More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mrub_1819 on replicon NC_013946
Organism: Meiothermus ruber DSM 1279



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013946  Mrub_1819  shikimate 5-dehydrogenase  100 
 
 		 271 aa  542  1e-153  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.302994  normal  0.244145 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2226  shikimate 5-dehydrogenase  65.66 
 
 		 269 aa  308  4e-83  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.584439  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET0465  shikimate 5-dehydrogenase  43.12 
 
 		 286 aa  202  7e-51  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05960  shikimate 5-dehydrogenase  41.67 
 
 		 289 aa  201  9e-51  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0183  shikimate 5-dehydrogenase  39.11 
 
 		 280 aa  198  7e-50  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1719  shikimate 5-dehydrogenase  39.48 
 
 		 279 aa  197  2.0000000000000003e-49  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.049913  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0442  shikimate 5-dehydrogenase  41.3 
 
 		 286 aa  197  2.0000000000000003e-49  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.437298  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3060  shikimate 5-dehydrogenase  40.46 
 
 		 277 aa  196  4.0000000000000005e-49  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.445957  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4070  shikimate 5-dehydrogenase  40.46 
 
 		 277 aa  196  5.000000000000001e-49  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000710125  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4080  shikimate 5-dehydrogenase  40.08 
 
 		 277 aa  194  1e-48  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4561  shikimate 5-dehydrogenase  40.08 
 
 		 308 aa  194  1e-48  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.120804  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0108  shikimate 5-dehydrogenase  38.41 
 
 		 289 aa  194  1e-48  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4356  shikimate 5-dehydrogenase  40.08 
 
 		 277 aa  194  1e-48  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.110727 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4232  shikimate 5-dehydrogenase  40.08 
 
 		 277 aa  194  2e-48  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4467  shikimate 5-dehydrogenase  40.3 
 
 		 277 aa  193  2e-48  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00323757  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2458  shikimate 5-dehydrogenase  44.11 
 
 		 277 aa  194  2e-48  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000134489  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4454  shikimate 5-dehydrogenase  39.48 
 
 		 277 aa  193  3e-48  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.809096  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0783  shikimate 5-dehydrogenase  39.93 
 
 		 277 aa  191  8e-48  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000231913  hitchhiker  0.0000496147 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4415  shikimate 5-dehydrogenase  39.69 
 
 		 277 aa  191  9e-48  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1503  shikimate 5-dehydrogenase  40.86 
 
 		 284 aa  191  1e-47  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_408  shikimate 5-dehydrogenase  40.94 
 
 		 286 aa  190  2.9999999999999997e-47  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0743  shikimate 5-dehydrogenase  39.34 
 
 		 280 aa  189  2.9999999999999997e-47  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.738673  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1163  shikimate 5-dehydrogenase  36.12 
 
 		 269 aa  189  5.999999999999999e-47  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.33376  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0450  shikimate 5-dehydrogenase  36.84 
 
 		 278 aa  188  7e-47  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0121036  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1303  shikimate 5-dehydrogenase  39.85 
 
 		 279 aa  186  3e-46  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00894856  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0854  shikimate dehydrogenase  39.1 
 
 		 298 aa  186  3e-46  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1184  shikimate 5-dehydrogenase  38.31 
 
 		 273 aa  183  2.0000000000000003e-45  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.504249  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4185  shikimate 5-dehydrogenase  37.64 
 
 		 277 aa  183  3e-45  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.263341  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0022  shikimate dehydrogenase  45.59 
 
 		 286 aa  182  7e-45  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.301777  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0851  shikimate 5-dehydrogenase  44.4 
 
 		 292 aa  178  9e-44  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1271  shikimate 5-dehydrogenase  46.79 
 
 		 360 aa  177  2e-43  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.945829  normal  0.49023 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1989  shikimate 5-dehydrogenase  42.64 
 
 		 289 aa  176  5e-43  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2069  shikimate 5-dehydrogenase  42.25 
 
 		 284 aa  174  9.999999999999999e-43  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3572  shikimate 5-dehydrogenase  41.09 
 
 		 284 aa  174  1.9999999999999998e-42  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.162128  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0923  shikimate dehydrogenase  40.07 
 
 		 280 aa  172  5e-42  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0253  shikimate 5-dehydrogenase  37.17 
 
 		 284 aa  172  5.999999999999999e-42  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.624987  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0524  shikimate 5-dehydrogenase  40.14 
 
 		 290 aa  171  1e-41  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1688  shikimate 5-dehydrogenase  35.74 
 
 		 268 aa  170  2e-41  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.8714  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1653  shikimate 5-dehydrogenase  35.74 
 
 		 268 aa  170  2e-41  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0550  shikimate 5-dehydrogenase  35.93 
 
 		 273 aa  169  4e-41  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.950076 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0656  shikimate 5-dehydrogenase  43.51 
 
 		 297 aa  168  1e-40  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.323596  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3211  shikimate 5-dehydrogenase  40.55 
 
 		 286 aa  166  4e-40  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0004  shikimate 5-dehydrogenase  39.22 
 
 		 286 aa  164  1.0000000000000001e-39  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3564  shikimate dehydrogenase  41.27 
 
 		 279 aa  164  1.0000000000000001e-39  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.490647  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1829  shikimate 5-dehydrogenase  41.06 
 
 		 282 aa  163  2.0000000000000002e-39  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.037769 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2537  shikimate 5-dehydrogenase  41.18 
 
 		 280 aa  164  2.0000000000000002e-39  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0088  shikimate 5-dehydrogenase  41.42 
 
 		 271 aa  163  2.0000000000000002e-39  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1501  shikimate 5-dehydrogenase  42.8 
 
 		 269 aa  164  2.0000000000000002e-39  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1504  quinate/shikimate dehydrogenase  36.84 
 
 		 288 aa  163  3e-39  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0010931 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1809  shikimate dehydrogenase  43.14 
 
 		 280 aa  163  3e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2746  shikimate 5-dehydrogenase  43.12 
 
 		 288 aa  163  3e-39  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0290691  normal  0.306598 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01661  quinate/shikimate 5-dehydrogenase, NAD(P)-binding  36.93 
 
 		 288 aa  162  5.0000000000000005e-39  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1950  Quinate/shikimate dehydrogenase  36.93 
 
 		 288 aa  162  5.0000000000000005e-39  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.210326  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1939  quinate/shikimate dehydrogenase  36.93 
 
 		 288 aa  162  5.0000000000000005e-39  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000737953 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01650  hypothetical protein  36.93 
 
 		 288 aa  162  5.0000000000000005e-39  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1773  quinate/shikimate dehydrogenase  36.93 
 
 		 288 aa  162  5.0000000000000005e-39  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2830  shikimate dehydrogenase  39.62 
 
 		 289 aa  162  5.0000000000000005e-39  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0523448 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1895  quinate/shikimate dehydrogenase  36.93 
 
 		 288 aa  162  5.0000000000000005e-39  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1908  quinate/shikimate dehydrogenase  36.59 
 
 		 288 aa  162  6e-39  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1998  shikimate dehydrogenase  39.69 
 
 		 269 aa  162  7e-39  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2596  shikimate 5-dehydrogenase  40.15 
 
 		 290 aa  162  7e-39  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3480  shikimate 5-dehydrogenase  40.16 
 
 		 279 aa  161  9e-39  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3415  shikimate 5-dehydrogenase  44.28 
 
 		 283 aa  161  9e-39  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.17955  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2848  shikimate 5-dehydrogenase  41.27 
 
 		 301 aa  161  9e-39  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1054  shikimate 5-dehydrogenase  37.17 
 
 		 275 aa  160  1e-38  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0689  shikimate 5-dehydrogenase  37.98 
 
 		 285 aa  161  1e-38  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2408  quinate/shikimate dehydrogenase  36.59 
 
 		 288 aa  161  1e-38  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.419065 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4263  shikimate 5-dehydrogenase  39.53 
 
 		 285 aa  160  2e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.43866  normal  0.585644 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2895  shikimate 5-dehydrogenase  40.7 
 
 		 279 aa  159  3e-38  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0777149  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1564  shikimate 5-dehydrogenase  45.39 
 
 		 283 aa  160  3e-38  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0993  shikimate 5-dehydrogenase  44.11 
 
 		 276 aa  160  3e-38  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2860  shikimate 5-dehydrogenase  36.68 
 
 		 276 aa  159  4e-38  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.928598  normal  0.516476 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1234  shikimate 5-dehydrogenase  40.7 
 
 		 279 aa  159  6e-38  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0693  shikimate 5-dehydrogenase  36.22 
 
 		 271 aa  159  6e-38  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0110194  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3937  shikimate 5-dehydrogenase  39.53 
 
 		 285 aa  159  6e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.538125  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1630  shikimate 5-dehydrogenase  39.42 
 
 		 290 aa  158  9e-38  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1018  shikimate 5-dehydrogenase  42.18 
 
 		 291 aa  158  1e-37  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2977  shikimate/quinate 5-dehydrogenase  42.35 
 
 		 279 aa  157  1e-37  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.188578  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3919  shikimate 5-dehydrogenase  41.57 
 
 		 283 aa  158  1e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1767  shikimate 5-dehydrogenase  42.86 
 
 		 288 aa  157  1e-37  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.393552  normal  0.147032 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0693  shikimate 5-dehydrogenase  35.83 
 
 		 271 aa  158  1e-37  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.324204  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1168  shikimate dehydrogenase  37.59 
 
 		 274 aa  157  1e-37  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  decreased coverage  0.00990538  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1971  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  36.65 
 
 		 310 aa  157  2e-37  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.84305  hitchhiker  0.000409791 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1558  shikimate dehydrogenase  42.18 
 
 		 295 aa  156  3e-37  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.523819 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0571  shikimate 5-dehydrogenase  38.93 
 
 		 263 aa  156  3e-37  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2671  shikimate 5-dehydrogenase  40.31 
 
 		 279 aa  156  3e-37  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.134722  normal  0.358722 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2356  shikimate 5-dehydrogenase  33.08 
 
 		 283 aa  155  4e-37  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  4.49241e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0987  shikimate 5-dehydrogenase  44.6 
 
 		 289 aa  155  5.0000000000000005e-37  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0663  shikimate 5-dehydrogenase  33.46 
 
 		 294 aa  155  7e-37  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1302  shikimate 5-dehydrogenase  41.18 
 
 		 280 aa  154  1e-36  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.516899 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3384  shikimate 5-dehydrogenase  38.3 
 
 		 292 aa  154  1e-36  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.442523 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2790  shikimate 5-dehydrogenase  42.09 
 
 		 280 aa  154  1e-36  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1889  shikimate 5-dehydrogenase  37.45 
 
 		 288 aa  154  2e-36  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0182  shikimate 5-dehydrogenase  43.07 
 
 		 298 aa  153  2.9999999999999998e-36  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2150  shikimate 5-dehydrogenase-like oxidoreductase  40.38 
 
 		 283 aa  153  2.9999999999999998e-36  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.411469  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0361  shikimate 5-dehydrogenase  43.07 
 
 		 298 aa  153  2.9999999999999998e-36  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.746823 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4110  3-dehydroquinate dehydratase / shikimate dehydrogenase  39.18 
 
 		 613 aa  153  2.9999999999999998e-36  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.471518  normal  0.833222 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4803  shikimate 5-dehydrogenase  40.86 
 
 		 278 aa  152  8e-36  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.742777  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1392  shikimate dehydrogenase  41.48 
 
 		 286 aa  151  1e-35  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.975798 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1813  quinate/shikimate dehydrogenase  38.02 
 
 		 288 aa  150  2e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.648856  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>