More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swol_0524 on replicon NC_008346
Organism: Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008346  Swol_0524  shikimate 5-dehydrogenase  100 
 
 		 290 aa  587  1e-166  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1719  shikimate 5-dehydrogenase  41.61 
 
 		 279 aa  214  9.999999999999999e-55  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.049913  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0183  shikimate 5-dehydrogenase  40.07 
 
 		 280 aa  207  1e-52  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2458  shikimate 5-dehydrogenase  40.65 
 
 		 277 aa  203  3e-51  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000134489  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0854  shikimate dehydrogenase  35.54 
 
 		 298 aa  201  9e-51  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0743  shikimate 5-dehydrogenase  38.33 
 
 		 280 aa  198  7e-50  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.738673  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05960  shikimate 5-dehydrogenase  38.83 
 
 		 289 aa  198  7e-50  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0656  shikimate 5-dehydrogenase  40.97 
 
 		 297 aa  196  3e-49  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.323596  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1503  shikimate 5-dehydrogenase  36.46 
 
 		 284 aa  194  2e-48  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_408  shikimate 5-dehydrogenase  40.44 
 
 		 286 aa  193  2e-48  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1018  shikimate 5-dehydrogenase  40.28 
 
 		 291 aa  193  3e-48  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0442  shikimate 5-dehydrogenase  38.3 
 
 		 286 aa  192  6e-48  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.437298  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2746  shikimate 5-dehydrogenase  38.04 
 
 		 288 aa  190  2e-47  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0290691  normal  0.306598 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0783  shikimate 5-dehydrogenase  38.13 
 
 		 277 aa  190  2e-47  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000231913  hitchhiker  0.0000496147 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4467  shikimate 5-dehydrogenase  37.05 
 
 		 277 aa  190  2.9999999999999997e-47  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00323757  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4185  shikimate 5-dehydrogenase  38.65 
 
 		 277 aa  189  2.9999999999999997e-47  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.263341  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4454  shikimate 5-dehydrogenase  37.41 
 
 		 277 aa  189  4e-47  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.809096  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_06560  shikimate 5-dehydrogenase  38.63 
 
 		 291 aa  189  5.999999999999999e-47  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4561  shikimate 5-dehydrogenase  36.88 
 
 		 308 aa  187  2e-46  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.120804  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4080  shikimate 5-dehydrogenase  37.05 
 
 		 277 aa  186  4e-46  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4070  shikimate 5-dehydrogenase  37.05 
 
 		 277 aa  186  5e-46  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000710125  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0450  shikimate 5-dehydrogenase  37.86 
 
 		 278 aa  186  5e-46  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0121036  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4356  shikimate 5-dehydrogenase  37.05 
 
 		 277 aa  185  7e-46  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.110727 
 
 
-
 
NC_002936  DET0465  shikimate 5-dehydrogenase  39.34 
 
 		 286 aa  185  8e-46  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4415  shikimate 5-dehydrogenase  36.69 
 
 		 277 aa  184  1.0000000000000001e-45  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4232  shikimate 5-dehydrogenase  37.05 
 
 		 277 aa  185  1.0000000000000001e-45  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0253  shikimate 5-dehydrogenase  39.37 
 
 		 284 aa  184  1.0000000000000001e-45  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.624987  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3109  shikimate 5-dehydrogenase  36.71 
 
 		 286 aa  184  2.0000000000000003e-45  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3060  shikimate 5-dehydrogenase  36.17 
 
 		 277 aa  183  3e-45  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.445957  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1154  shikimate 5-dehydrogenase  36.27 
 
 		 298 aa  182  4.0000000000000006e-45  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3106  shikimate 5-dehydrogenase  37.19 
 
 		 289 aa  182  7e-45  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.828808 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2356  shikimate 5-dehydrogenase  34.28 
 
 		 283 aa  181  1e-44  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  4.49241e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0663  shikimate 5-dehydrogenase  33.83 
 
 		 294 aa  180  2e-44  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1385  quinate/shikimate dehydrogenase  33.45 
 
 		 289 aa  179  5.999999999999999e-44  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.859901  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0993  shikimate 5-dehydrogenase  40.21 
 
 		 276 aa  177  1e-43  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2408  quinate/shikimate dehydrogenase  33.8 
 
 		 288 aa  173  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.419065 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12500  shikimate 5-dehydrogenase  36.69 
 
 		 292 aa  172  5.999999999999999e-42  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0689  shikimate 5-dehydrogenase  34.74 
 
 		 285 aa  172  6.999999999999999e-42  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01661  quinate/shikimate 5-dehydrogenase, NAD(P)-binding  33.45 
 
 		 288 aa  171  9e-42  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1950  Quinate/shikimate dehydrogenase  33.45 
 
 		 288 aa  171  9e-42  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.210326  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1773  quinate/shikimate dehydrogenase  33.45 
 
 		 288 aa  171  9e-42  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01650  hypothetical protein  33.45 
 
 		 288 aa  171  9e-42  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1895  quinate/shikimate dehydrogenase  33.45 
 
 		 288 aa  171  9e-42  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1939  quinate/shikimate dehydrogenase  33.45 
 
 		 288 aa  171  9e-42  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000737953 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1558  shikimate dehydrogenase  39.07 
 
 		 295 aa  171  1e-41  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.523819 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1908  quinate/shikimate dehydrogenase  33.1 
 
 		 288 aa  171  1e-41  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1504  quinate/shikimate dehydrogenase  33.45 
 
 		 288 aa  171  1e-41  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0010931 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1962  shikimate 5-dehydrogenase  36.08 
 
 		 315 aa  169  4e-41  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1303  shikimate 5-dehydrogenase  32.62 
 
 		 279 aa  169  5e-41  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00894856  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2848  shikimate 5-dehydrogenase  36.14 
 
 		 301 aa  168  9e-41  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2736  shikimate 5-dehydrogenase  35.79 
 
 		 298 aa  167  2e-40  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.302287  normal  0.994524 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3564  shikimate dehydrogenase  36.65 
 
 		 279 aa  166  2.9999999999999998e-40  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.490647  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0987  shikimate 5-dehydrogenase  38.33 
 
 		 289 aa  166  4e-40  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6119  shikimate 5-dehydrogenase  34.72 
 
 		 293 aa  165  6.9999999999999995e-40  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.288801 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1680  shikimate 5-dehydrogenase  33.68 
 
 		 292 aa  165  9e-40  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.00934148  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0923  shikimate dehydrogenase  35.82 
 
 		 280 aa  163  3e-39  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4481  shikimate 5-dehydrogenase  34.63 
 
 		 288 aa  162  5.0000000000000005e-39  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.148819 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_21871  shikimate 5-dehydrogenase  33.33 
 
 		 311 aa  162  5.0000000000000005e-39  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4417  shikimate 5-dehydrogenase  34.63 
 
 		 288 aa  162  5.0000000000000005e-39  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0108  shikimate 5-dehydrogenase  32.75 
 
 		 289 aa  162  7e-39  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2304  shikimate 5-dehydrogenase  37.06 
 
 		 289 aa  159  4e-38  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0148  shikimate 5-dehydrogenase  35.44 
 
 		 297 aa  159  6e-38  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2187  shikimate 5-dehydrogenase  34.11 
 
 		 301 aa  158  9e-38  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.134368 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1471  quinate/shikimate dehydrogenase  33.8 
 
 		 288 aa  157  1e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.75458  normal  0.0124621 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1490  quinate/shikimate dehydrogenase  33.8 
 
 		 288 aa  157  1e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.0135386 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1984  quinate/shikimate dehydrogenase  33.8 
 
 		 288 aa  157  1e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000169212 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2675  shikimate 5-dehydrogenase  36.49 
 
 		 289 aa  157  1e-37  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1813  quinate/shikimate dehydrogenase  33.8 
 
 		 288 aa  157  1e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.648856  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1455  quinate/shikimate dehydrogenase  33.8 
 
 		 288 aa  157  1e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.206578  normal  0.118327 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1314  shikimate 5-dehydrogenase  32.18 
 
 		 311 aa  157  2e-37  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_18411  shikimate / quinate 5-dehydrogenase  32.18 
 
 		 300 aa  157  3e-37  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  0.611208 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1630  shikimate 5-dehydrogenase  34.11 
 
 		 290 aa  156  4e-37  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1163  shikimate 5-dehydrogenase  35.51 
 
 		 269 aa  155  8e-37  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.33376  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2150  shikimate 5-dehydrogenase-like oxidoreductase  35.4 
 
 		 283 aa  155  8e-37  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.411469  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0693  shikimate 5-dehydrogenase  35.85 
 
 		 271 aa  154  1e-36  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.324204  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2671  shikimate 5-dehydrogenase  33.57 
 
 		 279 aa  153  2.9999999999999998e-36  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.134722  normal  0.358722 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2373  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  33.09 
 
 		 271 aa  153  4e-36  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4753  shikimate 5-dehydrogenase  34.04 
 
 		 285 aa  152  8.999999999999999e-36  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.236468  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0851  shikimate 5-dehydrogenase  34.81 
 
 		 292 aa  151  1e-35  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2069  shikimate 5-dehydrogenase  34.72 
 
 		 284 aa  151  1e-35  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2596  shikimate 5-dehydrogenase  32.99 
 
 		 290 aa  151  1e-35  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1989  shikimate 5-dehydrogenase  35.09 
 
 		 289 aa  151  1e-35  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1921  shikimate 5-dehydrogenase  33.09 
 
 		 286 aa  151  1e-35  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  unclonable  0.0000576763  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0693  shikimate 5-dehydrogenase  35.09 
 
 		 271 aa  150  2e-35  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0110194  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1490  shikimate 5-dehydrogenase  36.9 
 
 		 286 aa  149  4e-35  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0290047  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1889  shikimate 5-dehydrogenase  34.26 
 
 		 288 aa  149  4e-35  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_30051  shikimate 5-dehydrogenase  33.33 
 
 		 322 aa  149  4e-35  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.355106 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1392  shikimate dehydrogenase  35.37 
 
 		 286 aa  149  6e-35  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.975798 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0070  shikimate 5-dehydrogenase  33.68 
 
 		 296 aa  148  1.0000000000000001e-34  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.909797  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0361  shikimate 5-dehydrogenase  33.56 
 
 		 298 aa  148  1.0000000000000001e-34  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.746823 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0182  shikimate 5-dehydrogenase  33.56 
 
 		 298 aa  148  1.0000000000000001e-34  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_18961  shikimate 5-dehydrogenase  31.69 
 
 		 285 aa  148  1.0000000000000001e-34  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2467  shikimate 5-dehydrogenase  31.91 
 
 		 288 aa  147  2.0000000000000003e-34  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.502359  hitchhiker  0.0000000000141391 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0690  shikimate 5-dehydrogenase  32.18 
 
 		 288 aa  147  2.0000000000000003e-34  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_18961  shikimate 5-dehydrogenase  32.99 
 
 		 286 aa  147  2.0000000000000003e-34  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2683  shikimate 5-dehydrogenase  33.8 
 
 		 289 aa  147  3e-34  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.905975  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1054  shikimate 5-dehydrogenase  32.72 
 
 		 275 aa  145  5e-34  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_19151  shikimate 5-dehydrogenase  32.87 
 
 		 286 aa  145  6e-34  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1234  shikimate 5-dehydrogenase  33.21 
 
 		 279 aa  145  7.0000000000000006e-34  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3572  shikimate 5-dehydrogenase  33.7 
 
 		 284 aa  144  2e-33  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.162128  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>