase  34.17 
 
 		 279 aa  126  3e-28  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.490647  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1368  shikimate 5-dehydrogenase  40.43 
 
 		 271 aa  126  3e-28  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3109  shikimate 5-dehydrogenase  34.39 
 
 		 286 aa  125  5e-28  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0571  shikimate 5-dehydrogenase  31.14 
 
 		 263 aa  125  6e-28  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0524  shikimate 5-dehydrogenase  29.31 
 
 		 290 aa  125  6e-28  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1385  quinate/shikimate dehydrogenase  29.21 
 
 		 289 aa  125  8.000000000000001e-28  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.859901  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4753  shikimate 5-dehydrogenase  37.91 
 
 		 285 aa  124  1e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.236468  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>