More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mevan_0253 on replicon NC_009634
Organism: Methanococcus vannielii SB



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009634  Mevan_0253  shikimate 5-dehydrogenase  100 
 
 
284 aa  560  1.0000000000000001e-159  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.624987  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0183  shikimate 5-dehydrogenase  70.86 
 
 
280 aa  397  9.999999999999999e-111  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0743  shikimate 5-dehydrogenase  71.22 
 
 
280 aa  382  1e-105  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.738673  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1719  shikimate 5-dehydrogenase  69.78 
 
 
279 aa  377  1e-103  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.049913  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0450  shikimate 5-dehydrogenase  61.62 
 
 
278 aa  350  2e-95  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0121036  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2458  shikimate 5-dehydrogenase  43.37 
 
 
277 aa  228  9e-59  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000134489  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4561  shikimate 5-dehydrogenase  43.6 
 
 
308 aa  221  9.999999999999999e-57  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.120804  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3060  shikimate 5-dehydrogenase  44.09 
 
 
277 aa  221  9.999999999999999e-57  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.445957  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4232  shikimate 5-dehydrogenase  43.9 
 
 
277 aa  221  1.9999999999999999e-56  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1018  shikimate 5-dehydrogenase  41.34 
 
 
291 aa  219  3e-56  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4070  shikimate 5-dehydrogenase  43.55 
 
 
277 aa  219  5e-56  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000710125  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4356  shikimate 5-dehydrogenase  43.55 
 
 
277 aa  218  7.999999999999999e-56  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.110727 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4467  shikimate 5-dehydrogenase  44.24 
 
 
277 aa  217  1e-55  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00323757  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4080  shikimate 5-dehydrogenase  43.55 
 
 
277 aa  216  2e-55  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4415  shikimate 5-dehydrogenase  43.21 
 
 
277 aa  215  5e-55  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0783  shikimate 5-dehydrogenase  43.6 
 
 
277 aa  215  5.9999999999999996e-55  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000231913  hitchhiker  0.0000496147 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0854  shikimate dehydrogenase  43.01 
 
 
298 aa  215  5.9999999999999996e-55  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4454  shikimate 5-dehydrogenase  43.21 
 
 
277 aa  215  7e-55  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.809096  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05960  shikimate 5-dehydrogenase  40.86 
 
 
289 aa  214  1.9999999999999998e-54  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2746  shikimate 5-dehydrogenase  39.37 
 
 
288 aa  213  3.9999999999999995e-54  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0290691  normal  0.306598 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4185  shikimate 5-dehydrogenase  43.21 
 
 
277 aa  211  7.999999999999999e-54  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.263341  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0524  shikimate 5-dehydrogenase  39.37 
 
 
290 aa  204  1e-51  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0993  shikimate 5-dehydrogenase  41.73 
 
 
276 aa  202  6e-51  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0442  shikimate 5-dehydrogenase  40.52 
 
 
286 aa  201  9e-51  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.437298  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1503  shikimate 5-dehydrogenase  43.27 
 
 
284 aa  200  1.9999999999999998e-50  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0923  shikimate dehydrogenase  39.29 
 
 
280 aa  198  6e-50  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_408  shikimate 5-dehydrogenase  40.89 
 
 
286 aa  198  9e-50  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2596  shikimate 5-dehydrogenase  36.81 
 
 
290 aa  197  2.0000000000000003e-49  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0465  shikimate 5-dehydrogenase  39.41 
 
 
286 aa  196  4.0000000000000005e-49  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1630  shikimate 5-dehydrogenase  36.36 
 
 
290 aa  193  3e-48  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1653  shikimate 5-dehydrogenase  39.35 
 
 
268 aa  187  1e-46  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1688  shikimate 5-dehydrogenase  39.35 
 
 
268 aa  187  1e-46  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.8714  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1392  shikimate dehydrogenase  36.14 
 
 
286 aa  187  2e-46  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.975798 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3106  shikimate 5-dehydrogenase  37.45 
 
 
289 aa  186  3e-46  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.828808 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1163  shikimate 5-dehydrogenase  38.49 
 
 
269 aa  186  4e-46  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.33376  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0690  shikimate 5-dehydrogenase  36.11 
 
 
288 aa  183  3e-45  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2356  shikimate 5-dehydrogenase  40.85 
 
 
283 aa  182  5.0000000000000004e-45  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  4.49241e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0656  shikimate 5-dehydrogenase  34.74 
 
 
297 aa  181  2e-44  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.323596  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2683  shikimate 5-dehydrogenase  38.33 
 
 
289 aa  179  4e-44  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.905975  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1490  shikimate 5-dehydrogenase  34.15 
 
 
286 aa  179  4.999999999999999e-44  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0290047  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0663  shikimate 5-dehydrogenase  35.48 
 
 
294 aa  178  7e-44  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2150  shikimate 5-dehydrogenase-like oxidoreductase  36.88 
 
 
283 aa  177  3e-43  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.411469  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0693  shikimate 5-dehydrogenase  40.96 
 
 
271 aa  176  5e-43  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.324204  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1154  shikimate 5-dehydrogenase  38.24 
 
 
298 aa  175  7e-43  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0693  shikimate 5-dehydrogenase  41.13 
 
 
271 aa  174  9.999999999999999e-43  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0110194  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3109  shikimate 5-dehydrogenase  33.8 
 
 
286 aa  174  9.999999999999999e-43  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1998  shikimate dehydrogenase  37.32 
 
 
269 aa  173  1.9999999999999998e-42  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0550  shikimate 5-dehydrogenase  36.26 
 
 
273 aa  169  4e-41  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.950076 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2187  shikimate 5-dehydrogenase  37.16 
 
 
301 aa  169  4e-41  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.134368 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2016  shikimate 5-dehydrogenase  31.54 
 
 
283 aa  169  5e-41  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2304  shikimate 5-dehydrogenase  33.33 
 
 
289 aa  167  2e-40  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4481  shikimate 5-dehydrogenase  36.27 
 
 
288 aa  166  2.9999999999999998e-40  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.148819 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4417  shikimate 5-dehydrogenase  36.27 
 
 
288 aa  166  2.9999999999999998e-40  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_30051  shikimate 5-dehydrogenase  31.69 
 
 
322 aa  166  4e-40  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.355106 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1303  shikimate 5-dehydrogenase  38.57 
 
 
279 aa  166  5e-40  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00894856  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2736  shikimate 5-dehydrogenase  33.9 
 
 
298 aa  165  6.9999999999999995e-40  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.302287  normal  0.994524 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1819  shikimate 5-dehydrogenase  37.17 
 
 
271 aa  165  9e-40  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.302994  normal  0.244145 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1558  shikimate dehydrogenase  36.1 
 
 
295 aa  165  1.0000000000000001e-39  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.523819 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1889  shikimate 5-dehydrogenase  38.17 
 
 
288 aa  164  1.0000000000000001e-39  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0070  shikimate 5-dehydrogenase  34.3 
 
 
296 aa  163  3e-39  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.909797  normal 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0689  shikimate 5-dehydrogenase  34.34 
 
 
285 aa  163  3e-39  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2226  shikimate 5-dehydrogenase  36.43 
 
 
269 aa  162  6e-39  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.584439  normal 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_21871  shikimate 5-dehydrogenase  35.51 
 
 
311 aa  161  9e-39  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0108  shikimate 5-dehydrogenase  32.74 
 
 
289 aa  160  1e-38  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0088  shikimate 5-dehydrogenase  34.72 
 
 
271 aa  160  2e-38  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1314  shikimate 5-dehydrogenase  34.52 
 
 
311 aa  160  3e-38  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3415  shikimate 5-dehydrogenase  35.48 
 
 
283 aa  160  3e-38  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.17955  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0987  shikimate 5-dehydrogenase  33.68 
 
 
289 aa  159  5e-38  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1184  shikimate 5-dehydrogenase  37.01 
 
 
273 aa  159  6e-38  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.504249  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2467  shikimate 5-dehydrogenase  30.88 
 
 
288 aa  158  9e-38  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.502359  hitchhiker  0.0000000000141391 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1564  shikimate 5-dehydrogenase  34.77 
 
 
283 aa  158  1e-37  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3537  shikimate 5-dehydrogenase  33.69 
 
 
295 aa  157  2e-37  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.784567  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12500  shikimate 5-dehydrogenase  30.88 
 
 
292 aa  156  3e-37  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002950  PG0978  shikimate 5-dehydrogenase  37.16 
 
 
249 aa  156  4e-37  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1732  shikimate 5-dehydrogenase  32.65 
 
 
305 aa  156  4e-37  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.035063 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1385  quinate/shikimate dehydrogenase  30.66 
 
 
289 aa  156  4e-37  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.859901  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0022  shikimate dehydrogenase  32.38 
 
 
286 aa  156  4e-37  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.301777  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_06730  shikimate 5-dehydrogenase  36.12 
 
 
244 aa  155  7e-37  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03620  Shikimate/quinate 5-dehydrogenase  31.1 
 
 
283 aa  155  7e-37  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0590963  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0148  shikimate 5-dehydrogenase  29.67 
 
 
297 aa  155  8e-37  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1054  shikimate 5-dehydrogenase  37.32 
 
 
275 aa  155  1e-36  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1168  shikimate dehydrogenase  35.53 
 
 
274 aa  154  1e-36  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  decreased coverage  0.00990538  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_18961  shikimate 5-dehydrogenase  37.28 
 
 
285 aa  153  4e-36  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2790  shikimate 5-dehydrogenase  33.1 
 
 
280 aa  152  5e-36  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2373  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  34.56 
 
 
271 aa  152  5e-36  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2860  shikimate 5-dehydrogenase  32.13 
 
 
276 aa  152  5e-36  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.928598  normal  0.516476 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1921  shikimate 5-dehydrogenase  35.06 
 
 
286 aa  152  5.9999999999999996e-36  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  unclonable  0.0000576763  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1772  shikimate 5-dehydrogenase  33.81 
 
 
285 aa  152  5.9999999999999996e-36  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.380088  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2932  shikimate 5-dehydrogenase  33.7 
 
 
265 aa  152  8e-36  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  hitchhiker  0.00976663  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0182  shikimate 5-dehydrogenase  30.53 
 
 
298 aa  151  1e-35  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0361  shikimate 5-dehydrogenase  30.53 
 
 
298 aa  151  1e-35  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.746823 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2408  quinate/shikimate dehydrogenase  31.75 
 
 
288 aa  151  1e-35  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.419065 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3572  shikimate 5-dehydrogenase  29.96 
 
 
284 aa  150  2e-35  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.162128  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01661  quinate/shikimate 5-dehydrogenase, NAD(P)-binding  31.39 
 
 
288 aa  150  3e-35  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1950  Quinate/shikimate dehydrogenase  31.39 
 
 
288 aa  150  3e-35  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.210326  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1773  quinate/shikimate dehydrogenase  31.39 
 
 
288 aa  150  3e-35  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1895  quinate/shikimate dehydrogenase  31.39 
 
 
288 aa  150  3e-35  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1989  shikimate 5-dehydrogenase  30.45 
 
 
289 aa  150  3e-35  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1504  quinate/shikimate dehydrogenase  31.39 
 
 
288 aa  150  3e-35  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0010931 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1939  quinate/shikimate dehydrogenase  31.39 
 
 
288 aa  150  3e-35  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000737953 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>