More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DehaBAV1_0442 on replicon NC_009455
Organism: Dehalococcoides sp. BAV1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009455  DehaBAV1_0442  shikimate 5-dehydrogenase  100 
 
 		 286 aa  590  1e-168  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.437298  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_408  shikimate 5-dehydrogenase  91.61 
 
 		 286 aa  548  1e-155  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0465  shikimate 5-dehydrogenase  88.11 
 
 		 286 aa  538  9.999999999999999e-153  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0183  shikimate 5-dehydrogenase  42.38 
 
 		 280 aa  206  2e-52  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1719  shikimate 5-dehydrogenase  40.89 
 
 		 279 aa  197  2.0000000000000003e-49  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.049913  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0108  shikimate 5-dehydrogenase  37.68 
 
 		 289 aa  194  1e-48  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4561  shikimate 5-dehydrogenase  40.93 
 
 		 308 aa  192  6e-48  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.120804  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0743  shikimate 5-dehydrogenase  40.15 
 
 		 280 aa  192  6e-48  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.738673  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0524  shikimate 5-dehydrogenase  38.3 
 
 		 290 aa  192  6e-48  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4185  shikimate 5-dehydrogenase  39.38 
 
 		 277 aa  192  7e-48  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.263341  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0450  shikimate 5-dehydrogenase  41.48 
 
 		 278 aa  192  8e-48  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0121036  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4232  shikimate 5-dehydrogenase  40.93 
 
 		 277 aa  191  9e-48  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1018  shikimate 5-dehydrogenase  41.04 
 
 		 291 aa  191  1e-47  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05960  shikimate 5-dehydrogenase  38.64 
 
 		 289 aa  191  1e-47  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1503  shikimate 5-dehydrogenase  41.47 
 
 		 284 aa  191  1e-47  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1558  shikimate dehydrogenase  41.42 
 
 		 295 aa  190  2e-47  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.523819 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4467  shikimate 5-dehydrogenase  39.85 
 
 		 277 aa  190  2e-47  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00323757  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2356  shikimate 5-dehydrogenase  39.33 
 
 		 283 aa  190  2.9999999999999997e-47  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  4.49241e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4415  shikimate 5-dehydrogenase  39.46 
 
 		 277 aa  189  2.9999999999999997e-47  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4070  shikimate 5-dehydrogenase  40.54 
 
 		 277 aa  190  2.9999999999999997e-47  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000710125  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4080  shikimate 5-dehydrogenase  40.54 
 
 		 277 aa  190  2.9999999999999997e-47  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3060  shikimate 5-dehydrogenase  39.77 
 
 		 277 aa  190  2.9999999999999997e-47  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.445957  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4356  shikimate 5-dehydrogenase  40.54 
 
 		 277 aa  189  2.9999999999999997e-47  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.110727 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0783  shikimate 5-dehydrogenase  40.54 
 
 		 277 aa  189  4e-47  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000231913  hitchhiker  0.0000496147 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1303  shikimate 5-dehydrogenase  40.44 
 
 		 279 aa  189  5.999999999999999e-47  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00894856  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0923  shikimate dehydrogenase  38.13 
 
 		 280 aa  188  8e-47  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0253  shikimate 5-dehydrogenase  39.41 
 
 		 284 aa  187  2e-46  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.624987  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4454  shikimate 5-dehydrogenase  39.46 
 
 		 277 aa  187  2e-46  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.809096  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0656  shikimate 5-dehydrogenase  41.22 
 
 		 297 aa  186  3e-46  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.323596  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2458  shikimate 5-dehydrogenase  40.61 
 
 		 277 aa  186  3e-46  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000134489  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0854  shikimate dehydrogenase  38.02 
 
 		 298 aa  181  1e-44  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2016  shikimate 5-dehydrogenase  36.84 
 
 		 283 aa  181  1e-44  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3109  shikimate 5-dehydrogenase  37.82 
 
 		 286 aa  179  5.999999999999999e-44  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_18411  shikimate / quinate 5-dehydrogenase  35.79 
 
 		 300 aa  177  2e-43  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  0.611208 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2790  shikimate 5-dehydrogenase  39.86 
 
 		 280 aa  175  7e-43  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1819  shikimate 5-dehydrogenase  41.76 
 
 		 271 aa  174  9.999999999999999e-43  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.302994  normal  0.244145 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2408  quinate/shikimate dehydrogenase  34.93 
 
 		 288 aa  174  9.999999999999999e-43  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.419065 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0690  shikimate 5-dehydrogenase  35.38 
 
 		 288 aa  174  1.9999999999999998e-42  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_06560  shikimate 5-dehydrogenase  34.91 
 
 		 291 aa  174  1.9999999999999998e-42  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01661  quinate/shikimate 5-dehydrogenase, NAD(P)-binding  34.56 
 
 		 288 aa  173  2.9999999999999996e-42  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01650  hypothetical protein  34.56 
 
 		 288 aa  173  2.9999999999999996e-42  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1950  Quinate/shikimate dehydrogenase  34.56 
 
 		 288 aa  173  2.9999999999999996e-42  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.210326  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1895  quinate/shikimate dehydrogenase  34.56 
 
 		 288 aa  173  2.9999999999999996e-42  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1939  quinate/shikimate dehydrogenase  34.56 
 
 		 288 aa  173  2.9999999999999996e-42  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000737953 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1773  quinate/shikimate dehydrogenase  34.56 
 
 		 288 aa  173  2.9999999999999996e-42  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1385  quinate/shikimate dehydrogenase  35.51 
 
 		 289 aa  173  2.9999999999999996e-42  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.859901  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2150  shikimate 5-dehydrogenase-like oxidoreductase  38.38 
 
 		 283 aa  172  3.9999999999999995e-42  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.411469  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0993  shikimate 5-dehydrogenase  38.78 
 
 		 276 aa  172  5e-42  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1908  quinate/shikimate dehydrogenase  34.19 
 
 		 288 aa  172  5.999999999999999e-42  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1054  shikimate 5-dehydrogenase  37.55 
 
 		 275 aa  172  6.999999999999999e-42  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1504  quinate/shikimate dehydrogenase  34.56 
 
 		 288 aa  172  7.999999999999999e-42  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0010931 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0550  shikimate 5-dehydrogenase  37.31 
 
 		 273 aa  170  2e-41  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.950076 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1392  shikimate dehydrogenase  37.14 
 
 		 286 aa  171  2e-41  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.975798 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3564  shikimate dehydrogenase  37.59 
 
 		 279 aa  171  2e-41  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.490647  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0663  shikimate 5-dehydrogenase  36.36 
 
 		 294 aa  171  2e-41  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1184  shikimate 5-dehydrogenase  37.64 
 
 		 273 aa  169  3e-41  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.504249  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1998  shikimate dehydrogenase  37.45 
 
 		 269 aa  169  4e-41  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2736  shikimate 5-dehydrogenase  35.05 
 
 		 298 aa  167  1e-40  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.302287  normal  0.994524 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4481  shikimate 5-dehydrogenase  37.37 
 
 		 288 aa  167  2e-40  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.148819 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4417  shikimate 5-dehydrogenase  37.37 
 
 		 288 aa  167  2e-40  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2746  shikimate 5-dehydrogenase  37.83 
 
 		 288 aa  166  2.9999999999999998e-40  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0290691  normal  0.306598 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2226  shikimate 5-dehydrogenase  39.05 
 
 		 269 aa  167  2.9999999999999998e-40  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.584439  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2304  shikimate 5-dehydrogenase  35.37 
 
 		 289 aa  165  5.9999999999999996e-40  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1490  quinate/shikimate dehydrogenase  37.55 
 
 		 288 aa  164  1.0000000000000001e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.0135386 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1984  quinate/shikimate dehydrogenase  37.55 
 
 		 288 aa  164  1.0000000000000001e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000169212 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1471  quinate/shikimate dehydrogenase  37.55 
 
 		 288 aa  164  1.0000000000000001e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.75458  normal  0.0124621 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1813  quinate/shikimate dehydrogenase  37.55 
 
 		 288 aa  164  1.0000000000000001e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.648856  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1455  quinate/shikimate dehydrogenase  37.55 
 
 		 288 aa  164  1.0000000000000001e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.206578  normal  0.118327 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_19151  shikimate 5-dehydrogenase  35.87 
 
 		 286 aa  164  1.0000000000000001e-39  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1653  shikimate 5-dehydrogenase  37.78 
 
 		 268 aa  163  3e-39  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_18961  shikimate 5-dehydrogenase  34.88 
 
 		 286 aa  163  3e-39  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1688  shikimate 5-dehydrogenase  37.78 
 
 		 268 aa  163  3e-39  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.8714  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2932  shikimate 5-dehydrogenase  38.72 
 
 		 265 aa  162  9e-39  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  hitchhiker  0.00976663  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1798  shikimate 5-dehydrogenase  35.51 
 
 		 286 aa  161  1e-38  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2373  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  36.53 
 
 		 271 aa  160  2e-38  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_30051  shikimate 5-dehydrogenase  35.27 
 
 		 322 aa  160  2e-38  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.355106 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_18961  shikimate 5-dehydrogenase  35.44 
 
 		 285 aa  160  3e-38  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1163  shikimate 5-dehydrogenase  37.31 
 
 		 269 aa  157  1e-37  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.33376  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3537  shikimate 5-dehydrogenase  34.41 
 
 		 295 aa  157  1e-37  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.784567  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1652  shikimate 5-dehydrogenase  36.59 
 
 		 293 aa  158  1e-37  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2596  shikimate 5-dehydrogenase  37.96 
 
 		 290 aa  158  1e-37  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0693  shikimate 5-dehydrogenase  34.73 
 
 		 271 aa  156  5.0000000000000005e-37  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0110194  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0693  shikimate 5-dehydrogenase  33.97 
 
 		 271 aa  155  5.0000000000000005e-37  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.324204  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1564  shikimate 5-dehydrogenase  39.07 
 
 		 283 aa  155  7e-37  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1774  shikimate 5-dehydrogenase  36.24 
 
 		 293 aa  155  8e-37  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3415  shikimate 5-dehydrogenase  37.63 
 
 		 283 aa  155  9e-37  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.17955  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4110  3-dehydroquinate dehydratase / shikimate dehydrogenase  37.05 
 
 		 613 aa  155  9e-37  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.471518  normal  0.833222 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3106  shikimate 5-dehydrogenase  34.55 
 
 		 289 aa  154  1e-36  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.828808 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1314  shikimate 5-dehydrogenase  32.87 
 
 		 311 aa  153  4e-36  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2675  shikimate 5-dehydrogenase  34.63 
 
 		 289 aa  153  4e-36  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0070  shikimate 5-dehydrogenase  34.17 
 
 		 296 aa  152  5e-36  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.909797  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1630  shikimate 5-dehydrogenase  37.23 
 
 		 290 aa  152  7e-36  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1154  shikimate 5-dehydrogenase  35.71 
 
 		 298 aa  152  7e-36  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1368  shikimate 5-dehydrogenase  35.96 
 
 		 271 aa  152  8e-36  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4686  shikimate 5-dehydrogenase  35.21 
 
 		 266 aa  151  8.999999999999999e-36  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.914766  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_21871  shikimate 5-dehydrogenase  34.15 
 
 		 311 aa  151  1e-35  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1921  shikimate 5-dehydrogenase  34.42 
 
 		 286 aa  150  2e-35  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  unclonable  0.0000576763  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1680  shikimate 5-dehydrogenase  34.98 
 
 		 292 aa  150  3e-35  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.00934148  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0689  shikimate 5-dehydrogenase  33.33 
 
 		 285 aa  149  5e-35  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1490  shikimate 5-dehydrogenase  36.23 
 
 		 286 aa  148  8e-35  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0290047  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>